Preliminary study of single nucleotide polymorphisms of PRPS2 gene in overproducing type of gouty patients

目的 :探讨编码人磷酸核糖焦磷酸合成酶亚单位 2的基因 PRPS2单核苷酸多态性与产生过剩型痛风患者的关系。方法 :利用聚合酶链反应扩增健康人和产生过剩型痛风患者 PRPS2基因全部外显 (包括外显子与内含子交界区 )的片段 ,采用多荧光标记的 PCR单链构象多态性分析技术对扩增的片段进行了筛选 ,对筛选到的片段进行序列测定 ,并与正常序列进行对照分析。结果 :在 PRPS2基因的第一个外显子区发现了一个 SNP( exon1+45A/G) ,第六个内含子区发现了一个 SNP ( intron6+12G/A) ,健康人与患者间的频率比较分别为 P =0 .0 96和 P =0 .2 73。结论 :提供了 PRPS2基因 SNP的数据库信息 ,为研究痛风发病机制提供了新的途径。

应用Q-PCR定性检测KIR基因有无方法的建立

目的建立定性检测KIR基因有无的Q-PCR方法。方法根据高分辨水平中国人群KIR等位基因的多态性,并参考国际IPD-KIR数据库,针对16种KIR基因及2DS4-Normal、2DS4-Deleted两种亚型,设计KIR基因特异性引物用于Q-PCR扩增反应;同时设置一孔阴性对照、一孔阳性对照(特异性扩增人体生长激素HGH基因片段),以监控假阳性、假阴性的结果。为验证Q-PCR方法的可靠性,随机选择302份已采用KIR PCR-SSP商品化试剂盒检测的标本,采用Q-PCR方法盲检和对比。结果300人份的Q-PCR检测结果与已知的PCR-SSP检测结果相符,有2份标本结果不一致,其中1例标本的2DS5基因Q-PCR检测结果为阴性,而PCR-SSP检测结果为阳性;另一例标本2DS1基因Q-PCR检测结果为阳性,而PCR-SSP检测结果为阴性。对2份标本分别进行2DS5、2DS1基因测序分型,证实Q-PCR定性检测结果正确。结论本文建立的KIR Q-PCR方法结果准确、可靠,可用于KIR基因有无的定性检测。

Flow-rSSO及PCR-SBT方法检测KIR基因有无的对比研究

目的研究流式磁珠序列特异性寡核苷酸探针(Flow-rSSO)杂交及测序分型(PCR-SBT)方法鉴定KIR基因有无的一致性。方法对131例汉族人群的DNA标本采用Flow-rSSO方法鉴定全部16种KIR基因的有无,并采用本实验室建立的PCR-SBT方法对14种功能性KIR基因进行高分辨水平基因检测;分析Flow-rSSO及PCR-SBT两种方法鉴定14种功能性KIR基因有无的一致性。对初检结果不一致的标本,采用同一厂家、不同批号的Flow-rSSO试剂盒进行复检,并采用序列特异性引物-PCR(PCR-SSP)方法进行检测。结果131例标本中有129例完全一致,2例不一致,占1.5%(2/131)。不一致的两例标本,1例标本3DL1基因、另1例标本2DS3及2DS5基因,其Flow-rSSO初检结果均为阴性,而PCR-SBT结果均为阳性。更换新的批号Flow-rSSO试剂盒复检,两例标本的结果均为阳性;采用PCR-SSP方法检测的结果亦为阳性。结论经Flow-rSSO试剂盒检测KIR基因有无,出现2例标本初检结果错误,提示检测KIR基因有无时,试剂的质控工作至关重要。

抗A型产气荚膜梭菌α毒素单链抗体的基因克隆及核苷酸序列分析

应用 RT-PCR技术 ,从分泌具有中和活性的抗 A型产气荚膜梭菌α毒素单克隆抗体 ( Mc Ab)的杂交瘤细胞 2 E3中 ,扩增出抗体 VH 和 VL 基因 ,用 linker( Gly4Ser) 3基因 ,将 VH 和 VL 基因连接成 Sc Fv基因 ,并将其克隆至 p GEM-T载体中。经核苷酸序列分析证实 ,VH、VL 基因和 linker基因拼接正确 ,基因全长为 72 6bp。经计算机分析 ,VH 和 VL 基因均为新发现的基因序列 ,符合功能性重排的鼠抗体可变区基因特征。VH 和VL 基因分别属于鼠免疫球蛋白重链 ( B)和轻链κ

公共场所冷却塔水嗜肺军团菌的基因序列分型研究

目的为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法选择嗜肺军团菌的7个管家基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA作为目的基因,对温州市公共场所中央空调冷却塔水中分离的31株嗜肺军团菌进行PCR扩增并测序。测序结果上传欧盟军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对、分型。运用DNAsp 5.0、Bionumerics5.1及SplitsTree等软件对分型结果进行分析。结果 31株嗜肺军团菌中,11株LP1型被分为2种ST型;17株非LP1型被分为8种ST型,其中7种ST型是新发现的序列型,并新发现1个等位基因;另3株非LP1型因缺少neuA基因未被数据库确认。7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.00995(mip)～0.02311(flaA)。flaA具有最大的核苷酸多态性(0.02311)。经聚类分析得到本地分离的嗜肺军团菌株的遗传进化关系。结论温州市公共场所冷却塔水中的嗜肺军团菌与国内外其他地区报道的嗜肺军团菌具有一定的亲缘关系,同时也具有地区特异性和遗传多样性。

抗A型产气荚膜梭菌α毒素mAb V_H和V_L基因的克隆与序列测定

用提取的Ａ 型产气荚膜梭菌α毒素包涵体为免疫原， 制备了１ 株ｍＡｂ ２Ｅ３ 。其Ｉｇ 亚类为ＩｇＧ３， 细胞培养上清和腹水的ｍＡｂ 效价分别为１∶１０２４ 和１∶１０８ 。该ｍＡｂ ２Ｅ３ 可中和α毒素的磷脂酶Ｃ 活性和溶血活性， 对α毒素致死性腹腔攻击的小鼠具有良好的被动保护作用。另外， 应用ＲＴＰＣＲ 技术， 从杂交瘤细胞株２Ｅ３ 中， 扩增出ｍＡｂ ＶＨ 和ＶＬ基因， 分别克隆至载体ｐＧＥＭＴ中。序列分析证实， ＶＨ 基因为３５７ ｂｐ， 编码１１９ 个氨基酸；ＶＬ 基因为３２４ ｂｐ， 编码１０８ 个氨基酸。计算机分析表明，ＶＨ 和ＶＬ基因均为新发现的基因序列， 符合功能性重排的鼠抗体可变区基因的特征。ＶＨ 和ＶＬ 基因分别属于鼠免疫球蛋白重链Ⅱ（ Ｂ） 和轻链κⅢ家族。

抗A型产气荚膜梭菌α毒素单链抗体1A8的基因克隆及序列测定

应用RT_PCR技术,从分泌具有中和活性的抗A型产气荚膜梭菌α毒素单克隆抗体(McAb) 的杂交瘤细胞1A8 中,扩增出抗体VH 和VL基因,用linker(Gly4Ser3)3 基因,将VH 和VL 基因连接成ScFv 基因,并将其克隆至pGEM_T载体中。经核甘酸序列分析证实,VH 和VL 基因及linker 基因拼接正确,基因全长729bp,经计算机分析,VH 和VL基因均为新发现的基因序列,符合功能性重排的鼠抗体可变区基因特征。VH 和VL 基因分别属于鼠免疫球蛋白重链Ⅱ(A)

A型产气荚膜梭菌α-毒素基因的克隆与核苷酸序列分析

利用聚合酶链式反应 (PCR)技术 ,从A型产气荚膜梭菌染色体基因组中扩增了 1.2kb的α毒素基因。通过T4 DNA连接酶 ,将纯化的PCR产物与载体pGEM -T连接 ,转化至受体菌JM10 9中。经NcoI EcoRI和BamHI EcoRI双酶切分析 ,证明重组质粒pXCPA0 2中含有A型产气荚膜梭菌α毒素全基因。经核苷酸序列分析 ,明确了克隆的α毒素基因在重组质粒中的连接向位且核苷酸序列是正确的。

南非2型口蹄疫病毒VP1基因的核苷酸及其氨基酸序列分析

VP1基因的遗传衍化关系是口蹄疫病毒分型的依据,而且许多重要的抗原位点也都位于VP1蛋白上。为了对南非2型口蹄疫病毒(SAT2-FMDV)VP1的编码基因序列及其氨基酸序列进行分析,为南非2型口蹄疫的诊断及疫苗设计提供理论基础,试验从NCBI下载大量的南非1/2/3型口蹄疫病毒(SAT1/2/3-FMDV)的1D2A2B基因片段,通过序列分析选择相似性较低的序列代表SAT1/2/3,将选中的代表序列连接于p UC57载体上进行合成,再对合成的含目的序列的穿刺菌进行划板、挑单克隆、摇菌、提质粒,得到重组质粒初步进行酶切鉴定后进行测序,测序正确后采用DNAStar软件包对这些合成序列进行分析。结果表明:SAT2-FMDV VP1的编码基因核苷酸序列变异度较大;虽然SAT2口蹄疫病毒VP1蛋白上主要抗原位点位置与其他血清型的差异性并不大,但是关键氨基酸已发生变化。

福建省两株HTLV-Ⅰ前病毒外膜区部分env核苷酸序列测定及分析

目的 :了解我国福建省HTLV Ⅰ感染的来源和亚型。方法 :对福建省发现的两株HTLV Ⅰ ,用PCR扩增HTLV Ⅰ部分env 5 2 2bp的片段 (gp46 5’末端和 gp2 1的大部分 ) ,全自动测序仪测序 ,并分析此两株HTLV Ⅰ与HTLV Ⅰ各亚型代表株的核苷酸、氨基酸的同源性。结果 :获得福建省两株HTLV Ⅰ的部分env核苷酸序列 (6 0 6 5～ 6 5 44 )和编码氨基酸序列 (2 96～ 45 5 )。结论 :福建省的这两株HTLV Ⅰ与日本的HTLV Ⅰ (MT2和H5 )核苷酸、氨基酸序列接近 ,属A亚型。

KIR 2DL4基因测序分型中杂合碱基位置峰高不平衡现象及其意义

目的研究KIR 2DL4基因测序分型中序列及分型结果"异常"的原因。方法 2016年5月对KIR 2DL4基因测序分型时检出的2例杂合碱基位置峰高不平衡、判定为模棱两可结果或无完全匹配分型结果的标本,采集新鲜外周血样,提取mRNA,反转录成c DNA后,进行c DNA分子克隆和单体型测序;同时采用荧光定量法检测基因组DNA中2DL4基因的拷贝数。结果分子克隆和单体型测序表明,1例标本携带正常的KIR 2DL4*00102,*00501及*011等位基因;另一标本中检出了KIR 2DL4*00102,*00501及*00602等位基因。2例标本中均检出了3种不同的KIR 2DL4等位基因,无新等位基因检出。荧光定量PCR实验证实这2例标本KIR 2DL4拷贝数均为3个。结论人类KIR单体型上KIR 2DL4基因的拷贝数存在多样性,当出现杂合碱基位置峰高不平衡、无与之完全匹配分型结果,并非由新等位基因所致。

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。

HLA-E基因多态性与白血病的相关研究

目的探讨HLA-E基因多态性与白血病的相关性,为白血病的发生发展机制提供新的分子标记。方法提取白血病患者组(n=59)及正常人群(对照)组(n=132)外周血DNA,利用长片段高保真PCR方法做HLA-E全长序列扩增并对HLA-E的第3外显子测序并分型;分别计算2组中各基因型的频率及各等位基因的频率。结果白血病患者组:共检出35例纯合子,检出率59.3%(35/59),其中29例(49.2%)为HLA-E*01:03纯合子、6例(10.2%)为HLA-E*01∶01纯合子;正常对照组:共检出62例纯合子,检出率47.0%(62/132)其中36例(27.3%)为HLA-E*01:03纯合子、26例(19.7%)为HLA-E*01∶01纯合子;白血病患者组和正常对照组HLA-E*01∶03等位基因频率分别为69.5%vs 53.7%(P<0.01),2组HLA-E*01∶03纯合子比例分别为49.2%vs 27.3%(P<0.01,OR=2.1)。结论 HLA-E*01∶03是白血病的易感基因。

人白细胞抗原一DPB1基因直接测序分型技术

研究建立准确的基于人白细胞抗原一ＤＰＢ１（ＨＬＡ－ＤＰＢ１）核酸序列的基因分型技术，为疾病与ＨＬＡ基因相关性研究及器官、组织移植提供准确的ＨＬＡ基因分型方法。使用第十一届国际组织相容性会议提供的引物，经ＰＣＲ技术扩增、分离相应的基因片段，纯化后用ＰＥ公司四色荧光染料终止剂标记循环测序技术直接测定核酸序列，获得个体基因型序列资料，通过与基同型资料数据库比较确定基因型别。这一技术可以准确地确定个体的 ＨＬＡ－ＤＰＢ１的基因型别并得到核酸序列。为进一步研究奠定了基础。本技术可用于其它类似的研究工作。

新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原DQB1基因多态性的相关性分析

目的 探讨新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌与人类白细胞抗原（HLA） DQB1基因多态性的相关性.方法 采用聚合酶链反应-直接测序分型法对80例于2009年8月至2010年4月在新疆维吾尔自治区人民医院就诊的新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织（观察组）及80例新疆维吾尔族妇女宫颈炎性组织（对照组）进行HLA-DQB1基因分型.比较2组HLA-DQB1等位基因及基因型频率,计算等位基因的比值比（OR）和95％置信区间（CI）,用以估计等位基因与疾病联系的程度.结果 检测的160个样本中共含296个等位基因,其中杂合的等位基因型136人份,纯合的等位基因型24人份.经过频率计算和统计学分析发现,观察组HLA-DQB1＊ 0325（OR：10.60,95％ CI：1.341～83.810）和HLA-DQB1＊ 0332（OR：12.59,95％ CI：2.909～ 54.526）等位基因频率明显高于对照组,而HLA-DQB1女0317（OR：0.49,95％ CI：0.304～0.798）和HLA-DQB1＊ 040302（OR：0.40,95％ CI：0.243 ～0.658）等位基因频率明显低于对照组,差异均有统计学意义（均P＜0.05）.结论 新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌中HLA-DQB1基因型与我国其他地区报道有差异,等位基因HLA-DQB1＊0325和HLA-DQB1＊ 0332可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的易感基因,而HLA-DQB1 ＊ 0317和HLA-DQB1＊040302可能是新疆维吾尔族妇女宫颈鳞癌的保护基因.

用核酸序列测定法对1型糖尿病HLA-DPB1、DQB1基因分析

目的 研究山东地区汉族人 1型糖尿病与HLA -DPB1和HLA -DQB1等位基因的相关性。方法 采用基于核酸序列测定的基因分型技术对 5 2例 1型糖尿病患者及 3 8名正常对照者进行了DPB1和DQB1基因分析。结果 DPB1 2 2 0 1(P <0 .0 1)和DQB1 0 2 0 1(P <0 .0 1)、 0 3 0 3 (P <0 .0 5 )及 0 60 4 (P <0 .0 5 )等位基因频率在糖尿病患者组显著高于对照组 ,而DPB1 0 4 0 2 (P <0 .0 1)和DQB1 0 3 0 1(P <0 .0 1)等位基因在糖尿病患者组显著低于对照组。结论 DPB1 2 2 0 1和DQB1 0 2 0 1、 0 3 0 3及 0 60 4等位基因可能是山东地区汉族人 1型糖尿病的易感性等位基因 ,而DPB1 0 4 0 2和DQB1 0 3 0 1等位基因可能是山东地区汉族人

产气荚膜梭菌α毒素基因的克隆及结构分析

应用PCR技术,从产气荚膜梭菌菌株NCTC64609中,扩增出A型产气荚膜梭菌α毒素基因C端片段(cpa408),并将其克隆至pMD18 T载体中.经转化,α互补蓝白菌落选择培养,提取质粒,进行PCR和EcoRI、PstI双酶切鉴定,筛选出阳性重组克隆.经核苷酸序列分析证实,cpa408基因阅读开放框架由372个核苷酸组成,编码124个氨基酸.经计算机分析,cpa408基因序列与国外文献报道的A型产气荚膜梭菌α毒素基因C端片段同源性达99%以上,表明所克隆的基因即为α毒素基因C端片段.

DNA测序分析鉴定2个弱D新等位基因

目的研究D变异的分子基础,探讨弱D新等位基因产生的分子遗传机制。方法采用血清学方法筛查D变异体,D变异体采用聚合酶连反应进行RHD基因的全编码区进行扩增并进行直接测序。杂交合子技术检测RHD的杂合性。结果血清学检测为弱D表型,DNA序列分析检测到2个新等位基因,1个是weak D 399C新等位基因,第3外显子有1个c.399G>C突变,导致编码133位氨基酸由赖氨酸变成天冬酰胺(p.K133N)。另1个是weak D 1102A新等位基因,在2个标本中检测到第8外显子c.1102G>A突变,导致编码368位氨基酸由甘氨酸变成精氨酸(p.G368R)。结论本研究采用基因测序技术检测和鉴定RHD变异体,并鉴定2个新等位基因。

HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族妇女患中重度EM风险的相关性

目的探讨HLA-DRB1基因多态性在陕西汉族中重度子宫内膜异位症(EM)人群中的分布及其与EM发病风险的关联性。方法采用聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),检测50例中重度EM患者和52例正常对照人群中HLADRB1的基因多态性分型,分析其基因型分布及其与中重度EM发病风险的相关性。结果 HLA-DRB1基因在EM组和对照组人群中均呈高度多态性分布;EM组人群中检测到22种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLA-DRB1*07:01(18%),DRB1*15:01(12%),DRB1*09:01(11%),DRB1*12:01(7%),DRB1*12:02(7%),DRB1*14:54(6%),DRB1*15:02(6%)和DRB1*14:05(5%)。在对照组中人群中检测到24种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLADRB1*15:01(16.3%),DRB1*07:01(14.4%),DRB1*12:02(8.7%),DRB1*12:01(8.7%),DRB1*09:01(6.7%)和DRB1*04:05(5.8%)。HLA-DRB1各基因型在EM组与对照组中的分布未见明显统计学差异。结论 HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族中重度EM发病风险无明显关联。

中国北方汉族人群KIR2DL4等位基因水平多态性的研究

目的了解中国北方汉族人群KIR2DL4等位基因水平的分子遗传多态性。方法采用磁珠法从327人份北方汉族无关个体标本中提取基因组DNA,采用本实验室建立的KIR2DL4测序分型专利技术对KIR2DL4基因的全部编码区(CDS)序列分为4段做特异性PCR扩增后,采用Sanger测序法对扩增产物所涵盖的每个外显子做双向测序。所获得的序列用Assign 4.7分析软件分析每个标本的基因型。结果共检出8种KIR2DL4等位基因,基因频率由高到低分别为KIR2DL4^(+)00102[77.1%(252/327)]、^(+)00501[35.8%(117/327)]、^(+)011[20.2%(66/327)]、^(+)00602[12.5%(41/327)]、^(+)00801[8.6%(28/327)]、^(+)00103[4.9%(16/327)]、^(+)00503[1.5%(5/327)]、^(+)00504[0.9%(3/327)]。能正常膜表达的10A型等位基因(KIR2DL4^(+)00102、^(+)00103、^(+)00501、^(+)00503、^(+)00504、^(+)00602)及存在CDS nt811位置腺嘌呤缺失而不能正常膜表达的9A型等位基因(KIR2DL4^(+)00801、^(+)011)的检出比例分别为97.6%(319/327)及27.8%(91/327),约为3.5∶1。与南方汉族人群相比较,中国北方汉族人群KIR2DL4各等位基因的检出频率无明显差异(P>0.05)。结论所获得的KIR2DL4分子遗传多态性数据可为疾病关联、人类进化等研究提供重要参考。