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人食管鳞状细胞癌细胞株hsa-miR-143/145基因簇表达生物学信息的分析
被引量:
2
1
作者
蒋森
杨晓娣
+4 位作者
王秀芳
鲍子超
付海龙
杜云翔
赵亚萍
《中华肿瘤防治杂志》
CAS
北大核心
2012年第23期1790-1794,共5页
目的:探讨hsa-miR-143/145基因簇在人食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞株中的表达,并对其生物学特征以及功能进行预测分析。方法:通过实时荧光定量PCR法,检测人ESCC细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-miR-143/145基因簇的相对含量...
目的:探讨hsa-miR-143/145基因簇在人食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞株中的表达,并对其生物学特征以及功能进行预测分析。方法:通过实时荧光定量PCR法,检测人ESCC细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-miR-143/145基因簇的相对含量;应用miRBase获取并分析hsa-miR-143/145基因簇序列特征并比较其同源性大小;应用TargetScan 6.1、PicTar及miRanda预测hsa-miR-143/145基因簇的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合已证实的靶基因进行功能注释(GO)和通路富集分析。结果:人ESCC细胞株KYSE-150中hsa-miR-143表达水平为0.000 2±0.000 5,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.000 6±0.000 7,t=10.301,P=0.001;hsa-miR-145的表达水平为0.000 5±0.000 1,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.001 2±0.000 2,t=6.139,P=0.004。应用3种靶标预测软件预测hsa-miR-143和hsa-miR-145的靶基因,取交集有119个基因,结合已证实的靶标基因,共224个。hsa-miR-143/145基因簇在21个物种上都显示了很好的同源性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论:Hsa-miR-143/145基因簇可能参与ESCC的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路,为后续Hsa-miR-143/145基因簇生物学功能的研究奠定了基础。
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关键词
食管肿瘤
hsa
—miR-1
43
145
基因簇
细胞系
计算生物学
原文传递
题名
人食管鳞状细胞癌细胞株hsa-miR-143/145基因簇表达生物学信息的分析
被引量:
2
1
作者
蒋森
杨晓娣
王秀芳
鲍子超
付海龙
杜云翔
赵亚萍
机构
蚌埠医学院研究生部
中国人民解放军第八二医院肿瘤科
上海交通大学医学院附属瑞金医院消化科
中国人民解放军第八二医院检验科
出处
《中华肿瘤防治杂志》
CAS
北大核心
2012年第23期1790-1794,共5页
基金
江苏省淮安市产学研合作促进计划专项资金(HAC201026)
文摘
目的:探讨hsa-miR-143/145基因簇在人食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞株中的表达,并对其生物学特征以及功能进行预测分析。方法:通过实时荧光定量PCR法,检测人ESCC细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-miR-143/145基因簇的相对含量;应用miRBase获取并分析hsa-miR-143/145基因簇序列特征并比较其同源性大小;应用TargetScan 6.1、PicTar及miRanda预测hsa-miR-143/145基因簇的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合已证实的靶基因进行功能注释(GO)和通路富集分析。结果:人ESCC细胞株KYSE-150中hsa-miR-143表达水平为0.000 2±0.000 5,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.000 6±0.000 7,t=10.301,P=0.001;hsa-miR-145的表达水平为0.000 5±0.000 1,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.001 2±0.000 2,t=6.139,P=0.004。应用3种靶标预测软件预测hsa-miR-143和hsa-miR-145的靶基因,取交集有119个基因,结合已证实的靶标基因,共224个。hsa-miR-143/145基因簇在21个物种上都显示了很好的同源性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论:Hsa-miR-143/145基因簇可能参与ESCC的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路,为后续Hsa-miR-143/145基因簇生物学功能的研究奠定了基础。
关键词
食管肿瘤
hsa
—miR-1
43
145
基因簇
细胞系
计算生物学
Keywords
esophageal neoplasms
hsa mir-i43/145 cluster
cell line
computational biology
分类号
R735.1 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人食管鳞状细胞癌细胞株hsa-miR-143/145基因簇表达生物学信息的分析
蒋森
杨晓娣
王秀芳
鲍子超
付海龙
杜云翔
赵亚萍
《中华肿瘤防治杂志》
CAS
北大核心
2012
2
原文传递
已选择
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