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Minimizing endogenous cryptic plasmids to construct antibiotic-free expression systems for Escherichia coli Nissle 1917
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作者 Siyan Zhou Linlin Zhao +6 位作者 Wenjie Zuo Yilin Zheng Ping Zhang Yanan Sun Yang Wang Guocheng Du Zhen Kang 《Synthetic and Systems Biotechnology》 SCIE CSCD 2024年第1期165-175,共11页
The probiotic bacterium Escherichia coli Nissle 1917(EcN)holds significant promise for use in clinical and biological industries.However,the reliance on antibiotics to maintain plasmid-borne genes has overshadowed its... The probiotic bacterium Escherichia coli Nissle 1917(EcN)holds significant promise for use in clinical and biological industries.However,the reliance on antibiotics to maintain plasmid-borne genes has overshadowed its benefits.In this study,we addressed this issue by engineering the endogenous cryptic plasmids pMUT1 and pMUT2.The non-essential elements were removed to create more stable derivatives pMUT1NR△and pMUT2HBC△.Synthetic promoters by integrating binding motifs on sigma factors were further constructed and applied for expression of Bacteroides thetaiotaomicron heparinaseⅢand the biosynthesis of ectoine.Compared to traditional antibiotic-dependent expression systems,our newly constructed antibiotic-free expression systems offer considerable advantages for clinical and synthetic biology applications. 展开更多
关键词 cryptic plasmids Antibiotic-free Gene expression plasmid stability E.coli Nissle 1917
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芽孢杆菌基因工程新载体的构建 被引量:2
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作者 乔明强 蔡宝立 +4 位作者 蒋如璋 高才昌 郎艳军 樊廷玉 苏同芳 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1989年第5期389-398,共10页
利用从Bacillus pumilus 289中分离出的隐秘质粒pNK289(7.2kb)的复制起始调控区及启动区DNA片段和质粒pPL 601上的氯霉素乙酰基转移酶结构基因(cat-86),构建了能在B.subtilis和B. pumilus中稳定传代的质粒pNQ216(4.1kb)和pNQ402(2.8kb)... 利用从Bacillus pumilus 289中分离出的隐秘质粒pNK289(7.2kb)的复制起始调控区及启动区DNA片段和质粒pPL 601上的氯霉素乙酰基转移酶结构基因(cat-86),构建了能在B.subtilis和B. pumilus中稳定传代的质粒pNQ216(4.1kb)和pNQ402(2.8kb)。在非诱导条件下,其在含Cm的LB平皿上的外显率都比pPL600高约30%,可以用作芽孢杆菌基因克隆的质粒载体。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 隐秘质粒 载体构建
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一个融合魏斯氏菌隐蔽质粒的序列分析 被引量:2
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作者 王海娟 戴雨珂 +2 位作者 苏森森 王英 潘渠 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期217-221,共5页
从融合魏斯氏菌(Weissella confusa QJ012)中发现一个隐蔽质粒(p QJ012),测序结果显示该质粒大小为1489 bp,碱基G+C含量为42.8%。BLAST结果显示该质粒的核苷酸序列同pJY33和pKLCA的同源性分别为93%、92%。ORF1编码一个282个氨基酸残基... 从融合魏斯氏菌(Weissella confusa QJ012)中发现一个隐蔽质粒(p QJ012),测序结果显示该质粒大小为1489 bp,碱基G+C含量为42.8%。BLAST结果显示该质粒的核苷酸序列同pJY33和pKLCA的同源性分别为93%、92%。ORF1编码一个282个氨基酸残基的复制蛋白(Rep),其氨基酸序列与质粒pJY33和pKLCA的同源性分别为91%、85%。根据复制蛋白、dso和sso的序列特征,推定pQJ012的复制方式为滚环复制,是滚环复制pT181家族成员。质粒pQJ012可能构建为良好的表达载体。 展开更多
关键词 融合魏斯氏菌 隐蔽质粒 序列分析 复制蛋白
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一株植物乳杆菌的分离鉴定及其隐蔽质粒的序列分析 被引量:1
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作者 都立辉 霍贵成 +1 位作者 鞠兴荣 刘芳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第17期236-239,共4页
从传统发酵乳制品中分离到1株乳酸杆菌,经API50CH细菌鉴定系统和16SrRNA基因序列分析后鉴定为植物乳杆菌。分析该菌的质粒图谱后发现该菌携带多个质粒,将其中的小质粒pLD1测序,结果显示该质粒的大小为2112bp,碱基G+C含量为37.8%,只编码... 从传统发酵乳制品中分离到1株乳酸杆菌,经API50CH细菌鉴定系统和16SrRNA基因序列分析后鉴定为植物乳杆菌。分析该菌的质粒图谱后发现该菌携带多个质粒,将其中的小质粒pLD1测序,结果显示该质粒的大小为2112bp,碱基G+C含量为37.8%,只编码1个复制蛋白,其中有1个17bp的序列重复了13次。BLAST发现该质粒同pLP2000等的同源性在95%以上,其中复制蛋白同其他质粒存在一些氨基酸差异。pLD1质粒序列的GenBank登陆号为NC_012220,并且它可用于构建良好的乳杆菌基因工程载体。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 隐蔽质粒 序列分析 复制蛋白
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一个植物乳杆菌隐蔽质粒的测序和注释 被引量:1
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作者 潘渠 胡袁 +3 位作者 邓林 雷舜 胡晓梅 胡福泉 《成都医学院学报》 CAS 2009年第1期17-20,共4页
在植物乳杆菌(Lactobacillus plantarumCICC 6002)中发现了1个隐蔽质粒(pLP2111),并将其克隆到pUC 18质粒上进行测序。序列分析表明pLP2111大小为2 111 bp;仅有1个ORF,编码1个37.0 kDa的复制蛋白;有1个17 bp的重复序列重复了13次。BLAS... 在植物乳杆菌(Lactobacillus plantarumCICC 6002)中发现了1个隐蔽质粒(pLP2111),并将其克隆到pUC 18质粒上进行测序。序列分析表明pLP2111大小为2 111 bp;仅有1个ORF,编码1个37.0 kDa的复制蛋白;有1个17 bp的重复序列重复了13次。BLAST结果显示pLp 2111和植物乳杆菌CCM1904菌株的pLP1质粒相似性最高,为99%,pLP2111比pLP1大18 bp.pLP2111可能构建为良好的乳杆菌或乳球菌异源蛋白表达载体。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 隐蔽质粒 测序 注释
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谷氨酸棒状杆菌隐蔽性质粒pXZ10141的限制性酶切图谱
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作者 许正平 金小力 杜珠还 《浙江大学学报(自然科学版)》 CSCD 1993年第5期648-653,共6页
从谷氨酸棒状杆菌中分离到一个隐蔽性质粒pXZ10141,通过琼脂糖凝胶电泳测定其分子量为3.9Kb。经14种限制性内切酶的酶切,发现在质粒pXZ10141上BamH Ⅰ、BglⅡ、Cla Ⅰ、EcoRⅠ、Sal Ⅰ、Xba Ⅰ各有一个切点,Hind Ⅲ和Sma Ⅰ各有二个切点... 从谷氨酸棒状杆菌中分离到一个隐蔽性质粒pXZ10141,通过琼脂糖凝胶电泳测定其分子量为3.9Kb。经14种限制性内切酶的酶切,发现在质粒pXZ10141上BamH Ⅰ、BglⅡ、Cla Ⅰ、EcoRⅠ、Sal Ⅰ、Xba Ⅰ各有一个切点,Hind Ⅲ和Sma Ⅰ各有二个切点,Ava Ⅰ和Pvu Ⅱ各有三个切点,根据各酶切位点问的距离绘制了该质粒的限制性酶切图谱。 展开更多
关键词 棒状杆菌 谷氨酸 隐蔽性 质粒
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实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数 被引量:3
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作者 付立霞 高雯 +4 位作者 韩先干 高波 张晓君 刘晓丹 曾令兵 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2018年第4期63-70,共8页
为测定爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数,并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响,分别采用试剂盒和水煮法制备爱德华氏菌基因组,通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质... 为测定爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数,并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响,分别采用试剂盒和水煮法制备爱德华氏菌基因组,通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质粒拷贝数,同时测定试剂盒对染色体DNA和质粒DNA的回收率。结果显示,以试剂盒提取的总DNA测得的pEI1和p EI2拷贝数绝对定量和相对定量分别为3.63±0.30、5.04±0.18和4.22±0.15、5.13±0.50,显著低于以水煮法测得的pEI1和p EI2拷贝数的绝对定量11.84±0.80、11.70±0.25和相对定量13.85±1.64、11.90±0.97。回收率结果显示,试剂盒对染色体DNA的回收率(45.8±4.1)%,显著高于对质粒pEII的回收率(25.1±0.5)%和pEI2的回收率(31.3±1.7)%。结果表明:通过实时定量PCR测定爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数时,基因组的制备以水煮法为宜,爱德华氏菌隐蔽质粒pEI1和pEI2均属于中拷贝质粒。 展开更多
关键词 鮰爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri) 隐蔽质粒 质粒拷贝数 实时定量PCR
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植物乳杆菌内源性质粒序列分析及其表达载体的构建 被引量:3
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作者 方来杉 赖强 +1 位作者 钟泽民 黄毓茂 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第4期118-124,共7页
目的:构建乳酸杆菌的表达载体,对菌株携带的质粒进行序列测定和功能分析,并利用自身带有的质粒系统构建乳酸杆菌的表达系统,对乳酸菌口服疫苗的制备起到积极的促进作用。方法:从植物乳杆菌LP3中提取质粒并进行序列测定和功能分析。通过... 目的:构建乳酸杆菌的表达载体,对菌株携带的质粒进行序列测定和功能分析,并利用自身带有的质粒系统构建乳酸杆菌的表达系统,对乳酸菌口服疫苗的制备起到积极的促进作用。方法:从植物乳杆菌LP3中提取质粒并进行序列测定和功能分析。通过质粒pLP3复制子,与pCPSP载体的氯霉素基因CmR、pUC19的复制子构建大肠杆菌-乳酸菌穿梭质粒。在穿梭质粒的基础上加上嗜酸乳杆菌的S层蛋白启动子PslpA和绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,eGFP)基因,进一步构建乳酸菌表达载体D-pLP3-PslpA-eGFP。结果:从植物乳杆菌LP3中得到一个天然隐蔽性质粒pLP3,该质粒大小为2017 bp,GC含量为37.48%。基于质粒pLP3,构建了大肠杆菌-乳酸菌穿梭质粒D-pLP3,并成功转化至不同类型乳酸菌,转化效率介于0.3×102~1.0×103 CFU/μg(DNA质量计)之间。乳酸菌表达载体D-pLP3-PslpA-eGFP转化至植物乳杆菌,成功获得了荧光蛋白的表达。结论:成功构建了乳酸菌表达载体D-pLP3-PslpA,为乳酸菌基因操作提供了新的工具。 展开更多
关键词 隐蔽性质粒 滚环复制 穿梭质粒 植物乳杆菌
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淋球菌隐蔽性质粒cppB基因探针制备及初步应用的研究
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作者 冯国和 乔光彦 +2 位作者 陈庆学 侯晓刚 鲁润铭 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 1995年第1期96-98,共3页
应用碱变性法从淋球菌D参考菌株获得4.2kb隐蔽性质粒DNA,通过PCR方法扩增该质粒633bpcppB基因。采用DNA直接酶标─化学发光自显影技术标记cppB基因探针,通过斑点及Southern印迹杂交加以鉴定并初... 应用碱变性法从淋球菌D参考菌株获得4.2kb隐蔽性质粒DNA,通过PCR方法扩增该质粒633bpcppB基因。采用DNA直接酶标─化学发光自显影技术标记cppB基因探针,通过斑点及Southern印迹杂交加以鉴定并初步应用于临床标本检测。旨在为临床淋病实验室诊断提供一个简便、快速方法。 展开更多
关键词 淋球菌 隐蔽性质粒 cppB 基因探针 制备
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沙眼衣原体隐匿质粒编码蛋白的表达及其相互作用
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作者 高磊琼 张燕 +1 位作者 华子瑜 沈犁 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期34-38,共5页
目的分析沙眼衣原体隐匿质粒编码蛋白的相互作用。方法采用基因克隆的方法将沙眼衣原体质粒基因pgp1~4及pgp8分别克隆到pRAC和pRBR上,通过转录激活细菌双杂交系统分析蛋白相互作用。结果 Western blot结果显示Pgp1、Pgp3与大肠杆菌Rpo ... 目的分析沙眼衣原体隐匿质粒编码蛋白的相互作用。方法采用基因克隆的方法将沙眼衣原体质粒基因pgp1~4及pgp8分别克隆到pRAC和pRBR上,通过转录激活细菌双杂交系统分析蛋白相互作用。结果 Western blot结果显示Pgp1、Pgp3与大肠杆菌Rpo A氨基末端功能区(α-NTD)融合蛋白及Pgp1、Pgp3、Pgp4与DNA结合蛋白λCI融合蛋白,能在大肠杆菌中表达。在报告菌株中,共表达与α-NTD融合的Pgp3蛋白(α-Pgp3)及与λCI融合的Pgp3蛋白(CI-Pgp3),导致报告基因产物β-半乳糖苷酶的活性升高。而余无明显变化。结论 pgp3编码的Pgp3能与自身相互作用。 展开更多
关键词 沙眼衣原体 隐匿质粒 Pgp3 蛋白相互作用
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沙眼衣原体质粒在新生鼠肺炎中作用的初步研究
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作者 鲜雨琦 高磊琼 +2 位作者 张燕 华子瑜 沈犁 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期888-892,共5页
目的:以沙眼衣原体野生株(wild type,WT)及无质粒株(plasmid free,PF)感染新生鼠诱导肺炎,探究衣原体质粒对菌株致病力的影响。方法:将出生24 h内的48只BALB/c新生鼠随机分成4组,每组12只,WT组感染有质粒的沙眼衣原体血清型D野生菌株,P... 目的:以沙眼衣原体野生株(wild type,WT)及无质粒株(plasmid free,PF)感染新生鼠诱导肺炎,探究衣原体质粒对菌株致病力的影响。方法:将出生24 h内的48只BALB/c新生鼠随机分成4组,每组12只,WT组感染有质粒的沙眼衣原体血清型D野生菌株,PF组感染同型无质粒株,磷酸盐缓冲液(phosphate buffer,PBS)组予相同剂量PBS处理,正常组无处理。于4、7、11 d各处死4只取标本,逆转录PCR检测肺组织内omp A基因m RNA水平;肺组织苏木精-伊红(H&E)染色及病理评分;髓过氧化物酶(MPO)免疫组化染色分析肺中性粒细胞浸润情况;酶联免疫吸附试验(ELISA)检测肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)及干扰素-γ(interferon-γ,IFN-γ)。报告基因分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)实验体外检测TLR2、NF-κB激活。结果:感染后肺组织衣原体培养阴性,而omp A基因m RNA检测及MPO免疫组化染色阳性,证实WT及PF菌株皆可感染新生鼠肺,引起间质性改变伴中性粒细胞浸润,PF组的肺组织病理评分(1.10±0.19)及PMN计数(21.06±10.92)均低于WT组分别为(1.44±0.17)和(43.90±17.17),P值分别为0.048和0.005;ELISA示WT组新生鼠肺内TNF-α(623.35±37.23)和IFN-γ(2206.83±854.22)水平较对照组分别为(470.93±20.83)和(737.97±79.89)升高(P值分别为0.000和0.038),而PF组分别为(531.59±34.14)和(1099.86±427.39)与对照组比较,无统计学差异(P值均>0.05);SEAP实验显示,PF株可激活TLR2信号(F=483.199,P=0.000),但程度较WT组有下降(P=0.000),激活NF-κB的能力明显受限(F=229.884,P=1.000),与对照组无统计学差异。结论:沙眼衣原体质粒缺乏使其感染肺部的致病力减弱,可能与衣原体质粒潜在的致病因子影响TLR2及NF-κB的活化有关。 展开更多
关键词 沙眼衣原体 肺炎 隐匿质粒 新生鼠
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大肠杆菌Nissle 1917隐秘质粒消除方法的建立 被引量:2
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作者 杨颖 区炳明 +5 位作者 朱军 杨溢 张倩 杨玮枫 夏芃芃 朱国强 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期933-937,943,共6页
质粒消除旨在获得无质粒菌株,是对益生菌进行遗传改造所需的一项重要技术。本试验建立在质粒不相容性的基础上,引入自杀性载体pRE112作为辅助工具,使用分子生物学方法构建重组自杀质粒pMUT1-pRE112和pMUT2-pRE112,将其分别导入携带2个... 质粒消除旨在获得无质粒菌株,是对益生菌进行遗传改造所需的一项重要技术。本试验建立在质粒不相容性的基础上,引入自杀性载体pRE112作为辅助工具,使用分子生物学方法构建重组自杀质粒pMUT1-pRE112和pMUT2-pRE112,将其分别导入携带2个大隐秘质粒pMUT1和pMUT2的益生菌大肠杆菌Nissle 1917(Escherichia coli Nissle 1917,EcN),利用重组自杀质粒去除EcN内原有隐秘质粒并在含有10%蔗糖的LB培养基上实施自杀质粒自身消除。结果试验成功获得EcN无质粒克隆菌株(Escherichia coli Nissle 1917cured of its two cryptic plasmids pMUT1and pMUT2,EcNc),为优质益生菌EcN更好的潜在应用研究奠定基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌Nissle 1917 隐秘质粒 自杀性载体 质粒消除
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一个植物乳杆菌隐蔽质粒的序列分析 被引量:2
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作者 王海娟 戴雨珂 +1 位作者 苏森森 潘渠 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期158-162,共5页
[目的]分离植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum LP101)中的质粒,并对其序列进行分析。[方法]从植物乳杆菌LP101中提取质粒并行双酶切,纯化后与载体pet22b进行连接,电转化到大肠杆菌DH5α中。将测序后得到的质粒片段进行拼接,对拼接成... [目的]分离植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum LP101)中的质粒,并对其序列进行分析。[方法]从植物乳杆菌LP101中提取质粒并行双酶切,纯化后与载体pet22b进行连接,电转化到大肠杆菌DH5α中。将测序后得到的质粒片段进行拼接,对拼接成功的质粒进行序列分析。[结果]从植物乳杆菌LP101中分离得到一个隐蔽质粒p LP101,测序结果显示该质粒大小为3 496 bp,碱基G+C含量为38.2%,编码了一个移动蛋白和一个复制蛋白。BLAST结果显示该质粒的核苷酸序列与干酪乳杆菌(L.casei)中的质粒p SMA23相似性在99%以上。[结论]分离得到了植物乳杆菌LP101中的一个隐蔽质粒p LP101,推定其复制方式为滾环复制,属于滚环复制p C194家族成员。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 隐蔽质粒 序列分析 复制蛋白
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乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒序列分析及食品级克隆载体的构建
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作者 范丽平 张江 霍贵成 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期182-188,共7页
为构建乳酸菌食品级载体,对乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒p KL001进行全序列测定、序列分析及PCR扩增,获得了该质粒的复制子。以Southern杂交对质粒p KL001复制模式进行分析,结果显示p KL001为θ型复制。将该复制子与镉抗性功能片段连接,构... 为构建乳酸菌食品级载体,对乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒p KL001进行全序列测定、序列分析及PCR扩增,获得了该质粒的复制子。以Southern杂交对质粒p KL001复制模式进行分析,结果显示p KL001为θ型复制。将该复制子与镉抗性功能片段连接,构建了食品级克隆载体p KF168,其在受体菌株KLDS4.0319-5中可稳定存在。 展开更多
关键词 乳酸乳球菌 隐蔽性质粒 复制子 克隆载体
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