肠膜明串珠菌及其近缘种dnaA和rpoB基因的系统发育分析

比较16S r RNA基因、dna A、rpoB部分基因序列对Leuconostoc mesenteroides（Leu.mesenteroides）及其近缘种的分辨力,为肠膜明串珠菌提供快速准确的鉴定方法。以分离自自然发酵乳制品中的8株Leu.mesenteroides为研究对象,以其看家基因dnaA、rpoB部分基因序列作为分子标记,结合Gene Bank数据库中的近缘种及亚种的相应序列构建系统发育树,并与16S r RNA基因的系统发育树进行比较。研究发现,基于Leu.mesenteroides及其近缘种的dna A和rpo B部分基因序列构建的系统发育树的拓扑结构与16S r RNA基因基本一致,但分辨率高于16S r RNA基因;种间的dna A和rpo B部分基因序列相似性分别为81.7~84.8%和85.5、87.4%,而种间16S r RNA基因相似性为98.1%~99.5%。相较于16S r RNA基因,dna A和rpo B基因更容易鉴定肠膜明串珠菌及其近缘种,其中rpo B可明晰区分试验菌株与肠膜明串珠菌亚种间的系统发育关系,因此rpo B基因可作为16S r RNA基因的辅助工具用于Leu.mesenteroides及其近缘种的快速鉴定。

木薯细菌性萎蔫病菌dnaA基因质粒标准样品的构建

目的构建木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因质粒标准样品。方法以木薯细菌性萎蔫病菌染色体复制起始因子dna A特异基因序列为靶标设计引物,通过PCR扩增目的片段,连接至pMD 18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,构建木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因片段的重组质粒。采用Pico Green DNA分子荧光定量方法对该质粒分子进行定值,对均匀性、稳定性及标准值进行研究,制备木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因质粒标准样品。结果结果表明,木薯细菌性萎蔫病菌质粒标准样品定值为4.99μg/m L,可在-18^-20℃低温条件下长时间保存,在夏季高温期间一周内也可实现传输。结论该标准样品的研制解决了木薯细菌性萎蔫病菌的溯源参照物问题,为快速检测木薯细菌性萎蔫病菌奠定了基础。

基于16S rRNA基因与相关基因序列分析格氏乳球菌亲缘关系

通过PCR扩增7株分离自传统发酵乳制品中的格氏乳球菌的dnaA、rpoB、recA基因,将扩增产物测序,测得的序列构建系统发育树,进行分类鉴定。同时,比较了这三个基因位点与16S rRNA基因揭示的格氏乳球菌种内菌株间以及其与乳酸乳球菌种间的亲缘关系的远近。结果表明,dnaA、rpoB、recA基因能够有效的鉴定出格氏乳球菌,且比16S rRNA基因更清晰地揭示了格氏乳球菌菌株间以及其与乳酸乳球菌种间的亲缘关系,特别是将3个管家基因联合起来,亲缘关系更明确,验证了多个管家基因是研究细菌亲缘关系的有力工具。