同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体 1 1 7个蛋白质和大肠杆菌的 1 85个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析 ,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大 ,而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多 .同时 ,证明了在相对信息剩余大于等于 3 0 %的情况下 ,Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息 ;此外A ,N ,D ,R ,H ,C ,Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息 .

蛋白质结构与密码子上下文关联的信息论研究

从信息学的角度,对人(Homosapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联、蛋白质序列中氨基酸上下文关联作了统计分析,计算了各二级结构中密码子(氨基酸)上下文关联的信息剩余.结果显示,同义密码子关联有着不同于氨基酸关联偏好的反常现象,人和大肠杆菌蛋白质中反常的密码子分别占19%、16%左右;并对大肠杆菌中的稀有密码子的关联进行了讨论,发现稀有密码子的关联偏好Sheet和Coil二级结构.