基于Dempster-Shafer证据理论的组合基因预测

使用Dempster-Shafer证据推理理论组合多个基因预测程序可以组合来自多个信息源的基因预测信息,多个基因预测程序组合后的预测效果明显好于单个基因预测程序的效果.

Ⅱ级星形胶质细胞瘤复发恶性变的相关分子特点观察

目的探讨Ⅱ级星形胶质细胞瘤复发恶性变的相关分子特点。方法选取57例Ⅱ级星形胶质细胞瘤患者。根据临床进程不同将患者均分为3组(未复发组、复发进展组以及复发无进展组)。切取标本,检测3组p21、Ki-67、TP53蛋白质分子水平、染色强度评分,并进行基因测序。结果复发进展组的TP53蛋白质分子表达水平明显高于未复发组、复发无进展组,差异有统计学意义(P<0.05)。复发无进展组TP53蛋白质分子水平明显高于未复发组,差异有统计学意义(P<0.05)。复发进展组p21、Ki-67与未复发组、复发无进展组差异无统计学意义(P>0.05)。复发进展组、复发无进展组TP53染色强度评分明显高于未复发组,差异有统计学意义(P<0.05)。复发进展组TP53表达水平最高,其余p21、Ki-67各组间对比差异无统计学意义(P>0.05)。在5例组织中发现6个(共4类)突变,包括外显子5、7、8三个外显子(各1例病变),另外1例同时存在2个突变。所有突变者都是恶性进展组病例。结论Ⅱ级星形胶质细胞瘤复发恶性变的分子特点包括TP53基因突变、蛋白质分子过表达,其对提示此疾病复发与进展具有重要的预示作用,值得临床重点关注。

基于特征融合的选择性剪切外显子预测

基因在转录的过程中,mRNA前体常常会经过一个选择性剪切的过程,它包括多种选择性剪切形式。选择性剪切的鉴别在生命科学的研究和医学上都有重要意义。由于选择性剪切的内在限制,同类的预测选择性剪切的模型或者算法只能预测出特殊的选择性剪切事件的类别。本文在研究序列本身特征的基础上,考虑了碱基的保守性,并结合支持向量机建立的预测模型对选择性剪切外显子进行预测。性能测试结果显示,相比同类预测模型该方法在性能方面有了一定提高。

基因预测中外显子分值的转化

多数基因预测算法都会给出预测外显子的分值,但这些分值大多没有意义,很难给使用者带来有用的信息.作者以基因预测程序Fgenes为例,分别用4种方法将外显子的分值转换成概率分值,通过计算机模拟,4种方法都取得了良好的效果,其中以局部多项式估计效果最好.