hsa-miR-22-3p靶基因预测及功能分析

本研究旨在通过生物信息学分析,预测和验证hsa-miR-22-3p的靶基因,并探讨其在不同物种、组织和信号通路中的功能。方法 本研究利用了多种在线数据库和软件,如miRBase、ClustalOmega、Cytoscape3.6.1等,进行了对不同物种间的miR-22-3p保守性分析。预测hsa-miR-22-3p的靶基因,绘制Venn图,得到交集靶基因集合。对交集靶基因进行GO功能注释和KEGG Pathway富集分析,探索其在生物过程和信号通路中的作用。预测交集靶基因编码蛋白质之间的相互作用关系,构建蛋白蛋白互作网络图谱,筛选出核心基因。结果 miR-22-3p是一种在多种生物中高度保守的miRNA,与心肌细胞分化和心血管疾病密切相关。hsa-miR-22-3p的36个交集靶基因在肿瘤、淋巴和腹腔等组织中表达较高,参与了组蛋白修饰、染色质重构、低氧应答等276个生物学过程,在乳腺癌、雌激素、FoxO、破骨细胞分化、肿瘤、PI3KAkt等8个信号通路中显著富集。hsa-miR-22-3p的10个核心基因ESR1、SIRT1、PTEN、CREB1、SP1、HDAC4、MECP2、YWHAZ、MAPK14、SNAI1在多种疾病中发挥重要作用,如肿瘤、糖尿病、神经退行性疾病、炎症、衰老、心肌肥厚、心肌缺血再灌注、心房纤维化、动脉粥样硬化等。结论 本研究为hsa-miR-22-3p在肿瘤、心血管等多种疾病中的关键调控机制提供了新的理解,也为肿瘤、心血管等疾病的早期诊疗提供了新的思路。

MiR-28-3p在肝细胞癌组织中表达的临床意义及对肝细胞癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响

目的分析miR-28-3p在肝细胞癌组织中的表达与患者临床病理特征及预后的关系,研究其对肝细胞癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法从TCGA数据库下载肝细胞癌miR-28-3p表达数据、患者临床病理参数及生存预后信息,分析miR-28-3p与肝细胞癌患者临床病理参数及预后之间的关系;使用化学合成的miR-28-3p mimics及mimics NC转染肝细胞癌细胞株Huh7,用CCK-8和Transwell侵袭和迁移实验检测各组细胞的增殖、侵袭和迁移能力。结果MiR-28-3p在具有肝纤维化背景的肝细胞癌组织中高表达,其表达水平与肿瘤大小、TNM分期显著相关(P<0.05),miR-28-3p高表达者预后更差(P<0.05)。体外细胞实验表明,与mimics NC组比较,miR-28-3p mimics转染组肝细胞癌细胞增殖、侵袭和迁移能力均显著提高(均P<0.05)。结论MiR-28-3p与肝细胞癌的分期显著相关,是患者不良预后的独立预测指标,其高表达促进肝细胞癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力。

瑞芬太尼在子宫内膜癌细胞增殖及迁移中的调节机制及对miR-212-3p/LIN28B通路的影响

目的:探讨子宫内膜癌细胞采用瑞芬太尼的干预效果及对增殖、迁移与miR-212-3p/LIN28B通路的影响。方法:①子宫内膜癌Ishikawa细胞放置在4个试管中,给予瑞芬太尼5、50、500 ng/ml 24 h培养,以瑞芬太尼0 ng/ml为对照组;采用四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测细胞增殖抑制率,实时荧光PCR法检测miR-212-3p、LIN28B mRNA表达水平,Western blot法检测细胞周期蛋白(Cyclin D1)、基质金属蛋白酶(MMP-2)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)及LIN28B蛋白表达水平,采用Transwell法测定四组细胞迁移及侵袭率。②子宫内膜癌Ishikawa细胞中转染miR-NC、miR-212-3p mimics、si-NC及si-LIN28B,并采用500 ng/ml瑞芬太尼处理,采用上述方法评估细胞的增殖和迁移。结果:四组24 h细胞增殖率比较无统计学差异(均P>0.05);且细胞增殖抑制率呈瑞芬太尼药物剂量依赖性;实时荧光PCR法测定结果表明:四组不同浓度瑞芬太尼处理后miR-212-3p mRNA呈上升趋势(均P<0.05),而LIN28B mRNA水平呈下降趋势(P<0.05),并呈剂量依赖性;Western blot结果表明:四组Cyclin D1、MMP-2、MMP-9及LIN28B蛋白表达比较差异具有统计学意义(均P<0.05),随着瑞芬太尼药物剂量增加,其表达水平呈下降趋势;随着瑞芬太尼浓度增加,迁移细胞数与侵袭细胞数下降明显,并表现出剂量依赖性;miR-NC组细胞增殖抑制率低于miR-212-3p mimics组(P<0.05),迁移细胞数、侵袭细胞数高于miR-212-3p mimics组(均P<0.05);抑制LIN28B蛋白后si-LIN28B细胞增殖抑制率高于si-NC组(P<0.05),迁移细胞数、侵袭细胞数及LIN28蛋白均低于si-NC(均P<0.05);瑞芬太尼500 ng/ml+anti-miR-212-3p组miR-212-3p、细胞增殖抑制率低于瑞芬太尼500 ng/ml+anti-miR-NC组(均P<0.05),LIN28B蛋白、迁移细胞数及侵袭细胞数高于瑞芬太尼500 ng/ml+anti-miR-NC组(均P<0.05)。结论:瑞芬太尼能抑制子宫内膜癌细胞生物学活性,可能与药物调控miR-212-3p/LIN28B通路有关。

hsa-miR-877-3p通过靶向MCM10调控卵巢癌细胞迁移和活性氧产生

目的探讨has-miR-877-3p调控卵巢癌细胞迁移和活性氧(ROS)产生的作用机制。方法运用生物信息学分析hsa-miR-877-3p在卵巢癌组织中表达,RT-qPCR检测卵巢癌细胞株中hsa-miR-877-3p表达。构建hsa-miR-877-3p过表达及抑制SKOV3细胞,RNA干扰技术敲低SKOV3细胞中MCM10基因,划痕实验及流式细胞术分别检测细胞迁移、ROS水平。结果hsa-miR-877-3p在卵巢癌中表达低于正常组织(P<0.01),其在卵巢癌细胞株SKOV3、A2780、A1847和8910中表达也降低(P<0.01)。hsa-miR-877-3p过表达抑制SKOV3细胞迁移、增加ROS水平(P<0.01),而抑制hsa-miR-877-3p表达增加SKOV3细胞迁移(P<0.01)。MCM10基因沉默抑制SKOV3细胞迁移、促进ROS表达(P<0.01)。结论hsa-miR-877-3p可以通过调控MCM10基因抑制SKOV3细胞迁移并提高其活性氧水平。

外泌体hsa-miR-522-3p通过调节CDK6参与卵巢癌进程

目的:探讨外泌体hsa-miR-522-3p在卵巢癌发生发展中的作用及其潜在机制。方法:采用荧光实时定量PCR检测hsa-miR-522-3p在组织和细胞中的表达水平。使用EdU、Transwell和流式细胞术检测外泌体hsa-miR-522-3p对卵巢癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。通过荧光素酶测定和蛋白质印迹评估hsa-miR-522-3p对CDK6表达的调控作用。进一步构建裸鼠成瘤模型验证外泌体hsa-miR-522-3p对肿瘤生长的影响。结果:本研究发现hsa-miR-522-3p在卵巢癌组织、血浆外泌体及卵巢癌细胞的外泌体中表达显著升高。与NC组比较,hsa-miR-522-3p模拟物组细胞的迁移和侵袭能力显著增高且差异具有统计学意义(P<0.05)。此外,hsa-miR-522-3p抑制剂组可以促进caspase3和Bax的表达并抑制Bcl2的表达。荧光素酶报告结果显示,hsa-miR-522-3p能够靶向结合CDK6的3′-非翻译区(3′-UTR)来抑制其表达。裸鼠成瘤结果表明,外泌体hsa-miR-522-3p可增加瘤的体积及重量。结论:外泌体hsa-miR-522-3p通过调节CDK6参与卵巢癌的进程。本研究的发现将为外泌体hsa-miR-522-3p在卵巢癌发生中的机制提供新的见解。

肝癌病人血清中长链非编码RNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平及其临床诊断价值分析

目的检测肝癌病人血清中长链非编码RNA BSN-AS2(lncRNA BSN-AS2)、hsa-miR-4782-3p表达水平,并分析两者在肝癌中的临床诊断价值。方法选取2018年3月~2020年3月在我院诊治的肝癌病人100例为研究组,另取同期体检健康者90例为对照组。采用实时定量聚合酶链式反应法(qRT-PCR)检测病人血清中lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p的表达水平;采用Spearman等级相关分析血清中lncRNA BSN-AS2与hsa-miR-4782-3p表达的相关性,同时分析二者与临床病理特征的关系;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平对肝癌的诊断效能。结果研究组血清lncRNA BSN-AS2的表达水平为(2.02±0.59),显著高于对照组的(1.05±0.25),研究组血清hsa-miR-4782-3p的表达水平为(0.69±0.15),低于对照组的(1.08±0.29),两组比较差异有统计学意义(P<0.05)。血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平与TNM分期、分化程度、甲胎蛋白(AFP)有关(P<0.05)。Spearman等级相关分析显示,肝癌病人血清lncRNA BSN-AS2与hsa-miR-4782-3p表达呈负相关(r=-0.536,P<0.05)。血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3单独及联合诊断肝癌的AUC分别是0.890、0.856和0.937,灵敏度分别为87.00%、93.00%和86.00%,特异度分别为78.89%、70.00%和92.22%;二者联合优于lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p各自单独预测(Z^(二者联合-lncRNA BSN-AS)=2.481、P=0.013,Z_(二者联合-hsa-miR-4782-3P)=3.503,P=0.001)。结论肝癌病人血清lncRNA BSN-AS2表达水平显著升高,hsa-miR-4782-3p水平显著降低,可作为诊断肝癌的潜在分子标志物。

miR-28-3p通过抑制BIN1表达促进三阴性乳腺癌MDA-MB-468细胞的恶性生物学行为

目的:探讨miR-28-3p在三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)组织和细胞系中的表达及其对MDA-MB-468细胞恶性生物学行为的影响。方法:收集2013年1月至2014年1月河北医科大学第四医院乳腺中心手术切除的、经病理证实的83例女性TNBC患者的癌组织和癌旁组织标本,以及TNBC细胞系MDA-MB-468、HCC-1937、MDA-MB-231、MDA-MB-436、MDA-MB-453和人正常乳腺上皮细胞MCF10A,用qPCR检测组织和细胞系中miR-28-3p的表达水平并分析其表达与患者临床病理特征的相关性。用miR-28-3p抑制剂转染MDA-MB-468细胞后,用CCK-8、流式细胞术、细胞划痕和Transwell实验分别检测miR-28-3p抑制剂对MDA-MB-468细胞增殖、凋亡、侵袭和迁移能力的影响,用Western blotting检测MDA-MB-468细胞中桥接整合因子1(bridging integrator-1,BIN1)蛋白的表达水平。通过生物信息学工具预测miR-28-3p的靶基因BIN1,用双荧光素酶报告基因实验验证miR-28-3p对BIN1的调控作用。结果:TNBC组织及细胞系中miR-28-3p表达水平显著高于癌旁组织及MCF10A细胞(均P<0.01);83例TNBC组织中共有56例(67.47%)高表达miR-28-3p,其高表达与患者的Ki-67表达水平、肿瘤大小和TNM分期密切相关(均P<0.05或P<0.01)。与miR-NC组比较,miR-28-3p抑制剂组MDA-MB-468细胞增殖、侵袭和迁移能力降低,凋亡率升高(均P<0.05或P<0.01)。双荧光素酶报告基因和实验证实BIN1是miR-28-3p的靶基因,miR-28-3p抑制剂可上调MDA-MB-468细胞中BIN1蛋白的表达(P<0.05)。结论:miR-28-3p在TNBC组织及细胞中呈高表达状态,mi R-28-3p抑制剂上调BIN1表达进而抑制MDA-MB-468细胞的增殖、迁移和侵袭能力,并促进其凋亡。

非小细胞肺癌患者射频消融治疗后血清miR-28-3p表达量变化及意义

目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者射频消融(RFA)治疗后血清miR-28-3p表达量变化及意义。方法选取2013年7月至2015年7月治疗的73例NSCLC患者为研究对象。采用RT-qPCR法检测患者治疗前后血清miR-28-3p相对表达量。分析血清miR-28-3p相对表达量与NSCLC患者预后的关系。结果NSCLC患者RFA治疗前血清miR-28-3p相对表达量为(12.62±2.51),经RFA治疗后血清miR-28-3p相对表达量降低[(10.46±2.10),P<0.05]。73例NSCLC患者3年生存率为61.6%(45/73)。NSCLC生存组患者血清miR-28-3p相对表达量明显低于死亡组患者(P<0.05)。血清miR-28-3p评估NSCLC患者生存预后的曲线下面积(AUC)为0.782。血清miR-28-3p≥11.05的NSCLC患者3年平均总生存时间为27.78(95%CI为24.30~31.27)个月,明显低于血清miR-28-3p<11.05的NSCLC患者3年总生存时间33.19(95%CI为30.84~35.55)个月,差异有统计学意义(P<0.05)。COX单因素及多因素回归分析显示年龄、TNM分期、肿瘤直径、淋巴结转移、miR-28-3p与NSCLC患者RFA后生存时间密切相关。结论NSCLC患者RFA后血清miR-28-3p相对表达量明显降低。血清miR-28-3p与RFA治疗后NSCLC患者生存预后密切相关。

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA(microRNA,miRNA)在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA(messenger RNA,mRNA)网络。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果:采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论:本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。

Hsa-miR-21-3p对食管癌细胞运动与侵袭能力的影响

目的:研究hsa-miR-21-3p对人食管癌细胞Eca9706侵袭和迁移能力的影响。方法:采用终浓度为30 nmol/L的寡核苷酸hsa-miR-21-3p mimics和阴性对照转染Eca9706细胞48 h后,用实时荧光定量PCR检测转染后hsa-miR-21-3p的表达水平,通过Transwell体外侵袭试验和划痕愈合试验分别观察hsa-miR-21-3p对Eca9706细胞侵袭和迁移能力的影响。结果:与阴性对照组相比4较,hsa-miR-21-3p mimics转染组细胞中hsa-miR-21-3p表达明显升高(P<0.01),是阴性对照的1.1×10倍;Transwell体外侵袭试验结果显示镜下每个视野穿膜细胞数试验组(76.67±6.11)较阴性对照组(42.33±2.52)增加了81.1%(P<0.01),表明hsa-miR-21-3p的过表达显著增强食管癌细胞的侵袭能力;划痕愈合试验结果显示,hsa-miR-21-3p试验组的划痕宽度较对照组窄,在相同的时间点,试验组的划痕愈合能力均大于对照组(P<0.01),说明转染了hsa-miR-21-3p mimics的试验组细胞的迁移能力大于对照组。结论:Hsa-miR-21-3p的高表达可以使人食管癌细胞Eca9706的侵袭和迁移能力增强,提示其可能参与了食管癌进程中的浸润和转移。

hsa-miR-342-3p 生物信息学分析

通过生物信息学方法预测hsa-miR-342-3p靶基因及其功能机制。检索Pub Med有关hsa-miR-342-3p的研究报道并进行功能分析;检索miRBase获取hsa-miR-342-3p序列;通过Target Scan,Pictar和PITA数据库预测靶基因并取交集,对其进行组织和疾病特异性表达谱分析、功能富集分析(GO enrichment analysis)、信号转导通路富集分析(Pathway enrichment analysis)和蛋白质相互作用网络分析(PPI analysis)。结果发现:hsa-miR-342-3p序列在多物种间具有高度保守性;hsa-miR-342-3p在肾脏组织和急性淋巴细胞性白血病、乳腺癌疾病中表达水平较高(RPM≥1 000);预测得到14个hsa-miR-342-3p靶基因;靶基因分子功能分别富集于转化生长因子活性、DNA结合和蛋白激酶激活等(P<0.05);hsa-miR-342-3p靶基因GO生物学过程主要集中于大分子代谢抑制,肺部组织发育、呼吸系统发育及管状组织发育建成(P<0.05);细胞信号通路主要富集于TGF-Beta信号通路、细胞因子、受体作用信号通路及前列腺疾病信号通路(P<0.01)。hsa-miR-342-3p在体内分布广泛,预测的靶向TGF-Beta信号通路可能在疾病发生中发挥重要调控作用,是具有潜在研究价值的生物学靶标。

hsa-miR-192-3p的靶基因预测及功能分析

通过生物信息学方法预测hsa-miR-192-3p的靶基因及其靶基因的可能功能。首先通过miRbase在线数据库对hsamiR-192-3p的碱基序列及序列在各物种间的保守性进行分析,再通过miRGator v3. 0在线数据库查看hsa-miR-192-3p在各个组织器官中的表达丰富度情况;其次,应用Target Scan和miRanda在线数据库预测hsa-miR-192-3p的靶基因;最后,将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果表明:hsa-miR-192-3p在人、家鼠、猕猴等生物中存在高度保守性; hsa-miR-192-3p在胃肠道、肾脏、肝胆系统、干细胞、鼻、脾、胸腺中表达丰富度较高;通过两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有190个;功能富集分析发现hsa-miR-192-3p靶基因富集在细胞质、细胞核、质膜、高尔基体等15个细胞组件(p<0. 05),参与蛋白结合、GTP酶活性、锌离子跨膜转运蛋白活性等7个分子功能(p<0. 05),涉及金属离子运输、RNA聚合酶II启动子的转录阳性调控、基因表达调节、钙离子跨膜运输、胚胎发育等18个生物过程(p<0. 05);预测靶基因集合显著富集于癌症通路与催乳素信号通路中(p<0. 05)。得出结论:hsa-miR-192-3p预测的靶基因集合富集于多个生物过程,与肿瘤密切相关,生物信息预测为今后的研究奠定了一定的理论基础,为后续实验验证提供了研究方向。

Hsa-miR-6841-3p对宫颈癌细胞系Caski增殖及侵袭转移的影响

目的:探讨miRNA-6841-3p对宫颈癌细胞生物学行为的影响。方法:将miRNA-6841-3p模拟物、miRNA-6841-3p抑制物转染至宫颈癌细胞系Caski。实时荧光定量PCR检测宫颈癌细胞系Caski转染后miRNA-6841-3p mRNA以及其预测靶基因TFF3的转录表达。CCK-8法检测细胞增殖能力。Transwell小室检测细胞体外侵袭转移能力。划痕实验检测细胞迁移能力。结果:实时荧光定量PCR显示,miRNA-6841-3p模拟物转染组与miRNA-6841-3p模拟物对照组相比,miRNA-6841-3p mRNA表达明显上调(P<0.01),miRNA-6841-3p抑制物转染组miRNA-6841-3p mRNA转录表达明显受抑制,差异有统计学意义(P<0.01)。其预测靶基因TFF3 mRNA转录表达在miRNA-6841-3p模拟物转染组明显低于抑制物转染组(P<0.01)。与miRNA-6841-3p抑制物转染组比较,转染miRNA-6841-3p模拟物后,宫颈癌细胞系Caski细胞活性、迁移侵袭能力明显减弱(P<0.05)。结论:上调miRNA-6841-3p表达可明显抑制宫颈癌细胞系Caski增殖,抑制其迁移、侵袭能力,其作用机制可能通过抑制预测靶基因TFF3表达实现。

以hsa-miR-491-3p为靶标的反义寡核苷酸对NCI-H446细胞生物学特性的影响

背景与目的:miRNAs是一类小分子RNA,参与转录后调控。前期研究结果显示,hsa-miR-491-3p在肺癌和肾癌组织中高表达,目前鲜见其功能研究的报道。本研究旨在探讨以hsa-miR-491-3p为靶标的反义寡核苷酸对人小细胞肺癌NCI-H446细胞生物学特性的影响。方法:合成以hsa-miR-491-3p为靶标的反义寡核苷酸和随机对照序列,转染NCI-H446细胞。实验分4组:空白对照组(组1)、空白转染组(组2)、随机对照组(组3)和反义寡核苷酸组(组4)。用四甲基偶氮唑蓝(MTT)法筛选最佳作用浓度,Hoechst33258染色检测细胞核的形态变化,流式细胞术检测细胞凋亡和周期变化,划痕实验检测细胞的迁移能力。结果:转染反义寡核苷酸后细胞生长受到抑制,最佳作用浓度为0.5μmol/L。Hoechst33258染色各组的凋亡率分别为(6.67±0.58)%、(7.00±1.00)%、(6.67±1.53)%和(26.33±1.53)%,组4的凋亡率明显高于前3组,差异有统计学意义(P<0.001)。流式细胞仪检测各组的凋亡率分别为(2.44±0.60)%、(2.59±0.85)%、(2.62±1.11)%和(5.22±0.40)%,组4的凋亡率明显高于前3组,差异有统计学意义(P<0.01),且G1期细胞增多,S期细胞减少。划痕实验显示各组细胞24 h的迁移距离分别为(196.88±39.13)、(163.06±21.28)、(225.49±23.42)和(77.41±6.07)μm,组4细胞的迁移距离小于前3组(P<0.05),迁移能力减弱。结论:以hsa-miR-491-3p为靶标的反义寡核苷酸能够抑制NCI-H446细胞增殖,诱导其凋亡,并降低其侵袭能力。

hsa-miR-367-3p靶基因预测及功能分析

目的通过生物信息学方法预测hsa-miR-367-3p的靶基因及其靶基因的功能。方法运用miRbase在线数据库、miRGator v3.0在线数据库TargetScan、miRDB在线数据库和DAVID在线数据库进行预测和分析。结果 hsa-miR-367-3p在多个物种之间具有高度保守性;在干细胞中表达丰富度较高;功能富集分析发现,hsa-miR-367-3p的靶基因涉及心室发育、转录调节等38个生物过程(P <0.05),富集在神经元等21个细胞组分(P <0.05)。结论 hsa-miR-367-3p个别预测出来的靶基因与通路已经被证实,更多的预测结果需要进一步的研究加以验证。本研究为将来验证hsa-miR-367-3p的靶基因和可能调控的通路指明了方向。

糖尿病相关hsa-miR-223-3p靶基因预测及生物信息学分析

目的·分析人类mi R-223-3p(hsa-miR-223-3p)的靶基因及其参与的生物学过程,并寻找与糖尿病相关的生物标志物。方法·利用starBase数据库筛选hsa-miR-223-3p靶基因,并对其行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)和Reactome通路分析。通过构建蛋白-蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络获得中枢基因,筛选最有意义的模块,并利用Venn图对糖尿病相关的中枢基因进行分析。结果·共筛选出870个hsa-miR-223-3p靶基因。GO、KEGG和Reactome富集分析显示,靶基因主要与RNA聚合酶Ⅱ启动子的调节、细胞对胰岛素刺激的反应、RNA结合等相关,且主要富集于胰岛素分泌、泛素介导的蛋白水解、雌激素依赖型基因表达等通路。PPI网络共得31个中枢基因,且中枢基因PRKACB参与胰岛素分泌通路;共筛选出3个最有意义的基因模块,其中模块1参与泛素介导的蛋白水解作用,模块2参与RNA转运和细胞周期,模块3参与内吞作用。结论·Hsa-miR-223-3p可能通过靶基因参与多种生物学过程,中枢基因PRKACB或可为糖尿病发生机制的探索提供帮助。

miR-28-3p通过PI3K/AKT通路对大鼠糖尿病性视网膜病变及视网膜血管生成的影响

目的:探讨miR-28-3p通过PI3K/AKT通路对糖尿病性视网膜病变(DR)大鼠及视网膜血管生成的影响。方法:SD大鼠分为假手术组(sham组)、糖尿病模型组(model组)、糖尿病+阴性对照组(miR-NC组)和糖尿病+miR-28-3p inhibitor组(miR-28-3p inhibitor组),采用腹腔注射链脲佐菌素溶液建立糖尿病大鼠模型并给与腺相关病毒(AAV-U6-inhibitor-rno-miR-28-3p-CAG-EGFP)治疗;qPCR检测各组大鼠视网膜组织中miR-28-3p的表达情况;HE染色观察各组大鼠视网膜内血管分布面积情况;免疫荧光检测CD31的表达;免疫组化检测各组大鼠视网膜组织中Bax和Bcl-2蛋白的表达情况;ELISA检测各组大鼠血清中炎性因子(TNF-α、IL-1β和IL-6)的表达情况;Western blotting检测PI3K、AKT蛋白表达情况。结果:与sham组相比,model组大鼠视网膜组织中miR-28-3p的表达上调(P<0.001),与model组相比,miR-28-3p inhibitor组大鼠视网膜组织中miR-28-3p的表达下调(P<0.001);与sham组相比,model组大鼠的视网膜内血管分布面积和CD31的表达明显增加(均P<0.001),与model组相比,miR-28-3p inhibitor组大鼠视网膜血管分布面积和CD31的表达量均降低(均P<0.01);与model组相比,miR-28-3p inhibitor组中Bax的细胞数量降低(P<0.001),Bcl-2的细胞数量增加(P<0.01);与sham组相比,model组大鼠血清中TNF-α、IL-1β和IL-6含量明显增加(均P<0.001),而miR-28-3p inhibitor组大鼠血清中TNF-α、IL-1β和IL-6含量明显降低(均P<0.01);与model组相比,miR-28-3p inhibitor组大鼠视网膜中PI3K和AKT蛋白含量明显下降(均P<0.01)。结论:miR-28-3p inhibitor能抑制视网膜中血管的生成、减轻炎性反应以及抑制凋亡因子Bax表达,促进凋亡抑制因子Bcl-2表达,并且能抑制PI3K/AKT信号通路的激活,在DR发生发展过程有重要作用。

乳腺癌中hsa-miR-24-3p的表达及临床意义

目的观察hsa-miR-24-3p在乳腺癌组织中的表达及与乳腺癌临床病理特征的关系,探索其发挥作用的具体机制。方法采用组织原位杂交实验检测乳腺癌组织和乳腺良性病变组织中hsa-miR-24-3p的原位表达,针对112例乳腺癌临床病理参数和相应hsa-miR-24-3p的表达水平进行相关性分析;预测hsa-miR-24-3p下游靶基因,通过荧光素酶报告实验和实时荧光定量PCR实验进行验证。结果在乳腺癌组织和乳腺良性病变组织中hsa-miR-24-3p的阳性率分别为36.6%(41/112)和66.7%(14/21)。hsa-miR-24-3p表达与乳腺癌患者的腋窝淋巴结转移数以及肿瘤的TNM分期呈负相关(P <0.05),与患者年龄、肿瘤直径、组织学分级、ER、PR和HER-2的表达均无显著相关性(P >0.05)。hsa-miR-24-3p表达与乳腺癌患者的无复发生存期和总体生存期呈正相关(P =0.025,P =0.019)。hsa-miR-24-3p靶向抑制RNF2的表达。结论 hsa-miR-24-3p在乳腺癌中具有抑癌功能,其可作为乳腺癌的潜在靶向治疗药物。

早期胚胎停育患者绒毛组织中hsa-miR-2276-3p及ITGA9、VEGF mRNA表达变化

目的观察胚胎停育患者绒毛组织中hsa-miR-2276-3p及整合素9(ITGA9)、血管内皮生长因子(VEGF)mRNA表达变化,并分析其相关性。方法收集正常早孕及胚胎停育行人工流产患者各30例,采用实时荧光定量PCR法检测绒毛组织中的hsa-miR-2276-3p及ITGA9、VEGF mRNA,并行Pearson相关分析法分析其相关性。结果与正常早孕者比较,胚胎停育患者绒毛组织中hsa-miR-2276-3p表达增高,而ITGA9、VEGF mRNA均表达降低(P均<0. 05)。在胚胎停育患者绒毛组织中,has-miR-2276-3p与ITGA9、VEGF mRNA的表达均呈负相关(r分别为-0. 679、-0. 528,P均<0. 05)。结论在胚胎停育患者绒毛组织中hsa-miR-2276-3p高表达而ITGA9、VEGF mRNA低表达,hsa-miR-2276-3p与ITGA9、VEGF mRNA表达呈负相关; hsa-miR-2276-3p可能负向调节ITGA9、VEGF表达,从而导致绒毛组织中血管生成减少,引起胚胎停育的发生。

Hsa-miR-139-3p靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-139-3p 的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,为hsa-miR-139-3p 靶基因的实验验证及其调控机制提供理论基础。方法采用3 种软件预测hsa-miR-139-3p 的靶基因并对结果进行功能注释(GO)和信号通路富集分析(KEGG)。结果 hsa-miR-139-3p 成熟序列在各物种间高度保守。获得的133 个靶基因存在于细胞各个组分,主要有转录调控、基因表达调控和蛋白连接等分子功能,并富集于发育生物学过程,涉及黏着斑信号转导以及基因信息处理等信号通路。结论 hsa-miR-139-3p 通过调控靶基因参与人类生命活动和疾病过程的很多方面,尤其生长发育和癌症过程是值得进一步研究的方向。