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分子动力学模拟结合相溶解度研究非诺贝特与甲基-β-环糊精的包合行为
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作者 邢雨霖 沈文康 +3 位作者 王佳瑜 洪伟铭 张金基 艾凤伟 《山东化工》 CAS 2024年第7期5-8,共4页
目的:研究甲基-β-环糊精(RMβCD)对非诺贝特(FNB)增溶能力和包合机理。方法:以FNB和RMβCD为模型药物和增溶载体,通过相溶解度法结合分子动力学模拟研究FNB-RMβCD包合物中主客体分子的相互作用和结合过程的动态变化。结果:FNB与RMβC... 目的:研究甲基-β-环糊精(RMβCD)对非诺贝特(FNB)增溶能力和包合机理。方法:以FNB和RMβCD为模型药物和增溶载体,通过相溶解度法结合分子动力学模拟研究FNB-RMβCD包合物中主客体分子的相互作用和结合过程的动态变化。结果:FNB与RMβCD的相溶解度曲线属于A_(L)型,形成1∶1物质的量比的包合物,25,35,45℃三个温度下的包合稳定常数K_(S)分别为4 969.90,5 833.21,7 141.07 L·mol^(-1),分子对接中通过分子间作用力FNB的苯环部分从环糊精大口一侧进入疏水空腔中。200 ns的分子动力学模拟中,FNB、RMβCD和包合物的RMSD波动幅度较小。FNB和RMβCD的结合自由能为(-12.76±1.84) kcal/mol,包合物的形成为非外力驱动的自发过程,其中分子力学项是结合自由能的主要贡献者,而溶剂化能对结合自由能呈负面作用。结论:RMβCD对FNB有良好的增溶能力,包合行为是一个自发过程。 展开更多
关键词 非诺贝特 包合物 分子对接 分子动力学 包合机理
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Studies on the Intramolecular Inclusion Complexes of Functionalized Calixarenes with CH_3X (X=CN, NO_2) 被引量:1
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作者 周稚仙 石雅琳 +2 位作者 杜晨霞 邢彦军 吴养洁 《Chinese Journal of Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2002年第11期1205-1211,1126,共8页
Two functionalized calixarenes in cone conformation L 2-3 have been synthesized and their intramolecular inclusion complexes (1∶1) with organic neutral molecules CH 3CN and CH 3NO 2 have been prepared and c... Two functionalized calixarenes in cone conformation L 2-3 have been synthesized and their intramolecular inclusion complexes (1∶1) with organic neutral molecules CH 3CN and CH 3NO 2 have been prepared and characterized, respectively. The X-ray crystallographic analysis shows that L 2 in L 2·CH 3CN·C 2H 5OH has C 4 symmestry and L 3 in L 3·CH 3NO 2 exhibits C 2 symmestry. The CH-π aromatic interactions between the CH group of the guest and the phenyl rings of the calix backbond have been proved to be able to stabilize the intramolecular inclusion complexes formed. The interaction is directional, but it is independent of the acidity of the guest. To gain information on CH-π interactions, suitable geometrical parameters have been calculated from the crystal data of intramolecular inclusion complexes. The results show that L 3·CH 3NO 2 with L 3 in C 2 symmestry can also be bound stably in the intramolecular inclusion complex, being consistent with the thermal analysis. The geometrical parameters and the results of the thermal analysis of L 1·CH 3CN and L 1·CH 3NO 2 were also given and discussed. 展开更多
关键词 CALIXARENE intramolecular inclusion complex CH-π interaction molecular recognition host-guest chemistry
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大环糊精与α-生育酚包合物的结构表征及分子动力学模拟 被引量:3
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作者 曹川 邓昌月 +1 位作者 宣凤琴 周裔彬 《中国油脂》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期49-55,共7页
为探讨大环糊精(LRCD)对目标化合物的封装效果,采用LRCD对α-生育酚进行包合,对包合物进行了傅里叶红外(FTIR)和核磁共振氢谱(1H NMR)表征,并通过分子动力学(MD)模拟技术,对聚合度为9、10、14和26的LRCD与α-生育酚形成包合物的过程进... 为探讨大环糊精(LRCD)对目标化合物的封装效果,采用LRCD对α-生育酚进行包合,对包合物进行了傅里叶红外(FTIR)和核磁共振氢谱(1H NMR)表征,并通过分子动力学(MD)模拟技术,对聚合度为9、10、14和26的LRCD与α-生育酚形成包合物的过程进行模拟,通过分析包合过程中包合物的构象、均方根偏差(RMSD)、回转半径(Rg)变化考察包合物的稳定性,同时分析包合过程中LRCD与α-生育酚之间的相互作用能。结果表明:FTIR、1H NMR证实了包合物的形成;不同聚合度的LRCD空间构象呈不同的环状结构,在对α-生育酚包合过程中,随着模拟时间的延长,LRCD的环状结构随α-生育酚分子的变化不断变化,并最终将α-生育酚包合至LRCD环状结构中,此过程中包合物的RMSD和Rg趋于稳定,最终形成稳定的包合物;LRCD与α-生育酚形成稳定的包合物主要靠二者之间的静电相互作用。该研究可以为利用LRCD作为食品和工业中香气/香精化合物封装的潜在固体基质载体提供参考。 展开更多
关键词 大环糊精 Α-生育酚 包合物 分子动力学
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碱/脲水溶液体系中纤维素包合物构型及纤维素与溶剂分子间相互作用力的分子动力学模拟 被引量:4
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作者 刘刚 张恒 +4 位作者 孙恒 朱洪霞 张煜函 朱庆增 苑世领 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期714-720,共7页
采用分子动力学模拟方法研究了纤维素分子在碱/脲水溶液体系中形成的包合物结构,研究了纤维素包合物的空间构型、氢键网格结构、纤维素分子与溶剂分子的相互作用以及碱金属阳离子对包合物稳定性的影响.在纤维素包合物结构中,碱金属阳离... 采用分子动力学模拟方法研究了纤维素分子在碱/脲水溶液体系中形成的包合物结构,研究了纤维素包合物的空间构型、氢键网格结构、纤维素分子与溶剂分子的相互作用以及碱金属阳离子对包合物稳定性的影响.在纤维素包合物结构中,碱金属阳离子和OH-主要吸附在纤维素分子链羟基的附近,与纤维素上的羟基氧直接接触形成稳定的吸附构型;尿素分子更倾向于在纤维素糖环面结构上聚集,可以与纤维素上的羟基氧和醚键氧相互作用形成氢键.通过对纤维素与溶剂分子间非键相互作用的研究发现,在纤维素羟基附近,羟基与金属阳离子之间的相互作用能最大,其次为与尿素分子、氢氧根离子的相互作用,最小的为与水分子的相互作用;在纤维素糖环面结构上,Na^+、OH^-、尿素、水与纤维素醚键氧的相互作用远小于与纤维素羟基的相互作用,纤维素上的醚键氧与尿素分子相互作用能最大.比较KOH/尿素和NaOH/尿素2种溶剂体系中碱金属阳离子与纤维素羟基形成的吸附构型的结合能,发现Na^+对纤维素分子内和分子间的氢键具有更强的破坏作用,NaOH/尿素溶剂体系中的分子与纤维素分子形成的包合物构型更稳定. 展开更多
关键词 分子动力学模拟 纤维素包合物 碱/脲水溶液
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药剂学中的分子动力学模拟
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作者 王坚毅 王勉 《中国医药工业杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期863-868,共6页
介绍了研究药剂学的新方法——分子动力学的基本原理及常用软件,及近来用其研究环糊精包合物、阳离子脂质体、含脂肪酸甘油酯的体系和聚合物载体等的案例。这些研究在分子水平上揭示载体的性质及药物与载体相互作用的本质,为改进药物传... 介绍了研究药剂学的新方法——分子动力学的基本原理及常用软件,及近来用其研究环糊精包合物、阳离子脂质体、含脂肪酸甘油酯的体系和聚合物载体等的案例。这些研究在分子水平上揭示载体的性质及药物与载体相互作用的本质,为改进药物传递系统提供了理论指导。分子动力学模拟将成为药剂学研究的重要补充手段。 展开更多
关键词 分子动力学 环糊精包合物 阳离子脂质体 含脂肪酸甘油酯的体系 聚合物载体 综述
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苯丁酸氮芥的α-环糊精包合物的包合稳定性研究
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作者 张冬兵 李代禧 +1 位作者 张燕 翟振 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期963-966,共4页
苯丁酸氮芥是一种优良的抗肿瘤药物,可以治疗多种肿瘤疾病,但其水溶性较差、易水解,使得它的疗效和应用受到一定的限制。环糊精具有特殊的空穴结构,可以包合有机小分子并改善它们的理化性质。本实验采用分子模拟方法对苯丁酸氮芥(客体)... 苯丁酸氮芥是一种优良的抗肿瘤药物,可以治疗多种肿瘤疾病,但其水溶性较差、易水解,使得它的疗效和应用受到一定的限制。环糊精具有特殊的空穴结构,可以包合有机小分子并改善它们的理化性质。本实验采用分子模拟方法对苯丁酸氮芥(客体)的α-环糊精(主体)包合物的动态稳定性进行了研究。首先,通过分子力学方法确定了主客体包合物的最稳定优势构象;然后,进一步通过分子模拟研究常温下的主客体包合物的动态结构,并统计分析苯丁酸氮芥包合前后的结构变化。分析结果表明,主客体包合物形成后势能明显下降,说明2种苯丁酸氮芥的α-环糊精包合物可以稳定的存在,但Ⅱ-type包合构象更稳定,是优势包合构象。 展开更多
关键词 苯丁酸氮芥 Α-环糊精 主客体包合 分子动力学 包合稳定性
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