葡萄实时定量PCR中稳定内参基因的筛选

【目的】通过ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因,基于多内参基因评价体系进行目的基因相对表达量的计算。【方法】获得不同葡萄品种叶片和果皮中6个候选内参基因的循环阈值(Ct),利用ge Norm软件计算内参基因平均表达稳定性数值M和基因配对差异值V,从而判断内参基因最适组合。【结果】发现候选内参基因表达稳定性由高到低的排列顺序为Vv EF1r=Vv EF1-α>Vv GAPDH>Vv ACTIN>Vv ACT1>Vv UBQ,不同组织分别分析均发现Vv EF1-α和Vv EF1r的稳定性最高,且基因配对差异值V2/3为0.104,所以内参基因的最适组合为Vv EF1-α和Vv EF1r。利用ge Norm软件计算得到的多内参基因评价体系的标准化因子可应用于目的基因的相对表达量分析。【结论】ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因的方法可以应用到多条件和多组织的不同植物样本中,并用于目的基因表达谱的研究,具有重要的广泛应用价值。

锦鲫Clock基因表达量分析中的内参基因稳定性比较

为研究锦鲫Clock基因表达量分析中的内参基因稳定性,采用qRT-PCR技术进行实时荧光定量分析,并用Ge Norm和Norm Finder软件对5个内参基因(RPL13,GAPDH,18 S rRNA,β-actin和RPS29)进行稳定性评估,筛选出不同组织中最适合的内参基因,以准确定量Clock基因的相对表达水平.实验结果表明,5个内参基因中,18 S rRNA在锦鲫的肌肉、心脏、肝脏中表达最稳定,β-actin在肠中表达最稳定,RPL13在肾中表达最稳定;根据筛选的内参基因定量Clock基因的相对表达水平发现,Clock基因在锦鲫肌肉中相对表达量最高,其次依次是肝脏、肾、肠,心脏中最低.本研究准确定量Clock基因,为锦鲫生物钟节律机制的下一步研究奠定了理论基础.

UV-B胁迫下紫花苜蓿qRT-PCR内参基因的筛选

[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间(处理后0、1、2和5d)的紫花苜蓿(MedicagosativaL.)幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03_50f03和Ms03_69f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值(M)较小,增加第3个内参基因后变异值(V)基本不变,表明选用2个内参基因即可;茎部则是MSC27和Actin2的M值较小,同时相应的V值也满足要求;而使用M值较小的Actin2和GAPDH为内参,在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果,当增加第3个内参基因时,V值变大,反而影响结果。同时发现,18SRNA和β-tublin在根和茎叶中的稳定性均较差,因此不适宜作为内参基因使用。NormFinder的结果与上述结果相似,结果差异部分的原因可能是因为算法不同。[结论]在UV-B胁迫下,紫花苜蓿幼苗根部中MSC27和UBQ的表达较为稳定,而在茎部则以MSC27和Actin2为宜,使用Actin2和GAPDH为内参在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果。本研究对UV-B胁迫下紫花苜蓿中关键基因的定量表达分析具有重要的实用价值。

小波范数熵特征提取的模拟电路故障诊断方法

提出一种遗传优化神经网络与小波范数熵相结合的新型模拟电路故障诊断方法,降低神经网络的结构冗余度和减少过拟合现象。小波范数熵方法提取了故障数据的本质特征,遗传算法优化了神经网络的体系结构,诊断系统实施了模拟数据的故障分类。仿真结果表明,同小波变换预处理的故障诊断系统相比较,这种诊断系统具有更好的网络收敛性能、更高的诊断精确度和更强的推广能力,能对模拟电路故障元件进行有效识别和分类。

蓝点马鲛鱼内参基因的克隆及表达稳定性评价

合适内参基因的选择是实时荧光定量PCR技术准确测定目的基因表达量的前提。首先克隆了蓝点马鲛鱼3个内参基因β-actin、GAPDH和EF1-α的部分序列,并通过实时荧光定量PCR分析β-actin、GAPDH、EF1-α和18S rRNA 4个内参基因在蓝点马鲛鱼各组织中的Ct值,应用3种内参基因筛选软件(geNorm,Norm Finder和Bestkeeper)综合分析这4个基因的表达稳定性。结果表明最稳定的内参基因是EF1-α,其次是18S rRNA。研究结果为今后蓝点马鲛鱼合适内参基因的选择提供了依据。

利用表达谱芯片数据筛选不同表达丰度的内参基因

目的基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数(coefficient of variation,CV)组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术(realtime quantitative polymerase chain reaction,q PCR)和ge Norm软件确定内参基因。结果表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于q PCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。

不同光强条件下紫花地丁RT-qPCR内参基因的筛选及验证

筛选紫花地丁在不同光强下稳定表达的内参基因,为紫花地丁相关分子研究提供参考。该实验通过RT-qPCR技术检测不同光强处理的紫花地丁不同组织中11个候选内参基因表达量,利用Ge Norm、NormFinder和Best Keeper软件以及RefFinder网站综合评估内参基因,通过CAT1验证内参基因的稳定性,最终确定理想内参基因。结果表明,CYP、Actin、SAMDC基因Ct变化范围最小,表达最稳定;GeNorm算法认为CYP、SAMDC、Actin为最适内参基因;NormFinder显示α-TUB表达最稳定;Best Keeper计算CYP、Actin、SAMDC为最佳内参基因;RefFinder评估SAMDC、CYP、α-TUB、Actin稳定性最好,而GAPDH稳定性最差。紫花地丁CAT1在以SAMDC、CYP、Actin为内参基因时表达趋势相同,以GAPDH为内参时表达趋势有较大差异。综上,SAMDC、CYP、Actin最适合作为紫花地丁在不同光强下的理想内参基因。