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Development and Application of SCAR Markers for Discriminating Cytoplasmic Male Sterile Lines from Their Cognate Maintainer Lines in Indica Rice 被引量:2
1
作者 LU Chao LIU Jian +4 位作者 JIANG Jian-hua Caleb Manamik BRERIA TAN He-lin Masahiko ICHII HONG De-lin 《Rice science》 SCIE 2013年第3期191-199,共9页
The DNAfragments about 1 600 bp were amplified using random amplified polymorphism DNA (RAPD) primer OPAl2 with the templates of mitochondrial DNA of Zhenshan 97A and Zhenshan 97B, and were sequenced. The nucleotide... The DNAfragments about 1 600 bp were amplified using random amplified polymorphism DNA (RAPD) primer OPAl2 with the templates of mitochondrial DNA of Zhenshan 97A and Zhenshan 97B, and were sequenced. The nucleotide sequences and lengths of the fragments from Zhenshan 97A and Zhenshan 97B showed no difference. The precise length of the fragment was 1 588 bp. Sequence characterized amplification region (SCAR) primers were then developed to discriminate the cytoplasmic male sterile (CMS) lines and their maintainer lines. A specific 1 588 bp fragment could be amplified with SCAR primers, CHI19F2/CHI19R2 and CHI20F3/CHI23R3, in the mitochondrial DNA of Zhenshan 97A, but not Zhenshan 97B. Furthermore, the specific fragment could be also amplified from the total DNA from green leaf tissues of Zhenshan 97A with SCAR primers, but not Zhenshan 97B. With the corresponding primers, the specific fragment could also be amplified from the total DNA of green leaves of other two CMS lines with wild abortive type cytoplasm (CMS-WA), namely Zhenpin A and Tianfeng A, but not in their maintainer lines. Moreover, using total DNA as template, each of the four pairs of SCAR primers could also be used to amplify the 1 588 bp fragment in CMS-ID (Indonesia paddy type) line 11-32A but not in 11-32B, and the specific fragment was amplified from the DNA of both F1 and F2 seedlings of Shanyou 63. The results of detecting the genetic purity of a man-made mixture of the seeds of Zhenshan 97A using CHI20F3/CHI23R3 were completely consistent with the phenotypes. Taken together, these results indicated that the specific 1 588 bp-fragment amplified by CHI20F3/CHI23R3 was the unique amplification products of CMS mitochondrial DNA, and could be used to distinguish CMS-WA and CMS-ID lines from their corresponding maintainer lines at the seedling stage. 展开更多
关键词 Oryza safiva cytoplasmic male sterile line maintainer line genetic purity sequence characterized amplification region marker
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Stage-specific appearance of cytoplasmic microtubules around the surviving nuclei during the third prezygotic division of Paramecium
2
作者 Yiwen WANG Jinqiang YUAN +1 位作者 Xin GAO Xianyu YANG 《Zoological Research》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第S03期98-103,共6页
There are six micronuclear divisions during conjugation of Paramecium caudatum:three prezygotic and three postzygotic divisions.Four haploid nuclei are formed during the first two meiotic prezygotic divisions.Usually ... There are six micronuclear divisions during conjugation of Paramecium caudatum:three prezygotic and three postzygotic divisions.Four haploid nuclei are formed during the first two meiotic prezygotic divisions.Usually only one meiotic product is located in the paroral cone(PC)region at the completion of meiosis,which survives and divides mitotically to complete the third prezygotic division to yield a stationary and a migratory pronucleus.The remaining three located outside of the PC degenerate.The migratory pronuclei are then exchanged between two conjugants and fuse with the stationary pronuclei to form synkarya,which undergo three successive divisions(postzygotic divisions).However,little is known about the surviving mechanism of the PC nuclei.In the current study,stage-specific appearance of cytoplasmic microtubules(cMTs)was indicated during the third prezygotic division by immunofluorescence labeling with anti-alpha tubulin antibodies surrounding the surviving nuclei,including the PC nuclei and the two types of prospective pronuclei.This suggested that cMTs were involved in the formation of a physical barrier,whose function may relate to sequestering and protecting the surviving nuclei from the major cytoplasm,where degeneration of extra-meiotic products occurs,another important nuclear event during the third prezygotic division. 展开更多
关键词 PARAMECIUM CONJUGATION MEIOSIS Paroral cone region cytoplasmic microtubules
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Stage-specific appearance of cytoplasmic microtubules around the surviving nuclei during the third prezygotic division of Paramecium
3
作者 Yiwen WANG Jinqiang YUAN +1 位作者 Xin GAO Xianyu YANG 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期I0036-I0041,共6页
There are six micronuclear divisions during conjugation of Paramecium caudatum: three prezygotic and three postzygotic divisions. Four haploid nuclei are formed during the first two meiotic prezygotic divisions. Usua... There are six micronuclear divisions during conjugation of Paramecium caudatum: three prezygotic and three postzygotic divisions. Four haploid nuclei are formed during the first two meiotic prezygotic divisions. Usually only one meiotic product is located in the paroral cone (PC) region at the completion of meiosis, which survives and divides mitotically to complete the third prezygotic division to yield a stationary and a migratory pronucleus. The remaining three located outside of the PC degenerate. The migratory pronuclei are then exchanged between two conjugants and fuse with the stationary pronuclei to form synkarya, which undergo three successive divisions (postzygotic divisions). However, little is known about the surviving mechanism of the PC nuclei. In the current study, stage-specific appearance of cytoplasmic microtubules (cMTs) was indicated during the third prezygotic division by immunofluorescence labeling with anti-alpha tubulin antibodies surrounding the surviving nuclei, including the PC nuclei and the two types of prospective pronuclei. This suggested that cMTs were involved in the formation of a physical barrier, whose function may relate to sequestering and protecting the surviving nuclei from the major cytoplasm, where degeneration of extra-meiotic products occurs, another important nuclear event during the third prezygotic division. 展开更多
关键词 PARAMECIUM CONJUGATION MEIOSIS Paroral cone region cytoplasmic microtubules
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水稻矮化突变体G蛋白α亚基基因的结构和表达 被引量:3
4
作者 费小雯 邓晓东 +2 位作者 王永胜 刘良式 徐增富 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期70-74,共5页
利用γ-Co60辐射诱发水稻特光矮-2(Oryza sativa L.cv.TGA-2)产生变异,获得一种稳定遗传的新型水稻矮化突变体dwarf69。dwarf69和TGA-2及其杂交后代F1、F2、F3成熟期的株高数据表明矮化表型受一对隐性基因控制。进一步研究发现,虽然dwar... 利用γ-Co60辐射诱发水稻特光矮-2(Oryza sativa L.cv.TGA-2)产生变异,获得一种稳定遗传的新型水稻矮化突变体dwarf69。dwarf69和TGA-2及其杂交后代F1、F2、F3成熟期的株高数据表明矮化表型受一对隐性基因控制。进一步研究发现,虽然dwarf69和TGA-2的G蛋白α亚基基因(Rice G protein alpha-subunit,RGA)编码区核苷酸序列只有一个核苷酸的差异,但RGA在野生型TGA-2中的表达量明显高于在突变体dwarf69中的表达量。对矮化突变体dwarf69和野生型TGA-2的RGA基因5'上游区的序列分析表明,dwarf69 RGA 5'上游区比TGA-2RGA 5'上游区多出1 076 bp。首次报道水稻矮化突变体中的RGA 5'上游区序列与其野生种的RGA 5'上游区序列存在显著的差异。 展开更多
关键词 水稻 矮化突变体 G蛋白α亚基 5’上游区
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洋葱细胞质雄性不育基因RAPD及SCAR分子标记研究 被引量:13
5
作者 陈沁滨 侯喜林 +2 位作者 陈晓峰 张静宜 薛萍 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期16-19,共4页
对洋葱雄性不育系101A及其保持系101B基因组DNA进行RAPD分析,共使用了200条随机引物,其中有188条引物在两系之间都得到了扩增产物,68条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段AK151400,序列测... 对洋葱雄性不育系101A及其保持系101B基因组DNA进行RAPD分析,共使用了200条随机引物,其中有188条引物在两系之间都得到了扩增产物,68条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段AK151400,序列测定结果表明,AK151400序列全长为1 360 bp,其编码的氨基酸序列与水稻(O ryza sativaL.)的GA3(AP005256.3,G I:50508703)序列有59%的同源性和75%的相似性。根据序列测定结果设计了1对特异引物,将AK151400转化为更稳定的SCAR标记。 展开更多
关键词 洋葱 细胞质雄性不育 RAPD SCAR
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利用三种分子标记研究缘毛类纤毛虫的系统发育地位 被引量:4
6
作者 缪炜 张锡元 +1 位作者 余育和 沈韫芬 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期1-10,共10页
为了探讨缘毛类纤毛虫的系统发育地位 ,利用RAPD方法得到了 9种缘毛类纤毛虫、 1种四膜虫和1种喇叭虫的 3个随机引物的电泳带谱 ;测定了 7种缘毛类纤毛虫rRNA基因中的间隔区 1(ITS1)和小亚基核糖体核糖核酸 (SSrRNA)基因序列 ,并构建了... 为了探讨缘毛类纤毛虫的系统发育地位 ,利用RAPD方法得到了 9种缘毛类纤毛虫、 1种四膜虫和1种喇叭虫的 3个随机引物的电泳带谱 ;测定了 7种缘毛类纤毛虫rRNA基因中的间隔区 1(ITS1)和小亚基核糖体核糖核酸 (SSrRNA)基因序列 ,并构建了相应的系统树。在比较和分析RAPD、ITS1和SSrRNA基因序列在缘毛类纤毛虫系统发育研究中的适用范围的基础上 ,以SSrRNA基因序列为分子标记研究了缘毛类纤毛虫系统发育地位 ,结果表明 :①缘毛亚纲是单系的 ,作为寡膜纲中一个亚纲的分类地位是合理的 ;②缘毛类纤毛虫可能是寡膜纲中较高等的一个类群。 展开更多
关键词 分子标记 缘毛类纤毛虫 系统发育地位 随机扩增多态DNA 间隔区1 小亚基核糖体核糖核酸
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FSHβ基因CDS区遗传特征及其与小尾寒羊产羔数关系的研究 被引量:11
7
作者 王继卿 胡江 罗玉柱 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2010年第11期5-9,共5页
选择小尾寒羊等5个绵羊群体为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序等分析方法,检测促卵泡素β(FSHβ)基因CDS区的单核苷酸多态性,并分析其对小尾寒羊产羔数的遗传效应。结果表明:FSHβ基因CDS区第2外显子存在多态性,在5个绵羊群体中都表现... 选择小尾寒羊等5个绵羊群体为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序等分析方法,检测促卵泡素β(FSHβ)基因CDS区的单核苷酸多态性,并分析其对小尾寒羊产羔数的遗传效应。结果表明:FSHβ基因CDS区第2外显子存在多态性,在5个绵羊群体中都表现出AA、AB和BB3种基因型。BB型第147位发生T→C的单碱基同义突变。高产羔数的小尾寒羊与甘肃高山细毛羊、特克塞尔羊、陶蒙杂种羊之间的基因型分布差异明显(P<0.01)。5个绵羊群体均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。固定效应分析结果表明,场-年-季对小尾寒羊产羔数无影响(P>0.05),胎次和基因型均影响产羔数(P<0.05)。AA型小尾寒羊产羔数最小二乘均值比AB型的多0.77只(P<0.05),比BB型的多0.74只(P<0.05)。研究表明,FSHβ基因可能是控制小尾寒羊产羔数的一个主效基因或与之存在紧密连锁的一个分子遗传标记。 展开更多
关键词 产羔数 促卵泡素β基因CDS区 PCR-SSCP 绵羊
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TLR4胞内区的同源模建 被引量:1
8
作者 顾长国 胡远东 +1 位作者 李松 李磊 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期95-98,共4页
目的 为进一步研究新发现的TLR4蛋白在LPS对机体细胞产生作用的机制,分析其Q结构上的功能区域。方法 同源模建,通过计算机模拟从理论上对TLR4胞内区的功能区域进行探讨。结果Pro712His突变体溶液可及表面的亲疏... 目的 为进一步研究新发现的TLR4蛋白在LPS对机体细胞产生作用的机制,分析其Q结构上的功能区域。方法 同源模建,通过计算机模拟从理论上对TLR4胞内区的功能区域进行探讨。结果Pro712His突变体溶液可及表面的亲疏水性质有明显变化,且相应位置所带的电荷从中性变为正电荷。结论TLR4胞内区在发生作用时,起主要作用的是疏水性作用,下一个接头蛋白MyD88与TLR4胞内区相互作用的部位应当是一个有较强疏水作用的区域。这样当Pro712His突变体出现时,由于电荷的排斥,疏水作用无法达到点突变以前的强度,2个蛋白的结合不能得以实现,信号无法继续传递。从而出现对LPS的耐受现象。 展开更多
关键词 TLR4 胞内区 同源模建 疏水性作用 LPS耐受
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整合素β3亚单位胞内区在骨桥蛋白诱导血管平滑肌细胞黏附和迁移中的作用 被引量:1
9
作者 李菁菁 温进坤 +1 位作者 韩梅 陈英珠 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期9-16,共8页
为阐明整合素β3亚单位胞内区及其不同保守序列在骨桥蛋白(OPN)诱导血管平滑肌细胞(VSMC)黏附和迁移中所起的作用,构建了整合素β3亚单位胞内区肽段真核表达载体(pEGFP-C3-β3CD),并人工合成了含有β3亚单位胞内区不同保守序列(NXXY)的... 为阐明整合素β3亚单位胞内区及其不同保守序列在骨桥蛋白(OPN)诱导血管平滑肌细胞(VSMC)黏附和迁移中所起的作用,构建了整合素β3亚单位胞内区肽段真核表达载体(pEGFP-C3-β3CD),并人工合成了含有β3亚单位胞内区不同保守序列(NXXY)的寡肽(肽-747和肽-759),通过导入VSMC,观察它们对OPN诱导VSMC黏附和迁移的影响.结果显示,整合素β3胞内区在VSMC中强制性表达可使细胞在OPN上的黏附和迁移明显下降(分别为对照组的34.3%和31.7%);导入肽-747、肽-759和肽-747+肽-759均可显著抑制VSMC的黏附和迁移,其中肽-747+肽-759的作用更强(分别为对照组的36.4%和31.1%).免疫荧光结果显示,在转染pEGFP-C3-β3CD或肽-747+肽-759的VSMC中,黏着斑蛋白的磷酸化水平降低,黏着斑形成明显减少.研究结果表明,整合素β3亚单位胞内区及其NXXY保守序列在黏着斑相关蛋白募集、黏着斑形成及VSMC黏附和迁移方面发挥重要作用. 展开更多
关键词 整合素β3亚单位胞内区 寡肽 黏附 迁移 黏着斑
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黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定 被引量:8
10
作者 李雯雯 李树清 +4 位作者 张子群 李健 陈志飞 王艳 黄维义 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期104-107,共4页
本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线... 本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。 展开更多
关键词 日本颚口线虫 泥鳅 核糖体第二内转录间隔区 线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基
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团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列克隆及其表达载体的构建 被引量:3
11
作者 曲宪成 周正峰 +4 位作者 崔严慧 刘颖 胡萍华 金一春 尚婧瑨 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期550-558,共9页
首先运用PCR-末端加尾法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体糖蛋白激素α亚基(Pituitary glycoprotein hormone α subunit,PGPH α)基因5’端侧翼序列;然后利用生物信息学理论对该序列进行了序列分析;最后在序列分析... 首先运用PCR-末端加尾法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体糖蛋白激素α亚基(Pituitary glycoprotein hormone α subunit,PGPH α)基因5’端侧翼序列;然后利用生物信息学理论对该序列进行了序列分析;最后在序列分析结果的基础上,构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示,克隆所得到的团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列长1399bp;其序列中包含潜在的TATA盒、GC盒,以及ERE、TRE、CRE、PGBE等对PGPH α亚基基因转录调控起重要作用的转录因子结合位点;启动子区域位于-40-10bp处。利用PCR方法扩增得到了全长1439bp以及1120bp、532bp、173bp均包含转录起始位点下游40bp序列的缺失片段,并将其连接至pGL3-Basic报告基因载体,成功构建了团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列的表达载体,为进一步研究、分析其转录调控机制提供了基础。 展开更多
关键词 团头鲂 垂体糖蛋白激素α亚基 5’侧翼序列 启动子 表达载体
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团头鲂促性腺激素GtH Iβ亚基基因5′端启动子区克隆及表达载体构建 被引量:2
12
作者 曲宪成 崔严慧 +5 位作者 周正峰 刘颖 金一春 胡萍华 薛婷君 王琼 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期558-567,共10页
本研究利用改进的锚定PCR方法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)促性腺激素Iβ(GtH Iβ)亚基基因5′端侧翼序列,并在生物信息学方法分析的基础上构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示:克隆得到的GtHIβ亚基基因5′端侧... 本研究利用改进的锚定PCR方法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)促性腺激素Iβ(GtH Iβ)亚基基因5′端侧翼序列,并在生物信息学方法分析的基础上构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示:克隆得到的GtHIβ亚基基因5′端侧翼序列长度为479bp,其中包括TATA盒、ARE、PRE、ERE、SF-1、Ptx1等可能对GtH Iβ亚基基因转录调控起重要作用的功能转录因子结合位点。利用PCR方法在基因组中扩增得到了3个缺失片段,并同全长片段一起分别连接至pGL3-Basic报告基因载体,成功构建了团头鲂GtH Iβ亚基基因5′端侧翼序列的表达载体,为进一步研究、分析其转录调控机制提供了基础。 展开更多
关键词 团头鲂 促性腺激素Iβ亚基 5’侧翼序列 启动子 表达载体
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玉米CMS-S恢复基因Rf_3近等基因系的蛋白质分析 被引量:4
13
作者 王泽立 杨会 +3 位作者 祝静静 靳亮 李新征 马俊业 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1050-1055,共6页
【目的】Rf3是玉米CMS-S型不育系两个以上恢复基因中的标准基因,对其进行分子生物学研究意义很大。【方法】利用自主创建的Rf3近等基因系不育群体(Ps)和可育恢复系群体(Pf)为试材,采用改进的双向(二维)聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D-PAGE)技术... 【目的】Rf3是玉米CMS-S型不育系两个以上恢复基因中的标准基因,对其进行分子生物学研究意义很大。【方法】利用自主创建的Rf3近等基因系不育群体(Ps)和可育恢复系群体(Pf)为试材,采用改进的双向(二维)聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D-PAGE)技术,对苗期、成株期叶片细胞总蛋白进行分析。【结果】分离到在Pf遗传背景下分子量为25.2kD,等电点为5.0的特异蛋白质RRPⅡ,优化了2D-PAGE技术。【结论】该特异蛋白质点的出现与消失可能与玉米CMS-S的育性恢复有一定关系,对其纯化分离将为Rf3基因的克隆奠定基础和进一步了解玉米质核互作不育表达模式的分子机制。结合本研究,文章还讨论了采用2D-PAGE技术在玉米分子生物学研究中的优化以及基因组学与蛋白组学研究的衔接。 展开更多
关键词 玉米S型雄性不育系 Rf3近等基因系 双向聚丙烯酰胺凝胶电泳 25.2kD特异蛋白质RRPⅡ
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PRPS2基因启动子区的单核苷酸多态性(英文) 被引量:5
14
作者 尹艳慧 朱迅 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期563-565,共3页
人类基因组变异主要以单核苷酸多态性 (SNPs)为主 .采用多荧光标记的PCR单链构象多态性分析法 (MF PCR SSCP)对磷酰核糖焦磷酸合成酶亚基Ⅱ (PRPS2 )基因启动子区的序列进行了SNP的筛选 ,对筛选到的阳性片段进行序列分析以确定SNP的类... 人类基因组变异主要以单核苷酸多态性 (SNPs)为主 .采用多荧光标记的PCR单链构象多态性分析法 (MF PCR SSCP)对磷酰核糖焦磷酸合成酶亚基Ⅱ (PRPS2 )基因启动子区的序列进行了SNP的筛选 ,对筛选到的阳性片段进行序列分析以确定SNP的类型及位置 .在 1 5kb的启动子区发现了 2个SNP (- 10 79t c ,- 1110a g) .研究结果为PRPS2基因SNPs的数据库提供了新的信息 . 展开更多
关键词 PRPS2基因 启动子 单核苷酸多态性 磷酰核糖焦磷酸合成酶Ⅱ型 人类基因组
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云南省不同蚕区桑园中桑粉虱种群的遗传分化初步研究 被引量:1
15
作者 柴建萍 江秀均 +4 位作者 张永红 倪婧 罗雁婕 谢道燕 白兴荣 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期988-996,共9页
桑粉虱(Pealius mori)是云南蚕区主要的桑树害虫之一。对滇南至滇西沿线3个蚕桑区7个采样点的桑粉虱种群进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)序列分析,应用Dna SP5.0、Arlequin3.1.1.1、Network4.6软件进行桑粉虱样本的... 桑粉虱(Pealius mori)是云南蚕区主要的桑树害虫之一。对滇南至滇西沿线3个蚕桑区7个采样点的桑粉虱种群进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)序列分析,应用Dna SP5.0、Arlequin3.1.1.1、Network4.6软件进行桑粉虱样本的单倍型、遗传多样性、遗传分化分析。在35个样本的mt DNA COⅠ序列中,检测到23种单倍型,其中20种单倍型分别为7个种群独有;总群体的mt DNA COⅠ序列单倍型多样度(Hd)为0.966,各种群单倍型Hd介于0.700~1.000间;总群体遗传分化指数(FST)为0.747 98,基因流(Nm)为0.17。AMOVA分子变异分析表明桑粉虱的遗传变异主要来自种群间,种群内变异小于种群间变异;总群体及各种群间Tajima’s D中性检验差异不显著,表明桑粉虱群体在近历史时期无群体扩张。构建的单倍型UPGMA聚类树与单倍型网络图显示,桑粉虱单倍型呈明显种群分布格局。依据研究结果初步认为:滇南至滇西沿线7个采样点的桑粉虱种群因遗传漂变产生了较大遗传分化;桑粉虱mt DNA COⅠ序列单倍型呈现明显的地理区域种群分布格局。 展开更多
关键词 桑粉虱 地理区域种群 线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因 遗传分化
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细胞信号肽酶复合体亚基1与牛病毒性腹泻病毒复制的相关性分析 被引量:1
16
作者 史慧君 董文丽 +5 位作者 郭妍婷 袁圆圆 陈俊贞 杨莉 冉多良 付强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1870-1876,共7页
旨在探明信号肽酶复合体亚基1(signal peptidase complex subunit 1,SPCS1)影响牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制的作用。使用Benchling和CHOPCHOP等平台设计靶向SPCS1基因的sgRNA,克隆至慢病毒载体lentiCRISPR ... 旨在探明信号肽酶复合体亚基1(signal peptidase complex subunit 1,SPCS1)影响牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制的作用。使用Benchling和CHOPCHOP等平台设计靶向SPCS1基因的sgRNA,克隆至慢病毒载体lentiCRISPR v2,连同包装质粒pSPAX2和pMD2.G转染至人胚肾细胞HEK-293T中,包装慢病毒并感染MDBK细胞,用嘌呤霉素筛选5代后获得敲低SPCS1蛋白后稳定表达的细胞,用Western blot检测SPCS1蛋白表达的情况;使用荧光定量PCR和免疫荧光分析检测BVDV感染SPCS1蛋白敲低细胞不同时间后5′非翻译区(untranslated region,UTR)mRNA的水平和双链RNA(double-stranded,dsRNA)积累,利用倒置显微镜观察BVDV致细胞病变(cytopathic effect,CPE)情况,根据Reed-Muench方法测定病毒滴度变化情况。结果:Western blot检测SPCS1蛋白表达量明显下降,成功构建SPCS1敲低(knockdown,KD)细胞;BVDV感染SPCS1 KD细胞后与对照Scramble相比,BVDV 5′UTR mRNA水平和dsRNA量均显著性降低(P<0.01),CPE现象推迟并减弱,子代病毒滴度显著性下降(P<0.01),最高降低95.8%。SPCS1敲低后显著性影响BVDV复制,为BVDV防控新技术的建立提供理论依据。 展开更多
关键词 信号肽酶复合体亚基1 牛病毒性腹泻病毒 5′非翻译区 双链RNA 复制
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基于COI和D-Loop序列豫北虾虎鱼分子系统分析 被引量:3
17
作者 张毅 周传江 +4 位作者 顾钱洪 孟晓林 聂国兴 李学军 孔祥会 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2016年第5期94-100,共7页
虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎... 虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎鱼的COI序列和D-Loop序列,构建了虾虎鱼的系统进化树.结果显示,采自黄寺、小南海、淇县、岷江地区的子陵吻虾虎鱼(Rhinogobius giurinus)聚为一个分支,而采自孙东闸和弓上水库的褐吻虾虎鱼(Rhinogobius brunneus)聚为一个单系群;这两种虾虎鱼遗传分化主要来自群体间.系统发育结果支持子陵吻虾虎鱼的韩国群体与中国群体构成姐妹群关系,中国不同地理种群间则相互交叉. 展开更多
关键词 吻虾虎鱼 细胞色素C氧化酶亚基 D-环区 系统分类分析
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应用蛋白质组学研究白斑差异表达蛋白 被引量:2
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作者 王文梅 郑春兰 +5 位作者 蒋文晖 黄晓峰 唐恩溢 唐巍 黄政 段宁 《口腔医学研究》 CAS CSCD 2008年第3期255-258,共4页
目的:通过筛选口腔白斑及正常黏膜组织的差异表达蛋白,为研究白斑发生机制提供实验依据。方法:收集口腔白斑组织及正常口腔黏膜组织,提取组织蛋白,进行二维电泳,选择在表达差异量较大的11个点进行质谱和生物信息学分析,确定所分析的蛋... 目的:通过筛选口腔白斑及正常黏膜组织的差异表达蛋白,为研究白斑发生机制提供实验依据。方法:收集口腔白斑组织及正常口腔黏膜组织,提取组织蛋白,进行二维电泳,选择在表达差异量较大的11个点进行质谱和生物信息学分析,确定所分析的蛋白质类型。结果:人口腔白斑及正常黏膜组织的二维电泳图谱的平均蛋白质点数分别为1726±67和1608±73,蛋白质点重复性较好。人口腔白斑与正常黏膜组织的双向凝胶电泳图谱,差异表达蛋白质点数为38个,其中16个点在白斑中为高标达,22个点在白斑中为低表达,选择11个表达差异量较大的蛋白质点进行质谱和生物信息学分析,鉴定出其中的5个点,分别为膜联蛋白A2,角蛋白8,角蛋白1,II型角蛋白亚基,免疫球蛋白(Ig)κ型轻链的恒定区(C区)片段等。结论:膜联蛋白A2,角蛋白8,角蛋白1,II型角蛋白亚基,Igκ型轻链的C区片段等在口腔白斑发生发展过程中发生了改变。 展开更多
关键词 口腔白 斑双向凝胶电泳 蛋白质组 膜联蛋白A2 角蛋白8 Ⅱ型角蛋白亚基 角蛋白1 Igκ型轻链的C区片段
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中国野生和栽培大豆11S及7S蛋白质相对含量的比较分析 被引量:6
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作者 刘顺湖 周瑞宝 盖钧镒 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期759-767,共9页
大豆种质蛋白质11S和7S及其亚基组相对含量的遗传变异是专用型品种选育的基础。以全国各生态区的野生豆138份和地方品种409份,国内育成品种148份、国外育成品种83份,合计778份大豆种质为材料,采用SDS-PAGE电泳技术测定蛋白质11S和7S组... 大豆种质蛋白质11S和7S及其亚基组相对含量的遗传变异是专用型品种选育的基础。以全国各生态区的野生豆138份和地方品种409份,国内育成品种148份、国外育成品种83份,合计778份大豆种质为材料,采用SDS-PAGE电泳技术测定蛋白质11S和7S组分及其亚基组相对含量,研究其遗传变异。在南京同一条件下的结果表明:全国野生豆、地方品种和育成品种11S相对含量平均分别为54.7%、64.8%和71.7%,变幅28.8%~82.6%、38.8%~79.4%和48.2%~88.9%;7S相对含量平均分别为44.7%、34.9%和27.9%,变幅20.6%~71.2%、20.6%~61.1%和15.7%~47.8%;11S/7S比值平均分别为1.4、2.0和2.7,变幅0.4~3.9、0.6~3.9和0.9~4.0。野生豆驯化为栽培豆并经选育后11S相对含量和11S/7S比值上升,7S相对含量下降,变幅均减小;亚基组11S-2和11S-3相对含量增加;7S的6个亚基组,尤其7S-1和7S-6,相对含量下降。11S、7S、11S/7S以及各亚基组在各群体各生态区内均有较大变异,但与来源地纬度、蛋白质和油脂含量均无显著相关。从中优选到11S/7S比值大于3.7、11S相对含量为78.9%~88.9%的8份种质,发现有11S的4个亚基组相对含量分别大于37%、7S的6个亚基组相对含量分别大于24%、以及11S-1和7S的6个亚基组缺失的种质,这些特异种质可供蛋白质组分育种利用。 展开更多
关键词 野生大豆(G.sojaSieb.etZucc.) 栽培大豆(G.max(L.)Merr.) 11S蛋白质 7S蛋白质 11S/7S比值 蛋白质亚基组 遗传变异 生态区
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狂犬病病毒修饰基因组的构建
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作者 魏玉荣 易忠 +6 位作者 符子华 马素贞 简子健 胡尔玛西 王海烽 魏婕 朱晶晶 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1236-1241,共6页
【目的】利用反向遗传学技术在DNA水平上构建了狂犬病病毒修饰基因组。【方法】提取狂犬病病毒(Rabies Virus,RV)口服疫苗株SRV9基因组总RNA作为RT-PCR的扩增模板,并根据GenBank已发表的SRV9基因组序列设计引物,缺失狂犬病基因组Ψ区并... 【目的】利用反向遗传学技术在DNA水平上构建了狂犬病病毒修饰基因组。【方法】提取狂犬病病毒(Rabies Virus,RV)口服疫苗株SRV9基因组总RNA作为RT-PCR的扩增模板,并根据GenBank已发表的SRV9基因组序列设计引物,缺失狂犬病基因组Ψ区并在缺失位置插入人细胞色素C基因,再设计引物删除糖蛋白(G)胞质区(CD区)。缺失Ψ区及删除CD区时采用基因同源重组的方法进行。在缺失的Ψ区插入人细胞色素C基因时,利用引物引入酶切位点NheI和EcoRI,用PCR扩增出人细胞色素C基因并插入NheI和EcoRI位点。【结果】获得含预期的人细胞色素C基因,同时缺失了CD区与Ψ区的质粒pBSK-LA。【结论】全基因组测序结果表明已成功构建了狂犬病病毒修饰基因组。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 胞质区 Ψ区 同源重组 人细胞色素C基因 反向遗传学
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