一种DNA侧翼序列分离技术——TAIL-PCR

在分子生物学研究中,基因克隆和分子杂交的探针制备等操作常需分离与已知DNA序列邻近的未知序列,热不对称交错PCR(简称TAIL PCR)反应技术能够较好地解决上述难题。该技术通过3个嵌套的特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环,利用不同的退火温度选择性地扩增目标片段,所获得的片段可以直接用做探针标记和测序模板。TAIL PCR技术简单易行,反应高效灵敏,产物的特异性高,重复性好,能够在较短的时间内获得目标片段,已经成为分子生物学研究中的一种实用技术。笔者综述了TAIL PCR反应的原理、引物设计、反应条件设置及产物分析。

2种PCR技术扩增微分离的蚕豆染色体

用接头介导的PCR (polymerasechainreaction ,LA PCR)和简并寡核苷酸PCR(DOP PCR)2种技术对微分离的蚕豆 (viciafaba)大M染色体进行了扩增 ,并对扩增结果及 2种PCR技术的优缺点进行了比较 .结果表明 ,LA PCR的扩增产物大小为 0 .3～ 3kb ,而DOP PCR的扩增产物大小为0 .3～ 1.3kb .LA PCR的对照中未观察到扩增产物 ,而DOP PCR的对照中却明显观察到扩增产物 ,此扩增产物是由于引物之间相互退火而形成的二聚体或更高级的聚合体 .LA PCR的Southern杂交信号明显强于DOP PCR ,可见LA PCR的扩增效率明显高于DOP PCR .

简并寡核苷酸引物PCR技术的建立及其检测灵敏度分析

目的建立基于简并寡核苷酸引物PCR(degenerate oligonucleotide primed-PCR,DOP-PCR)的全基因组检测体系,并对其可靠性、灵敏度进行研究。方法通过荧光标记STR复合扩增毛细管电泳检测系统,对DOP-PCR扩增产物进行检测,获得DOP-PCR检测体系的灵敏度、可靠性。结果成功建立了可靠的DOP-PCR检测体系,经过DOP-PCR预处理再进行STR分型检验,其检测灵敏度可达到5个细胞量(相当于30 pg)。结论本研究建立的DOP-PCR技术可靠且可提高法医学微量检材的检测灵敏度。

STR滑脱模型的构建及其影响因素

目的探索建立体外STR滑脱模型,研究STR滑脱产生的影响因素,探讨STR的发生机制。方法首先通过全基因组扩增技术—简并寡核苷酸引物PCR(Degenerateoligonucleotide-primedPCR,DOP)对模板DNA样本进行扩增放大,然后以其产物作为后续STR分析的模板,对以上实验过程中的一系列实验条件进行控制,观察滑脱现象的产生情况。结果初步建立了STR的滑脱模型,观察到了STR滑脱现象的发生。结论STR的发生是一系列综合因素作用的结果,DNA模板用量、MgCl2的浓度、DNA聚合酶的性质、样本以及STR的基序组成等因素均可能参与了这一过程。

用荧光原位杂交技术显示染色体易位(英文)

目的 :应用荧光原位杂交技术 (fluorescence in situ hybridization,FISH)对 G显带提示有染色体易位的病例进行分析 ,阐明易位本质。 方法 :以定位于待研究染色体区段的酵母人工染色体 (yeast artificialchrom osom e,YAC)作为 DNA来源 ,采用 DOP- PCR(degenerate oligonucleotide- primed,PCR)方法制备荧光标记的位点特异性探针 ,进行染色体原位杂交。结果 :两例经 G显带未能明确显示的染色体结构异常 ,经 FISH证实 ,一例为发生于 11号染色体与 13号染色体之间的平衡易位 ;另一例为发生于 6号染色体与 X染色体之间的不平衡易位。结论 :FISH技术以其高度的灵敏性及特异性 ,成为常规染色体显带技术的一个重要补充 ,特别适用于对微小染色体结构重排以及染色体片段起源的阐明。

尼罗罗非鱼X和Y染色体原位杂交探针的制备

通过染色体显微切割的方法 ,分别从尼罗罗非鱼XX和YY个体有丝分裂中期相染色体滴片上 ,割取第 1对染色体 ,随后经简并PCR扩增 ,分别用生物素和地高辛标记 ,得到X和Y染色体探针。将探针与尼罗罗非鱼XY个体的染色体进行荧光原位杂交 ,在第 1对染色体上得到很强的杂交信号。结果表明 ,染色体显微切割和简并PCR技术相结合 ,可以有效地制备鱼类DNA探针。

奥利亚罗非鱼DMRT1,DMO基因片段的克隆及序列分析

根据其他鱼类DMRT基因中的保守序列设计了一对简并引物,利用RT-PCR扩增了雌雄奥利亚罗非鱼的DMRT基因,并对其扩增产物进行了克隆与测序。结果在雌雄奥利亚罗非鱼个体中获得了两个不同的片段,分别命名为DMO,DMRT1基因。序列同源性分析表明,奥利亚罗非鱼DMRT1,DMO cNA系列的同源性为61.78%,氨基酸同源性为86%,说明了DMRT基因存在性别差异。与尼罗罗非鱼、红鳍东方豚、虹鳟、青鱼将等鱼类DM保守区相比,氨基酸序列同源性为86%-100%,这充分显示了DM-RT基因在进化上的高度保守性。

引物延伸预扩增结合简并引物PCR在单细胞比较基因组杂交分析染色体异常中的应用

目的 建立一种可信的单细胞全基因组扩增（whole genome amplification.WGA）技术,结合比较基因组杂交（comparative genomic hybridization,CGH）分析单细胞的染色体拷贝数变化,探讨其在胚胎植入前遗传学诊断（preimplantation genetic diagnosis,PGD）中的应用前景.方法 采用引物延伸预扩增结合简并核苷酸引物PCR（primer extension preamplification with degenerate oligonucleotide primed-PCR,PEP-DOP-PCR）的方法,扩增12个已知核型的单细胞标本（包括5个绒毛标本、4个干细胞标本和3个淋巴细胞标本）和4个经PGD检测发现染色体异常的单卵裂球标本,将扩增产物标记红色荧光染料后,与标记绿色荧光染料的正常DNA等量混匀,与正常中期分裂相进行比较基因组杂交分析.同时,应用单纯的简并寡核苷酸引物-PCR（DOP-PCR）扩增10个单细胞DNA,标记后进行CGH分析.比较两种单细胞全基因组扩增方法的扩增效率及随后用于CGH分析染色体拷贝数时的准确性.结果 所有的单细胞采用PEP-DOP-PCR扩增时,均能获得稳定均匀的PCR产物,片段大小范围在100～1000 bp之间,集中分布于400 bp左右的区域,CGH分析结果显示染色体拷贝数变化与其它技术检测的结果一致.而10个单纯的DOP-PCR扩增只有6个标本成功,扩增产物进行CGH分析时,杂交信号不均匀,有2个显示与其它技术分析的结果不一致.结论 PEP-DOP-PCR技术能有效地扩增单细胞的全基因组DNA,其扩增产物可应用CGH技术成功检测单个细胞的染色体拷贝数变化,而单纯的DOP-PCR技术易于出现扩增失败、扩增产物杂交后信号不均一的缺点.PEP-DOP-PCR全基因组扩增结合CGH技术在胚胎植入前遗传学诊断中有良好的应用前景.

实验模型下两种全基因组扩增技术对指纹DNA检验的效能

目的对简并寡核苷酸引物PCR(Begenerate oligonucleotide-primed PCR,DOP-PCR)和扩增前引物延伸PCR(Primer extension pre-amplification PCR,PEP-PCR)用于指纹检材DNA检验的价值进行研究。方法建立2种指纹检材DNA模型,分别用普通PCR、DOP技术和PEP技术三种方法对指纹DNA样本进行STR分型,对三种方法的效能进行比较评价。结果实验模型1条件下,三种方法均不能获得满意分型结果;模型2条件下,DOP和PEP两种方法可以增加STR分型的成功率和信息量。结论 DOP和PEP技术必须结合高效的DNA提取技术才能最大程度发挥其检验效能。