林麝肠道中乳酸菌的分离筛选及益生特性

本研究旨在从健康林麝粪便中分离筛选用于改善林麝健康状况的潜在益生菌株,并对其进行体外益生性评价。共分离获得12株乳酸菌,结合细胞个体形态观察及细菌16S rDNA序列鉴定,体外评价其耐酸和耐胆盐能力,测定其对5种目标病原菌(大肠埃希氏菌Escherichia coli ATCC 25922、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus ATCC 25923、铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosaPAO1、肠炎沙门氏菌Salmonella enteritidisATCC 13076和化脓隐秘杆菌Arcanobacterium pyogenes LSN3)的拮抗活性、自聚集和疏水性、抗生素敏感性、抗药性基因型和生长曲线。结果显示,5株植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)和1株乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)在pH 4酸性条件或质量分数0.5%胆盐环境中,存活率分别达88.5%和87%以上;能够抑制前4种目标病原菌(抑菌圈直径17.20~20.19 mm)和化脓隐秘杆菌LSN3(抑菌圈直径14.23~15.53 mm);与对照菌株副干酪乳酪杆菌(L. paracasei)L22具有相近的自聚集(53.1%~56.2%)和表面疏水率(52.9%~56.0%);对链霉素、环丙沙星和万古霉素耐药;携带万古霉素抗性基因vanX;具有快速生长的特点(培养24 h后OD600分别达9.0和7.1左右)。本研究筛选出的6株乳酸菌可作为后续开发林麝用益生菌制剂的一种可靠的菌株来源。

经济林生态种植对石漠化区土壤细菌群落的影响

为探究经济林生态种植对石漠化区土壤细菌群落的影响,选取滇东南石漠化地区两种自然修复样地(灌草自然修复地和乔灌草自然修复地)和两种经济林生态种植修复样地(猕猴桃种植修复地和核桃种植修复地)进行土壤细菌群落结构和多样性实验。结果表明:灌草自然修复地和乔灌草自然修复地土壤细菌群落丰富度和多样性低于猕猴桃种植修复地以及核桃种植修复地,在灌草自然修复地、猕猴桃种植修复地和核桃种植修复地土壤细菌群落中以变形菌门、放线菌门、酸杆菌门和绿弯菌门最丰富,乔灌草自然修复地土壤细菌群落主要以变形菌门、放线菌门、酸杆菌门以及拟杆菌门最丰富。乔灌草自然修复地主要作用菌种是酸杆菌属;灌草自然修复地主要作用菌种是放线菌门和嗜热油菌纲;猕猴桃种植修复地和核桃种植修复地主要作用菌种则分别是芽单胞菌门和绿弯菌纲。将不同修复样地下的土壤细菌与环境因子作相关性分析,结果表明土壤全钾和速效钾浓度随植被由猕猴桃种植修复地、核桃种植修复地到灌草自然修复地和乔灌草自然修复地的变化呈下降趋势,相比之下,土壤氮、磷、有机质、pH值在自然恢复后呈现出微弱的恢复趋势。

子午岭林区木质素降解菌的筛选鉴定及降解特性研究

为了筛选高效木质素降解菌,探索其产酶活性及降解情况,以碱性木质素为唯一碳源,从子午岭林区腐木样品中分离纯化,采用愈创木酚显色法、苯胺蓝脱色法进行定性复筛,对筛选出的菌株通过形态学和ITS基因序列分析进行鉴定。测定其产漆酶(Lac)、锰过氧化物酶(Mnp)、木质素过氧化物酶(Lip)活性以及对碱性木质素降解率,通过扫描电镜观察其降解效果。筛选得到1株具有产木质素降解酶能力的菌株,命名为JC01,经鉴定为毛栓菌(Tramete shirsuta)。菌株JC01的产锰过氧化物酶活性最强,第6d达到最大值为120U/L;菌株JC01对碱性木质素的降解率第7d达到最高,为89.2%;通过扫描电镜观察经JC01发酵处理7d前后的碱性木质素的形态变化,发现经JC01处理后碱木质素结构呈片状,且表面疏松,出现清晰可见的孔状结构。该研究结果为木质素高效降解提供了优质菌种资源,在农业废弃物资源化利用方面具有良好的应用前景。

冀北山地桦木林土壤细菌群落特征对坡向的响应

为了揭示冀北山地桦木林土壤细菌群落特征对坡向的响应规律,以冀北山地阴坡、半阴坡和半阳坡桦木林土壤为研究对象,采用高通量测序技术,分析了土壤细菌群落结构和多样性。结果表明:细菌群落组成主要包含41门、107纲,其中优势细菌门为变形菌门和酸杆菌门;土壤细菌群落α多样性指数在坡向间存在显著差异,阴坡>半阴坡>半阳坡;土壤含水量、容重、硝态氮和氨态氮均影响细菌微生物群落的结构组成,其中,土壤含水量与多种细菌门存在显著相关性,且与细菌α多样性存在极显著的正相关性。综上所述,不同坡向桦木林土壤细菌群落结构和多样性呈现出一定的变化规律,坡向和土层深度变化引起的土壤含水量变化是该地区桦木林土壤细菌群落结构和多样性差异的主要因素。

亚热带森林转换对土壤氮转化关键功能微生物群落的影响

近年来,由于林地开发和商品林建设等原因,我国亚热带地区大量天然林和次生林经皆伐改造为林分结构简单、树种单一的人工林。氮(N)素是维持森林植被生长和系统初级生产力的重要因子,土壤微生物驱动了森林土壤N转化的关键过程。然而,目前亚热带森林转换对土壤N转化微生物群落的影响仍不清晰。以湖南芦头森林生态系统国家定位观测研究站内典型次生林(CS)及由其转换而成的油茶(YC)、黄桃(HT)、杨梅(YM)和杉木(SM)四种人工林为研究对象,采用实时荧光定量PCR和高通量测序等方法,研究了各林分土壤性质、固N菌和氨氧化微生物功能基因丰度、群落特征及相互关系,旨在探讨亚热带森林转换后土壤N转化关键过程(固N和氨氧化作用)的功能微生物群落变化及驱动因素。结果表明:森林转换显著改变了土壤碳(C)、N含量,降低了土壤nifH基因丰度、固N菌和氨氧化细菌的群落α多样性,但提高了氨氧化微生物amoA基因丰度和氨氧化古菌的群落α多样性;并且,森林转换通过改变各功能微生物优势菌群(如变形菌、蓝细菌、泉古菌和奇古菌等)的相对丰度,显著影响了土壤固N菌和氨氧化微生物的群落组成;冗余分析和结构方程模型表明,土壤有机碳、全氮、铵态氮含量和pH是驱动土壤固N菌和氨氧化微生物群落变化的关键因素。森林转换后,合理的施肥方式有利于人工林土壤固N菌和氨氧化微生物的群落恢复。研究结果为转换后单一人工林土壤养分恢复、生产力的提高和可持续经营提供了科学依据。

降香黄檀不同混交林土壤细菌多样性差异分析

为探讨降香黄檀不同混交林土壤细菌的多样性及其与土壤性质的关系,应用高通量测序技术,比较降香黄檀(Dalbergia odorifera T.Chen)分别与奥氏黄檀(Dalbergia oliveri)、大果紫檀(Pterocarpus macarocarpus)、檀香(Santalum album L.)和母生(Homalium hainanense Gagnep.)混交的4种模式土壤细菌多样性,并结合土壤的理化、酶活进行了相关性分析。结果表明,14种混交林土壤的理化、酶活均存在差异。其中降香黄檀与檀香混交林土壤的含水量、有机质、全氮、有效钾和脲酶含量最高,分别为:5.24%、27.5 g/kg、0.85 mg/g、37.46 mg/kg和0.32 mg/kg,降香黄檀与大果紫檀混交林土壤的p H、有效磷和多酚氧化酶含量最高,分别为:4.48、6.04 mg/kg、4.19 mg/kg。2通过高通量测序表明四种混交模式土壤细菌的丰富度为:降香黄檀×檀香>降香黄檀×大果紫檀>降香黄檀×奥氏黄檀>降香黄檀×母生,土壤细菌多样性为:降香黄檀×大果紫檀>降香黄檀×奥氏黄檀>降香黄檀×檀香>降香黄檀×母生。其中,变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门和厚壁菌门为4种混交模式中的主要菌群。3经冗余分析和相关性分析表明,影响降香黄檀混交林土壤细菌群落结构和细菌多样性的主要土壤理化因子为:p H值、脲酶、多酚氧化酶和有机质。

塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性分析

【目的】对塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性进行初步探索,为下一步对塔里木盆地其它地区柽柳林土壤微生物多样性分析及极端环境微生物的筛选奠定基础。【方法】采集塔里木盆地一处柽柳林土壤样品,采用纯培养方法进行细菌的分离纯化。提取各菌株基因组DNA,进行16S rRNA扩增、测序及系统进化树的绘制,分析其多样性。【结果】共分离得到21株菌,其中Firmicutes(厚壁菌门)11株,Actinobacteria(放线菌门)7株,Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)各1株。革兰氏染色结果表明,3株菌为革兰氏阴性,其余为革兰氏阳性。Blast比对结果表明菌株CL4与标准菌株Pontibacter korlensis(DQ888330,普拉特链霉菌)的同源性为91%,可能为潜在的新种。【结论】塔里木盆地柽柳林土壤中存在较丰富的细菌资源,并可能存在微生物新物种,具有进一步研究开发的价值。

林火对土壤微生物的影响

对大兴安岭新林林业局 2 0a内不同年份间隔的 11块火烧迹地土壤进行了调查取样和室内实验分析 ,发现不同火烧年限的低、中、高强度火烧迹地土壤微生物的数量变化不相同 :高强度火烧对土壤微生物有致死作用 ;中强度火烧后 ,土壤中细菌、真菌、放线菌数量有增加的趋势 ;低强度火烧后 ,细菌、真菌、放线菌数量变化规律不明显。在连年火烧迹地上 ,细菌数量下降 ,真菌、放线菌数量有增加的趋势。

厚荚相思苗木接种根瘤菌的造林试验

为了解接种根瘤菌对造林质量的影响,筛选出适于造林生产的优良根瘤菌株,采用随机区组试验设计,设置6处理、3重复的厚荚相思苗木接种根瘤菌造林试验,结果表明:采用接种根瘤菌的苗木造林,利用生物固氮作用,可促进幼树的高生长和地径生长,增加幼树叶片的叶绿素含量;并从中筛选出ZG04为优良菌株.

云南省林菌产业发展现状及动力机制研究

采取文献分析、典型案例分析、定量分析等多种系统的方法,分析云南省林菌产业发展现状,探明现存的发展模式,理清林菌产业发展所面临的问题,摸清林菌产业发展的动力机制,为其进一步推广与品牌效应的创建开辟新的实现途径,也为云南林菌产业的发展提供了详细对策。

基于454高通量测序的黄土高原不同乔木林土壤细菌群落特征

选取黄土高原不同乔木林(辽东栎,LDL;侧柏,CB;刺槐,CH;油松,YS)表层土壤为研究对象,利用第二代高通量测序技术罗氏454平台对其进行16SrRNA基因V1~V3可变区测序,通过分析其Alpha多样性、物种组成和丰度、群落结构,结合土壤的理化性质研究其对细菌群落结构的影响.结果表明:所有土壤样品共检测到36个门,84个纲,187个目.不同乔木林土壤中优势菌来自变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes),主要的优势菌纲为放线杆菌纲(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、酸杆菌(Acidobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetacia).不同乔木林土壤中绿弯菌门(Chloroflexi)与pH值呈极显著的正相关,总磷和蓝细菌(Cyanobacteria)呈极显著的正相关,微生物生物量碳与芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)呈极显著的负相关,土壤总磷含量可能为CB样地区别于其他土样群落组成的主要因素.LDL样地细菌群落受环境影响较小.

新疆天然胡杨林地区根际微生物的种群分析

在新疆塔里木河流域的现存世界上面积最大的天然胡杨林采集了根际土壤样品,共分离纯化得到140个菌株,并真空冷冻干燥保存于中国典型培养物保藏中心。随机选取其中53株细菌的基因组进行16S rDNA测序,并通过NCBI进行比对来初步鉴定。以16S rRNA基因相似性低于97%时作为不同的分类单元定义,这些菌株可以划分为47个不同的分类单元。系统发育树将这些菌株聚类于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和疣微菌门等5个门。其中优势种群为变形菌门(Proteobacteria)细菌。分离菌株中潜在的新分类单元(相似性<97%)所占比例较高,约占分离总数的26.4%。其中,菌株R37与T44相关的多相分类数据已经发表于国际系统与进化微生物学杂志上,分别代表了一个新属(Parasegetibacter luojiensis gen.nov.,sp.nov.)与一个新种(Niastella populi sp.nov.)。该研究一方面对胡杨林根际土壤可培养微生物进行了种群分析,了解了其微生物群落的多样性;另一方面获得了大量新的菌种资源,为进一步的开发利用提供条件。

不同林龄麻疯树林地土壤细菌分布特征

通过现场采样,室内培养、观察、测定,对3种林龄麻疯树林地土壤细菌数量的生态分布、类群动态特征以及与相关土壤养分的关系进行了比较分析。结果表明:不同林龄土壤细菌数量由多到少依次为1～10年生、越来越少,组成也发生了改变。不同土壤养分对细菌的影响不同,全钾、有效氮、有效钾、有效磷与细菌数量呈极显著的正相关,全氮与细菌数量呈显著的正相关,全磷与细菌数量相关性不显著,有机质与细菌数量呈极显著的负相关。

3种杉木林分不同季节细菌类群动态分析

通过对老龄杉木林、老龄杉木人工更新林以及天然更新的杉阔混交林其不同季节土壤细菌类群进行分析,揭示3种林分细菌类群的季节多样性及动态。结果表明:3种林分共检测到3 014种微生物类群,这些微生物类群分别属19门。其中约有127种未知种属的原核微生物,变形菌门、放线菌门、厚壁菌门为最主要的微生物门类。相同林分冬春季的细菌类群相似性最高,分别为0.794、0.710、0.695;3种林分秋冬季的细菌类群相似性最低,分别为0.106、0.079、0.067。不同林分间在冬春两季细菌类群相似性较高,夏秋两季细菌类群相似性较低。在林分之间的对比中,老龄杉木林和天然更新的杉阔混交林之间的细菌类群相似性最低。

亚高山针叶林土壤动物和土壤微生物对针叶分解的作用(英文)

通过 8 0片亚高山针叶林土壤有机物层切片的显微观察和统计 ,并结合微生物 (CFU)的培养观察 ,对亚高山针叶林土壤有机物分解过程中土壤动物和土壤微生物的作用进行了研究。根据可见针叶数目和C/N比率在土壤有机物层的垂直分布变化将分解过程分为 3个阶段。真菌数量 (CFU)在第一阶段 (表层 0～ 2cm)明显高于第二和第三阶段 (深层 ) ;与此相反细菌的数量 (CFU)却表层少深层多。具有虫便的针叶在表层 (0～ 2cm)为最多 ,而深于 2cm后便急剧减少 ,至 4.5cm处为零。综合以上结果并结合微形态观察我们认为针叶的分解过程随着深度的增加而增加 ;真菌首先定着和破坏针叶表皮层使得内居性动物大量侵入针叶的内部 ;由于动物的取食可视针叶的数量从 2cm到 4.5cm逐渐消失 ;最后破损的针叶逐渐变成碎削和粪便 ,致使碎片的体积越来越小而有机物表面积却相对变大 ,微生物便很容易定着并分解这些碎片 ,在深层起主要作用的可能是细菌。

成年与未成年圈养林麝粪便菌群多样性的比较

本研究旨在解析林麝未成年组(n=10)和成年组(n=10)之间的菌群差异。收集林麝新鲜粪便,提取总DNA,利用带标签的通用引物扩增16S rRNA V3-V4区,使用Illumina Miseq 300PE测序平台对扩增产物进行Miseq双端测序,通过计算ACE和Shannon等多样性指数,以及微生物组成成分和距离聚类分析,揭示组成结构与差异。α多样性分析表明成年组微生物的多样性丰富度略高于未成年组,但不存在显著差异性(P>0.05)。未成年组和成年组均是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)所占的比例较高。成年组Proteobacteria比例明显高,而Firmicutes比例较低。LEfSe分析表明有12个显著差异的细菌分类。两组在Firmicutes门存在显著差异的细菌较少,而在Proteobacteria上存在显著差异的细菌较多。本研究证明在不同年龄阶段,微生物的丰富度和多样性不存在显著差异,细菌的组成成分也相同。但是在组成比例上存在差异性,间接反映了不同年龄阶段营养吸收的不同需求。

圈养不同性别林麝粪便菌群多样性研究

【目的】采用16S rRNA高通量测序技术来揭露雄性和雌性林麝的粪便菌群的结构和组成。【方法】选取10只雌性和10只雄性林麝作为试验动物,采集其新鲜粪便,提取微生物总DNA,用细菌通用引物PCR扩增16S rRNA的V3~V4区,用Illumina MiSeq测序平台对扩增产物进行高通量测序,用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。【结果】雄性样本、雌性样本分别平均为57 504±8187条、50 190±6963条有效序列。在α多样性分析中雌雄微生物丰富度和多样性在组间均无显著差异(P>0.05),但雄性微生物的丰富度、多样性高于雌性。门水平中,Firmicutes,Proteobacteria和Bacteroidetes为雌雄主要3个优势门类,其中Bacteroidetes在雌性所占比例较雄性高。科水平中Ruminococcaceae,Lachnospiraceae和*Clostridiales为雌雄主要3个优势科类,此外雌性含有更多的*Bacteroidales,雄性含有更多的Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae。主成分分析和以偏最小二乘回归的判别模型和菌群代谢功能聚类分析都反映出雌性和雄性存在差异,而且发现雄性的样本重复性好于雌性的重复性,但都存在一定的个体差异。【结论】雄性和雌性林麝粪便中细菌组成成分没有显著差异,但同类细菌在不同个体和分组上存在比例上的高低差异,雄性微生物组成包含更多的潜在致病菌例如Pseudomonadaceae,而雌性微生物包含更多有益菌*Bacteroidales,这可能反映出雄性和雌性对于疾病抵抗能力的不同。

美国松材线虫体表携带优势细菌的鉴定及致病性

为证实松材线虫Bursaphelenchus xylophilus虫株携带弱毒细菌替代强毒株系防治松树萎蔫病这一思路的可行性,从2个美国松材线虫虫株体表分离并确定了优势细菌,测定了各优势细菌的毒性和致病性,并对这些菌株进行了初步鉴定。细菌分离结果显示:MG4,MG5,MG8和MG9等4菌株为美国线虫体表的优势菌株。毒力测试表明,与中国松材线虫携带的强致病菌相比,美国松材线虫携带的4个菌株的产毒能力和致病性均较低,可以作为生防细菌的候选菌株使用。经细菌的常规染色、形态学观察及16S rDNA序列分析,MG4,MG5,MG8和MG9菌株分别被鉴定为代夫特菌Delftia tsuruhatensis,恶臭假单胞菌Pseudomonas putida,嗜麦芽窄食单胞菌Stenotrophomonas maltophilia和泛菌属1种Pantoea sp.。

中山陵景区异龄复层混交林群落抑菌功能测定

在南京中山陵景区对构建的9种异龄复层混交林群落抑菌功能测定表明，不同混交林群落都有明显的抑菌作用。上午10：00时，含有秃杉、香樟和阔瓣含笑的混交林抑菌率达到80％以上；9种不同混交林空气中细菌菌落数减少1328—1817个／m^3，抑菌率为64．4％-88．3％。下午15：00时，含有阔瓣含笑、乳源木莲、香樟、深山含笑和秃杉的混交林抑菌率也达到80％以上；9种不同混交林空气菌落数减少1398—1975个／m^3，抑菌率达65．5％-92．7％。

雷公藤根际微生物特征研究

根际微生物的代谢作用,直接促进或抑制根的营养吸收和生长,也影响根际土壤中的物质转化,雷公藤根系发达且多与其他树种混交栽培,其根际微生物活性对雷公藤的生长和土壤肥力均有不可忽视的影响。以福建省泰宁县3种不同栽培模式雷公藤林(野生雷公藤林、杉木雷公藤混交林、厚朴雷公藤混交林)为研究对象,通过稀释平板法测定3种不同雷公藤林分根际土壤和非根际土壤中细菌、真菌、放线菌的数量。结果表明:根际土的微生物数量大于非根际土的微生物数量;3种林分,无论是在根际土壤中,还是在非根际土壤中,均表现为细菌数量>放线菌数量>真菌数量;根际微生物(R)比非根际微生物(S)更活跃,3种林分的3大类微生物的R/S数量比值均大于1;3种林分的微生物活性表现为厚朴雷公藤混交林>杉木雷公藤混交林>野生雷公藤林,表明混交方式可促进雷公藤根际微生物活性。