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Ⅱ组内含子(Group Ⅱ Introns)的分布及多样性 被引量:1
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作者 周海燕 邵爱云 孟清 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期605-611,共7页
Ⅱ组内含子(groupⅡintron)存在于原生生物、真菌、藻类、植物细胞器以及细菌和古细菌基因组中.在体内,Ⅱ组内含子可通过两步连续的转酯反应从前体RNA中自剪接,并连接两侧外显子.许多Ⅱ组内含子的剪接反应是由蛋白质辅助完成的,这种蛋... Ⅱ组内含子(groupⅡintron)存在于原生生物、真菌、藻类、植物细胞器以及细菌和古细菌基因组中.在体内,Ⅱ组内含子可通过两步连续的转酯反应从前体RNA中自剪接,并连接两侧外显子.许多Ⅱ组内含子的剪接反应是由蛋白质辅助完成的,这种蛋白质有的是由内含子编码,有的是由宿主基因编码.Ⅱ组内含子能够有效地归巢进入无内含子的等位基因,也能够以低频率逆转座进入非等位基因.转座过程依赖内含子RNA和内含子编码的蛋白质(内切核酸酶活性和逆转录酶活性).本论文在总结Ⅱ组内含子最新研究成果的基础上,分析Ⅱ组内含子可能的起源和进化途径. 展开更多
关键词 组内含子 逆转座子 RNA剪接 逆转录归巢 逆转座
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Abnormal physics of group-Ⅱ telluride system:valence contribution of d electrons
2
作者 段鹤 董有忠 +1 位作者 黄燕 陈效双 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2011年第4期243-248,共6页
The physical trend of group-I/tellurides is unexpected and contrary to the conventional wisdom. The present firstprinciples calculations give fundamental insights into the extent to which group-Ⅱ telluride compounds ... The physical trend of group-I/tellurides is unexpected and contrary to the conventional wisdom. The present firstprinciples calculations give fundamental insights into the extent to which group-Ⅱ telluride compounds present special properties upon mixing the d valence character. Our results provide explanations for the unexpected experimental observations based on the abnormal binding ordering of metal d electrons and their strong perturbation to the band edge states. The insights into the binary tellurides are useful for the study and control of the structural and chemical perturbation in their ternary alloys and heterostructures. 展开更多
关键词 group- tellurides first-principles calculations electronic property tendency delocalized metal d states
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Ⅱ型内含子序列统计规律分析及二级结构预测
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作者 邓加聪 《福建师大福清分校学报》 2012年第2期41-44,共4页
选取20条线粒体和10条叶绿体intron RNA domain(内含子RNA区域)为I1的Ⅱ型内含子一级序列进行序列比对和统计规律分析,结果表明:线粒体和叶绿体Ⅱ型内含子一级序列的长度总体来说基本一致,两者嘌呤的含量明显高于嘧啶的含量。统计两者... 选取20条线粒体和10条叶绿体intron RNA domain(内含子RNA区域)为I1的Ⅱ型内含子一级序列进行序列比对和统计规律分析,结果表明:线粒体和叶绿体Ⅱ型内含子一级序列的长度总体来说基本一致,两者嘌呤的含量明显高于嘧啶的含量。统计两者的Ⅱ型内含子一级序列的保守序列片段的规律,并预测出Ⅱ型内含子的二级结构。 展开更多
关键词 型内含子 二级结构 保守序列片段 结构预测
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内含子编码蛋白Mg2+结合位点功能分析及验证 被引量:3
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作者 崔古贞 陈相好 +3 位作者 洪伟 张峥嵘 綦廷娜 陈峥宏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期165-172,共8页
旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到... 旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到D308和D309两个位点是II型内含子编码蛋白Mg2+结合的核心催化位点,并成功构建该位点的三种突变体,包括两个单点突变体(D308A和D309A)和一个双点突变体(D308A/D309A),大肠杆菌体内实验结果表明,三种突变体均完全失活了II型内含子的“归巢”功能。证实了II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点是其发挥功能的核心催化位点。 展开更多
关键词 型内含子 内含子编码蛋白 Mg2+结合位点 Targetron 反转录结构域
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碳源对manA基因突变大肠杆菌代谢的影响 被引量:1
5
作者 李晓霞 王欢 +2 位作者 孙京利 张红星 谢远红 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期103-110,共8页
ManA基因编码的甘露糖-6-磷酸异构酶在大肠杆菌中催化D-甘露糖和D-果糖的异构化,促进大肠杆菌对碳源的代谢吸收。本文通过研究manA基因突变大肠杆菌对碳源的利用和编码糖代谢基因情况,探讨甘露糖-6-磷酸异构酶对大肠杆菌糖代谢的影响。... ManA基因编码的甘露糖-6-磷酸异构酶在大肠杆菌中催化D-甘露糖和D-果糖的异构化,促进大肠杆菌对碳源的代谢吸收。本文通过研究manA基因突变大肠杆菌对碳源的利用和编码糖代谢基因情况,探讨甘露糖-6-磷酸异构酶对大肠杆菌糖代谢的影响。采用Ⅱ型内含子逆转录突变方法构建manA基因突变大肠杆菌,分析manA基因突变大肠杆菌对不同碳源的利用情况和manA基因突变对大肠杆菌糖代谢相关基因表达的影响,结果显示,大肠杆菌BL21(DE3)ΔmanA以甘露糖、果糖为碳源时,菌株生长受到显著抑制;以淀粉为碳源时,BL21(DE3)ΔmanA菌株的生长显著优于野生型大肠杆菌;以葡萄糖为碳源时,manA基因突变对大肠杆菌的生长无显著影响。通过基因表达分析,发现大肠杆菌BL21(DE3)ΔmanA中甘露糖代谢相关基因的表达显著性降低;果糖代谢途径中6-磷酸果糖激酶Ⅰ亚基的编码基因(pfkA)显著下调表达;水解淀粉的α-淀粉酶编码基因(malS)显著性上调表达。ManA基因突变影响大肠杆菌甘露糖、果糖和淀粉代谢途径中相关基因的表达,从而影响大肠杆菌对碳源的利用。 展开更多
关键词 甘露糖-6-磷酸异构酶 型内含子逆转录突变 基因突变 糖代谢
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高等植物细胞器Ⅱ类内含子剪接的研究进展 被引量:2
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作者 李秀兰 姜曰水 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1365-1371,共7页
Ⅱ类内含子是一类自我剪接内含子,存在于真菌、细菌及古细菌中,在植物细胞器中尤为普遍。典型Ⅱ类内含子的剪接与剪接体内含子类似,由内含子RNA及其编码的成熟酶介导完成。高等植物细胞器中,Ⅱ类内含子成熟酶的结构发生变异,导致自剪接... Ⅱ类内含子是一类自我剪接内含子,存在于真菌、细菌及古细菌中,在植物细胞器中尤为普遍。典型Ⅱ类内含子的剪接与剪接体内含子类似,由内含子RNA及其编码的成熟酶介导完成。高等植物细胞器中,Ⅱ类内含子成熟酶的结构发生变异,导致自剪接功能丧失,需要核编码蛋白因子辅助完成其剪接过程。自第一个参与叶绿体Ⅱ类内含子剪接的核编码蛋白被发现以来,越来越多的参与高等植物细胞器Ⅱ类内含子剪接的核编码蛋白因子被报道。本文就高等植物细胞器Ⅱ类内含子的分布、结构、剪接方式,尤其参与它们剪接的核编码蛋白因子作一综述。 展开更多
关键词 类内含子 叶绿体 线粒体 成熟酶 剪接因子
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工业微生物基因组编辑技术的研究进展 被引量:1
7
作者 朱林江 李崎 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期338-350,共13页
近年来,基因组范围的高效编辑技术发展迅速,对工业微生物基因组的改造效率不断提升,彻底改变了以"一次操作、一个抗性基因、一个修饰位点"为特征的传统遗传操作模式,实现了基因组上多重位点的同步编辑,精确高效且无需抗生素... 近年来,基因组范围的高效编辑技术发展迅速,对工业微生物基因组的改造效率不断提升,彻底改变了以"一次操作、一个抗性基因、一个修饰位点"为特征的传统遗传操作模式,实现了基因组上多重位点的同步编辑,精确高效且无需抗生素辅助的插入替换或删除,以及大片段基因组DNA的剪切-粘贴等。这些技术的应用,能够高效构建优良性能的生产菌株,必将推动传统发酵产业的革新,促进以新能源和新材料为基础的新型工业生物技术的发展。本文针对这些新技术的原理和特点,结合一些典型应用实例,进行分析和总结,希望能为工业微生物的改造与构建提供参考与借鉴。 展开更多
关键词 基因组编辑 寡核苷酸介导的重组 成簇的规律间隔的短回文重复序列 二型内含子 进化工程
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绶草属植物matK基因序列变异及对蛋白分子作用力和功能的影响 被引量:2
8
作者 陈慧 黄晓英 +2 位作者 黄明远 张西玉 范晶 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第21期7017-7030,共14页
matK基因编码唯一一种与陆地植物叶绿体Ⅱ类内含子剪接相关的成熟酶,是进化速度最快的基因之一。然而,濒危绶草matK基因的序列变异及其对蛋白分子作用力和功能的影响尚未被研究过。我们研究了9种绶草matK基因的核酸变异模式,分析了该基... matK基因编码唯一一种与陆地植物叶绿体Ⅱ类内含子剪接相关的成熟酶,是进化速度最快的基因之一。然而,濒危绶草matK基因的序列变异及其对蛋白分子作用力和功能的影响尚未被研究过。我们研究了9种绶草matK基因的核酸变异模式,分析了该基因在构建绶草系统进化树中的应用价值,并探讨了matK蛋白保守区域内氨基酸变异对残基分子作用力和蛋白功能的影响。研究发现9种绶草matK基因之间共存在59处碱基变异且基因5’端核苷酸变异频率高于3’端,变异碱基除位于三联密码子第3位碱基外,还大量分布于三联密码子的第1位和第2位碱基。氨基酸序列比对结果显示9种绶草matK蛋白均具有保守的domain X功能区域,该区域存在3处差异氨基酸,但氨基酸变异未引起相应氨基酸残基的分子作用力变化。基因本体论研究结果发现9种绶草matK蛋白的功能主要是结合活性,参与代谢过程、基因表达和RNA加工等生物过程反应。研究结果表明,不同绶草matK基因存在丰富的基因变异信息、其5’端序列是解决系统发育最有用的区域。不同绶草matK蛋白在进化过程中可能受到严格约束,从而导致蛋白功能高度保守。本研究确立了绶草matK基因5’端序列在系统发育分析中的应用价值,同时丰富了叶绿体matK基因的分子信息。 展开更多
关键词 绶草属植物 MATK基因 型内含子 成熟酶
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L1.LtrB内含子编码蛋白反转录结构域关键催化位点分析及功能验证 被引量:5
9
作者 陈相好 张峥嵘 +5 位作者 刘芳 陈峥宏 洪伟 綦廷娜 谷俊莹 崔古贞 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2357-2366,共10页
【目的】筛选影响Ll.LtrB内含子编码蛋白(Intron encoded protein,IEP)反转录功能的关键催化位点,并获得无反转录活性的IEP突变体。【方法】首先,利用NCBI数据库,通过序列比对及同源建模方法筛选影响IEP反转录功能的关键氨基酸催化位点... 【目的】筛选影响Ll.LtrB内含子编码蛋白(Intron encoded protein,IEP)反转录功能的关键催化位点,并获得无反转录活性的IEP突变体。【方法】首先,利用NCBI数据库,通过序列比对及同源建模方法筛选影响IEP反转录功能的关键氨基酸催化位点;然后,对筛选获得的关键催化位点进行定点突变,同时以Targetron载体为模板,构建无反转录功能的突变型Targetron打靶系统;最后,以大肠杆菌lacZ基因为例,体内验证IEP突变体的功能及其对Ⅱ型内含子"归巢"效率的影响。【结果】筛选到C164和G214两个位点是影响内含子编码蛋白反转录功能的关键氨基酸残基,并获得C164K和G214W两个突变体。体内功能分析表明,此两个位点突变完全失活了Ⅱ型内含子的"归巢"功能。【结论】筛选并获得了失活反转录功能的Ll.LtrB内含子编码蛋白突变体,为深入研究Ⅱ型内含子的结构和"归巢"机理奠定了基础。 展开更多
关键词 Ll.LtrB 型内含子 内含子编码蛋白 反转录 Targetron
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