中国主要油茶产区山茶炭疽菌群体遗传结构分析

以中国主要油茶产区的油茶(Camellia oleifera Abel.)炭疽病优势种山茶炭疽菌(Colletotrichum camelliae)的16个地理种群168个菌株为供试材料,应用ISSR分子标记技术进行遗传多样性和种群遗传结构分析。16个地理种群的多态位点百分比(PPB)为98.99%,Nei’s基因多样性指数(He)为0.28,Shannon信息多样性指数(Is)为0.43,遗传相似度(I)平均为0.834,遗传距离(D)平均为0.183,表明山茶炭疽菌遗传多样性水平较高且异质性较强,种群间存在一定程度的遗传变异,遗传距离与地理距离之间无相关性。湖北省、浙江省、江西省、湖南省和广西5个省级种群总基因多样度(Ht)为0.274 8,遗传分化系数(Gst)为0.517 4,基因流(Nm)为0.466 4,表明山茶炭疽菌5个省级种群虽然被分化,但是不存在基因流动现象(Nm<1)。

基于iPBS和ISSR分子标记的兜兰属同色组种质鉴定及遗传多样性分析

【目的】基于引物结合位点扩增(iPBS)和简单序列重复间DNA多态性(ISSR)分子标记对兜兰属同色组种质进行鉴定及遗传多样性分析,筛选出可靠的种质鉴定方法,为兜兰属种质鉴定、遗传多样性分析及分子育种提供科学依据。【方法】采用iPBS和ISSR分子标记对47份兜兰属同色组种质进行种质鉴定,并分析其亲缘关系和遗传多样性,挖掘可用于鉴别3个近缘种的分子标记。【结果】利用7条iPBS引物共扩增出117个位点,其中多态性位点100个,多态性比率为85.47%;47份供试种质的遗传相似系数为0.73~0.97;在遗传相似系数0.76处可将47份供试种质划分为三大类群,其中6份难鉴定种质与已知的文山兜兰聚为第Ⅱ类群,第Ⅰ类群包含了所有巨瓣兜兰种质,第Ⅲ类群包含了所有的同色兜兰种质。7条ISSR引物共扩增出115个位点,其中多态性位点111个,多态性比率为96.52%;47份供试种质的遗传相似系数为0.68~0.94,在遗传相似系数为0.73处可将47份供试种质划分为三大类群。第Ⅰ类群包括11个巨瓣兜兰种质,第Ⅱ类群包括表型难鉴定的6份种质及13个文山兜兰种质,第Ⅲ类群包括17个同色兜兰种质。iPBS和ISSR单独聚类结果和二者综合聚类分析结果略有差异,但种质聚类鉴定结果具有较高的一致性,均将47份兜兰属同色组种质分为三大类群,且6份难鉴定个体均与文山兜兰聚为一类,巨瓣兜兰和同色兜兰各自聚为一类。3个聚类分析结果均表明,文山兜兰与同色兜兰的亲缘关系较近,与巨瓣兜兰的亲缘关系较远。【结论】iPBS和ISSR分子标记均可用于兜兰属近缘种间的种质鉴定及遗传多样性分析,二者结合分析的方法可在DNA水平上更准确有效地鉴定易混淆种质,多种标记联合数据的聚类分析结果,能更全面客观地反映种质间的遗传多态性及亲缘关系。

中粳水稻品种资源的遗传多样性Ⅱ.黄淮稻区近期育成品种的SSR多样性比较

采用42个SSR标记，分析了136份中国黄淮稻区近期育成的中粳水稻品种（系）的遗传差异，发现有33个标记具有多态性，多态性位点共检测到106个等位基因，每个位点2．0—7．0个，平均3．2个。供试品种的基因多样性指数（He）平均值为0．249，变幅为0．171—0．426，遗传多样性较低。供试品种（系）籼粳分化程度（TD）值的分布范围为0．629—0．945，籼粳分化比较彻底，粳稻基因成份高。UPGMA聚类结果表明，利用SSR分子标记可将供试136个粳稻品种（系）与对照籼稻品种分开，粳稻群在遗传距离为0．43处分为2个类群，并可进一步分为多个亚群，聚类结果一定程度上反映了品种（系）间的亲缘关系。

基于细胞色素b基因的鱇浪白鱼野生群体和养殖群体遗传多样性分析

为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列。结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型。养殖群体的核苷酸多样性指数(0.003 38)和单倍型多样性指数(0.980 95)高于野生群体核苷酸多样性指数(0.003 21)和单倍型多样性指数(0.934 07)。野生群体和养殖群体内的遗传距离分别为0.003 39和0.003 43,群体间的遗传距离(0.003 64)略大于群体内遗传距离。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.064 1(P<0.01),即6.41%的变异来自群体间,93.59%的变异来自群体内,变异大多发生在群体内,野生群体和养殖群体间未发生显著的遗传分化。2个群体Taji ma’sD检验、Fu和Li’sD与F检验均为负值,表明2个群体的检验结果均偏离中性模式,鱇浪白鱼群体可能受到群体扩张和自然选择的作用。

中国北方沿海6个栉孔扇贝群体的AFLP分析

利用4对AFLP引物首次对我国北方沿海主要的6个栉孔扇贝养殖区的自然采苗群体进行了遗传多样性分析,共扩增得到191条清晰带谱,其中175条具有多态性。对各群体进行遗传多样性分析,结果表明各群体均具有较高的遗传多样性水平,香农式多样性指数在0.347 4～0.391 7之间。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.22%。个体聚类结果表明,烟台、长岛、大连3个群体的个体聚在一起,可看做1个群体;而荣成群体的个体单独聚在一起,具有独立的遗传结构;胶南和日照的一部分个体聚在一起,其他大部分各群体单独聚在一起;推测是海洋环境和人工养殖影响的共同结果。

四川蚕区23个主栽桑树品种基于ISSR分子标记的亲缘关系分析

采用ISSR分子标记从分子水平分析四川蚕区23个主栽桑树品种的遗传多样性。从100条ISSR引物中筛选出12条特异性引物,对23个桑树品种的基因组DNA模板进行扩增,共得到116条清晰条带,其中多态性条带有93条,占总条带数的比率为80.24%;平均每个ISSR引物扩增所得条带数为9.7条,其中多态性条带数为7.8条。分析23个桑树品种的遗传相似系数为0.60~0.89,23个品种明显分为2大类,聚类结果与品种的地理分布和所属桑种没有明显的相关性。其中,粤椹大10和农桑14号之间的遗传相似系数最小(为0.51),亲缘关系最远;而桐乡青和新一之之间的遗传相似系数最大(为0.89),相对于其他品种二者的亲缘关系最近。研究结果对于科学、合理利用四川蚕区桑树品种资源有一定参考价值。

沅水五强溪水库大鳍鱯的遗传多样性分析

【目的】开展对沅水五强溪水库大鳍鱯(Mystus macropterus)的遗传多样性研究,了解水电开发影响下的鱼类遗传多样性。【方法】采用ISSR分子标记技术,分析洞庭湖水系沅水五强溪水库野生大鳍鱯群体的遗传多样性。【结果】8个ISSR引物在30个大鳍鱯群体样本中共获得1 162个扩增位点,其中多态位点1 141个,多态位点比例98.19%,表明五强溪水库大鳍鱯的遗传多样性丰富;水库大鳍鳠群体不同个体间的遗传距离在0.084～0.129之间,平均遗传距离为0.113,根据不同个体间的遗传距离,构建UPGMA聚类分支树状图,结果显示,30个大鳍鳠样本聚类成两个群体。【结论】沅水五强溪水库大鳍鱯群体内的遗传差异明显,至少存在两个种群的遗传分化。

紫丁香蘑ISSR-PCR反应体系的正交优化与建立

目的:为了获得紫丁香蘑的最佳ISSR-PCR反应体系。方法:采用正交实验方法 L16(45),对PCR反应的5个重要因素,TaqDNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTP以及引物的浓度在4个水平进行优化。结果:得到最佳的反应体系(25μL),包括1.5U TaqDNA聚合酶、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTP、0.15μmol/L引物、160 ng模板DNA,最佳反应循环数为37。通过极差分析,对紫丁香蘑ISSR-PCR反应的影响程度从大到小依次为:TaqDNA聚合酶、dNTP、模板DNA、Mg2+、引物。使用该优化体系从23个ISSR引物中筛选出6个引物使不同地区的紫丁香蘑具有多态性。结论:研究结果为进一步采用ISSR分子标记方法研究紫丁香蘑的遗传多样性提供了研究基础。