应用PCR-DGGE和Q-PCR分析不同体重斑点叉尾鮰皮肤、鳃和胃肠道菌群结构

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和荧光定量-聚合酶链式反应(Q-PCR)技术分析高体重(high weight,HW)和低体重(low weight,LW)斑点叉尾鮰鮰(Ietalurus punetaus)皮肤、鳃和胃肠道菌群多样性,为斑点叉尾鮰微生态研究及筛选斑点叉尾鮰源益生菌提供理论依据。结果显示,斑点叉尾鮰菌群丰富度由低到高依次为鳃、皮肤、前肠、后肠和胃。肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和气单胞菌属(Aeromonas)是皮肤的优势菌群;肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、气单胞菌属(Aeromonas)和肠球菌属(Enterococcus)是水体、鳃和胃的优势菌群;肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌属(Bacteroidetes)、气单胞菌属(Aeromonas)和酵母菌属(Saccharomyces)是肠道的优势菌群。HW斑点叉尾鮰鳃菌群的香农多样性指数、均匀度和丰富度及前肠菌群的丰富度显著高于LW斑点叉尾鮰(P<0.05)。皮肤的黄杆菌属(Flavobacterium),胃的肠杆菌科(Enterobacteriaceae),前肠的拟杆菌属(Bacteroidetes)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)及后肠的拟杆菌属(Bacteroidetes)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和酵母菌属(Saccharomyces)的拷贝数分别是101.97、107.69、106.19、103.83、106.13、103.92和104.26,均显著高于LW斑点叉尾鮰(P<0.05)。结果表明,斑点叉尾鮰皮肤、鳃、胃肠道均形成独特的菌群结构,LW和HW斑点叉尾鮰菌群结构存在明显差异,HW斑点叉尾鮰菌群多样性增加。

基于PCR-DGGE技术的冷藏牡蛎鳃部菌群分析

应用PCR-DGGE技术研究4℃冷藏期间牡蛎鳃部菌群的动态变化及腐败菌群.直接从牡蛎鳃部中提取细菌总DNA,对细菌的16SrDNA的V3区进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分析DGGE微生物指纹图谱.DGGE指纹图谱结果表明,新鲜牡蛎鳃部菌群复杂,随冷藏期的变化菌条带变化明显;整个冷藏期间Lactococcus raffinolactis和Enterobacter sp.为牡蛎鳃部的优势菌,牡蛎冷藏后期腐败的主要菌群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、气单胞菌属(Aeromonas spp.)、乳球菌属(Lactococcus spp.)、肠杆菌属(Enterobacter spp.)、Weissella confusa和Lactobacillus sakei.