CPSE-Bio:基于云计算的生物问题求解环境

生物信息学是结合计算机技术解决生物问题,利用计算机能力加速生物研究的交叉性学科.问题求解环境(problem solving environment,PSE)是一类面向科学问题求解的计算平台,研究人员通过使用PSE可以高效地参与和开展科学研究.由于生物数据规模通常很大,而这些数据随着生物技术的发展仍在不断地增加,因此,传统的单机单系统PSE已无法满足生物计算需求.介绍上海大学计算机工程与科学学院高性能计算研究所生物信息学研究团队将云计算技术与PSE相结合,实现基于云环境的问题求解环境CPSE-Bio,并对其中2个代表性模块,即PPI(protein-protein interaction)多数据库网络查询(multi-database retrieval technology,MDRT)模块和蛋白质挖掘(protein mining,PM)模块,进行性能分析和比较.

可扩展的桌面问题求解环境计算加速中间件

为利用多种高性能计算资源的计算能力,设计一种可扩展的桌面问题求解环境计算加速中间件,采用应用层、中间层和计算层3层结构,以降低系统设计的复杂度,支持多种并行后端、分布式扩展以及并行后端的即插即用。用该加速中间件进行Matlab中的LU分解实验,结果证明了其有效性。