NTRK基因融合阳性甲状腺乳头状癌9例临床病理特征

目的分析NTRK基因融合甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)的组织形态学特征,为分子检测提供形态学依据。方法回顾性收集790例PTC,筛选出NTRK融合阳性病例,通过与经典型PTC组织学特点比较,探讨NTRK基因融合PTC的组织学特征。结果790例PTC检出9例(1.1%)NTRK融合阳性,其中2例NTRK1和7例NTRK3基因融合。组织学特征主要以滤泡状为主,肿瘤呈多灶性渗透或“跳跃式”浸润,胞质伴透明化改变;核膜轻度不规则。结论NTRK基因融合在PTC中的发生率较低,倾向发生于年轻人。组织学以滤泡亚型为主,形态较温和,但侵袭转移能力强,因此及早识别行高通量测序检测,以便早期干预,延长患者生存期。

金黄色葡萄球菌蛋白质相互作用网络及功能

【目的】金黄色葡萄球菌是一种革兰氏阳性菌,是目前最难以对付的病菌之一。它能引起多种感染,特别是在医院环境中。近年来,抗药性金黄色葡萄球菌传染更加严重,已成为公共卫生威胁。由于以前对于金黄色葡萄球菌的实验性研究大都是基于单个基因或者蛋白进行的,为了更好的研究这个物种,有必要从整体上把握金黄色葡萄球菌的蛋白作用机理。【方法】采用系统发生谱、操纵子法、基因融合法、基因邻近法、同源映射法等5种计算方法预测金黄色葡萄球菌蛋白质相互作用网络。【结果】从蛋白组的角度构建了金黄色葡萄球菌蛋白相互作用网络,并对网络进行功能分析。【结论】网络的分析表明金黄色葡萄球菌的蛋白质相互作用网络也服从scale-free属性,发现了SA0939、SA0868、rplD等重要的蛋白。通过对金黄色葡萄球菌的重要的细胞壁合成和信号转导调控蛋白局部网络分析,发现了一些对这两个系统十分重要的蛋白分子,这些信息将为更好的了解金黄色葡萄球菌的致病机理和开发新的药物靶点提供指导。

s-lap/GFP融合蛋白在Hela细胞中的表达与定位

目的 :观察 s- lap/ GFP融合蛋白在 Hela细胞中的表达及定位。方法 :根据 s- lap基因的编码区序列 ,应用 PCR技术突变其 3′末端终止密码子 ,并通过基因重组技术将其与 GFP基因融合 ,构建 s- lap/ GFP重组质粒 ;采用脂质体转染法 ,将 s- lap/ GFP融合基因转入 Hela细胞中 ,用荧光显微镜观察其表达。结果 :s- lap/ GFP重组质粒序列测定的结果与预期设计完全一致。荧光显微镜显示 ,在转染 GFP基因的 Hela细胞中 ,荧光呈网状均匀分布于细胞浆内 ,而细胞核内低表达 ;在转染 s- lap/ GFP融合基因的 Hela细胞中 ,荧光均匀分布于整个细胞 ,尤其以细胞核内高表达。结论 :s- lap/ GFP融合蛋白可在人 Hela细胞中表达 ,并主要定位于细胞核。

白血病融合基因及检测方法研究进展

白血病是一种造血干细胞异常克隆增殖性疾病,临床表现主要为骨髓和外周血中白血病细胞大量增殖且分化障碍,其发病与融合基因的形成相关。目前发现的融合基因主要有BCR-ABL、PML-RARA、AML1-ETO、CBFβ-MYH11、TEL/AML1、E2A/PBX1、MLL重排形成的基因、DEK-CAN等,对白血病的诊断和治疗有重要意义。而检测融合基因的方法主要包括荧光原位杂交、免疫印迹、聚合酶链反应、流式细胞术、基因芯片及全基因组测序等方法。

融合基因构建方法的建立

重叠PCR技术是以聚合酶链式反应为基础,将多条DNA片段进行融合;PCR-酶切连接主要应用于基因片段连接及载体构建,这两种方法在基因工程与分子生物学领域已得到广泛应用。以多毛番茄抗冷转录因子LhCBF1基因、EGFP基因及RD29A启动子为例,分别采用一步法重叠PCR、二步法重叠PCR及PCR-酶切连接技术,优化PCR体系及反应条件,成功构建LhCBF1-EGFP及RD29A::EGFP融合基因。研究为重叠PCR及PCR-酶切连接技术的改进及构建融合基因方法的选择提供了有益参考。

甲状腺癌中BRAF基因突变和RET融合基因的分子病理检测分析

目的:探讨甲状腺癌中BRAF基因突变和RET融合基因各亚型情况。方法:应用Taqman-ARMS方法检测106例甲状腺癌中BRAF基因突变和RET融合基因情况。结果:甲状腺癌中BRAF基因总突变率为66.98%(71/106),均为V600E突变,BRAF基因突变在年龄(<49岁)(47/61,77.05%)、被膜无浸润或转移(40/56,71.43%)和临床分期Ⅰ或Ⅱ(37/52,71.15%)中较高(P<0.05);RET融合基因总阳性率为4.72%(5/106),RET融合基因与性别、年龄、肿瘤大小、被膜是否浸润及转移和临床分期无关(P>0.05)。结论:甲状腺癌患者中BRAF基因存在较高的突变率,低龄、被膜未浸润或转移及Ⅰ或Ⅱ期甲状腺癌多见,RET融合基因中融合伙伴CCDC6-或NCOA4-较为常见。

花粉介导法将TaPHR1∷GFP融合蛋白基因导入玉米

利用超声波辅助花粉介导基因转化法,将小麦耐低磷调控基因TaPHR1和GFP构建成的融合蛋白基因(TaPHR1∷GFP)导入3个玉米自交系郑58、昌7-2和PH6WC中.结果表明:3个自交系的转化效果存在基因型差异,郑58是很好的转化受体材料,平均结籽穗率、每穗平均结籽数、BASTA除草剂抗性和转基因植株PCR阳性率均优于昌7-2和PH6W;对T1代植株进行Southern杂交表明,TaPHR1∷GFP融合蛋白基因已整合到玉米基因组中;RT-PCR结果显示,TaPHR1∷GFP融合蛋白基因得到有效转录;通过对发芽籽粒进行GFP荧光观察表明,TaPHR1∷GFP融合蛋白基因得到了表达.

2种重叠延伸PCR技术构建5种立克次体融合基因的方法学比较

目的采用2种重叠延伸PCR(SOE-PCR)技术将5种立克次体目的基因片段进行融合,同时对2种方法进行比较。方法采用一步法及两步法融合基因技术,对5种立克次体融合基因进行构建,并优化一步法中重叠引物浓度以及两步法中各靶基因产物加入量,以提高2种方法的融合效率。结果成功建立5种立克次体融合基因。一步法基因融合过程中重叠引物浓度在0.1~0.01μmol/L时,912 bp的融合基因条带亮度较高,且杂带较少;两步法基因融合过程中各靶基因产物加入量为0.1~0.25μL时,912 bp的融合基因条带亮度较高,且杂带较少。结论一步法基因融合技术操作简单、耗时短且耗材少,在掌控好退火时的温度及时间的情况下是一种经济、方便且高效的融合技术。为后续进行立克次体融合基因表达载体构建以及立克次体分子生物学多重检测提供实验模板。

EML4-ALK融合基因变体1和变体3质控品的建立

目的:建立EML4-ALK融合基因质控品,用于评价人类EML4-ALK融合基因突变检测试剂盒的性能。方法:根据人类EML4-ALK融合基因序列,合成EML4-ALK融合基因变体1(V1)和变体3(V3)的基因序列。采用限制性内切酶KpnⅠ和HindⅢ对带有目的基因的质粒和表达载体分别进行酶切,将目的基因与载体连接,转化DH5α感受态细胞,筛选阳性菌落进行测序。将测序结果正确的单个菌落进行超声诱导,制备假病毒溶液,并用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法对假病毒溶液提取的RNA进行检测。结果:对人类EML4-ALK融合基因V1和V3质控品进行序列测定和荧光定量RT-PCR检测,结果表明成功建立了人类EML4-ALK融合基因V1和V3假病毒质控品。结论:本研究建立了人类EML4-ALK融合基因变体假病毒质控品的方法。可为药物靶向治疗基因检测试剂质量控制提供参考。

Prediction and systematic study of protein-protein interaction networks of Leptospira interrogans

Leptospira interrogans serovar Lai is a pathogenic bacterium that causes a spirochetal zoonosis in humans and some animals. With its complete genome sequence available, it is possible to analyze protein-protein interactions from a whole- genome standpoint. Here we combine four recently developed computational approaches (gene fusion method, gene neighbor method, phylogenetic profiles method, and operon method) to predict protein-pro- tein interaction networks of Leptospira interrogans strain Lai. Through comprehensive analysis on in- teractions among proteins of motility and chemotaxis system, signal transduction, lipopolysaccaride bio- synthesis and a series of proteins related to adhesion and invasion, we provided information for further studying on its pathogenic mechanism. In addition, we also assigned 203 previously uncharacterized proteins with possible functions based on the known functions of its interacting partners. This work is helpful for further investigating L. interrogans strain Lai.

两种方法检测促胰岛素分泌肽融合蛋白生物学活性的对比分析

目的对比分析2种检测促胰岛素分泌肽融合蛋白(exendin-4-Fc fusion protein,Ex4-Fc)生物学活性的方法。方法分别用细胞ELISA和报告基因法检测Ex4-Fc的生物学活性,同时对2种方法的专属性、检测范围、重复性、准确性和一致性进行考察。结果2种检测方法均具有良好的专属性,检测范围基本一致(3.05 ng/mL~50.00μg/mL),重复性验证中RSD均<15%,回收率均在80%~120%之间,且2种方法检测结果差异无统计学意义(P=0.565)。结论本研究评价的细胞ELISA和报告基因法对Ex4-Fc生物学活性的检测结果均具有良好的重复性和准确性,且两种方法具有良好的一致性,可根据具体的实验条件和要求选择不同的检测方法。