Hydroxamate类抑制剂与MMP—2的分子对接研究

通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基能形成很好的几何匹配,从而可以产生很强的范德华和疏水相互作用.模拟结果也表明,两个抑制剂和MMP-2之间分别能形成5个和8个氢键,抑制剂B比A活性更高的原因就是能够形成更加有利的氢键作用模式.在整个模拟过程中,催化锌都能保持好的五配位形式,配位键的长度也处于稳定的状态.预测得到的MMP-2和其抑制剂的相互作用模式对于全新抑制剂的设计提供了非常重要的结构信息.

自由能微扰法计算酶和抑制剂的相对结合自由能

用自由能微扰方法(FEP)计算了2种hydroxamate类的抑制剂和MMP-2的相对结合自由能,自由能计算采用了慢增长(Slow Growth)和固定窗口增长(Fixed Width Window Growth)2种方法,并且在每次计算中都采用了双向采样(double-wide sampling)的策略,2种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值很好地符合。