淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)微小RNA(miRNA)的生物信息学发掘与分析

微小RNA(microRNA或miRNA),是广泛存在于多细胞生物及其病毒的一类由22个左右核苷酸组成的内源性非编码RNA,具有转录后水平上的基因表达调控功能。本文在淡水枝角水蚤的全基因组序列的基础上,通过生物信息学方法对淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)miRNA进行了发掘,得到miRNA前体(pre-miRNA)252个、可编码262个功能miRNA;发现了6个miRNA簇。8号染色体miRNA的出现频率显著高于其他染色体,而4号染色体miRNA频率明显显著较低。通过与几种两侧对称动物的聚类分析将pre-miRNA归为191个miRNA家族,其中105个家族为淡水枝角水蚤所特有,15个家族为节肢动物门特有。在几种两侧对称动物中,淡水枝角水蚤的miRNA与果蝇最为相似。