A Polymerase Chain Reaction Based DNA Fingerprinting Technique: Amplified Fragment Length Polymorphism for Molecular Typing of Perchlorate Reducing Bacteria

Genetic profiling of environmentally important organisms is very essential for easy identification of biodegrading bacteria. In the previous study, we have reported the perchlorate biodegrading bacteria and characterized them by biochemical analysis and 16 S sequencing. We have observed a very similar isolates of Arthrobacter (Actinobacteria) degrading 4.1 mM and 4.7 mM of ammonium perchlorate [1] 08D0C9EA79F9BACE118C8200AA004BA90B02000000080000000E0000005F005200650066003300390038003100390037003300340037000000 . In this study, we report PCR based DNA fingerprinting technique to generate the genomic signature of these closely related group of Arthrobacter species. This study also effectively generates unique genomic signature for each of these isolates that has potential for use in molecular monitoring as well as for tracking genomic variation and rearrangements.

基于AFLP分子标记的鸭绿江茴鱼遗传多样性分析

为探讨鸭绿江茴鱼群体遗传结构及分化水平,为其种质资源保护提供遗传学依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)方法,对分别采自吉林省内鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的总计90尾鸭绿江茴鱼的遗传多样性进行了比较研究。结果显示,鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的观测等位基因数(Na)分别为1.340 9、1.251 7和1.269 1,有效等位基因数(Ne)分别为1.153 8、1.130 0和1.144 1,Nei’s遗传多样性指数分别为0.093 2、0.078 2和0.086 3,Shannon’s信息指数分别为0.144 7、0.119 8和0.131 9,遗传分化系数(G_(st))为0.176 7~0.254 7,平均值为0.219 4,遗传相似性为0.820 6~0.936 3。UPGMA聚类分析结果显示,松花江上游群体单独聚为一支,鸭绿江上游群体和临江金鲨养殖场群体出现了聚群情况。结果表明,采样的3个鸭绿江茴鱼群体均具有较高的遗传多样性水平,3个群体发生了显著的遗传分化。

AFLP法构建人参、西洋参基因组DNA指纹图谱

目的 采用扩增片段长度多态性DNA(AFLP)分子遗传标志技术 ,分析人参、西洋参基因组DNA多态性。方法 人参、西洋参干燥根基因组DNA ,经EcoRI/MseI酶切并与其相应的人工接头连接后 ,使用选择性引物进行PCR扩增。结果 经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 ,成功构建出多态性丰富和重复性好的人参、西洋参DNA指纹图谱。结论 AFLP法有望成为一种独立的切实可行的手段 ,将在人参、西洋参等药用植物的鉴定、生物进化、系统发育研究及指导道地性药材的科学栽培等方面发挥重要作用。

利用AFLP指纹技术研究中国沿海真鲷群体的遗传变异和趋异

用AFLP指纹技术对中国沿海真鲷群体进行遗传变异和趋异分析 ,使用了 6对引物 :E -ACC/M -CAT、E -AGG/M -CTG、E -AGG/M -CTT、E -AAC/M -CTA、E -ACA/M -CTG、E -AAC/M -CAA ,在威海、厦门和北部湾海区三个野生群体共 42个体中检出了 6 46个扩增位点 (片段大小 5 0～ 40 0bp) ,其中 70 %位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在 5 8.4%～ 6 4.0 % ,遗传相似系数变化在 0 .842 5～0 .82 0 0 ,以威海群体的遗传变异量最大 ,北部湾群体的最小。三群体间遗传距离和UPGMA谱系图显示 ,厦门海区与北部湾的真鲷差异较小 ,可以认为是同一个亚种群的不同群体 ,黄海真鲷与前二个群体差异比较大 ,属于另一个不同的亚种群。

黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体47个个体中,共扩增出461个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.0996,0.1643、0.1622;两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数Gst、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明,黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异,群体间有明显的基因交流。

AFLP分析中多态性扩增产物的回收、克隆及鉴定

本研究在摸索和优化了水稻ＡＦＬＰ分析体系的基础上，发展了多态性ＡＦＬＰ产物的高效克隆方法。特异ＡＦＬＰ扩增产物直接从变性聚丙烯酰胺凝胶上分离纯化，再经过一至二轮ＰＣＲ扩增，即可高效地克隆于ｐＧＥＭ－Ｔｅａｓｙｖｅｃｔｏｒ系统中。本实验利用该方法成功地克隆了水稻温敏核不育等位突变系５４６０Ｓ和５４６０Ｆ间的４个多态性ＡＦＬＰ产物，Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔｉｎｇ分析证明其中３个产物在水稻基因组中为单拷贝序列，另一个为低拷贝序列。ＡＦＬＰ技术强有力的多态性检出能力再结合多态性扩增产物的高效克隆方法，为寻找与目标基因紧密连锁的分子标记提供了有力工具。

石斛属4种植物的AFLP分析

目的 研究石斛属植物 DNA指纹图谱 ,初步探讨 AFL P分子标记技术在石斛地道性鉴别上的应用。方法采用扩增片段长度多态性 (AFL P)技术对石斛属内石斛组 4个种和一个外类群种进行基因组 DNA多态性分析。结果 从 6 4对引物组合中选出 5对引物组合构建了 5个种的 DNA指纹图谱。通过聚类分析 ,石斛属 4种植物聚成一个大类 ,彼此关系得到了很好的分辨 ,并获得 bootstrap校验的有力支持。结论 AFL

荔枝AFLP分析体系的建立

以39份荔枝种质资源为试材,建立起荔枝AFLP分析体系。对AFLP分析过程中的影响因子(酶切与连接、预扩增、标记)进行了研究。双酶切必须完全彻底。选出适于荔枝AFLP分析的引物组合3对,分别为EcoRIAAC+MseICTG,EcoRIAGC+MseICAT,EcoRIACC+MseICAT。应用其中2对引物(EcoRIAAC+MseICTG,EcoRIACC+MseICAT),共在106个位点扩增出条带,多态性带92个(86.7%)。对荔枝AFLP分析的影响因子进行了分析。

基于AFLP分子标记的核桃核心种质的构建

【目的】构建核桃核心种质以便更好地保存、评价和利用丰富的核桃种质资源。【方法】利用AFLP分子标记,对131份核桃原始种质采用逐步聚类法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率,结合形态学指标及地理来源,最终确定核桃核心种质,并进行评价。【结果】建立的核桃核心种质保留了原始种质10%的样品,分别为河北的天桥1号、陕西的西洛2号和西林1号、山西的晋龙1号、山东的丰辉、辽宁的辽宁8号和辽73013、新疆的温185、河南的绿波、北京的北京746、美国引进品种维纳、日本引进品种清香和朝鲜的品种安边1号。根据遗传多样性评价结果,与原始种质相比,核心种质的多态性位点保留率为75.4%。【结论】构建的核桃核心种质能较大程度地代表原始种质的遗传信息,符合核心种质要求。

丹参不同栽培农家类型的AFLP鉴定

鉴定丹参种内不同类型间的遗传差异,为丹参的进一步系统选育研究提供一定的理论依据。采用扩增片段长度多态性DNA(AFLP)分子遗传标记技术,对不同类型丹参的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增后采用选择性引物进行PCR扩增。7对引物扩增后得到899条清晰的带,61条为特异条带,其中丹参种内四种不同类型的特异位点分别占总的特异位点的22.95%,29.51%,26.23%,21.31%,说明丹参种内不同类型间的遗传差异较大,其遗传多样性是丰富的。聚类分析结果显示,四个类型中小叶型丹参(XY)与其它3个类型间遗传距离较远,皱叶型丹参(ZY)与单叶型丹参(DY)遗传距离最近,由此可初步将小叶型丹参确定为一个变种,丹参原型(ZC)与皱叶型丹参也可初步定为丹参的栽培变种。结论:AFLP技术可以作为鉴别丹参种内不同类型间遗传差异的手段,丹参种内存在较为丰富的遗传变异。

福建近海蓝圆鲹种群遗传多样性的AFLP分析

以往研究表明,福建近海的蓝圆鲹分属2个地理种群,即东海西部种群和闽南—粤东近海地方种群。为研究这两个群系的遗传结构,对蓝圆鲹闽东(30尾)和闽南(32尾)种群进行了AFLP分析,8对选择性引物在2个种群62个个体中,共扩增出563个位点,其中多态位点364个。闽东和闽南种群的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为62.70%、58.97%,0.1875、0.1809和0.2878、0.2763。与其他鱼类对比显示,福建近海蓝圆鲹种群的遗传多样性水平高,说明种群遗传结构尚未遭到明显破坏;基因分化系数GST、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示蓝圆鲹的遗传变异主要来源于种群内,而种群间无明显的遗传分化。Nm显示2个种群间基因交流频繁。种群的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示2个种群有基本相同的群体遗传结构。结果表明,蓝圆鲹闽东和闽南种群间无明显的遗传差异,因此可将福建海域的蓝圆鲹划归同一个管理保护单元。较强的扩散能力及海洋环流可能是造成福建近海蓝圆鲹种群间遗传同质性较高的原因。

鳡鱼群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对长江下游苏州段野生和野生F1代人工养殖的2个鳡鱼(Elopichthys bambusa)群体遗传多样性进行分析研究.6对选择性引物在2个群体47个个体中,共扩增出313个位点,多态位点47个.鳡鱼野生和野生F1代人工养殖2个群体的多态位点比率和Shannon’s指数分别为13.42%、8.31%,0.0544、0.0320;前者遗传多样性较后者略高.基因分化系数Gst和Shannon’s指数分析均显示2个鳡鱼群体之间出现一定遗传分化.鳡鱼UPGMA系统树有分支出现且依据群体分别聚类,表现出一定的遗传趋异.结果分析表明,鳡鱼群体的遗传多样性相对贫乏;野生F1代人工养殖群体尚未形成自己独立的遗传结构,但2个群体间已经产生了一定的遗传分化,经过较多世代的人工繁育有可能形成自己独立而稳定的遗传结构.

家蚕AFLP分子连锁图谱的构建及绿茧基因定位

利用改进的AFLP技术 ,对家蚕品系C10 0 和大造的回交一代BC1群体进行连锁图谱的构建。经 2 8对引物组合的选择性扩增 ,共获得了 395 6条带 ,平均每对引物产生 14 1 3条带 ,获得多态性带只有 10 18条 ,多态性带的比率为 2 5 7%。其中 6 93(6 8 1% )个多态性位点符合 1∶1孟德尔分离比例。利用Mapmaker/Exp 3 0软件进行连锁分析 ,构建了一张含有 4 0 8个标记位点、33个连锁群、总图距为 36 76 7cM的连锁图谱 ,并将绿茧基因定位在该图谱的 2 2连锁群上 ,表明该连锁群与家蚕经典遗传学的第

北方地区黑杨派栽培品种的AFLP指纹分析

以我国北方地区杨树人工林广泛种植的10个黑杨派品种(36杨、50杨、107杨、108杨、111杨、加杨、沙兰杨、I-214杨、109杨和110杨)为实验材料,先进行了苗期形态特征分析,并利用AFLP标记技术,选用E-TA/M-CAG和E-TC/M-CAG两对选择性扩增引物组合,获得了12条特异性条带,建立了这10个杨树品种的DNA指纹图谱,每个品种的扩增带型互不相同,可为杨树品种或无性系鉴定提供独特的特征。结果表明:利用AFLP DNA指纹图谱可以灵敏地鉴别相近无性系并与形态学鉴别分类结论相吻合,表明DNA指纹鉴定配合形态学鉴定方法具有较高的准确性和有效性。

大豆DNA扩增片段长度多态性(AFLP)研究

本文研究 AFLP技术在大豆上的应用 ,在改进大豆种子 DNA提取方法的基础上 ,比较同位素与银染检测方法的效果 ,筛选适宜于大豆 AFLP分析的酶切和引物组合 ,从而建立了适用于大豆指纹图谱快速鉴定的 AFL P操作程序 ,并对我国野生大豆和栽培大豆代表性材料进行了

68份国外甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用10对扩增片段长度多态性标记(AFLP)引物,对近年来从澳大利亚、法国、美国和菲律宾引进,并保存于国家甘蔗种质资源圃的68份甘蔗种质资源进行遗传多样性研究。结果表明:68份种质间的遗传相似性系数较高,为0.497 5～0.887 9,平均为0.761 2,表明大部分种质之间亲缘关系相近,遗传基础相似,遗传多样性并不丰富;各类种质间的平均遗传相似性系数以VMC型(菲律宾)最大,为0.825,Q型(澳大利亚)和CP型(美国)次之,分别为0.802和0.752,FR型(法国)最小,为0.685;在相似性系数0.676处可将68份种质分为5组,A组含CP67–412,B组含FR94–515,C组含FR96–626,D组含FR94–126,其余64份种质构成E组,占全部种质数的94.1%,A、B、C、D组4份种质与E组种质相比,亲缘关系较远,显示了独特的遗传组成;来自法国的种质资源具有较高的分散度,包含了较多的遗传信息。

38株维氏气单胞菌分离株的AFLP基因分型研究

试验通过人工设计合成的通用接头以及与接头序列相匹配的专用引物,对38株维氏气单胞菌分离株和1株维氏气单胞菌标准菌株进行AFLP基因分型研究。结果显示,采用5对引物使39株维氏气单胞菌扩增出1080条可见条带,片段长度在50—1000 bp之间,其中多态性条带727条,平均每对引物组合产生154条多态性条带,平均多态性检出率为66.7%。按UPGMA方法对条带进行聚类分析,建立聚类分支树状图,将39株维氏气单胞菌分为9个基因型,其中第四类群基因Ⅳ型包含了14株菌株,约占总菌数的35.9%,分布在5个不同的地区,推测其可能是引起斑点叉尾发病的主要流行性基因型。不同地区分离的维氏气单胞菌具有地域性差异,而同一地区分离株既存在相同基因型现象,也存在基因型多样性现象。

我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)群体遗传结构的AFLP分析

利用AFLP技术分析了我国沿海棘头梅童鱼8个地理群体(山东荣成、江苏南通、启东、上海芦潮港、浙江温州、瑞安、福建福州和广州番禺)的遗传结构特征。10对引物组合在8个群体160尾个体中共扩增出272个位点,多态位点72个,多态位点比例为26.47%。8个地理群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数分别为8.82%—15.07%、0.0291—0.0514,表明棘头梅童鱼群体遗传多样性水平较低。AMOVA分析表明,群体间差异对群体遗传总变异的贡献率为47.91%,群体内差异的贡献率为52.09%。8个群体间的遗传分化指数(Fst)为0.1151—0.5995(P<0.05),存在显著分化。聚类分析表明,荣成与南通群体聚为一支,启东、芦潮港、瑞安群体聚为一支,温州、福州和番禺群体聚为一支。我国沿海棘头梅童鱼群体初步呈现南北分化的格局,但不同类群间尚存在交叉分布。

部分烟草种质亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP技术，对48份不同类型和地域来源的烟草种质的亲缘关系进行了分析。选用4对AFLP引物共检测到323条扩增带，其中174条具有多态性，平均多态检出率为55．72％。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，可以将48份烟草种质分为2大类群，即黄花烟草群和普通烟草群，后者又可进一步分为4组；48份材料的欧氏距离为1．41—10．78。初步研究表明，AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示烟草种质资源的遗传背景和亲缘关系。

大黄鱼♀与黄姑鱼♂杂交F_1家系初孵仔鱼的AFLP分析

为了评估大黄鱼♀与黄姑鱼♂杂交F1在良种培育与遗传学研究中的应用潜力,利用AFLP标记研究了双亲基因在2个杂交F1家系(HF1和HF2)初孵仔鱼中的传递和分离方式。8对AFLP选择性扩增引物在两对亲本中分别检出478和446个片段。在HF1中,检出片段包括215条母本特异条带(FSB)、165条父本特异条带(MSB)和98条双亲共有条带(MuB),其中,121条(56.3%)FSB、115条(69.7%)MSB和93条(94.9%)MuB传递给了全部后代,其余片段在后代中发生分离。FSB和MSB分离位点的平均显性表型频率之间没有显著性差异。AFLP标记在HF2的传递与分离和HF1相似,只是分离位点的比例较HF1低,而且检出了2个非亲位点。此外,在HF1和HF2中都出现了较高比例的偏离孟德尔定律的分离位点。这些结果表明,大黄鱼♀×黄姑鱼♂杂交F1初孵仔鱼中同时含有来自双亲的基因;虽然计算结果显示杂交F1在遗传上略偏向于母本,但是父源基因和母源基因没有明显的选择性丢失;母本特异位点多态比例与大黄鱼种内杂交F1相当。研究结果为大黄鱼♀×黄姑鱼♂杂交F1的开发与管理提供了科学依据。