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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
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作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因的江苏省湖泊鳙群体遗传多样性和遗传结构研究
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作者 李大命 刘燕山 +3 位作者 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 朱凛 《水产养殖》 CAS 2024年第6期11-16,共6页
为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)... 为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为(0.725±0.017)和(0.00191±0.00080),整个鳙群体呈现出高Hd和低Pi的遗传多样性模式。6个群体的单倍型多样性为(0.625±0.077)~(0.771±0.032),核苷酸多样性为(0.00159±0.00027)~(0.00221±0.00011)。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部(97.17%),总遗传分化系数(Fst)为0.0283。群体间Fst为-0.0258~0.0907,遗传距离为0.0016~0.0022,表明6个群体间遗传分化水平较低。中性检验结果和错配分布分析表明,鳙群体保持稳定,未经历群体扩张。指出,鳙群体遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施,提高湖泊鳙群体遗传多样性。 展开更多
关键词 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构 增殖放流 江苏省湖泊
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基于cyt b基因序列的花斑副沙鳅种群遗传多样性比较研究
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作者 胡西庚 崔韵文 +2 位作者 黎明政 谢碧文 张富铁 《四川动物》 北大核心 2024年第3期241-250,共10页
为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷... 为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷酸多态性较低(Pi=0.00235),但野生群体(Hd=0.602,Pi=0.00374)的遗传多样性显著大于养殖群体(Hd=0.381,Pi=0.00091),说明养殖群体需要增加亲本资源。中性检验、错配分布和贝叶斯天际图结果表明,野生群体在历史上经历了种群扩张。赤水群体的单倍型最多,遗传多样性最高(Hd=0.836,Pi=0.00899),与其他群体遗传距离大,说明赤水河的花斑副沙鳅资源较丰富,且已形成相对独立、稳定的地理种群,种质优良,适合用作人工繁殖和新品系创制的种源。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 cyt b基因 遗传多样性
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基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构
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作者 张铭枭 赵玉姣 +6 位作者 姚创 刘霄 黄松茂 李红涛 代忠礼 武祥伟 孔令富 《水产学杂志》 CAS 2024年第3期13-21,共9页
本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均... 本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。 展开更多
关键词 元江鲤 杞麓鲤 cyt b基因 D-LOOP区 群体遗传结构 遗传多样性
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基于cyt b基因分析河南省4大水系红鳍原鲌种群的遗传多样性
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作者 吕海敏 冯慧敏 +4 位作者 汤永涛 刘如垚 丁琪琪 聂国兴 周传江 《四川动物》 北大核心 2024年第2期163-171,共9页
选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样... 选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样性为0.004 88,具有较高的遗传多样性;4个水系均有特有单倍型,这表明红鳍原鲌种群的遗传分化数值较大,遗传分化程度较高;通过构建和分析系统发育树、贝叶斯系统发生树和单倍型网络图,发现河南省4大水系红鳍原鲌种群间谱系分化不明显,且无明显的地理结构;AMOVA分析显示,种群内的变异占72.11%,组间的变异占4.63%,表明变异主要发生在种群内;Tajima’s D和Fu’s F_S分析结果表明,河南省红鳍原鲌种群近期未发生过种群扩张事件。本文研究和分析了河南省境内红鳍原鲌种群遗传多样性和遗传结构,为河南省红鳍原鲌种质资源的保护和合理开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 红鳍原鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于线粒体Cyt b基因序列的浙江省3个马口鱼群体遗传多样性分析 被引量:3
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作者 刘士力 练青平 +7 位作者 贾永义 迟美丽 李飞 姜建湖 刘一诺 郑建波 程顺 顾志敏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期293-300,共8页
为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个... 为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个个体的序列进行综合分析,共检测出288个变异位点,界定了136种单倍型,其中瓯江、钱塘江和八里店群体单倍型数目分别为1、10和6。钱塘江群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716和0.01616,八里店群体分别为0.607和0.01205。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来源于群体间(55.06%),少数来自群体内(44.94%),群体间遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。八里店群体亲本源于钱塘江,但经过数代人工繁殖后其遗传多样性有所降低。基于邻接法构建的系统发育树显示,钱塘江群体可以分为3支,1支与长江水系湖南采集的单倍型聚为一支,63.64%的钱塘江个体属于这一支;1支与珠江水系广西采集的单倍型聚为一支,9.38%的个体属于这一支,剩下的样本和浙江瓯江采集的样本聚为一支。这说明钱塘江群体的祖先来源有一定的复杂性。本研究结果可为马口鱼种质资源的保护和利用提供数据支持。 展开更多
关键词 马口鱼 cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因和形态学探讨大麝鼩的亚种分化
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作者 刘铸 钱洪安 +7 位作者 王再山 韩美凤 蔡赫 张春凤 时艳菁 金志民 陈欢 张隽晟 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期422-429,共8页
为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大... 为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大于分布于韩国的个体(体长:> 82 mm vs.<82 mm,尾长:> 39 mm vs.<39 mm,颅基长:> 20 mm vs.<20 mm);中国东北—俄罗斯远东种群体背毛色更黑,韩国种群体背毛色更灰;中国东部种群尾较长,绝大多数超过体长之半;而分布于中国东北—俄罗斯远东、韩国的大麝鼩种群尾长绝大多数不及体长之半。基于Cyt b基因的遗传距离、系统发育关系和中介网络分析,都显示大麝鼩样本可分为3个地理谱系:中国东北—俄罗斯远东谱系、韩国谱系、中国东部谱系。研究结果支持大麝鼩分为3个亚种:东北亚种(C. l. lasiura)分布于中国东北和俄罗斯远东,韩国亚种(C. l. thomasi)分布于韩国,华东亚种(C. l. campus-lincolnensis)分布于中国东部。 展开更多
关键词 麝鼩属 大麝鼩 亚种 cyt b基因 形态学
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马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析 被引量:2
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作者 田新民 宋雅祺 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2023年第1期33-40,共8页
基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏... 基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质,推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC,功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关;二级结构主要为无规则卷曲,有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点,9个跨膜螺旋结构域,定位于内质网和细胞质膜;马鹿与梅花鹿(Cervus nippon)的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义. 展开更多
关键词 马鹿 mtDNA cyt b基因 生物信息学
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基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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作者 李大命 杨子萍 +3 位作者 刘燕山 谷先坤 唐晟凯 杨家新 《水产科技情报》 2023年第6期341-348,共8页
为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验... 为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验共检测到31个变异位点,定义26个单倍型,平均单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(P i)分别为0.735±0.032和0.0019±0.0001;6个群体的单倍型多样性(H d)为(0.618±0.096)~(0.788±0.064),核苷酸多样性(P i)为(0.0015±0.0003)~(0.0021±0.0002);翘嘴鲌的遗传多样性属于高H d低P i类型,暗示其遗传多样性较低。分子方差分析显示,遗传差异主要来源于群体内部,群体间的遗传分化指数F st为-0.0177~0.0182,P>0.05,表明群体间没有显著的遗传分化。单倍型邻接关系树和单倍型网络结构图显示,所有单倍型聚为1个分支,6个群体未形成特定的地理遗传结构。Tajima’s D和Fu’s F s中性检验均为负值,且具有显著性差异,核苷酸错配分布曲线呈现明显的单峰分布,均表明翘嘴鲌在历史上经历了显著的群体扩张事件。研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌6个群体间没有显著的遗传分化,应作为1个整体进行管理和保护。洪泽湖翘嘴鲌资源遗传多样性较低,需要采取措施增加翘嘴鲌种群数量,提高其遗传多样性。 展开更多
关键词 洪泽湖 翘嘴鲌 cyt b基因 遗传多样性 群体历史动态
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基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景 被引量:2
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作者 杨秋蕾 魏旭东 +3 位作者 马志杰 陈生梅 晁生玉 乌兰巴特尔 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期285-292,共8页
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系... 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。 展开更多
关键词 柴达木黄牛 MTDNA cyt b 遗传多样性 分化 母系起源
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荔波樟江野生斑鳜线粒体Cyt b基因序列多态性分析 被引量:1
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作者 麻智芳 余科 +4 位作者 安苗 黄胜 潘秋芝 李珊 何孝宽 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期21-29,共9页
为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为11... 为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点,其中8个为简约信息位点,9个为单一信息位点。共定义15个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示,所有的单倍型均聚成一支;单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传多样性低,无种群扩张史,且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和开发利用提供依据。 展开更多
关键词 斑鳜 细胞色素b基因(cyt b) 樟江 遗传多样性
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基于cyt b基因的黄河上游高原鳅复合体的物种鉴定 被引量:2
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作者 伊日贵 高强 +5 位作者 刘丹 聂苗苗 晁燕 张存芳 祁得林 朱世海 《四川动物》 北大核心 2023年第3期271-279,共9页
高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同... 高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同源性比对、系统发育分析、ABGD划分和遗传距离计算分析,并结合形态学鉴定,共鉴定6个物种:东方高原鳅T.orientalis、隆头高原鳅T.alticeps、斯氏高原鳅T.stoliczkae、粗壮高原鳅T.robusta、硬刺高原鳅T.scleroptera和拟鲶高原鳅T.siluroides。对于同域分布、形态趋同的高原鳅属幼鱼群体,利用cyt b基因可有效解决物种鉴定问题,该结果为黄河上游高原鳅物种分类、组成研究提供了科学依据,为黄河上游高原鳅物种多样性评估与保护奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 高原鳅复合体 黄河上游 MTDNA cyt b 物种鉴定
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基于Cyt b序列分析黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传多样性
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作者 肖何威 胡亚洲 +4 位作者 秦溱 徐大建 梁艺馨 刘小燕 王晓清 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期486-490,共5页
为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明:PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体... 为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明:PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体的Cytb基因碱基A、T、C、G平均含量分别为35.4%、26.0%、27.9%、10.7%,表现出明显的反G偏倚;日本鳖、黄沙鳖和杂交鳖分别有5、6、10种单倍型,日本鳖与杂交子代有共享的单倍型Hap 8、Hap 9和Hap 16;3个群体的变异主要存在于群体内部,变异比例为60.8%;3个群体的单倍型多样性为0.747~0.867,平均核苷酸差异数为12.922~16.262,核苷酸多样性为0.00913~0.01151;杂交子一代的单倍型数、单倍型多样性、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性均最高,日本鳖的均最低,黄沙鳖、杂交子一代、日本鳖的多态位点数依次降低。可见,杂交子代遗传多样性较高,杂交可提高中华鳖的遗传多样性。 展开更多
关键词 黄沙鳖 日本鳖 cyt b基因 遗传多样性 单倍型 多态位点
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基于Cyt b序列的太湖和洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性和遗传结构分析 被引量:3
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作者 杨子萍 李大命 +1 位作者 刘燕山 杨家新 《渔业研究》 2023年第1期1-7,共7页
翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值,近年来其野生资源趋于枯竭,因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况,通过线粒体Cyt b基因序列测定,分析了其群体的遗... 翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值,近年来其野生资源趋于枯竭,因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况,通过线粒体Cyt b基因序列测定,分析了其群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示,翘嘴鲌Cyt b基因全序列长度为1141 bp,碱基A+T含量明显高于G+C含量。98条Cyt b序列共检测出29个变异位点,共定义29种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.923和0.00274,平均核苷酸差异数(K)为3.127。太湖和洪泽湖群体的Hd分别为0.927和0.816,Pi分别为0.00285和0.00220,遗传多样性表现出高Hd、低Pi的特点。分子方差分析结果显示,群体内分子变异占比为15.01%,群体间分子变异占比为84.99%,两群体间遗传分化系数(Fst)为0.15015(P<0.01),表明两群体间有显著性遗传分化。Tajima′s D中性检验结果为不显著性负值,Fu′s Fs中性检验结果为显著性负值,且歧点分布曲线为单峰型,表明翘嘴鲌在进化过程中经历过群体扩张事件。本研究结果为太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源管理保护提供了数据资料。 展开更多
关键词 翘嘴鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于cyt b基因序列的我国西部地区马麝遗传多样性
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作者 张玉珍 向姣 +3 位作者 张晋东 郑维超 杨志松 齐桂兰 《四川动物》 北大核心 2023年第2期133-140,共8页
为了解我国西部地区马麝Moschus chrysogaster的遗传多样性及其系统发育关系,对来自四川省、甘肃省、西藏自治区及重庆市的88份组织样品的cyt b基因序列进行分析。研究发现,马麝cyt b基因序列长1032 bp,共定义了54个单倍型。A+T的平均... 为了解我国西部地区马麝Moschus chrysogaster的遗传多样性及其系统发育关系,对来自四川省、甘肃省、西藏自治区及重庆市的88份组织样品的cyt b基因序列进行分析。研究发现,马麝cyt b基因序列长1032 bp,共定义了54个单倍型。A+T的平均含量为59.9%,存在明显的A、T偏倚;平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性水平都较高,分别为0.9741和0.02488。基于单倍型和遗传距离分别构建的邻接树结果一致,各支系的聚类不存在明显的地理界限,各种群均无扩张现象。我国西部地区马麝的遗传多样性水平总体较高,但张掖市和阿坝县种群的遗传多样性水平略低。本文为马麝的遗传多样性研究与种质资源保护提供了分子基础资料。 展开更多
关键词 马麝 cyt b基因 遗传多样性
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基于形态学特征和线粒体Cyt b序列的横带髭鲷野生与养殖群体比较
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作者 刘灏宇 宋日雨 +4 位作者 郑昀亚 冯啉晓 刘璐 杨天燕 高天翔 《安徽农业科学》 CAS 2023年第5期70-73,共4页
对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测... 对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测到5种单倍型,其中养殖群体仅有1种单倍型,野生群体具有5种单倍型,且养殖群体的单倍型多样度及核苷酸多样度均低于野生群体。基于横带髭鲷线粒体Cyt b片段构建的单倍型网络图及系统发育树未发现该物种存在明显的谱系结构。综上所述,相较于野生群体,横带髭鲷养殖群体的遗传多样性水平较低,因此有必要采取科学的人工繁育技术与方法,提高养殖群体的遗传多样性水平,以保护横带髭鲷的种质资源。 展开更多
关键词 横带髭鲷 形态学 cyt b基因 野生群体 养殖群体
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基于线粒体Cyt b基因的长江刀鲚群体遗传结构分析 被引量:6
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作者 杨彦平 许萌原 +5 位作者 马凤娇 郭文君 代培 姜敏 王银平 刘凯 《江西农业学报》 CAS 2021年第8期11-16,23,共7页
基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_(d)=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(... 基于线粒体Cyt b基因,通过PCR扩增技术对4个不同区段的长江刀鲚群体进行遗传结构分析,共采集分析长江刀鲚160尾,共检测出34个变异位点、31个单倍型。本研究中长江刀鲚群体单倍型多样性(H_(d)=0.49)接近临界水平(0.5),核苷酸多样性水平(π=0.00078)低于临界水平(0.005),雌性群体的遗传多样性水平明显高于雄性群体。长江刀鲚群体间遗传距离较小,分化程度较低。进一步分析变异组成显示:长江刀鲚群体变异主要来源于群体内,群体间变异不显著,说明长江刀鲚在遗传学上仍为一个分类单元,不存在明显的遗传分化。中性检验结果显示:长江刀鲚群体积累了较多的低频突变,DNA进化偏离中性选择,在历史上发生过历史扩张事件。基于单倍型构建的系统进化树显示31个单倍型聚为2支,单倍型Hap1~Hap13、Hap15~Hap25、Hap27~Hap31聚为一支(n=158),单倍型Hap14和Hap26聚为另一支(n=2),说明长江刀鲚群体中的极少数个体发生了基因突变,也可能是长江刀鲚群体中混杂着其他生态类型。 展开更多
关键词 刀鲚 cyt b基因 遗传结构 群体扩张
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Effects of Evolution Rate of Cyt b and 12S rRNA Genes on Constructing Phylogenetic Trees 被引量:2
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作者 王利利 彭建军 +4 位作者 于冬梅 胡诗佳 高赛飞 傅美兰 刘曦庆 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第1期58-61,共4页
[Objective]The aim was to prove that the mitochondrial genes of Cyt b and 12S rRNA with different evolutional rates have effects on the topological structures of phylogenetic trees.[Method]The complete sequences of Cy... [Objective]The aim was to prove that the mitochondrial genes of Cyt b and 12S rRNA with different evolutional rates have effects on the topological structures of phylogenetic trees.[Method]The complete sequences of Cyt b and 12S rRNA from 15 species in 12 families of snakes were downloaded and extracted from GenBank,while their molecular phylogenetic trees were constructed by Maximum Likelihood(ML) method with GTR +I +G substitute model based on PAUP4.0 software.[Result]With the same software,methods and species,the difference in topological structures of phylogenetic trees was mainly due to different evolutional rates of Cyt b and 12S rRNA genes.[Conclusion]In studies on phylogenetic trees,aimed to different research species and purposes,phylogenetic trees should be constructed by choosing the correct and appropriate genes. 展开更多
关键词 Molecular phylogeny SNAKE cyt b 12S rRNA Evolution rate
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DGGE Analysis on Mitochondrial Cyt b Gene of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis 被引量:2
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作者 王晓梅 李晓东 +1 位作者 王茜 靳婷婷 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第6期890-892,907,共4页
[Objective] The aim was to investigate the possibility to analyze the genetic diversity of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis by using the technique denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE).[Method] Mit... [Objective] The aim was to investigate the possibility to analyze the genetic diversity of Eriocheir sinensis and Eriocheir hepuensis by using the technique denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE).[Method] Mitochondrial cyt b gene fragment was amplified from 180 individuals of five populations of E.sinensis and a population of E.hepuensis and then analyzed by using DGGE.[Result] All PCR products showed two kinds of electrophoretic mobility on DGGE.The PCR products of all individuals from E.hepuensis showed the same mobility with that of the individuals from 46.7% of Jiangdu population,23.3% of Yizheng population and 20.0% of Wenzhou population of E.sinensis,while the rest of the individuals from the three populations of E.sinensis mentioned above as well as all the individuals of Nanjing and Panjin populations showed the same mobility,which was higher compared with that of E.hepuensis.The results indicated that there was the same genetic marker in E.sinensis populations as that of E.hepuensis population,which was consistent with previous studies.[Conclusion] DGGE technique could be used to analyze the genetic diversity of Chinese mitten crab. 展开更多
关键词 E.sinensis E.hepuensis Mitochondrial cyt b gene fragment DGGE
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基于线粒体DNA Cyt b西伯利亚狍种群分子系统地理学研究 被引量:1
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作者 梁雪 周绍春 刘艳华 《野生动物学报》 北大核心 2020年第3期560-565,共6页
世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍... 世界上对西伯利亚狍的分类和系统地理格局划分意见不一,目前普遍认为将西伯利亚狍分为Capreolus pygargus pygargus、Capreolus pygargus tianschanicus、Capreolus pygargus melanotis 3个亚种。本研究对中国小兴安岭地区的西伯利亚狍(40份样品)的线粒体DNA Cyt b部分序列进行分析,共扩增出32条序列,获得9个单倍型。并利用从GenBank下载的来自世界各地的40条西伯利亚狍的线粒体DNA Cyt b序列分析西伯利亚狍的系统地理状况。系统发育和单倍型网络分析结果表明,西伯利亚狍由4个单倍群组成:A由俄罗斯远东地区(Khabarovsk、Yakutia)和韩国济州岛的单倍型组成。B由哈萨克斯坦、俄罗斯西伯利亚地区(Sverdlovsk、Irkutsk)和波兰等地区的单倍型组成。C由中国东北地区的单倍型组成。D由蒙古地区的单倍型组成。本文研究结果与西伯利亚狍亚种分类相吻合,且认为西伯利亚狍具有清晰的系统发育关系和地理模式,此外,根据研究成果对西伯利亚狍的保护和管理提出了建议。 展开更多
关键词 西伯利亚狍 线粒体DNA cyt b 分子系统地理学
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