马媾疫锥虫SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种特异、快速的媾疫锥虫检测方法,本研究通过PCR方法从马媾疫锥虫动基体基因组中扩增得到395 bp的特异的保守序列,将其克隆到pMD-18T载体中构建重组质粒标准品,以10倍倍比稀释的质粒标准品为模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立马媾疫锥虫荧光定量PCR的检测方法。结果表明:该方法的检测灵敏度可达到1拷贝/μL,并且与马属动物其他传染病无交叉反应。其组间及组内变异系数分别小于3.183%和3.842%。该方法的建立为快速及特异性检测马媾疫锥虫提供了有效的方法。

SYBR GreenⅠ实时PCR检测乙脑病毒方法的建立与初步应用

目的建立一种快速、特异的SYBR GreenⅠ实时PCR方法检测流行性乙型脑炎（乙脑）病毒。方法对SYBR GreenⅠ实时PCR检测乙脑病毒方法的反应条件、反应体系进行优化,同时与传统RT-PCR方法进行灵敏度比较,提高该方法的特异性、灵敏性。并用该方法对乙脑病毒毒株、登革病毒（Ⅰ-Ⅳ型）毒株、90份猪血清标本进行检测。结果SYBR GreenⅠ实时PCR与传统RT-PCR检测乙脑病毒方法的灵敏度无明显区别,但检测时间缩短了1/2。该方法可检测出乙脑病毒,不能扩增登革病毒,对90份猪血清标本检测结果均为阴性。结论建立的SYBR GreenⅠ实时PCR方法用于乙脑病毒检测具有特异、灵敏、快速等优点,可用于乙脑的病原学监测。

基因Ⅶ型新城疫病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据Ⅶ型新城疫病毒基质蛋白基因保守序列设计并合成特异性引物,建立快速检测Ⅶ型新城疫病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。通过RT-PCR方法克隆Ⅶ型新城疫病毒M基因靶序列,并将其连入T-Easy载体,制备阳性标准品,优化反应条件,以10倍系列稀释的标准品绘制标准曲线,其相关系数为0.999。检测结果显示,该方法的灵敏度可达100 copies/μL,而且特异性良好,除Ⅶ型新城疫病毒外,对Ⅱ型/Ⅲ型/IV型/Ⅸ型新城疫病毒、H5亚型禽流感病毒、H9亚型禽流感病毒、鸡传染性支气管炎病毒检测结果均为阴性。本研究所建立的检测方法重复性好,批内和批间变异系数均小于5%。对40份实验感染样品的检测结果表明,其检出率为95%,而常规RT-PCR方法检出率仅为70%,表明该方法比常规RT-PCR检测方法灵敏度更高、特异性更强。

大鼠TGF-β1 mRNA表达水平的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的建立

目的 建立检测大鼠TGF- β1mRNA表达水平的SYBRGreenⅠ荧光定量RT- PCR方法。方法 摸索SYBRGreenⅠ工作液的配制方法,筛选PCR反应液,优化反应中引物和MgCl2 的浓度,以actin为对照,建立大鼠TGF -β1mR NA表达水平的SYBRGreenⅠ荧光定量RT PCR方法并检测大鼠肾皮质TGF -β1mRNA表达水平。结果 SYBRGreenⅠ工作液,4 0倍水溶液稳定性好,最佳反应稀释度为1∶1 0 0 0 0。大鼠TGF β1表达水平的SYBRGreen荧光定量PCR方法,TGF- β1和actin的最佳MgCl2 反应浓度分别为2 5mM和3 5mM ,引物浓度分别为0 . 8μM和0. 5μM ,特异扩增产物的熔解温度分别为88 1和88 .6℃,因此选择在85℃时收集荧光信号。正常大鼠TGF- β1的Ct值在2 9 0 3,actin的Ct值在2 4 .86 ,扩增效率分别为0 . 995和1 . 0 8。结论 通过优化反应条件和特异性分析,成功地建立了特异、敏感的大鼠TGF- β1mRNASYBRGreenⅠ荧光定量RT PCR。SYBRGreenⅠ荧光定量PCR快速、敏感、特异、经济,可以满足临床和科研的需要。

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测类风湿关节炎患者血清miR-146a的表达及意义

目的用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法检测类风湿关节炎（RA）患者血清miR-146a的表达水平,探讨其在RA诊断中的意义。方法以U6为内参照,用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测RA患者48例（活动期30例、缓解期18例）、骨性关节炎（OA）患者22例和体检健康者25例血清miR-146a的表达水平,并进行ROC曲线分析;对各组进行红细胞沉降率（ESR）检测。结果 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测结果表明,活动期RA患者血清miR-146a水平为（2.42±0.75）,显著高于缓解期RA患者（1.66±0.29）、OA患者（1.12±0.43）和体检健康者（1.01±0.34）,差异均有统计学意义（P均〈0.05）;miR-146a诊断活动期RA的ROC曲线下面积（AUCROC）为0.914（95%CI：0.872~0.926）;以1.96为cut off值,敏感性为95.0%、特异性为87.5%、准确性为91.9%。活动期RA组ESR为（37.5±5.2）mm/h,缓解期RA组为（14.4±4.7）mm/h,OA组为（11.6±5.1）mm/h,健康对照组为（9.6±3.9）mm/h,各组间差异有统计学意义（F=177.01,P〈0.01）。结论建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR可用于RA患者血清miR-146a的检测。miR-146a可用于诊断活动期RA。

基于荧光标记核酸探针及核酸染料SYBR GreenⅠ定量检测单链DNA

建立了同步双色荧光定量检测单链DNA的方法。利用氧化石墨烯将荧光标记核酸探针的荧光猝灭,而当其与待测液中的目标DNA发生杂交反应,生成的双链DNA脱离氧化石墨烯而使得染料荧光得以恢复,同时生成的双链DNA与核酸染料SYBR GreenⅠ结合,使荧光增强。在优化条件下,目标DNA浓度在1×10"10～2×10"9mol/L范围内时,两种荧光染料的荧光强度之和与目标DNA的浓度之间具有良好的线性关系,拟合的回归方程为y=63.388x+9.3862,R2=0.9954,检出限为85 pmol/L。本方法灵敏度高、准确性及选择性好。

SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR在染色体常见非整倍体诊断中的应用

目的探讨SYBRGreenⅠ实时荧光PCR技术用于非整倍体诊断的可行性。方法选择13号染色体上的ABCC4基因、18号染色体上的TYMS基因、21号染色体上的DSCR3基因、X染色体上的HPRT2基因和Y染色体上的SRY基因为目的基因,以12号染色体上的管家基因GAPDH为参照基因,选取SYBRGreenⅠ作为荧光染料,采用双标准曲线相对定量PCR法进行检测,并与核型分析结果进行比对。结果检测13号染色体时,计算目的基因与参照基因比值,正常标本组(0.90±0.31)与三体标本组(1.39±0.12)的差别有显著意义(P=0.003);检测18号染色体时,正常标本组(1.07±0.44)与三体标本组(1.66±0.12)的差别有显著意义(P=0.000);检测21号染色体时,正常标本组(0.84±0.27)与三体标本组(1.73±0.54)的差别有显著意义(P=0.000);检测X染色体时,45,X组(0.62±0.12)与46,XY组(0.63±0.25)比值无差别(P=0.965),46,XX组(1.32±0.37)与47,XXY组(1.20±0.35)比值无差别(P=0.326),单个拷贝X(包括45,X、46,XY)(0.63±0.23)与两个拷贝X(46,XX、47,XXY)(1.26±0.36)比值差别有统计学意义(P=0.000);检测Y染色体时,正常女性(46,XX)无目的基因扩增,正常男性组(46,XY)(1.57±0.54)与三体标本组(47,XYY)(3.08±0.15)比值差别有统计学意义(P=0.003)。结论SYBRGreenⅠ实时荧光定量技术可用于快速诊断染色体非整倍体。

比格犬IFN-α和IFN-β mRNA SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为检测比格犬α和β-干扰素(CaIFN-α和CaIFN-β),本研究根据GenBank中登录的IFN-α和IFN-β基因序列,分别设计合成特异性引物,以犬3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)mRNA为内参,建立SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。通过RT-PCR分别扩增IFN-α、IFN-β和GAPDH的基因片段,并克隆于pMD19-T载体中制备标准品,建立荧光定量RT-PCR标准曲线。结果表明:IFN-α和IFN-β和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102拷贝/μL^1×108拷贝/μL内均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.994。组内组间变异系数均小于3%,特异性和重复性较好。同时采用常规RT-PCR方法与本研究建立的方法对30份临床样品检测,结果显示IFN-α和IFN-β的阳性符合率分别为96.43%和96.55%。本研究建立的检测方法为比格犬IFN mRNA的定量分析提供了有效手段。

人双埃克病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种能快速、简便、灵敏地检测人双埃克病毒(Human Parechovirus,HPeV)SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank发表的人双埃克病毒8个基因型的参考毒株全序列,针对5′端非编码区保守序列设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增此靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板,经过优化反应条件,建立标准曲线和融解曲线,对其灵敏性、特异性和重复性进行评价;检测临床粪便样品共156份,并与常规套式RT-PCR检测结果进行比较。结果显示,建立的标准曲线Ct值与模板浓度呈现良好的线性关系(r2=0.999),融解曲线特异,检测灵敏度可达60拷贝/μL,比常规PCR检测方法高100倍,重复性变异系数小(<1%),能特异地检测HPeV。临床样本检测结果也表明该法(检出30份)灵敏度高于套式RT-PCR(检出21份)。实验结果证明建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,有望成为HPeVs的分子诊断、流行病学调查等相关研究的工具。

鸡传染性腺胃炎相关的圆圈病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究针对病毒基因组5'端非编码区的保守区域设计引物,建立了用于检测鸡传染性腺胃炎相关的圆圈病毒3型(Gyv3)的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法。该方法具有较好的特异性,敏感性和重复性,对于鸡Gyv3以外的其他常见鸡病毒性病原的DNA或cDNA均无特异性扩增,灵敏度能达到30.76 copies/μL,组内和组间变异系数均不超过2%。对临床样品的检测结果显示,本研究建立的荧光定量PCR方法对鸡Gyv3检出率为12.28%。

基于核酸适配体-SYBR GreenⅠ快速检测金刚烷胺的荧光传感技术

基于核酸适配体技术,利用SYBR Green Ⅰ荧光染料为信号指示分子,构建了无标记快速检测金刚烷胺的荧光传感技术,可实现对动物源食品中金刚烷胺残留的痕量检测。通过适配体与金刚烷胺之间的特异性识别作用,分析适配体-SYBR Green Ⅰ染料在结合金刚烷胺前后荧光强度的变化来实现对金刚烷胺的定量检测。结果表明,该检测方法在1~100 ng/mL具有良好的线性关系(R^(2)=0.992 5),检测限为0.84 ng/mL。将该方法应用于牛奶样品的检测,回收率为93.22%~104.86%,表现出较好的实用性。该方法操作简便,灵敏性高,特异性强,为食品中兽药残留的检测提供了新的思路。

鸡Caspase-1基因SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立快速定量检测鸡Caspase-1基因的方法,本研究根据鸡Caspase-1基因序列设计特异性检测引物,PCR扩增Caspase-1基因片段,构建pMD-Caspase-1重组质粒。以该重组质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,建立标准曲线,并通过反应条件优化、特异性、敏感性及重复性等试验,建立了鸡Caspase-1基因SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。结果显示,本研究建立的该荧光定量PCR方法在重组质粒标准品为1.0×10^(3)拷贝/μL~1.0×10^(8)拷贝/μL范围内具有良好的线性关系;该荧光定量PCR方法对Caspase-1基因的扩增具有较强的特异性;对重组质粒标准品的检测下限为1.0×10^(2)拷贝/μL,比常规PCR敏感100倍;批内和批间变异系数分别在0.51%~4.41%和0.37%~0.88%,重复性好。利用所建立的方法可以定量检测致病性禽腺病毒血清4型感染鸡不同组织中Caspase-1的转录水平。本研究方法的建立将为研究鸡Caspase-1在免疫反应和疫病发展过程中的作用提供技术支持。

基于二氧化硅荧光纳米颗粒与核酸染料SYBR Green Ⅰ的双色显微成像技术用于E.coli O157∶H7的检测

将免疫荧光纳米标记技术与激光共聚焦显微成像方法相结合,发展了一种基于二氧化硅荧光纳米颗粒和核酸染料SYBR Green Ⅰ的双色显微成像技术用于大肠杆菌O157∶H7的检测.采用联吡啶钌(RuBpy)二氧化硅荧光纳米颗粒对羊抗大肠杆菌O157∶H7抗体进行修饰,基于抗体-抗原相互作用实现了其对目标大肠杆菌O157∶H7的特异性标记;同时以核酸染料SYBR GreenⅠ对细菌进行染色,将细菌和纳米颗粒团聚体区分开,实现了对大肠杆菌O157∶H7的双色标记,并通过激光共聚焦显微镜进行免分离的荧光成像检测.结果表明,该方法可用于缓冲溶液体系和混合细菌样品中目标大肠杆菌O157∶H7的特异性检测,在仅含5%目标菌的混合样品中仍能观察到具有明显黄色荧光的大肠杆菌O157∶H7,且整个检测步骤包括样品预处理可在3 h内完成.该方法则具有较好的灵敏度,可检出2.6×103 Cell/mL的目标细菌样品.若采用针对其它病原菌细胞壁抗原的特异性抗体,则有望发展成为一种通用技术用于多种病原菌的快速和灵敏检测.

运用SYBR Green Ⅰ熔解曲线法检测饲料中牛、羊源性成分的研究

试验旨在建立SYBR GreenⅠ熔解曲线法对饲料中牛、羊源成分进行检测,以SYBR GreenⅠ为荧光染料,通过优化PCR反应体系,提高了检测灵敏度。在随机抽检的145批样品中,与国标法(GB/T20190-2006)相比,SYBR GreenⅠ熔解曲线法的准确性达到了100%,此方法可作为饲料中牛羊源成分检测的一种方法。

Ⅰ群4型禽腺病毒特异性SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立Ⅰ群4型禽腺病毒特异性SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,参考Gen Bank中已发布的禽腺病毒的六邻体基因(Hexon)序列设计两对引物,通过PCR扩增出Hexon基因的954 bp目的片段,克隆至p MD-19T载体,提取阳性质粒测定浓度,10倍系列稀释作为荧光定量PCR的标准品模板,制备标准曲线。结果显示,荧光定量PCR熔解曲线峰值单一,产蛋下降综合症病毒(EDSV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、禽白血病病毒(ALV)等外源病毒均无扩增曲线出现,对标准品模板最低检出值为1.2×101拷贝/μL。对7份Ⅰ群4型禽腺病毒的细胞培养物的检出率为100%,表明建立的实时荧光定量PCR检测方法准确可行。

SYBR Green实时荧光定量PCR检测大豆转基因成分

采用SYBR Green实时荧光定量PCR技术,建立了食品中大豆转基因成分的定量检测方法。通过设计特异引物,扩增内源参照基因lectin和转基因靶基因CP4EPSPS,建立两种基因的拷贝数-CT标准曲线,根据标准曲线方程计算样品中的转基因含量,并且通过熔解曲线分析扩增反应特异性。结果表明,lectin和CP4EPSPS基因标准曲线线性关系好,R2值分别为0.9984和0.9953,方法的回收率为95%～110%,检测限为0.01%。本检测方法具有快速、灵敏、准确、特异、高通量等优点,可以作为食品中大豆转基因成分的定量检测方法。

SYBR Green I联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义

目的探索SYBR GreenI联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义。方法选择浓度为108.48、105.70和103.70copies/ml的3种HBV-DNA阳性血清和<1×103.0copies/ml的阴性血清各1份,在TaqMan-PCR混合反应体系中加入SYBR Green I组成双荧光PCR(TaqMan+SYBR Green I组),同时进行TaqMan和SYBR Green I的单荧光PCR(分别为TaqMan组和SYBR Green I组),设置同一PCR和熔解曲线的循环参数,检测HBV-DNA含量及其Tm,每种方法一次检测每份血清5次。结果TaqMan+SYBR Green I组检测的HBV-DNA阳性血清均为阳性,其平均含量为108.55±、105.79±、103.81±,与TaqMan组的108.49±、105.69±、103.72±copies/ml0.320.290.300.310.300.25对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31、0.54和0.27,P>0.05);与SYBR Green I组的108.41±、0.35105.21±和103.26±copies/ml(不含未检出的两次血清)比较,除高浓度外,中低浓度有统计学意义(t=2.90和0.340.262.62,P<0.05)。TaqMan+SYBR Green I组和SYBR Green I组阳性血清均出现明显熔解曲线,熔解温度(Tm)分别为71.8℃、72℃和79.8℃,阴性血清未出现扩增曲线和Tm值。结论SYBR Green I联合TaqMan-PCR检测HBV-DNA时,具有能维持TaqMan-PCR的高灵敏度、特异性更强,并能同时检测HBV-DNATm的特点,为HBV的DNA多态性分析,尤其是在HBV基因分型方面提供了新的检测思路。

SYBR GreenⅠ染料-实时荧光定量聚合酶链式反应法检测发酵乳中的霉菌和酵母含量

目的建立一种应用SYBR GreenⅠ染料的实时荧光定量聚合酶链式反应法快速检测发酵乳中的霉菌和酵母菌。方法本研究针对霉菌与酵母菌的保守序列设计引物,确定最优反应体系与反应条件。通过熔解曲线以及非目标菌株的检测验证该方法的特异性;通过菌悬液的梯度稀释检测确定该方法的灵敏度;通过菌悬液与发酵乳样品混合后进行检测,确定该方法的检出限,并得到标准曲线。结果该方法能够特异性的检测发酵乳中的霉菌、酵母菌,无交叉反应。该方法检测霉菌、酵母菌的灵敏度均为10~2 CFU/mL,并且当菌悬液与发酵乳样品混合后,并没有降低该方法的检出限。在10~2~10~6 CFU/mL浓度范围内,菌液浓度的对数值与循环阈值(cyclethreshold,Ct)具有良好的线性关系,可以在市售样品的检测中通过Ct值计算样品中目标菌的含量,更快的判断发酵乳是否被霉菌、酵母菌污染。结论该方法可用于发酵乳中霉菌和酵母菌的快速检测,为发酵乳的食品安全提供了技术保障。

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法分析结直肠癌患者肠道菌群变化

目的应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法分析结直肠癌患者肠道菌群的变化,探讨肠道相关分子微生态在其发病中的作用及意义。方法根据细菌的16S rRNA基因序列设计双歧杆菌属、乳酸杆菌属和大肠杆菌的特异性引物,根据细菌的ddl基因序列设计粪肠球菌及屎肠球菌的特异性引物。收集结直肠癌患者术前粪便标本30份(结直肠癌组)及正常对照标本30份(正常对照组),提取细菌基因组DNA,应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应测定5种细菌的数量。结果正常对照组与结直肠癌组粪便中细菌数量分别为双歧杆菌属:9.25±0.83比4.52±0.49,乳酸杆菌属:7.45±0.37比5.46±0.12,结直肠癌组的数量明显减少(P<0.05);大肠杆菌:4.68±0.32比5.82±0.47,粪肠球菌:4.95±0.24比10.60±0.30,屎肠球菌:5.03±0.43比5.74±0.16,结直肠癌组的数量明显增多(P<0.05)。结论结直肠癌患者粪便中双歧杆菌及乳酸杆菌数量较正常对照明显减少,而大肠杆菌,粪肠球菌和屎肠球菌的数量较正常对照明显增多,提示结直肠癌的发生、发展与肠道菌群有一定关系。

PRRSV细胞受体CD163 SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法的建立

为了探索猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)细胞受体CD163在宿主感染PRRSV过程中的表达情况,根据CD163的序列在其保守区设计了1对特异性引物,基于SYBR GreenⅠ荧光染料建立了一步法检测CD163的实时荧光定量RT-PCR(real time RT-PCR)法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验及样品检测试验。结果表明:建立的方法具有较高的特异性,PRRSV的其他几个受体(CD151、HS)均为阴性反应;对CD163的检测下线为10个拷贝数的模板RNA,比常规RT-PCR方法的灵敏度高10倍;对样品进行3次组内和组间重复试验,变异系数(CV)<2%,具有较好的重复性和稳定性;利用该方法对PRRSV感染Marc-145细胞后不同时间段CD163的转录水平进行检测,结果显示CD163在48小时时的mRNA含量明显高于其他各时间段。说明所建立的针对CD163的检测方法完全可以应用于临床样品的检测。