基于mtDNA COX3基因对西藏特色牦牛群体遗传结构的分析

为探究西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,本研究利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、类乌齐牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、桑日牦牛、江达牦牛7个群体共140头个体的mtDNA COX3基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、MEGA 7.0软件分析了其序列多态性、单倍体多样性,并构建了系统发育树。结果表明,西藏牦牛群体的COX3基因CDS序列长度均为781 bp,共检测获得55个变异位点。在140头个体中共检测出11种单倍型,平均单倍型多样性(H_(d))及核苷酸多样性(P_(i))分别为0.665和0.00480,说明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。西藏7个牦牛群体可分为2大类,类乌齐牦牛单独聚为一类,其余牦牛群体为一类。此外,11种单倍型可分为2个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在两个母系起源。西藏7个牦牛群体可划分到家牦牛、原牛和普通牛三大单倍型群体中,其中Hap_2、Hap_3、Hap_4、Hap_6、Hap_7、Hap_8、Hap_10、Hap_11这8个单倍型属于家牦牛支系,Hap_5和Hap_9属于原牛和普通牛支系,Hap_1属于野牦牛支系,说明家牦牛、原牛和普通牛是西藏牦牛的混合母系起源,但受家牦牛影响较大。研究结果旨在为西藏牦牛的演化、遗传多样性以及遗传资源保护和利用提供理论依据。

线粒体DNA COX3基因多态性与瓢鸡生长和屠体性状的相关性分析

采用DNA测序和PCR-RFLP方法,分析了瓢鸡线粒体DNA COX3基因(mt DNA COX3)变异,并与生长和屠体性状进行了关联分析。在瓢鸡线粒体DNA COX3基因发现C10669T多态位点,建立了Eco RV PCR-RFLP分子标记,利用该标记对300日龄具有生长和屠体性状记录的82只瓢鸡进行了基因分型。结果表明,线粒体DNA COX3基因C10669T多态位点在瓢鸡群体中C基因为优势基因,基因频率为69.5%,多态信息含量和杂合度分别为0.3341与0.4240。C10669T位点基因型在体重、龙骨长、跖长、屠体重与胸肌率5个性状差异显著,C基因型个体普遍高于T基因型。线粒体DNA COX3基因对瓢鸡生长和屠体性状的作用机理有待进一步深入分析。

猬迭宫绦虫线粒体cox3基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基(cox3)基因部分序列(pcox3)的遗传变异情况。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox3,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析,再用Phylip 3.67程序MP法绘制系统发育树,并与GenBank中已知猬迭宫绦虫相应基因序列进行比对分析。结果显示,所获得的pcox3序列长度一致,均为264bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,来自湖南省的猬迭宫绦虫pcox3序列有微小差异。本研究结果为猬迭宫绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

老挝家蚕线粒体cox3基因序列分析及分子进化研究初探

对老挝家蚕品种L11的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)cox3基因(cox3)进行PCR扩增、克隆和序列分析。结果表明,在测定的909bp的片段中,含有ATPase 6基因及tRNA-Gly基因的部分序列和cox3全序列。其中,cox3读码框包括789个核苷酸,编码262个氨基酸。L11 cox3和已经公布的家蚕(中国家蚕品种夏芳、日本家蚕Aojuku、韩国家蚕Backojam)mtDNAcox3基因完全一致,但与日本野桑蚕、中国野桑蚕的氨基酸同源性分别为99%和98%。

基于cox3基因分析蛇源裂头蚴种系发育关系

为分析野生蛇源裂头蚴与其它绦虫的种群遗传关系,本研究采集湖南省8个地区野生蛇肌肉中的裂头蚴,采用PCR方法对其线粒体cox3基因序列进行扩增、测序及分析。结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株cox3基因核苷酸部分序列长度均为342 bp,其cox3基因核苷酸同源性为98.2%~100.0%,种内遗传差异性为0~1.8%,与其它科绦虫cox3基因核苷酸同源性为63.4%~73.9%,种间遗传差异较大,为26.1%~36.6%。cox3基因的系统进化分析结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,与其它绦虫所属分支相隔较远。上述结果表明,蛇源裂头蚴线粒体cox3基因序列种内差异远低于种间差异,可以作为研究蛇源裂头蚴种系遗传变异的分子标记。本研究为蛇源裂头蚴的分子流行病学及其群体遗传研究奠定了基础。

一种基于线粒体COX3基因的赤狐皮毛TaqMan探针荧光PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测赤狐皮毛的方法,试验根据赤狐皮毛线粒体COX3基因保守区设计了特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应条件建立了一种检测赤狐皮毛的Taq Man探针荧光PCR检测方法。结果表明,该方法对赤狐皮毛具有特异性,不与兔皮毛、山羊皮毛、绵羊皮毛、貂皮毛和貉子皮毛发生交叉反应。该方法对质粒标准对照(PUC-VV-)的最适线性检测范围为4.8×10^(1)~4.8×10^(8) copies/μL,标准曲线方程为Y=-3.4752X+40.118,相关系数(r^(2))为0.9897,检测下限为48 copies/μL。对3个不同浓度的pCR-GPTV-ITR进行组内试验和组间试验,每个浓度的重复试验Ct值的变异系数均小于1.5%,具有良好的重现性。采用该方法检测2份赤狐皮毛为阳性,其他10份动物皮毛样品为阴性。本方法的建立为赤狐皮毛检测提供了一种快速准确的技术手段。

蓖麻蚕线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基Ⅲ的序列及其分子进化分析

测定了蓖麻蚕Samiacynthiaricini线粒体基因组 (mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ (COX3)、tRNA Gly和部分的NADH亚基Ⅲ (ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含 789个核苷酸 ,编码 2 6 2个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较 ,发现COX3基因的 3′端比 5′端要保守 ,其编码的蛋白在C端有两个保守序列存在。COX3的下游为 6 6bp的tRNA Gly基因。蓖麻蚕的COX3与家蚕COX3同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 80 2 %和 85 6 %。根据COX3氨基酸序列进行了 12种无脊椎动物的分子进化树分析 ,认为在采用线粒体基因序列进行分子进化分析时 ,应该综合考虑物种的繁殖模式及生态特点。