Hsa-miR-212-5p调控黑色素瘤细胞WM35和A375增殖侵袭的作用机制研究

目的明确hsa-miR-212-5p抑制色素瘤细胞WM35和A375增殖和侵袭的作用及其机制。方法收集5对临床黑色素瘤及其癌旁组织,Real time-PCR检测hsa-miR-212-5p及KLF4基因mRNA相对含量,Western blotting检测KLF4蛋白表达;生物信息学预测hsa-miR-212-5p与KLF4基因3'UTR区结合位点并通过荧光素酶报告基因实验进行验证;转染hsa-miR-212-5p mimics,inhibitor或者阴性对照(negative control,NC)到WM35和A375细胞,Real time-PCR和Western blotting检测转染后48 h各组细胞hsa-miR-212-5p含量和KLF4蛋白表达;MTT法检测转染后72 h各组细胞增殖活性;Transwell检测转染后48 h各组细胞侵袭能力。结果临床组织检测数据表明,与癌旁组织相比较,肿瘤组织中KLF4蛋白表达明显升高,hsa-miR-212-5p含量则明显降低,差异有统计学意义(P<0.05)。与报告基因表达载体单独转染组比较,hsa-miR-212-5p mimics,inhibitor与野生型荧光素酶报告基因共转染组可以明显抑制或增强胞内荧光素酶活性,差异有统计学意义(P<0.05);hsa-miR-212-5p mimics和hsa-miR-212-5p inhibitor转染对突变型荧光素酶报告基因载体荧光素酶活性无明显影响,差异有统计学意义(P>0.05)。WM35和A375细胞转染后48 h,与细胞对照组比较,hsa-miR-212-5p mimics转染组细胞内hsa-miR-212-5p含量明显增强(P<0.05),hsa-miR-212-5p inhibitor转染组细胞内hsa-miR-212-5p含量明显减弱(P<0.01),NC转染组与细胞对照组比较,hsamiR-212-5p含量差异无统计学意义(P>0.05);KLF4蛋白表达在各组细胞中具有与hsa-miR-212-5p含量变化相反的趋势。染后24~72 h,与细胞对照组比较,hsa-miR-212-5p mimics或inhibitor转染组细胞增殖活性明显降低或者增强(P<0.05),阴性转染组在所有检测时间点的细胞增殖活性与细胞对照组比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。hsa-miR-212-5p mimics或inhibitor转染能够明显抑制或者进一步促进WM35和A375侵袭能力。结论黑色素瘤细胞增殖和侵袭的增加与Hsa-miR-212-5p含量降低有关;上调hsa-miR-212-5p表达,可以通过抑制KLF4蛋白的表达进而达到抑制WM35和A375细胞增殖和侵袭的目的。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

前列腺癌患者血清miR-138-5p,miR-212-5p水平表达及与临床预后价值

目的 探究前列腺癌(prostate cancer)患者血清miR-138-5p,miR-212-5p水平表达及与临床预后价值。方法 选择2020年7月~2021年6月邯郸市第一医院收治的95例前列腺癌患者,根据术后两年的随访记录分为预后不良组(复发或死亡,n=52)和预后良好组(未复发或好转,n=43),另选同期48例健康体检志愿者为健康对照组。实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time fluorescence-PCR,qRT-PCR)检测血清miR-138-5p和miR-212-5p相对表达水平,收集并分析患者临床资料,多因素COX回归分析影响前列腺癌患者预后的因素;绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析血清miR-138-5p和miR-212-5p对前列腺癌患者预后情况的预测价值;Pearson分析miR-138-5p,miR-212-5p与Gleason评分的相关性。结果 与健康对照组相比较,预后良好组、预后不良组患者血清miR-138-5p(0.88±0.10,0.83±0.09 vs 1.01±0.10),miR-212-5p(0.75±0.09,0.71±0.08 vs 1.02±0.11)水平显著降低,差异具有统计学意义(t=14.021,22.275;9.825,18.063,均P <0.05);前列腺癌患者预后情况与TNM分期、骨转移、组织分化程度、术前PSA水平以及Gleason评分有关(χ^(2)=4.417~7.187,t=14.235,均P <0.05);血清mi R-138-5p[HR(95%CI):0.871(0.785~0.966)],miR-212-5p[HR(95%CI):0.822(0.725~0.932)]为预后不良的保护因素(均P <0.05)。Gleason评分[HR(95%CI):1.253(1.026~1.530)],TNM分期[HR(95%CI):1.224(1.024~1.463)],骨转移[HR(95%CI):1.398(1.036~1.887)],组织分化程度[HR(95%CI):1.520(1.146~2.016)]和PSA水平[HR(95%CI):1.426(1.094~1.858)]为预后不良的危险因素(均P <0.05);血清miR-138-5p,miR-212-5p预测的曲线下面积(95%置信区间)[AUC(95%CI)]分别为0.883(95%CI:0.801~0.940),0.863(95%CI:0.777~0.925);血清miR-138-5p,miR-212-5p与Gleason评分均呈负相关(r=-0.610,-0.420,均P <0.05)。结论 前列腺癌患者血清miR-138-5p和miR-212-5p水平显著降低,且对前列腺癌患者预后具有一定辅助预测价值。

circBFAR调控hsa-miR-424-5p及PI3K-Akt信号通路基因促进胰腺癌进展的机制研究

目的探讨circBFAR在胰腺癌中的差异表达及其作用分子机制。方法在GSE69362数据集中分析circBFAR在胰腺癌和对照组织中的差异表达。利用TCGA数据库鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达miRNAs(DEmiRs),并与circBFAR的靶标miRNAs进行交集分析。在GSE62452和GSE28735数据集中鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达mRNAs(DEmRs),并与靶标DEmiRs的靶向调控mRNAs进行交集分析。对circBFAR靶标DEmiRs调控的DEmRs进行富集分析,筛选出参与PI3K-Akt信号通路的基因并绘制生存曲线。收集10例胰腺癌组织及相应的癌旁对照组织样本,进行RT-qPCR和Western blot检测PI3K-Akt信号通路基因的表达。在胰腺癌细胞系PANC-1中敲降circBFAR或hsa-miR-424-5p,将细胞分为五组进行实验:对照组;si-circNC组;si-circBFAR组;si-circBFAR+inhibitor NC组;si-circBFAR+hsa-miR-424-5p inhibitor组。利用CCK-8检测细胞活性,通过划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭,利用RT-qPCR和Western blot检测信号通路基因的表达。结果circBFAR在胰腺癌组织中的表达显著高于对照组(P<0.001)。在鉴定的靶标DEmiRs中,hsa-miR-424-5p在胰腺癌中低表达(P<0.01)。hsa-miR-424-5p调控的靶标DEmRs中,LAMA3、ITGA3、MET和AREG参与PI3K-Akt信号通路,在胰腺癌中高表达时患者预后不良(P<0.001)。RT-qPCR和Western blot检测结果显示,circBFAR、LAMA3、ITGA3、MET和AREG在胰腺癌患者中高表达,而hsa-miR-424-5p则低表达。在PANC-1细胞中转染si-circBFAR显著抑制了细胞增殖、迁移和侵袭,以及LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达。转染hsa-miR-424-5p inhibitor抑制了si-circBFAR对细胞的影响(P<0.01)。结论circBFAR通过调控hsa-miR-424-5p及其靶向基因LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达,参与PI3K-Akt信号通路,促进了胰腺癌的进展。抑制circBFAR可能成为胰腺癌治疗的潜在策略。

血清miR-212-5p、miR-221-3p与AECOPD患者TLR4/NF-κB炎症信号通路和预后的关系研究

目的探讨血清微小核糖核酸(miRNA)-212-5p(miR-212-5p)、miRNA-221-3p(miR-221-3p)与慢性阻塞性肺疾病(COPD)急性加重期(AECOPD)患者Toll样受体4(TLR4)/核因子κB(NF-κB)炎症信号通路和预后的关系。方法选取2020年1月至2022年12月聊城市第二人民医院收治的298例COPD患者为研究对象,其中AECOPD患者175例(AECOPD组),COPD稳定期患者123例(COPD稳定期组),另纳入同期在该院体检健康者100例作为健康对照组。根据28 d预后情况,将AECOPD患者分为预后良好组和预后不良组。采用荧光定量聚合酶链反应检测血清miR-212-5p、miR-221-3p及TLR4/NF-κB信号通路相关指标的水平。采用Pearson相关分析AECOPD患者血清miR-212-5p、miR-221-3p水平与TLR4/NF-κB信号通路相关指标水平的相关性。采用多因素Logistic回归分析AECOPD患者预后不良的影响因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析miR-212-5p、miR-221-3p水平对AECOPD患者预后不良的预测价值。结果COPD稳定期组、AECOPD组血清TLR4 mRNA、NF-κB信使RNA(mRNA)水平高于健康对照组,血清miR-212-5p、miR-221-3p水平低于健康对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);AECOPD组血清TLR4 mRNA、NF-κB mRNA水平高于COPD稳定期组,血清miR-212-5p、miR-221-3p水平低于COPD稳定期组,差异均有统计学意义(P<0.05)。随访28 d,AECOPD患者中预后不良62例(预后不良组),预后良好113例(预后良好组)。预后良好组血清miR-212-5p、miR-221-3p水平高于预后不良组,而血清TLR4 mRNA、NF-κB mRNA水平低于预后不良组,差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关性分析结果显示,AECOPD患者血清miR-212-5p、miR-221-3p水平与TLR4 mRNA、NF-κB mRNA水平均呈负相关(P<0.05)。预后良好组血清白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平低于预后不良组,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,IL-6、TNF-α、TLR4 mRNA和NF-κB mRNA水平升高是AECOPD患者预后不良的危险因素(P<0.05),miR-212-5p、miR-221-3p水平升高是AECOPD患者预后不良的保护因素(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,血清miR-212-5p、miR-221-3p联合预测AECOPD预后不良的曲线下面积(AUC)为0.862,明显高于miR-212-5p、miR-221-3p单独预测的0.722、0.755(P<0.05)。结论AECOPD预后不良患者血清miR-212-5p、miR-221-3p水平下调可能与调节TLR4/NF-κB炎症信号通路有关,且miR-212-5p、miR-221-3p联合检测对AECOPD患者的预后不良具有较高的预测价值。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA(microRNA,miRNA)在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA(messenger RNA,mRNA)网络。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果:采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论:本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。

hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。

Hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因的预测分析

microRNAs的功能研究离不开其靶基因的预测。本文利用TargetScan预测软件预测分析hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因。通过分析这些靶基因在肿瘤中的主要功能,为hsa-miR-486-5p的功能研究奠定基础,同时对其他microRNAs的功能研究提供有力的参考。

hsa-miR-21-5p靶基因预测及其在急性肾损伤中的调控机制

目的:对hsa-miR-21-5p进行靶基因预测及生物信息学分析,为验证hsa-miR-21-5p靶基因及进一步研究hsa-miR-21-5p在急性肾损伤(AKI)中的调控作用提供数据支持。方法:应用Pubmed、Google等检索工具,以miR-21和AKI为关键词,检索miR-21与AKI相关的所有文献;应用miRBase获取各物种miR-21-5p序列,分析保守性;利用miRecord数据库进行靶基因预测,选取PicTar、PITA、RNAhybrid和TargetScan预测靶基因交集和DIANA LAB-TarBase 6.0已有实验数据支持的hsa-miR-21-5p靶基因作为研究的基因集合,进行功能注释、功能富集性分析(GO-analysis)及信号转导通路富集性分析。结果:miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高。miR-21-5p在多物种间具有序列保守性。hsa-miR-21-5p预测靶基因富集于生长发育、物质代谢与合成、细胞运动、细胞周期、增殖、凋亡、分化等生物学过程及蛋白连接、转录因子活性、转移酶活性、染色质结合、核苷酸结合、核苷结合、核酸结合、转录激活活性、连接酶活性等分子功能上,存在于胞内细胞器、细胞器界膜、细胞器组分、蛋白复合体、非膜性细胞器、细胞器管腔、极性生长位点等细胞组分中。预测靶基因富集于P53、TGF-β、细胞周期、MAPK、腺癌、膀胱癌、癌症通路、小细胞肺癌、慢性粒细胞白血病、黑色素瘤、前列腺癌、脑胶质瘤、大肠癌、非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肌萎缩性侧索硬化症共16条通路中。结论:(1)miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高,对AKI有保护作用;(2)miR-21-5p在多物种间具有高度保守性;(3)hsa-miR-21-5p参与了多种生理、病理过程;(4)hsa-miR-21-5p对多条通路具有调控作用,可能通过调节细胞凋亡、炎症反应等参与AKI病理生理过程。

Hsa-miR-205-5p对食管鳞癌细胞系耐药的影响

目的研究hsa-miR-205-5p对食管鳞癌铂类化疗耐药的影响。方法首先用RT-PCR法检测hsa-miR-205-5p在食管鳞癌耐药细胞系EcA109和敏感细胞系KYSE150中的表达。然后在EcA109和KYSE150中分别转染hsa-miR-205-5p mimics,mimics NC和hsa-miR-205-5p inhibitor,inhibitor NC,用MTT和CCK8法检测奥沙利铂浓度为60,120,240,480,960μmol/L对细胞增殖的影响。结果 hsa-miR-205-5p在食管癌耐药细胞系EcA109比在敏感细胞系KYSE150中低表达(P<0.05)。MTT和CCK8实验结果表明,与转染NC组相比,随着奥沙利铂浓度的增加,转染hsa-miR-205-5p mimics组的EcA109细胞抑制率上升(P<0.05),转染hsa-miR-205-5p inhibitor组的KYSE150细胞抑制率下降(P<0.05)。结论转染hsa-miR-205-5p mimics后Ec A109细胞对奥沙利铂敏感性提高,转染hsa-miR-205-5p inhibitor后KYSE150细胞对奥沙利铂耐药性增加。说明hsa-miR-205-5p过表达可抑制食管鳞癌细胞产生耐药性。

miR-212-5p通过靶向PCED1B基因抑制Wnt/β-catenin信号通路调控膀胱癌细胞的增殖和凋亡

目的研究miR-212-5p对膀胱癌(BC)细胞凋亡和增殖的影响和潜在分子机制。方法以正常膀胱上皮细胞SV-HUC-1为对照,实时荧光定量-聚合酶链反应(qRT-PCR)和Western印迹检测BC细胞系T24、RT4和UM-UC-3中miR-212-5p和PCED1B的表达;在RT4细胞中转染miR-212-5p和si-PCED1B,Western印迹检测PCED1B、细胞周期蛋白(Cyclin)D1、酶切含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(caspase)-3和β-catenin蛋白表达,CCK-8实验和流式细胞术分别检测细胞增殖率和凋亡率,双荧光素酶报告系统验证miR-212-5p和PCED1B的关系。结果与miR-NC组相比,miR-212-5p组RT4细胞中miR-212-5p含量显著升高,CyclinD1和酶切caspase-3表达量均显著降低,细胞增殖率显著降低,凋亡率显著升高(均P<0.05)。与si-NC组相比,si-PCED1B组RT4细胞中PCED1B、CyclinD1和酶切caspase-3、细胞增殖率均显著下降(均P<0.05),凋亡率显著升高(P<0.05)。miR-212-5p组PCED1B蛋白水平显著低于miR-NC组(P<0.05),anti-miR-212-5p组PCED1B蛋白水平显著高于anti-miR-NC组(P<0.05)。恢复PCED1B表达后RT4细胞中的PCED1B、CyclinD1和酶切caspase-3表达量、细胞增殖率均显著升高(P<0.05),细胞凋亡率显著降低(P<0.05)。与miR-NC组β-catenin蛋白水平相比,miR-212-5p组显著降低(P<0.05);与miR-212-5p+pcDNA-NC组β-catenin蛋白水平相比,miR-212-5p+pcDNA-PCED1B组显著升高(P<0.05)。结论miR-212-5p靶向PCED1B可能通过调控Wnt/β-catenin信号通路影响BC细胞凋亡和增殖。miR-212-5p可能是BC的潜在分子靶点。

hsa-miR-150-5p的生物信息学分析

目的探讨hsa-miR-150-5p在其基因家族的进化关系及可能介入的生物学过程。方法利用人类miRNA表达数据库(HMED)获得hsa-miR-150-5p在不同组织和疾病中特异性表达丰度信息,运用miRBase、Clustalw2和MEGA5.0分析软件获取hsa-miR-150-5p的染色体定位、碱基序列比对特征和进化规律等基本信息,通过miRDB、PicTar和TargetScan进行靶基因预测,采用基因本体(GO)和代谢通路富集分析(KEGG)对靶基因的生物学功能注释分析,进一步认识hsa-miR-150-5p的生物学功能。结果通过同源性搜索在miRBase数据中获得miR-150基因家族成员的序列36条,分布于23个物种。多序列比对发现miR-150基因家族成员序列碱基保守性很高,其中有16个碱基完全保守,6个碱基相对保守。进化分析表明人类的miR-150与青鳉、三文鱼、钳鱼、斑马鱼的分子系统进化关系较远,与其他18个物种的进化关系较近。对miRDB、PicTar和TargetScan预测的靶基因进行交集后共得到25个靶基因,GO分析结果显示靶基因参与多个信号通路的调节,包括转录因子、锌指蛋白、Toll样受体信号通路的转导蛋白、ATP偶联的离子型通道受体和细胞因子信号传导抑制蛋白等。结论 hsa-miR-150-5p在多种组织和疾病中表达,分布具有组织特异性,可能在机体的多种生理、病理过程中发挥重要作用,并可能通过调控多个靶基因而参与各个信号通路调节。

血清hsa-miR-486-5p在乳腺癌早期诊断中的价值

目的探讨与乳腺癌早期诊断密切相关的血清microRNA(miRNA)的临床价值。方法对乳腺癌发生发展4个阶段(正常-非典型增生-原位癌-浸润性癌)的组织进行miRNA高通量测序,以得到与疾病进展密切相关的目标miRNA,进而利用RT-qPCR技术分析目标miRNA在4个阶段血清中的表达情况。结果 hsa-miR-486-5P在乳腺癌发生发展4个阶段的组织和血清中均随疾病进展呈下调状态,在早期乳腺癌患者血清中呈明显低表达,与乳腺癌分子分型无关(P>0.05)。早期乳腺癌组低表达的血清hsa-miR-486-5p与正常对照组相比呈显著差异性(P<0.01);ROC曲线分析结果显示ROC曲线下面积(AUC值)为81.2%(95%CI:0.707～0.917),灵敏度和特异度分别为62.5%和90.3%。结论血清hsa-miR-486-5p可以作为诊断早期乳腺癌的生物标志物,具有较高的临床应用价值。

hsa-miR-423-5p激活IL1R1基因在冠心病中的作用机制

目的:通过人群表达水平及转录组测序分析hsa-miR-423-5p靶向目标基因在冠心病(CHD)中的作用机制。方法:选取广西医科大学第一附属医院收治的151例CHD患者(CHD组),同期选择健康体检者作为健康对照组。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测外周血白细胞中hsa-miR-423-5p表达水平,通过Spearman相关分析对hsa-miR-423-5p与各临床指标的相关关系进行分析。在EA.hy 926细胞中过表达hsa-miR-423-5p后进行hsa-miR-423-5p的亚细胞定位实验及转录组测序。针对测序结果预测hsa-miR-423-5p的潜在靶基因,对其进行RT-qPCR实验验证并分析目标基因与hsa-miR-423-5p表达水平及各临床指标之间的相关关系。结果:CHD组外周血白细胞中hsa-miR-423-5p的表达水平显著低于健康对照组(P<0.05)。hsamiR-423-5p的表达量与总胆固醇(TC)呈负相关关系,与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)呈正相关关系(P<0.05)。在EA.hy926细胞中过表达hsa-miR-423-5p,亚细胞定位实验显示hsa-miR-423-5p主要存在于细胞核内。转录组测序结果经过分析验证后,发现过表达hsa-miR-423-5p后可上调IL1R1表达。CHD组中IL1R1的表达水平低于健康对照组(P<0.01),IL1R1表达水平与hsa-miR-423-5p表达水平、HDL-C均呈正相关关系(P<0.01)。结论:hsa-miR-423-5p及IL1R1在CHD患者中呈低表达且与TC和HDL-C相关;hsa-miR-423-5p在内皮细胞上调IL1R1的表达进而影响血脂水平,提示hsa-miR-423-5p可能通过调控IL1R1基因影响脂质代谢及内皮细胞功能从而参与CHD的进展。

Hsa-miR-335-5p及其靶基因预测肝癌肝移植术后肿瘤复发的生物信息学分析

目的利用公共基因表达数据库挖掘肝癌肝移植术后复发与未复发患者的基因表达数据,通过差异分析为临床监测肝癌肝移植术后肿瘤复发寻找新的分子标志物。方法在基因表达数据库GEO中以“肝癌”“肝移植”和“miRNA”为关键词进行检索,寻找目标数据集,利用GEO2R分析目标数据集中肝癌肝移植术后复发和未复发患者组织样本中的差异微RNA(miRNA);通过miRTarBase和DIANA-TarBase v7.0数据库预测差异miRNA的靶基因,然后与GEPIA数据库中肝细胞肝癌组织中表达上调的基因取交集即共表达靶基因;利用Enrichr数据库对共表达靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用STRING数据库构建共表达差异靶基因的蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape软件筛选符合要求的关键基因并构建互作网络图,应用GEPIA数据库对共表达靶基因进行生存预后分析。结果按照筛选条件最终获得GSE30297为研究的目标数据集,利用GEO2R在线分析共获得上调miRNA 612个,下调miRNA 13个。结合既往文献报道及数据支持,最终分析确定hsa-miR-335-5p为本研究的目标miRNA,通过数据库预测hsa-miR-335-5p靶基因共得到185个共表达基因,进一步分析显示hsa-miR-335-5p与血管内皮生长因子A(VEGFA)、CXC趋化因子配体(CXCL)9、CC趋化因子配体(CCL)20、分泌型焦磷酸蛋白1(SPP1)、CXCL2、低聚果糖、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、CCL19、硬脂酰辅酶A去饱和酶、角鲨烯环氧化酶、细胞色素P450家族7亚家族A成员1、胸腺基质淋巴细胞生成素、糖原磷酸化酶B(PYGB)、细胞色素P450家族26亚家族A成员1、神经肽Y受体Y1、γ-氨基丁酸B型受体亚单位1、果糖二磷酸醛缩酶A、酰基辅酶A合成酶长链家族成员1、胞嘧啶脱氨酶、死骨片1等基因均有明显的结合位点。通过公共数据库对核心靶基因进行生存分析发现VEGFA、SPP1、PYGB、G6PD与肝癌预后明显相关。结论通过生物信息学分析,hsa-miR-335-5p及其调控的靶基因可为临床监测肝癌肝移植术后复发寻求潜在分子标志物提供新的思路。

lncRNA CRNDE靶向miR-212-5p调控氧糖剥夺诱导的大鼠皮质神经元损伤

目的:探讨lncRNA CRNDE对氧糖剥夺(OGD)诱导的大鼠皮质神经元损伤的影响及作用机制。方法:培养大鼠皮质神经元,分为对照组(Con组)、OGD组、OGD+si-NC组、OGD+si-CRNDE组、OGD+miR-NC组、OGD+miR-212-5p组、OGD+si-CRNDE+anti-miR-NC组和OGD+si-CRNDE+anti-miR-212-5p组,RT-qPCR法检测细胞中CRNDE和miR-212-5p表达水平,CCK-8法检测细胞存活率,试剂盒法检测细胞培养上清液中乳酸脱氢酶(LDH)漏出率,流式细胞术检测细胞凋亡率,Western blotting检测细胞中Bcl-2、Bax蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验验证CRNDE和miR-212-5p的调控关系。结果:与Con组比较,OGD组CRNDE水平、LDH漏出率、细胞凋亡率、Bax蛋白水平升高(P<0.01),miR-212-5p水平、细胞存活率、Bcl-2蛋白水平降低(P<0.01)。与OGD+si-NC组比较,OGD+si-CRNDE组细胞存活率、Bcl-2蛋白水平升高(P<0.01),LDH漏出率、细胞凋亡率和Bax蛋白水平降低(P<0.01)。与OGD+miR-NC组比较,OGD+miR-212-5p组细胞存活率、Bcl-2蛋白水平升高(P<0.01),LDH漏出率、细胞凋亡率和Bax蛋白水平降低(P<0.01)。与OGD+si-CRNDE+anti-miR-NC组比较,OGD+si-CRNDE+anti-miR-212-5p组细胞存活率、Bcl-2蛋白水平降低(P<0.01),LDH漏出率、细胞凋亡率和Bax蛋白水平升高(P<0.01)。CRNDE靶向负调控miR-212-5p表达。结论:干扰CRNDE表达可靶向上调miR-212-5p促进OGD诱导的大鼠皮质神经元增殖,并抑制神经元凋亡及LDH漏出率,减轻了神经元损伤。

Hsa-miR-219-5p靶基因的预测及其生物信息学分析

采用多种生物学软件对hsa-mi R-219-5p的靶基因进行预测及生物功能分析。结果表明mi R-219-5p在多个物种间高度保守。所预测的126个靶基因集合主要富集在转录调控、RNA合成调控、细胞代谢调控、DNA结合等生物学功能(P<0.01),并显著地富集在MAPK信号通路以及前列腺癌,胃癌,肝癌等疾病信号通路(P<0.01)。

子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p,hsa-miR-21-5p的水平与组织中ER,PR蛋白表达的相关性研究

目的检测子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平,并分析其与组织中雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)蛋白之间的相关性,进而探讨子宫肌瘤发生发展的作用机制。方法选取2019年8月~2020年12月于陆军军医大学士官学校附属医院妇科就诊的60例子宫肌瘤患者作为研究对象,另取同期因子宫脱垂行切除术的60例患者作为对照,通过免疫组化SP法和Westerblot法检测所有患者肌瘤组织和正常肌层组织中ER和PR蛋白的相对表达;术前采所有患者的空腹外周静脉血,通过qRT-PCR法分别检测患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p mRNA的相对表达水平,并分析组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER,PR蛋白表达的相关性。结果免疫组化结果显示,ER蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组的阳性表达率分别为73.3%(44/60)和38.3%(23/60)(χ^(2)=14.903,P=0.002),PR蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组阳性表达率分别为65.0%(39/60)和31.7%(19/60)(χ^(2)=13.348,P=0.005),差异均有统计学意义。Westernblot结果显示,子宫肌瘤组ER水平(0.98±0.21)较正常子宫肌层组(0.62±0.15)显著升高(t=22.147,P<0.001),子宫肌瘤组PR水平(0.80±0.14)较正常子宫肌层组(0.38±0.08)亦显著升高(t=38.265,P<0.001),差异均有统计学意义。qRT-PCR结果表明,与正常子宫肌层组相比,hsa-miR-15b-5p(1.98±0.12 vs 1.02±0.11)和hsa-miR-21-5p(2.21±0.15 vs 0.93±0.18)mRNA在子宫肌瘤患者血清中表达水平均显著增加(t=46.080,63.944,均P<0.001),在肌瘤组织中两者表达水平较正常肌层组织亦显著升高(t=39.852,52.046,均P<0.001),差异均有统计学意义。Pearson法分析发现,组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p表达水平与ER和PR蛋白表达水平呈明显正相关(r=0.744~0.902,均P<0.001)。结论hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p在子宫肌瘤患者血清和组织中表达水平均显著升高,子宫肌瘤组织中ER和PR蛋白亦呈高表达,并且hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER和PR表达水平呈明显正相关,可能协同诱导子宫肌瘤发生发展。

miR-212-5p调控NF-κB影响CSE诱导的MRC-5细胞炎症因子释放和凋亡

目的 研究miR-212-5p对香烟烟雾提取物(CSE)诱导的人胚肺成纤维细胞(MRC-5)炎症因子释放和凋亡的影响和机制。方法 MRC-5分成对照(Control)组、CSE(CSE诱导)组、CSE+miR-NC(转染mimics control, CSE诱导)、CSE+miR-212-5p(转染miR-212-5p mimics, CSE诱导)组,实时荧光定量PCR(qPCR)方法检测miR-212-5p表达,用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测炎症因子白细胞介素(IL)-1β、IL-8、肿瘤坏死因子(TNF)-α水平,用CCK-8法检测细胞增殖活性,用流式细胞术检测细胞凋亡变化,用Western印迹方法检测细胞中C-半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶(Caspase)-3、核因子(NF)-κB p65蛋白表达。用NF-κB信号激活剂和miR-212-5p mimics联合处理经CSE诱导的MRC-5,同样测定细胞中炎症因子分泌、细胞增殖、凋亡和C-Caspase-3、NF-κB p65蛋白表达。结果 与Control组比较,CSE组MRC-5中miR-212-5p表达水平明显降低,细胞分泌的IL-1β、IL-8、TNF-α明显增多,细胞增殖活性明显降低,细胞凋亡水平明显升高,细胞中C-Caspase-3、NF-κB p65蛋白表达明显增多(P<0.05)。与CSE+miR-NC组比较,CSE+miR-212-5p组MRC-5中miR-212-5p表达水平明显升高,细胞分泌的IL-1β、IL-8、TNF-α明显减少,细胞增殖活性明显升高,细胞凋亡水平明显降低,细胞中C-Caspase-3、NF-κB p65蛋白表达明显减少(P<0.05)。NF-κB信号激活剂可以逆转miR-212-5p对CSE诱导的MRC-5炎症因子释放、增殖和凋亡作用。结论 miR-212-5p下调NF-κB信号抑制CSE诱导的MRC-5炎症因子释放和凋亡。