基因芯片对人乳头瘤病毒的快速检测和分型

目的 针对HPV DNA亚型的异质性,建立HPV DNA亚型的基因芯片快速检测方法,为HPV感染病例提供诊断依据。方法 18 种HPV DNA亚型(HPV6、16、18、31、33、35、39、11、45、51、52、53、56、58、42、59、66、68)特异性探针,固定于硝酸纤维素膜制备成基因芯片,生物素标记引物经通用引物介导PCR(GD PCR)扩增HPV DNA, PCR产物与基因芯片经反向点杂交检测HPV亚型;同时采用荧光定量PCR检测HPV6、11、16 和18亚型。结果 31 例标本中,基因芯片的阳性检出率为74.2%,其中HPV6/18、HPV11/16、HPV33/58 和HPV6/11/33多重感染各1 例(3.2%);荧光定量PCR 阳性检出率为67.7%,与前种方法相比较,漏诊率为6.5%。结论 HPV分型基因芯片可1次检测HPV多种亚型,灵敏度高和特异性强,有利于对HPV多重感染的诊断。

深圳市女性医务人员HPV感染现状及HPV基因分型的研究

目的了解健康女性医务人员HPV感染的阳性率与各年龄段的关系及各亚型的分布情况以及自然清除率,为该人群宫颈癌的早期防治及流行病学研究提供理论依据。方法采用PCR扩增-反向点杂交法检测23种HPV基因型,包括18种高危型和5种低危型HPV,分析受检者HPV感染率和基因型分布情况,比对各年龄段的感染率并对比1年后HPV复查情况计算自然清除率。结果 1 366例标本中阳性176例,阳性率为12.88%,21∽〈30岁与60岁及以上的感染率出现两个弱高峰;检测出22种HPV基因型,HPV83型未被检出,高危型主要以HPV52、53、16为主,低危型以HPV81、42较为常见;1年后HPV的自然清除率为32.95%。结论对健康人群进行HPV基因分型筛查能较好地指导宫颈癌的早期防治,同时要加强对青年和中老年女性医务人员的HPV感染防控。

目视化常见角膜致病真菌基因芯片的构建

目的制备目视化常见角膜致病真菌基因芯片。方法将6属12种角膜致病真菌设计合成特异性寡核苷酸探针加尾后，固定于带正电荷尼龙膜的相应区域，用生物素标记的通用引物对12株标准菌株和82株临床分离株进行PCR扩增，将扩增产物与固定有寡核苷酸探针的尼龙膜进行反向斑点杂交，观测相应区域的斑点显色情况。结果12种真菌均产生了530～630 bp的PCR扩增产物，得到了具有各自特征的杂交后生物素-亲和素斑点显色图谱，可直接从该图谱上判断不同菌种。对82株临床分离株的检测敏感率为84．1％，未出现非特异性交叉反应。结论利用PCR结合反向斑点杂交技术制备目视化基因芯片，能够在3～4h完成对我国临床上常见的12种角膜致病真菌的菌种鉴定，特异性及敏感性较高。

广东省东莞市2628例妇科患者人乳头状病毒感染调查分析

目的调查东莞地区妇女宫颈HPV感染情况及其亚型分布,为预防HPV感染和宫颈癌防治提供有价值的参考资料。方法采用反向斑点杂交-基因芯片技术(RDB)检测我院妇科门诊2 628例不同年龄患者宫颈中HPV感染情况与分型情况,并对HPV亚型感染情况进行对比分析。结果 2 628例标本中HPV感染阳性率为17.6%,其中单一型感染率为14.0%,主要以HPV16、52和51型感染为主,双重及多重感染率为3.6%,主要以HPV16、58、11、53、51型感染为主;20～40年龄组、41～50年龄组与50岁以上年龄组HPV感染率分别为17.8%、14.1%、29.1%,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论东莞地区妇女宫颈HPV感染主要以16、52和53型感染为主,反向斑点杂交-基因芯片技术可对HPV进行分型,为宫颈癌的防治与流行病学研究提供了技术支持。

微阵列芯片法在α-地中海贫血检测中的方法学评价

目的:对微阵列芯片法用于地中海贫血基因检测进行临床评价。方法:收集166份地中海贫血基因受检者的外周血样本,按照双盲对照试验,分别应用微阵列芯片法和Gap-PCR法联合PCR-反向点杂交法对各样本进行地中海贫血基因检测,评价微阵列芯片法的特异性、灵敏度、阳性预测值、阴性预测值及总符合率。两种方法不一致时,对于缺失型α-地中海贫血采用多重连接依赖探针扩增(MLPA)法进行验证。结果:微阵列芯片法与GapPCR法比较,特异性为100%(70/70),灵敏度为96.88%(93/96),阳性预测值为100%(93/93),阴性预测值为95.89%(70/73),约登指数为0.969,总符合率为97.59%(162/166);与PCR-反向点杂交法比较,其特异性为100%(125/125),灵敏度为100%(41/41),阳性预测值为100%(41/41),阴性预测值为100%(125/125),约登指数为1,总符合率为100%(166/166)。结论:微阵列芯片法用于α-地中海贫血基因检测具有特异性高、灵敏度高、高通量等优点。

全自动薄膜芯片法快速鉴定食品中3种牛源性成分

为建立动物性食品中三种牛源性成分的检测体系,采用自动微流控薄膜芯片方法进行了研究。先将3种牛特定的DNA探针,固定于尼龙薄膜上,放入自动微流控薄膜芯片装置的微反应池。然后将生物素标记的含有靶DNA片段的PCR产物通过微流控系统模块加入反应池。PCR产物通过尼龙薄膜,经DNA互补作用捕获靶DNA片段,信号通过链霉亲和素连接碱性磷酸酶级联放大后显色出来。试验证明,本方法对牛源性成分检测的敏感性达到了1%的质量百分比,其稳定性和一致性可以满足实际应用的要求。

导流杂交基因芯片法和聚合酶链反应-反向点杂交法检测人乳头瘤状病毒亚型的比较

目的探讨导流杂交基因芯片法和聚合酶链反应-反向点杂交法检测人乳头瘤状病毒(HPV)亚型的差异。方法随机选取HPV标本50例,分别用导流杂交基因芯片法和聚合酶链反应-反向点杂交法检测HPV亚型,比较检测结果,结果不相符或部分相符的标本采用基因测序方法验证。结果两种方法检测结果,19例阴性标本和25例阳性标本完全相符,共44例检测标本结果完全相符,绝对符合率88%(44/50);4例检测结果部分相符,相对符合率96%(48/50),4%不相符(2/50)。结论导流杂交基因芯片法和聚合酶链式反应-反向点杂交法检测HPV-DNA型别检出结果类似,均能快速、准确地检测HPV感染。

PCR-反向斑点杂交膜芯片技术在遗传性非综合征耳聋患儿基因检测中的应用

目的探讨PCR-反向斑点杂交(PCR—RDB)膜芯片技术在遗传性非综合征耳聋患儿基因诊断中的应用价值。方法收集东莞市康复学校38例排除耳聋高危因素的先天性耳聋患儿的外周血2mL,提取基因组DNA,采用自行研究设计的多重PCR扩增结合RDB膜芯片技术针对中国人群4个常见耳聋致病基因20个热点突变进行检测。以Sanger测序技术作为金标准对阳性样本进行验证。结果38例耳聋患儿中,共有16例患儿检出耳聋基因突变,检出率为42.11%,耳聋基因突变的患儿均行家系验证。16例耳聋患儿基因突变中GJB2基因突变6例,检出率为15.79%,其中纯合子3例、杂合子3例;SLC26A4基因突变4例,均为杂合子,检出率为10.53%;MTRNR基因m.1555A>G突变位点2例,检出率为5.26%;复合突变4例,检出率10.53%;未检出GJB3基因突变。16例耳聋基因突变患儿DNA样本经Sanger测序法验证,结果符合率为100%。结论应用针对4个常见耳聋致病基因20个热点突变设计的PCR-RDB膜芯片技术检测先天性耳聋患儿易感基因具有检出率高、快速、准确、经济等特点,是遗传性非综合征耳聋患儿基因筛查的理想方法,具有较好的临床应用前景。