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Channel assignment and power allocation for throughput improvement with PPO in B5G heterogeneous edge networks
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作者 Xiaoming He Yingchi Mao +3 位作者 Yinqiu Liu Ping Ping Yan Hong Han Hu 《Digital Communications and Networks》 SCIE CSCD 2024年第1期109-116,共8页
In Beyond the Fifth Generation(B5G)heterogeneous edge networks,numerous users are multiplexed on a channel or served on the same frequency resource block,in which case the transmitter applies coding and the receiver u... In Beyond the Fifth Generation(B5G)heterogeneous edge networks,numerous users are multiplexed on a channel or served on the same frequency resource block,in which case the transmitter applies coding and the receiver uses interference cancellation.Unfortunately,uncoordinated radio resource allocation can reduce system throughput and lead to user inequity,for this reason,in this paper,channel allocation and power allocation problems are formulated to maximize the system sum rate and minimum user achievable rate.Since the construction model is non-convex and the response variables are high-dimensional,a distributed Deep Reinforcement Learning(DRL)framework called distributed Proximal Policy Optimization(PPO)is proposed to allocate or assign resources.Specifically,several simulated agents are trained in a heterogeneous environment to find robust behaviors that perform well in channel assignment and power allocation.Moreover,agents in the collection stage slow down,which hinders the learning of other agents.Therefore,a preemption strategy is further proposed in this paper to optimize the distributed PPO,form DP-PPO and successfully mitigate the straggler problem.The experimental results show that our mechanism named DP-PPO improves the performance over other DRL methods. 展开更多
关键词 B5G Heterogeneous edge networks PPO Channel assignment Power allocation throughput
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High throughput screening of single atomic catalysts with optimized local structures for the electrochemical oxygen reduction by machine learning 被引量:1
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作者 Hao Sun Yizhe Li +7 位作者 Liyao Gao Mengyao Chang Xiangrong Jin Boyuan Li Qingzhen Xu Wen Liu Mingyue Zhou Xiaoming Sun 《Journal of Energy Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2023年第6期349-357,I0009,共10页
Single atomic catalysts(SACs),especially metal-nitrogen doped carbon(M-NC)catalysts,have been extensively explored for the electrochemical oxygen reduction reaction(ORR),owing to their high activity and atomic utiliza... Single atomic catalysts(SACs),especially metal-nitrogen doped carbon(M-NC)catalysts,have been extensively explored for the electrochemical oxygen reduction reaction(ORR),owing to their high activity and atomic utilization efficiency.However,there is still a lack of systematic screening and optimization of local structures surrounding active centers of SACs for ORR as the local coordination has an essential impact on their electronic structures and catalytic performance.Herein,we systematic study the ORR catalytic performance of M-NC SACs with different central metals and environmental atoms in the first and second coordination sphere by using density functional theory(DFT)calculation and machine learning(ML).The geometric and electronic informed overpotential model(GEIOM)based on random forest algorithm showed the highest accuracy,and its R^(2) and root mean square errors(RMSE)were 0.96 and 0.21,respectively.30 potential high-performance catalysts were screened out by GEIOM,and the RMSE of the predicted result was only 0.12 V.This work not only helps us fast screen high-performance catalysts,but also provides a low-cost way to improve the accuracy of ML models. 展开更多
关键词 Single atomic catalysts Coordination sphere High throughput screening Machine learning Oxygen reduction reaction
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Energy Efficiency in ARQ-Based Multi-Hop Systems and the Tradeoff with Throughput 被引量:1
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作者 Ali Asghar Haghighi 《China Communications》 SCIE CSCD 2023年第6期60-71,共12页
The minimum energy per bit(EPB)as the energy efficiency(EE)metric in an automatic retransmission request(ARQ)based multi-hop system is analyzed under power and throughput constraints.Two ARQ protocols including type-I... The minimum energy per bit(EPB)as the energy efficiency(EE)metric in an automatic retransmission request(ARQ)based multi-hop system is analyzed under power and throughput constraints.Two ARQ protocols including type-I(ARQ-I)and repetition redundancy(ARQ-RR)are considered and expressions for the optimal power allocation(PA)are obtained.Using the obtained optimal powers,the EE-throughput tradeoff(EETT)is analyzed and the EETT closed-form expressions for both ARQ protocols and in arbitrary average channel gain values are obtained.It is shown that how different throughput requirements,especially the high levels,affect the EE performance.Additionally,asymptotic analysis is made in the feasible high throughput values and lower and upper EETT bounds are derived for ARQ-I protocol.To evaluate the EE a distributed PA scenario,as a benchmark,is presented and the energy savinggain obtained from the optimal PA in comparison with the distributed PA for ARQ-I and ARQ-RR protocols is discussed in different throughput values and node locations. 展开更多
关键词 ARQ cooperative relaying energy efficiency green communication multi-hop systems routing algorithms throughput analysis
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Throughput Analysis of HARQ Scheme Based on Full-Duplex Two-Way AF SWIPT Relay
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作者 Xiaoye Shi Fei Ding +2 位作者 Haiting Zhu Zhaowei Zhang Lei Zhang 《Computers, Materials & Continua》 SCIE EI 2023年第3期4819-4830,共12页
The simultaneous wireless information and power transfer(SWIPT)relay system is one of the emerging technologies.Xiaomi Corporation and Motorola Inc.recently launched indoor wireless power transfer equipment is one of ... The simultaneous wireless information and power transfer(SWIPT)relay system is one of the emerging technologies.Xiaomi Corporation and Motorola Inc.recently launched indoor wireless power transfer equipment is one of the most promising applications.To tap the potential of the system,hybrid automatic repeat request(HARQ)is introduced into the SWIPT relay system.Firstly,the time slot structure of HARQ scheme based on full duplex two-way amplify and forward(AF)SWIPT relay is given,and its retransmission status is analyzed.Secondly,the equivalent signal-to-noise ratio and outage probability of various states are calculated by approximate simplification.Thirdly,the energy harvesting power in each state is calculated.Finally,the energy harvested-throughput sum function is constructed to characterize the performance of energy harvesting and data transmission.Simulation results show that the proposed HARQ scheme has better energy harvestedthroughput sum function than the traditional HARQ scheme.When P_(2)=22 dB,the maximum sum function is 54.86%(the proposed HARQ scheme)and 52.307%(the traditional HARQ scheme),respectively. 展开更多
关键词 SWIPT RELAY HARQ throughput full-duplex
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High-Throughput Growth of Hexagonal Boron Nitride Film Using Porous-Structure Isolation Layer
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作者 Ruitao Jia Fangzhu Qing Xuesong Li 《Journal of Materials Science and Chemical Engineering》 CAS 2023年第3期45-51,共7页
Chemical vapor deposition is considered as the most hopeful method for the synthesis of large-area high-quality hexagonal boron nitride on the substrate of catalytic metal. However, the size the hexagonal boron nitrid... Chemical vapor deposition is considered as the most hopeful method for the synthesis of large-area high-quality hexagonal boron nitride on the substrate of catalytic metal. However, the size the hexagonal boron nitride films are limited to the size of growth chamber, which indicates a lower production efficiency. In this paper, the utilization efficiency of growth chamber is highly improved by alternately stacking multiple pieces of Cu foils and carbon fiber surface felt with porous structure. Uniform and continuous hexagonal boron nitride films are prepared on Cu foils through chemical vapor deposition utilizing ammonia borane as the precursor. This work develops a simple and practicable method for high-throughput preparation of hexagonal boron nitride films, which could contribute to the industrial application of hexagonal boron nitride. . 展开更多
关键词 Hexagonal Boron Nitride Chemical Vapor Deposition Porous Structure Isolation Layer High throughput
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Design and Research of High-throughput Automation System for Food Testing Laboratory
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作者 Shuo YANG Lei WANG +3 位作者 Xuehua WANG Weian WANG Dawei WANG Ying WANG 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2023年第3期116-118,共3页
In the process of food testing,human operation is an important variable affecting the experimental results.In order to reasonably avoid the influence of human subjective operation behavior on the accuracy of detection... In the process of food testing,human operation is an important variable affecting the experimental results.In order to reasonably avoid the influence of human subjective operation behavior on the accuracy of detection results,the laboratory information management system was used as the information platform to design a high-throughput laboratory automation pre-treatment system based on the deep integration of mechanical principles,visual analysis,high-speed conduction,intelligent storage and other technical systems.The experimental results showed that the system could shorten the sample circulation cycle,effectively improve the laboratory biosafety,and meet the requirements of high-throughput processing of samples. 展开更多
关键词 Food testing AUTOMATION Pre-treatment system High throughput
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区块链扩展技术现状与展望 被引量:4
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作者 陈晶 杨浩 +3 位作者 何琨 李凯 加梦 杜瑞颖 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2024年第2期828-851,共24页
近年来,区块链技术引起广泛关注,其作为一种分布式账本技术,由于具备开放性、透明性和不可篡改性,已经被应用到诸多领域.但随着用户数量和访问需求的大幅增加,现有区块链体系结构可扩展性不足导致的性能瓶颈,制约了区块链技术的应用和推... 近年来,区块链技术引起广泛关注,其作为一种分布式账本技术,由于具备开放性、透明性和不可篡改性,已经被应用到诸多领域.但随着用户数量和访问需求的大幅增加,现有区块链体系结构可扩展性不足导致的性能瓶颈,制约了区块链技术的应用和推广,如何解决可扩展性问题已成为学术界和工业界关注的热点.对已有的区块链扩展方案进行分析和总结.首先,介绍区块链基本概念和可扩展性问题的由来,定义可扩展性问题并提出衡量可扩展性的指标.其次,给出分类框架,将现有方案按网络扩展、链上扩展、链下扩展3大类进行介绍,通过对不同的区块链可扩展性方案进行分析,比较各自的技术特点并归纳优缺点.最后,对亟待解决的开放性问题进行讨论,展望区块链技术未来趋势. 展开更多
关键词 区块链 可扩展性 交易吞吐量 区块链体系结构 区块链共识
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Design of Raptor-Like LDPC Codes and High Throughput Decoder Towards 100 Gbit/s Throughput
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作者 LI Hanwen BI Ningjing SHA Jin 《ZTE Communications》 2023年第3期86-92,共7页
This paper proposes a raptor-like low-density parity-check(RL-LDPC)code design together with the corresponding decoder hardware architecture aiming at next-generation mobile communication.A new kind of protograph diff... This paper proposes a raptor-like low-density parity-check(RL-LDPC)code design together with the corresponding decoder hardware architecture aiming at next-generation mobile communication.A new kind of protograph different from the 5G new radio(NR)LDPC basic matrix is presented,and a code construction algorithm is proposed to improve the error-correcting performance.A multi-core layered decoder architecture that supports up to 100 Gbit/s throughput is designed based on the special protograph structure. 展开更多
关键词 RL-LDPC error floor high throughput protograph 5G NR
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基于高通量测序技术分析不同窖龄窖泥真菌群落多样性与空间异质性 被引量:3
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作者 任海伟 李志娟 +7 位作者 刘美琪 蔡早宁 孙一帆 郭晓鹏 范文广 张丙云 李彦涛 尉军强 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期178-187,共10页
利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥... 利用Illumina NovaSeq高通量测序、冗余分析和FUNGuild等方法对甘肃金徽酒10a和50a窖龄窖池及其不同空间位置窖泥的真菌群落结构、真菌菌群与理化因子之间的关系以及真菌功能预测等进行研究。结果表明,随着窖池深度的增加,10 a窖池窖泥的多样性和丰富度呈现降低趋势,50 a窖池窖泥的多样性整体呈现升高趋势,而丰富度则呈现先降低后升高趋势,其中10a窖池窖壁上层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05),而50a窖池窖底层的多样性和丰富度均显著高于其他位置(P<0.05)。10a窖池窖壁层的多样性和丰富度显著高于50a窖池(P<0.05),而50a窖底层的多样性和丰富度明显高于10a窖池(P<0.05)。所有窖泥样品共检测到21个真菌门和520个真菌属,其中子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)和罗兹菌门(Rozellomycota)4个优势真菌门以及曲霉属(Aspergillus)和哈萨克斯坦酵母属(Kazachstania)等多数优势真菌属的相对丰度随窖池窖龄和空间位置的变化差异显著(P<0.05)。镰刀霉属(Fusarium)、Aspergillus、Kazachstania和红曲霉属(Monascus)与水分、腐殖质、K^(+)和Ca^(2+)含量呈正相关,枝孢菌属(Cladosporium)、维希尼克氏酵母属(Vishniacozyma)与pH值呈正相关。窖泥真菌营养类型主要有腐生营养型和病理-腐生-共生营养型等7种,功能类群包括4个单一功能群和7个混合功能群。通过系统分析不同窖龄窖池和空间位置的窖泥真菌群落多样性,为明确甘肃金徽酒窖泥的真菌群落结构及空间分布规律奠定了理论基础。 展开更多
关键词 窖泥 高通量测序 真菌群落 冗余分析 功能预测
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抗虫转基因水稻及其杂交水稻对土壤微生物群落多样性与组成的影响 被引量:3
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作者 宋亚娜 陈在杰 +3 位作者 林艳 胡太蛟 吴明基 王锋 《中国生态农业学报(中英文)》 CSCD 北大核心 2024年第1期15-29,共15页
微生物是土壤物质循环与肥力演变的驱动者,其群落组成关系到土壤微生态系统的稳定与可持续性。对抗虫转基因水稻土壤微生物群落变化的研究是其环境安全性评价的重要内容。本研究基于细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因的高通量测序,分析了... 微生物是土壤物质循环与肥力演变的驱动者,其群落组成关系到土壤微生态系统的稳定与可持续性。对抗虫转基因水稻土壤微生物群落变化的研究是其环境安全性评价的重要内容。本研究基于细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因的高通量测序,分析了田间试验中抗虫转基因水稻‘MFB’及其转基因杂交水稻‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’与非转基因常规水稻‘闽恢3301’及杂交水稻‘天优华占’的土壤微生物群落多样性与组成的差异,并得出以下结果。首先,与两个非转基因水稻品种相比,抗虫转基因水稻及转基因杂交水稻均能显著增产(P<0.05)。同时,高通量测序结果表明,除水稻成熟期的土壤真菌群落外,与‘闽恢3301’相比‘MFB’的土壤细菌或真菌群落的α-多样性指数Chao1、Observed_species和Shannon均有所提高,且分别在水稻成熟期或分蘖期达到显著性水平(P<0.05);水稻齐穗期转基因杂交水稻‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’的土壤细菌及真菌群落的多样性指数Shannon均介于‘MFB’与‘天优华占’之间;微生物群落β-多样性分析结果表明,本田间试验中不同品种水稻土壤细菌或真菌的群落组成均没有显著差异。但与‘闽恢3301’相比,稻田土壤细菌中丰度最高的变形菌门的相对丰度在‘MFB’土壤中明显增加,且在水稻分蘖期及成熟期达显著水平(P<0.05),而土壤真菌中丰度最高的子囊菌门的相对丰度在‘MFB’土壤中明显减少,且在水稻分蘖期及齐穗期差异显著(P<0.05);水稻齐穗期‘闽丰A/MFB’‘天丰A/MFB’和‘谷丰A/MFB’的土壤变形菌门或子囊菌门的相对丰度也均介于‘MFB’与‘天优华占’之间。此外,通过对微生物群落的功能组成预测可见,随水稻生长,‘MFB’与‘闽恢3301’的土壤细菌群落功能组成间差异存在增大的趋势。综上所述,本研究田间试验中,抗虫转基因水稻及其转基因杂交水稻在增产的同时提高了稻田土壤细菌或真菌群落的多样性,改变了主要细菌或真菌种类的相对丰度,但对细菌或真菌的群落及功能组成的影响不显著。 展开更多
关键词 抗虫转基因水稻 细菌群落 真菌群落 高通量测序
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间作黄芪对当归根际土壤微生物的影响 被引量:1
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作者 李媛媛 谢丰璞 +8 位作者 王楠 高静 黄文静 李铂 孙晓春 宋忠兴 唐志书 王二欢 马存德 《中国野生植物资源》 CSCD 2024年第1期79-86,92,共9页
目的:探讨根际土壤微生物对中药材种植模式的响应方式。方法:以间作黄芪及单作下当归根际土壤为研究对象,基于高通量测序技术,分析土壤微生物在不同季节及种植模式下群落组成及功能的差异。结果:间作下Chao1指数、ACE指数高于单作,变形... 目的:探讨根际土壤微生物对中药材种植模式的响应方式。方法:以间作黄芪及单作下当归根际土壤为研究对象,基于高通量测序技术,分析土壤微生物在不同季节及种植模式下群落组成及功能的差异。结果:间作下Chao1指数、ACE指数高于单作,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和芽单胞菌门为间作下的优势菌门,芽单胞菌门的相对丰度在间作下高于单作。11月间作下γ变形菌纲、7月间作下全噬菌纲的丰度显著高于单作。KEGG功能预测表明,在不同时间及间作下根际土壤细菌与细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢功能下属的23类二级功能基因的相对丰度存在显著差异;参与氮循环的功能基因K00371(narH/narY/nxrB)、(K00374 narI/narV)等OTU数在间作下显著高于单作;不同门、纲在间作下的共生网络比单作下连接紧密且更复杂。结论:当归间作黄芪影响土壤细菌群落组成,增加其丰富度及功能的丰富性,影响土壤氮循环能力,促进土壤微生物间的交互作用。 展开更多
关键词 土壤微生物 根际 高通量测序 多样性 种植方式
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设施西瓜连作土壤生化性质及微生物群落变化 被引量:1
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作者 姚丽娟 田春丽 +3 位作者 王立河 杜君 校彦赟 远兵强 《中国土壤与肥料》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期70-78,共9页
为探索设施连作西瓜土壤微生态环境变化,通过高通量测序对连作组(连作10年设施西瓜土壤)和对照组(连作10年设施西瓜棚外相同土质的露天西瓜土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌和真菌的群落结构差异,测定土壤理化性质及酶活性。结果... 为探索设施连作西瓜土壤微生态环境变化,通过高通量测序对连作组(连作10年设施西瓜土壤)和对照组(连作10年设施西瓜棚外相同土质的露天西瓜土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌和真菌的群落结构差异,测定土壤理化性质及酶活性。结果表明,连作组土壤pH、铵态氮、速效钾、微生物量碳、土壤酶活性极显著低于对照,而硝态氮和有效磷极显著高于对照组。连作组土壤中细菌ACE指数和Chaol指数均极显著高于对照组,土壤中真菌ACE指数、Chaol指数、Simpson指数和Shannon指数均低于对照组。土壤微生物优势物种组成改变,连作组土壤细菌变形菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门及硝化螺旋菌门相对丰度较对照组分别增加了9.80%、20.83%、21.76%和27.12%(P<0.05),而酸杆菌门和疣微菌门较对照组分别减少了21.7%和26.27%(P<0.05);连作组土壤真菌子囊菌门相对丰度较对照组增加了10.96%(P<0.05),担子菌门和罗兹菌门的相对丰度分别较对照组减少了13.42%和93.77%(P<0.05)。相关性分析显示,优势菌门除Latescibacteria和己科河菌门丰度与所有土壤环境因子相关性均不显著外,其他优势菌群都与所测土壤环境因子(有机质除外)存在密切相关关系,土壤pH、铵态氮、有效磷、速效钾是影响土壤中微生物群落的主要因素,担子菌门和绿弯菌门能够指示土壤微生物量,微生物群落结构的变化对土壤酶活性有较大的影响。综上,设施西瓜连作10年土壤理化性质、酶活性及微生物群落结构皆显著变化,西瓜连作障碍是多种因素综合作用的结果。 展开更多
关键词 设施西瓜 连作 高通量测序技术 土壤细菌 土壤真菌
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亚硝酸盐对东北酸菜细菌菌群丰度及理化指标的影响 被引量:1
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作者 张庆芳 魏振勇 +4 位作者 于爽 王严 周姝静 迟乃玉 刘春莹 《中国食品添加剂》 CAS 2024年第3期67-77,共11页
为探究亚硝酸盐对东北酸菜发酵过程中优势细菌属及理化指标的动态变化,设计自然发酵体系(S)和添加亚硝酸盐发酵体系(YS),监测发酵过程中东北酸菜理化指标及OD600nm值的变化,采用16S rDNA技术对理化指标变化明显时期的酸菜样本进行细菌... 为探究亚硝酸盐对东北酸菜发酵过程中优势细菌属及理化指标的动态变化,设计自然发酵体系(S)和添加亚硝酸盐发酵体系(YS),监测发酵过程中东北酸菜理化指标及OD600nm值的变化,采用16S rDNA技术对理化指标变化明显时期的酸菜样本进行细菌属组成分析。结果表明,东北酸菜中的uncultured_bacterium_f_Enterobacteriaceae、Serratia等有害菌属大量繁殖,导致亚硝酸盐大量积累,而积累的亚硝酸盐对uncultured_bacterium_f_Enterobacteriaceae、Serratia和Enterococcus等有害菌的生长繁殖又起到抑制作用,其中对Serratia的抑制作用最强;乳酸菌能够降解亚硝酸盐,但亚硝酸盐对Lactococcus与Leuconostoc的生长代谢具有促进作用,对Lactobacillus具有抑制作用,随着亚硝酸盐被大量降解,其对Lactobacillus的抑制作用会解除。亚硝酸盐通过影响菌属结构及丰度,进而影响发酵体系的理化指标及OD600nm值的变化。 展开更多
关键词 东北酸菜 亚硝酸盐 高通量测序 菌群结构
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极早产儿生后1个月肠道菌群的动态变化及分布特征 被引量:1
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作者 许景林 李华梅 +2 位作者 傅春燕 王赫 陈冬梅 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期311-317,共7页
目的了解极早产儿生后1个月肠道菌群的动态变化及分布特征,为益生菌早期干预提供理论依据。方法采取前瞻性研究方法,选取2022年9月至2023年3月本院收治的极早产儿为研究对象,收集生后第7、14、21、28天的粪便标本行16 S rRNA高通量测序... 目的了解极早产儿生后1个月肠道菌群的动态变化及分布特征,为益生菌早期干预提供理论依据。方法采取前瞻性研究方法,选取2022年9月至2023年3月本院收治的极早产儿为研究对象,收集生后第7、14、21、28天的粪便标本行16 S rRNA高通量测序及生物信息分析。结果共纳入极早产儿35例,男22例,女13例,出生胎龄210±11天,出生体重1419±339 g,收集粪便样本140份。在门水平上检测到的优势菌群包括厚壁菌门、变形菌门,占80%以上;属水平上检测到的优势菌群主要以条件致病菌为主,包括埃希菌属、梭菌属、葡萄球菌属、不动杆菌属和克雷伯杆菌属,而双歧杆菌属相对丰度均<5%。关键菌群差异分析发现,门及属水平的差异菌群主要为拟杆菌门(P=0.029)、蓝藻菌门(P=0.011)及葡萄球菌属(P=0.010)、罗氏菌属(P=0.040)。肠道菌群的多样性分析发现,四个时间点Alpla多样性指数Ace值及Shannon值比较差异无统计学差异(P>0.05),而Chao值呈逐渐下降趋势(P=0.001);四个时间点的Beta多样性分析Weighted-unifrac值分别为0.412(0.281~0.493)、0.498(0.214~0.526)、0.428(0.289~0.490)、0.143(0.077~0.423),差异有统计学意义(P<0.001)。结论极早产儿生后7~28天肠道优势菌群从厚壁菌门逐渐转变为变形菌门,并以条件致病菌为主,而双歧杆菌属定植数量少,肠道菌群多样性呈下降趋势。 展开更多
关键词 益生菌 极早产儿 肠道菌群 16S rRNA 高通量测序
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软骨细胞中SIRT1基因敲减后作用状态不明确信号通路及对相关疾病或功能的影响 被引量:1
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作者 叶海明 曾晖 +3 位作者 杨琪 张耕 翁鉴 于斐 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第20期3123-3129,共7页
背景:沉默信息调节因子1以去乙酰化的方式调控软骨细胞中相关蛋白的功能,参与软骨细胞增殖分化,促进软骨缺损修复。目的:利用高通量技术筛选软骨细胞中沉默信息调节因子1基因敲减后作用状态不明确的信号通路以及产生变化的疾病或功能。... 背景:沉默信息调节因子1以去乙酰化的方式调控软骨细胞中相关蛋白的功能,参与软骨细胞增殖分化,促进软骨缺损修复。目的:利用高通量技术筛选软骨细胞中沉默信息调节因子1基因敲减后作用状态不明确的信号通路以及产生变化的疾病或功能。方法:取处于对数生长期的小鼠ATDC5软骨细胞,分2组转染:对照组转染沉默信息调节因子1基因敲减阴性对照慢病毒,实验组转染沉默信息调节因子1基因敲减慢病毒。转染72 h后,利用小鼠基因表达谱芯片GeneChip®Mouse Genome 4302.0 Array检测mRNA的基因层面变化情况,应用生物信息学技术筛选激活或抑制不明确的信号通路以及这些信号通路相关因子,并分析疾病或功能模块的富集情况。结果与结论:①沉默信息调节因子1基因敲减后,小鼠ATDC5软骨细胞中激活或抑制状态不明确的信号通路有245条;②根据-log(P-value)排序选择排前20的激活或抑制状态不明确信号通路中的因子情况进行报道,包括IGFBP4、TGFBR1、CTGF、COL4A5、LHX2、IL1RL1、KLF6等;③根据-log(P-value)进行排序,细胞生长和增殖、生物体存活和细胞死亡与存活等14个疾病和功能密切相关模块明显变化;根据差异基因数量排序,生物体损伤和异常、癌症和细胞死亡与存活3个疾病和功能密切相关模块明显变化;根据-log(P-value)与差异基因数量综合排序,固有免疫应答这一疾病和功能模块被显著激活。 展开更多
关键词 高通量测序 沉默信息调节因子1 软骨缺损 信号通路 疾病或功能
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基于高通量测序的昭通核心烟区植烟土壤真菌多样性分析 被引量:1
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作者 倪霞 龚林 +12 位作者 陈华 宋明健 周玉忠 陈敏 付业明 龚浩瀚 盘文政 张孟升 罗启鹏 李建云 鲍宏明 李德文 张海鹍 《中国农学通报》 2024年第2期61-70,共10页
本研究利用高通量测序技术,从分子水平探究昭通8个种烟县(区)新烟区、土传病害发病严重的连作区以及典型的轮作区的土壤真菌多样性。结果表明:从群落组成来看,昭通核心烟区土壤真菌群落包括30个门、79个纲、202个目、443个科和976个属,... 本研究利用高通量测序技术,从分子水平探究昭通8个种烟县(区)新烟区、土传病害发病严重的连作区以及典型的轮作区的土壤真菌多样性。结果表明:从群落组成来看,昭通核心烟区土壤真菌群落包括30个门、79个纲、202个目、443个科和976个属,其中子囊菌门为昭通核心烟区土壤真菌群落的绝对优势门,被孢霉属和青霉菌属为昭通核心烟区土壤真菌群落的优势属。群落指示物种分析表明,新烟区土壤真菌群落壳二胞菌属的相对丰度显著高于连作区和轮作区,连作区拟青霉菌属、假裸囊菌属和篮状菌属的相对丰度显著高于新烟区和轮作区烟,轮作区镶刀菌属的相对丰度显著高于新烟区、被孢霉属的相对丰度显著高于连作区。从生物多样性特征来看,新烟区土壤真菌群落的生物多样性最高,物种丰富度显著高于连作区和轮作区;轮作区土壤真菌群落的物种丰富度显著高于连作区,物种均匀度显著低于连作区,真菌群落生物多样性略高于连作区。从真菌群落的功能来看,病理营养型、腐生营养型和腐生—共生营养型的真菌群落为主要组成,新烟区真菌群落占比前1至前3的营养型分别为腐生—共生营养型、腐生营养型和病理营养型,连作区分别为腐生营养型、病理营养型和腐生—共生营养型,轮作区分别为腐生—共生营养型、病理—腐生—共生营养型和腐生营养型。昭通植烟土壤真菌群落组成丰富,新烟区土壤真菌群落的生物多样性最高,物种丰富度显著高于连作区和轮作区,不同类型土壤的真菌群落结构组成差异不显著,轮作有利于降低病理营养型的真菌群落,能减少真菌性病害发生的几率。 展开更多
关键词 高通量测序 植烟土壤 群落组成 真菌多样性
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星型区块链架构的TKM分片算法 被引量:1
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作者 徐克圣 谢诏驰 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2024年第3期683-687,共5页
区块链系统的通量严重不足,而解决此问题最有效的一类方案是并行化处理,并行化方案主要为星型架构,当前星型架构对系统中节点的分片方式多为账户随机分片,这种分片方式的系统通量仍然不足。针对此问题,提出了一种基于星型结构的TKM分片... 区块链系统的通量严重不足,而解决此问题最有效的一类方案是并行化处理,并行化方案主要为星型架构,当前星型架构对系统中节点的分片方式多为账户随机分片,这种分片方式的系统通量仍然不足。针对此问题,提出了一种基于星型结构的TKM分片算法,该算法将原始K-means聚类算法进行改进,并运用在节点分片上。TKM分片算法将聚类算法与区块链的网络分片技术相结合,使节点根据地理位置进行分片,极大提高邻近节点发生的交易为片内交易的概率,从而提高系统通量,同时在原始算法的基础上引入了时间戳,减少了恶意节点的攻击。仿真实验表明该算法与传统的随机分片算法相比,最大系统通量提高了20%。根据上述通量模型,通过实验得出基于TKM算法的星型区块链系统的最优分片数量。 展开更多
关键词 区块链 星型架构 分片算法 聚类算法 通量
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基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性 被引量:1
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作者 刘敏 林佳卫 +1 位作者 焦昱玮 杜浩月 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第3期116-120,共5页
以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群... 以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属(平均相对丰度>1%)为乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)、葡萄糖杆菌属(Gluconobacter)、链球菌属(Streptococcus);优势真菌属为地霉属(Geotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces)、未分类双足囊菌科(unclassified_f_Dipodascaceae)、毕赤酵母属(Pichia)、孢圆酵母属(Torulaspora)、德克酵母属(Dekkera)。主坐标分析(PCoA)结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 d、20 d和30 d时细菌群落结构较为相似,真菌群落结构差异较大。综上,奶酪成熟过程中微生物丰富,且成熟过程对微生物群落结构具有明显影响。 展开更多
关键词 蒙古族奶酪 高通量测序 微生物群落 多样性 优势菌群
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油梨根际土壤微生物群落及其共生网络对根腐病的响应 被引量:1
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作者 何应会 黄耀恒 +3 位作者 陆荣民 杨日升 韦燕妮 梁文汇 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期106-115,共10页
【目的】为研发根腐病绿色综合防控技术提供理论依据,有效推进油梨树种产业发展。【方法】本研究以百色市林业科学研究所的健康和根腐病发病油梨植株根际土壤为研究对象,并利用基于16S核糖体RNA(rRNA)和内部转录间隔区(ITS)扩增子高通... 【目的】为研发根腐病绿色综合防控技术提供理论依据,有效推进油梨树种产业发展。【方法】本研究以百色市林业科学研究所的健康和根腐病发病油梨植株根际土壤为研究对象,并利用基于16S核糖体RNA(rRNA)和内部转录间隔区(ITS)扩增子高通量测序技术,分析健康和染病植株根际细菌和真菌群落结构、组成及多样性差异,比较细菌和真菌群落结构及其相互作用,确定土壤病原菌和有益菌的变化。【结果】染病植株相对于健康植株,根际细菌和真菌群落结构和多样性均没有显著性变化。变形菌门Proteobacteria、酸杆菌门acidobacteria、放线菌门actinobacteria、拟杆菌门bacteroidetes和绿弯菌门chloroflexi是油梨根际土壤优势细菌类群,子囊菌门ascomycota和担子菌门basidiomycota是油梨根际土壤优势真菌类群。在门分类水平、纲分类水平以及属分类水平上,细菌和真菌群落组成有明显的变化,但随着分类水平降低,群落组成变化越明显。此外,健康和染病油梨根际细菌群落α多样性显著高于真菌群落,而健康与染病之间细菌群落结构差异小于真菌。细菌物种之间的相互作用比真菌网络物种间的相互作用更紧密,并且负连接百分比和关节类群数量更多,细菌网络的稳定性更高。同样,油梨根际土壤细菌群落相对于真菌群落表现出更高的生态位宽度和生态位重叠。对根腐病有反应的细菌和真菌,如芽孢杆菌Bacillus、假单胞杆菌pseudomonas和溶杆菌lysobacter和球囊菌纲glomeromycetes,由于其在染病油梨根际土壤中的相对丰度均高于健康土壤,可以被视为相关的生物防治菌。【结论】根腐病并不会使油梨根际细菌和真菌群落结构和多样性发生显著性变化,但会使得一些有益菌的相对丰度增加,并且细菌比真菌对根腐病具有更高的抵抗力。 展开更多
关键词 油梨 根腐病 高通量测序 根际细菌群落 根际真菌群落 共生网络
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不同制曲季节浓香型大曲真菌群落结构多样性的研究
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作者 刘孟华 陈仪 +3 位作者 樊科权 唐清兰 徐姿静 徐占成 《食品与发酵科技》 CAS 2024年第3期82-85,116,共5页
本文以不同制曲季节的剑南春大曲为研究对象,运用高通量测序技术分析其真菌群落多样性特征。结果表明:大曲真菌群落结构复杂,不同制曲季节的剑南春大曲中真菌群落结构在门水平下的优势真菌主要分布于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Bas... 本文以不同制曲季节的剑南春大曲为研究对象,运用高通量测序技术分析其真菌群落多样性特征。结果表明:大曲真菌群落结构复杂,不同制曲季节的剑南春大曲中真菌群落结构在门水平下的优势真菌主要分布于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和毛霉菌门(Mucoromycota),其中子囊菌门(Ascomycota)是剑南春大曲的绝对优势真菌。属水平下的优势真菌为嗜热子囊菌属(Thermoascus)、嗜热真菌属(Thermomyces)、曲霉属(Aspergillus)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、假丝酵母属(Candida)、复膜孢酵母属(Saccharomycopisis)、根霉属(Rhizopus)和红曲霉属(Monascus)。嗜热子囊菌属(Thermoascus)、假丝酵母属(Candida)等微生物随大曲入室温度的变化呈现出一定的分布规律,且不同季节大曲的理化性能存在显著差异(P<0.05),这为生产优质浓香型大曲提供了理论依据。 展开更多
关键词 浓香型大曲 高通量测序 真菌 多样性
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