植物乳杆菌DMDL 9010胞外多糖合成蛋白cpsB的生物信息学分析

为了探讨植物乳杆菌DMDL 9010胞外多糖合成蛋白cpsB的结构特性,该文通过生物信息学技术研究了胞外多糖合成蛋白cpsB的理化性质、亲/疏水性、跨膜结构、功能位点、磷酸化位点、信号肽、结构域、保守功能域、序列同源性以及空间结构进行预测与分析。结果表明胞外多糖合成蛋白cpsB相对分子质量约为2920,等电点6.86,含有191个氨基酸;其为疏水蛋白,具有较高的稳定性;经过跨膜结构预测,发现其不存在跨膜结构,为胞内蛋白;胞外多糖合成蛋白cpsB中含有15个磷酸位点;氨基酸序列中不包含信号肽,所编码蛋白均为内分泌型蛋白;保守功能域预测中,基因中仅发现一段PHP结构域,该基因可能参与调节胞外多糖的基因表达。胞外多糖合成蛋白cpsB的二级结构中α-螺旋占51.14%,并不存在β-折叠和β-转角结构,其三级结构比例与二级结构基本相似。该研究对植物乳杆菌DMDL 9010的胞外多糖合成蛋白cpsB功能机制进行深入研究,对利用基因工程技术研究其胞外多糖的生物合成具有重要意义。

部分cpsA-cpsB血清型预测系统预测94株肺炎链球菌血清型分析

目的 评价部分cpsA-cpsB血清型预测系统在预测肺炎链球菌血清型的应用价值.方法 用荚膜肿胀实验对首都医科大学附属北京儿童医院提供的94株肺炎链球菌进行传统分型,以其分型结果为血清型金标准.按照文献进行目的基因cpsA-cpsB片段扩增、测序、序列编辑及比对.结果 94株肺炎链球菌菌株,经荚膜肿胀反应检测,83株确定血清型/群,11株为未分型菌株.在83株确定血清型的菌株中,67株菌株目的片段聚合酶链式反应（PCR）呈阳性结果（占80.72％）;在这67株菌株中,60株（占89.55％）菌株血清型的预测结果和金标准一致或者包含了金标准.其中,12株血清型为19F的PCR阳性菌株中,10株的预测结果和金标准一致,另外2株的预测结果分别为6A、23F/10A.在19株血清型为19A的PCR阳性菌株中,18株的预测结果和金标准一致,另外1株的预测结果为35F/47F.在10株血清型为14的PCR阳性菌株中,9株的预测结果和金标准一致,另外1株的预测结果为19A.7株血清型为6B的PCR阳性菌株的预测结果为6A/6B.在4株血清型为23F的PCR阳性菌株的预测结果为23F/10A.11株未分型的菌株中,3株（占27.27％）PCR阳性,血清型预测结果分别为6A/6C、6A/6B、19A.结论 部分cpsA-cpsB血清型预测系统在预测我国肺炎链球菌血清型方面有一定的临床应用价值.