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肠道病原菌gyrB基因系统发育分析 被引量:1
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作者 倪萍 李美芽 +1 位作者 葛尔宁 侯晓丽 《浙江中医药大学学报》 CAS 2015年第7期548-554,共7页
[目的]探讨gyrB基因区分鉴别肠道病原菌的能力,为临床快速鉴定病原菌提供依据。[方法]通过PCR扩增及测序方法,获得肠杆菌科和弧菌科的14种临床常见肠道病原菌gyrB基因序列,合并采集来自GenBank的标准菌株序列,采用距离法构建系统发育树... [目的]探讨gyrB基因区分鉴别肠道病原菌的能力,为临床快速鉴定病原菌提供依据。[方法]通过PCR扩增及测序方法,获得肠杆菌科和弧菌科的14种临床常见肠道病原菌gyrB基因序列,合并采集来自GenBank的标准菌株序列,采用距离法构建系统发育树。[结果]在系统发育树的拓扑结构中,除志贺氏菌、大肠杆菌、嗜水气单胞菌外,同一菌种的不同菌株均聚类形成具有较高的自举支持率单系类群。大肠杆菌演化支内混杂有志贺氏菌分支;嗜水气单胞菌的临床分离株与标准菌株相距较远,未能聚类成单系类群。另外,除乙型副伤寒沙门氏菌外,其余沙门氏菌gyrB序列在血清型水平呈现高度同源性,使得5种血清型各自聚类区分。[结论]采用gyrB基因作为肠道病原菌系统发育分析靶基因是合适的,其可以在菌种水平区分包含肠杆菌与弧菌科的肠道病原菌。 展开更多
关键词 肠杆菌科 弧菌科 gyrb基因 系统发育分析
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Isolation,Identification and Antibiotics Susceptibility Test of Citrobacter freundii from Procambarus clarkia 被引量:1
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作者 Chen Honglian Song Guangtong +2 位作者 He Jixiang Hou Guanjun Wang Yongjie 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2014年第5期238-241,共4页
This experiment was conducted to clarify species and drug resistance of pathogen from the diseased Procambarus clarkia. Pathogenic bacteria from hepatopancreas of the diseased P. clarkia were examined using convention... This experiment was conducted to clarify species and drug resistance of pathogen from the diseased Procambarus clarkia. Pathogenic bacteria from hepatopancreas of the diseased P. clarkia were examined using conventional methods,and then were isolated. The further tests and analysis of the isolated strain were developed,including the regression experiment to P. clarkia,the morphology,physiological and biochemical characteristics,sequence analysis of their 16 S rRNA and gyr B genes,and the susceptibility test to antibiotics. Large colonies with similar morphology and color were obtained. Strain X120523 was identified as Citrobacter freundii,proved to have strong pathogenicity,and was susceptible to quinolones and aminoglycosides. 展开更多
关键词 Procambarus clarkia Isolation and identification Citrobacter freundii 16S rRNA gene gyr b gene Antibiotics susceptibility test
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香蕉枯萎和细菌性软腐病菌的多重PCR检测
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作者 蒲小明 张景欣 +4 位作者 沈会芳 孙大元 刘平平 林壁润 杨祁云 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期211-218,231,共9页
香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)检测技术。本文... 香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)检测技术。本文基于尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 1,FOC1)基因组contig 438区间(35 631-37 693 bp)(GenBank:AMGP01000438.1)和4号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 4,FOC4)基因组contig 195区间(4 028-6 126 bp)(GenBank:AMGQ01000195.1)存在160 bp插入序列差异设计特异扩增引物FOC-F/-R,同时以香蕉细菌性软腐病菌D.zeae的促旋酶B亚单位基因(the subunit B of gyrase gene)(GenBank:JQ284039)序列设计特异扩增引物gyrB-F/-R。多重PCR检测结果显示:本技术可在一次PCR扩增反应内同时检测香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种和细菌性软腐病菌;多重PCR的灵敏度结果表明:检测香蕉枯萎病菌的DNA浓度最低限为0.1 ng/μL,细菌性软腐病菌的灵敏度为103cfu/mL;检测结果稳定可靠。因此,本研究建立的多重PCR检测方法可有效应用于检测香蕉发病组织中的香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌,也可用于香蕉种苗和田间土壤带病菌的监测,为香蕉种植保驾护航。 展开更多
关键词 香蕉 尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种 尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种 玉米迪基氏菌 多重PCR 促旋酶b亚单位基因
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我国南方地区鱼源气单胞菌不同种类的流行特征 被引量:29
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作者 张德锋 刘礼辉 +4 位作者 李宁求 任燕 林强 石存斌 吴淑勤 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期673-682,共10页
为加深对我国南方地区养殖鱼类中不同种类气单胞菌流行特征的认识,选取2009年至2014年间我国南方地区70口池塘患病的草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼、鳜鱼、斑点叉尾和乌鳢等15种鱼类体内分离的143株气单胞菌为研究对象,通过细菌生理生化特征... 为加深对我国南方地区养殖鱼类中不同种类气单胞菌流行特征的认识,选取2009年至2014年间我国南方地区70口池塘患病的草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼、鳜鱼、斑点叉尾和乌鳢等15种鱼类体内分离的143株气单胞菌为研究对象,通过细菌生理生化特征分析以及保守基因gyr B和rpo D的序列测序分析进行病原菌的鉴定,143株气单胞菌中有维氏气单胞菌80株,嗜水气单胞菌40株,简氏气单胞菌9株,舒氏气单胞菌10株和水生气单胞菌4株。调查分析结果表明,近年来我国南方地区养殖鱼类气单胞菌病的病原具有较高的种类多样性,其中维氏气单胞菌(80/143,56%)的出现比例最高,该菌主要感染草鱼、鲢鱼和鳜鱼等;嗜水气单胞菌次之(40/143,28%),其主要感染鳙鱼、团头鲂和斑点叉尾等;简氏气单胞菌(9/143,6%)亦常常在感染的草鱼、鳙鱼、广东鲂和锦鲤等鱼类中检出;目前,舒氏气单胞菌(10/143,7%)的感染宿主则较为单一,仅在患病乌鳢中分离得到该病原;水生气单胞菌(4/143,3%)目前仅在患病美国红鱼中发现。研究结果表明,我国南方地区鱼类气单胞菌败血症主要是由维氏气单胞菌和嗜水气单胞菌感染引起,并且常出现这两种菌的复合感染。本研究将为我国南方地区养殖鱼类气单胞菌病的流行病学分析、疾病预防和治疗奠定理论基础。 展开更多
关键词 气单胞菌 gyr b基因 RPO D基因 流行病学
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应用PCR方法检测蜡样芽胞杆菌的研究 被引量:10
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作者 王振国 刘和平 +4 位作者 刘金华 蔡阳 肖成蕊 罗雁菲 徐宝梁 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期671-673,共3页
采用PCR技术,通过扩增蜡样芽胞杆菌的gyrB基因来实现对蜡样芽胞杆菌的快速检测。结果表明,以gyrB为目的基因设计引物建立的PCR检测方法能特异性地扩增出蜡样芽胞杆菌,且与其他芽胞杆菌菌株均无交叉反应,其检测敏感性可达9 cfu/mL,能够... 采用PCR技术,通过扩增蜡样芽胞杆菌的gyrB基因来实现对蜡样芽胞杆菌的快速检测。结果表明,以gyrB为目的基因设计引物建立的PCR检测方法能特异性地扩增出蜡样芽胞杆菌,且与其他芽胞杆菌菌株均无交叉反应,其检测敏感性可达9 cfu/mL,能够应用于蜡样芽胞杆菌的鉴定。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 gyrb基因 PCR检测
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黄瓜白粉病的生防细菌筛选及鉴定 被引量:10
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作者 李卫利 何鹏飞 +2 位作者 吴毅歆 祁超 何月秋 《中国农学通报》 2015年第16期160-165,共6页
为开发黄瓜白粉病的生防资源,与三七根腐病菌、禾谷镰刀菌和柑橘炭疽病菌进行平板对峙培养,从25株黄瓜根际土细菌和91株烟草内生细菌中筛选出具拮抗功能的菌株;以盆栽试验从拮抗功能菌株中筛选能够防治黄瓜白粉病的生防菌株;用PCR扩增... 为开发黄瓜白粉病的生防资源,与三七根腐病菌、禾谷镰刀菌和柑橘炭疽病菌进行平板对峙培养,从25株黄瓜根际土细菌和91株烟草内生细菌中筛选出具拮抗功能的菌株;以盆栽试验从拮抗功能菌株中筛选能够防治黄瓜白粉病的生防菌株;用PCR扩增生防菌株的gyr B基因,结合菌株的菌落形态和部分生理生化特征,确定生防菌株分类地位。结果表明,在116株对峙培养细菌中,18株对三七根腐病菌、禾谷镰刀菌和柑橘炭疽病菌有较好拮抗效果。在盆栽试验中,烟草内生菌YN-201490和黄瓜根际菌株WL-1对黄瓜白粉病防效较好,其中YN-201490的1.81×108cfu/m L和WL-1的1.6×108cfu/m L稀释液连续施用3次后的防效分别达64.86%和61.26%。最终YN-201490被鉴定为枯草芽孢杆菌,WL-1被鉴定为解淀粉芽孢杆菌。 展开更多
关键词 黄瓜白粉病菌 生物防治 内生细菌 gyr b基因
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花斑副沙鳅源致病性维氏气单胞菌的分离、鉴定及药物敏感性分析 被引量:7
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作者 高通 王均 +7 位作者 汪开毓 贺扬 樊威 谢碧文 王永明 朱婷 代小惠 张敏燕 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期239-244,共6页
为了对引起养殖花斑副沙鳅(Parabotia fasciata Dabry)幼鳅死亡的分离菌株(XQS1)进行鉴定,本研究对其进行了生理生化分析、16S rRNA基因和gyr B基因序列测定及系统进化树分析。结果显示,该致病菌与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)形态... 为了对引起养殖花斑副沙鳅(Parabotia fasciata Dabry)幼鳅死亡的分离菌株(XQS1)进行鉴定,本研究对其进行了生理生化分析、16S rRNA基因和gyr B基因序列测定及系统进化树分析。结果显示,该致病菌与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)形态特征以及生理生化特性相似,通过对其16S rRNA基因和gyr B基因序列比对及进化树分析,显示该菌株与GenBank中维氏气单胞菌相关基因序列的一致性均在98%以上,而且在系统进化树中与维氏气单胞菌聚为一簇,综合以上结果确定该致病菌为维氏气单胞菌。溶血性分析和毒力基因检测结果显示,菌株XQS1能够使兔血平板呈β溶血,并携带了act、alt、aer、hlyA毒力基因,进一步证实了该菌株具有较强的致病性。药敏结果显示,该菌株对多西环素、诺氟沙星、氧氟沙星、氟苯尼考等药物敏感,而对其它药物中度敏感或耐药。本研究首次报道了维氏气单胞菌对人工养殖花斑副沙鳅的危害,并为临床上该病的防治提供了药物参考,对花斑副沙鳅产业化养殖具有重要意义。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 维氏气单胞菌 16S rRNA gyrb 毒力基因 药敏试验
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贵州半夏块茎腐烂病拮抗细菌的筛选与鉴定 被引量:14
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作者 祝学海 李玉权 +3 位作者 陶小买 任建国 周静 刘红美 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期438-448,共11页
【目的】从半夏根际土壤筛选对半夏块茎腐烂病致病菌有拮抗活性的细菌并进行鉴定。【方法】采用稀释分离法和平板对峙法分离拮抗菌,然后根据菌落形态、生理生化特性,结合分子生物学方法进行鉴定。【结果】从半夏根际土壤共分离到228株细... 【目的】从半夏根际土壤筛选对半夏块茎腐烂病致病菌有拮抗活性的细菌并进行鉴定。【方法】采用稀释分离法和平板对峙法分离拮抗菌,然后根据菌落形态、生理生化特性,结合分子生物学方法进行鉴定。【结果】从半夏根际土壤共分离到228株细菌,其中菌株GZDF2、GZDF3、GZDF4对病原细菌及病原真菌均有拮抗活性,抑菌圈大小达23 mm,并且抑菌谱广。经形态学观察、生理生化特性分析和分子生物学方法,将菌株GZDF2、GZDF3、GZDF4鉴定为短短芽胞杆菌(Brevibacillus brevis)。进一步采用gyr B和rpo B基因对3株短短芽胞杆菌进行聚类分析,结果显示GZDF3菌株与其他2株短短芽胞杆菌存在遗传差异。【结论】半夏根际土壤中分离到的3株短短芽胞杆菌抑菌活性强、抑菌谱广,具有开发成生防剂的潜力。 展开更多
关键词 半夏 块茎腐烂病 拮抗菌 16S RRNA基因 gyrb基因 生防剂
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