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棉铃虫核多角体病毒细胞凋亡抑制基因iap3的序列分析 被引量:2
1
作者 王华林 胡志红 +2 位作者 孙修炼 Just M.Vlak 陈新文 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第S1期46-52,共7页
杆状病毒的细胞凋亡抑制蛋白在提高病毒的感染力和决定病毒的宿主域中起作用 ,具有应用于基因工程改良病毒杀虫剂杀虫特性的潜力。本研究应用末端测序法和引物步移法双向测定了中国棉铃虫核多角体病毒的iap3基因。HaSNPViap3基因的开放... 杆状病毒的细胞凋亡抑制蛋白在提高病毒的感染力和决定病毒的宿主域中起作用 ,具有应用于基因工程改良病毒杀虫剂杀虫特性的潜力。本研究应用末端测序法和引物步移法双向测定了中国棉铃虫核多角体病毒的iap3基因。HaSNPViap3基因的开放阅读框大小为 80 7bp ,在起始密码子上游 - 83~ - 79的位置处发现有一个晚期同源转录结构GTAAG ,在翻译终止密码子下游的 2 1~ 2 6碱基处发现有一典型的 poly (A)信号。HaSNPVIAP3蛋白的N端发现有一个典型的BIR结构和一个类BIR结构 ,C端有一个典型的RING锌指结构。对 17种IAP的排列显示 ,IAP类蛋白具有较保守的BIR结构和RING锌指结构 ,推测BIR结构内的保守氨基酸可能对其抗细胞凋亡起决定作用。 展开更多
关键词 杆状病毒 中国棉铃虫核型多角体病毒 抗细胞凋亡基因 iap
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杆状病毒IAP基因的结构、功能及其进化 被引量:5
2
作者 张瑞 姚青 +1 位作者 彭建新 洪华珠 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期128-132,共5页
杆状病毒的IAP(inh ib itor of apoptosis prote in)基因是最早鉴定的IAP家族基因,具有B IR和R ING结构域特征,与杆状病毒P35基因有相似抗细胞凋亡功能,但在结构和作用机制上存在差异。系统分析表明,杆状病毒IAP基因可能是病毒与鳞翅目... 杆状病毒的IAP(inh ib itor of apoptosis prote in)基因是最早鉴定的IAP家族基因,具有B IR和R ING结构域特征,与杆状病毒P35基因有相似抗细胞凋亡功能,但在结构和作用机制上存在差异。系统分析表明,杆状病毒IAP基因可能是病毒与鳞翅目昆虫在长期的进化过程中从宿主基因组中获得的。 展开更多
关键词 杆状病毒 iap基因 结构 功能 进化
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单核细胞增多性李斯特菌iap基因的克隆、表达与p60蛋白的纯化 被引量:3
3
作者 吕添 武海涛 +1 位作者 曹正茂 王小红 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第11期157-161,共5页
以单增李斯特菌基因组DNA为模板,利用自行设计的引物,通过PCR法扩增出单增李斯特菌的iap基因。在iap基因的5'端和3'端分别引入EcoRⅠ和XhoⅠ2个酶切位点将其克隆到pMD-18T载体上,构建克隆载体pMD-18T-iap。经测序正确后,将iap... 以单增李斯特菌基因组DNA为模板,利用自行设计的引物,通过PCR法扩增出单增李斯特菌的iap基因。在iap基因的5'端和3'端分别引入EcoRⅠ和XhoⅠ2个酶切位点将其克隆到pMD-18T载体上,构建克隆载体pMD-18T-iap。经测序正确后,将iap基因克隆至表达载体pET-28a上构建表达质粒pET-28a-iap。在IPTG诱导下,携带pET-28a-iap的E.coliBL21(DE3)高效表达分子质量约为60kD的可溶性蛋白及包涵体形式的蛋白,其中可溶性蛋白占总p60蛋白含量的76.3%左右。诱导表达的可溶性蛋白通过Ni2+亲和层析柱纯化得到纯度在95.6%以上的重组p60蛋白,其提取率为68.3%左右。 展开更多
关键词 单核细胞增多性李斯特菌 iap基因 克隆 表达 p60蛋白 纯化
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针对单增李斯特菌iap基因PCR检测方法的建立及其应用 被引量:6
4
作者 崔小辉 贾艳艳 +4 位作者 王伟杰 何圆圆 于会举 周吉培 蒋丹 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第12期160-162,172,共4页
为了建立快速、简便的单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)PCR检测方法,试验根据Gen Bank上已发表的单增李斯特菌iap基因序列,设计1对特异性引物,通过优化各种条件建立针对iap基因的单增李斯特菌的PCR检测方法,并对该方法的灵敏度... 为了建立快速、简便的单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)PCR检测方法,试验根据Gen Bank上已发表的单增李斯特菌iap基因序列,设计1对特异性引物,通过优化各种条件建立针对iap基因的单增李斯特菌的PCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行评估及初步临床应用。结果表明:建立的PCR检测方法的最佳退火温度为60℃,Mix最佳使用量为12.5μL,模板使用量为30 ng;该方法对单增李斯特菌纯培养物的检测限为1×105cfu/m L,且能够区分单增李斯特菌和英诺克李斯特菌,对沙门氏菌、大肠杆菌及猪链球菌均无交叉反应;对42份疑似感染单增李斯特菌临床样品进行PCR检测,有7份扩增结果呈阳性,与传统分离培养结果一致。说明试验所建立的PCR方法可用于食品中单增李斯特菌的检测。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 英诺克李斯特菌 PCR方法 iap基因 临床应用 食品安全监督
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家蚕核型多角体病毒凋亡抑制基因iap的功能分析 被引量:3
5
作者 陈滨 余海鹏 +4 位作者 张媛媛 李俊 张婷 全滟平 于威 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期887-894,共8页
在昆虫杆状病毒基因组中普遍存在一类凋亡抑制基因iap(inhibitor of apotosis)。核型多角体病毒(BmNPV)基因组中的iap1和iap2基因为研究对象,分别构建BmNPV iap1、BmNPV iap2缺失型和补回型病毒,探究2个iap基因的生物学功能。病毒基因组... 在昆虫杆状病毒基因组中普遍存在一类凋亡抑制基因iap(inhibitor of apotosis)。核型多角体病毒(BmNPV)基因组中的iap1和iap2基因为研究对象,分别构建BmNPV iap1、BmNPV iap2缺失型和补回型病毒,探究2个iap基因的生物学功能。病毒基因组DNA对BmN细胞的转染实验结果表明,BmNPV iap1基因缺失对病毒感染引起的细胞凋亡无显著影响,对病毒基因组的复制和基因转录也无明显影响;但BmNPV iap2基因的缺失可显著提高细胞的凋亡水平(P<0.05),当利用iap2缺失型病毒基因组DNA转染BmN细胞时,胞内凋亡启动蛋白Caspase-3的活性与野生型病毒转染组相比显著上升,并且病毒滴度降为0。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析结果表明,BmNPV iap2的缺失大大降低了病毒DNA的复制水平和基因转录水平。基于上述试验结果可知:BmNPV iap2具有抑制由病毒感染诱导的细胞凋亡的作用,并且是病毒增殖的必需基因;而BmNPV iap1对宿主细胞的凋亡没有明显调控作用,对病毒基因组DNA的复制和基因转录也没有明显影响。 展开更多
关键词 家蚕核型多角体病毒 凋亡抑制基因iap 细胞凋亡 病毒复制 基因转录
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半滑舌鳎的一种细胞凋亡抑制因子的克隆、鉴定与分析 被引量:1
6
作者 孙业盈 张全启 +4 位作者 齐洁 陈妍婕 李春梅 钟其旺 王志刚 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期927-931,共5页
克隆半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的1种细胞凋亡抑制因子survivin基因,并对其序列及表达模式进行分析。结果表明,该基因cDNA序列全长704 bp(GenBank登录号为EU499314),包括86 bp5’非翻译区,444 bp开放阅读框以及含poly(A)信号的17... 克隆半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的1种细胞凋亡抑制因子survivin基因,并对其序列及表达模式进行分析。结果表明,该基因cDNA序列全长704 bp(GenBank登录号为EU499314),包括86 bp5’非翻译区,444 bp开放阅读框以及含poly(A)信号的174 bp的3’非翻译区,编码147个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,半滑舌鳎survivin氨基酸序列与斑马鱼、非洲爪蟾、鸡、小鼠和人survivin氨基酸序列的同源性分别达到了63.3%,49.0%,43.7%,43.6%和41.5%。RT-PCR分析表明,survivin基因在半滑舌鳎成体雌鱼卵巢中大量表达,在雌鱼的肾脏中微量表达,在其它雌鱼的组织中无表达,在雄性的任何组织中均无表达。该基因在受精卵、多细胞和囊胚3个胚胎发育的早期阶段,大量表达,而随着胚胎发育的进程,survivin基因的表达逐渐减少,在孵化前尾芽期胚胎中只有微量表达,在孵化后5 d的仔鱼中,几乎检测不到survivin基因的表达。表明该基因可能参与卵子形成和胚胎的早期发育。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 凋亡抑制蛋白 SURVIVIN基因 克隆 表达分析
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杆状病毒凋亡抑制基因的研究进展 被引量:4
7
作者 余倩 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期33-36,共4页
杆状病毒(bacu lovirus)感染昆虫细胞能引起细胞凋亡,但在长期进化过程中,杆状病毒可通过自身编码凋亡抑制基因的表达,抑制细胞凋亡以利于自己的增殖。目前在杆状病毒基因组中已发现两种不同类型的细胞凋亡抑制基因p35/p49和iap,这两类... 杆状病毒(bacu lovirus)感染昆虫细胞能引起细胞凋亡,但在长期进化过程中,杆状病毒可通过自身编码凋亡抑制基因的表达,抑制细胞凋亡以利于自己的增殖。目前在杆状病毒基因组中已发现两种不同类型的细胞凋亡抑制基因p35/p49和iap,这两类凋亡抑制基因分别作用于细胞凋亡途径的不同位点,以抑制细胞的凋亡。近年来人们对这两种基因的蛋白结构及作用机制等方面进行了大量的研究,这些为今后研究昆虫细胞凋亡,扩大杆状病毒宿主范围等方面奠定了基础。 展开更多
关键词 杆状病毒 iap基因 P35基因 细胞凋亡 凋亡抑制基因
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一种新的凋亡抑制蛋白Livin在非小细胞肺癌组织中的表达 被引量:47
8
作者 孙建国 廖荣霞 +3 位作者 陈正堂 王志新 张青 伍伟玲 《重庆医学》 CAS CSCD 2004年第7期982-984,共3页
目的 探讨一种新的凋亡抑制蛋白 (inhibitorofapoptosisprotein ,IAP)Livin两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌 (NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC组织类型、放化治疗的关系。方法 采用逆转录多聚酶链式反应 (RT PCR)检测NSCLC... 目的 探讨一种新的凋亡抑制蛋白 (inhibitorofapoptosisprotein ,IAP)Livin两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌 (NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC组织类型、放化治疗的关系。方法 采用逆转录多聚酶链式反应 (RT PCR)检测NSCLC组织中Livinα和LivinβmRNA的表达 ,并用westernblot分析Livin蛋白的表达。 结果  4 8例NSCLC组织中Livin表达阳性率为 2 2 .9% ,其表达与NSCLC组织学类型相关 ,腺癌中Livin表达阳性率达 4 5 .5 % ,明显高于鳞癌和大细胞癌 (P <0 .0 1 ) ,而癌旁组织和良性疾病肺组织未检出阳性结果 ;Livin表达还与肿瘤治疗相关 ,放化治疗可明显诱导Livin表达 (P <0 .0 1 )。结论 Livin异构体在非小细胞肺癌组织中表达 ,作为肺腺癌的分子标志物 。 展开更多
关键词 凋亡抑制蛋白 LIVIN 非小细胞肺癌 基因表达
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凋亡抑制蛋白Livin在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义 被引量:11
9
作者 崔肃 陈东义 韩力波 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期249-252,共4页
目的:探讨凋亡抑制蛋白(inhibitorofapoptosisprotein,IAP)家族的新成员Livin及其两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC临床病理的关系。方法:采用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)检测NSCLC组织中Livi... 目的:探讨凋亡抑制蛋白(inhibitorofapoptosisprotein,IAP)家族的新成员Livin及其两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC临床病理的关系。方法:采用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)检测NSCLC组织中LivinαmRNA和LivinβmRNA的表达,并用westernblot分析Livin蛋白的表达。结果:45例NSCLC组织中LivinmRNA表达阳性率为71.1%,而在癌旁组织和肺良性瘤样病变低表达(5.7%和6.7%,P<0.01)。LivinmRNA的表达与肺癌患者的病理分型﹑肿瘤分化程度﹑淋巴结转移及TNM分期均无明显相关关系。结论:Livin在非小细胞肺癌组织中特异性地高表达及与肿瘤的发生﹑发展的密切相关性,可成为诊断和治疗的新靶点。 展开更多
关键词 凋亡抑制蛋白LIVIN 非小细胞肺癌 基因表达
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Livin在非小细胞肺癌中的表达及临床意义 被引量:9
10
作者 刘俊华 吴纪祥 +2 位作者 刘益飞 张裕东 张宏 《现代肿瘤医学》 CAS 2010年第2期247-249,共3页
目的:探讨凋亡抑制蛋白(inhibitor of apoptosis protein,IAP)家族的新成员Livin及其两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC临床病理的关系。方法:采用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)检测NSCLC组织中L... 目的:探讨凋亡抑制蛋白(inhibitor of apoptosis protein,IAP)家族的新成员Livin及其两种异构体Livinα和Livinβ在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC临床病理的关系。方法:采用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)检测NSCLC组织中Livinα mRNA和LivinβmRNA的表达。结果:58例NSCLC组织中Livin mRNA表达阳性率为74.1%,而在癌旁组织低表达(5.1%,P<0.01)。Livin mRNA表达与患者年龄,病理分型、肿瘤分化程度、淋巴结转移及TNM分期均无明显相关关系。结论:Livin在非小细胞肺癌组织中特异性地高表达,可能与肿瘤的发生、发展密切相关,可能成为诊断和治疗的新靶点。 展开更多
关键词 凋亡抑制蛋白LIVIN 非小细胞肺癌 基因表达
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食品中单核细胞增生李斯特菌DNA环介导恒温扩增快速检测方法的建立 被引量:9
11
作者 徐义刚 崔丽春 +4 位作者 李丹丹 刘忠梅 李苏龙 张子群 张国财 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第16期137-141,共5页
基于单核细胞增生李斯特菌胞壁质水解酶iap基因,设计两对特异性引物,利用DNA环介导恒温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,以扩增副产物焦磷酸镁实时浊度为判定标准,建立食品中单核细胞增生李斯特菌LAMP快速检测... 基于单核细胞增生李斯特菌胞壁质水解酶iap基因,设计两对特异性引物,利用DNA环介导恒温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术,以扩增副产物焦磷酸镁实时浊度为判定标准,建立食品中单核细胞增生李斯特菌LAMP快速检测方法。结果显示,本LAMP方法特异性强,经过对29株细菌进行检测,所试单核细胞增生李斯特菌均为LAMP阳性,其他菌株为阴性;本LAMP方法对单核细胞增生李斯特菌纯培养菌的检测灵敏度为8CFU/管,对污染食品中单核细胞增生李斯特菌的检测灵敏度为12CFU/管。本研究建立的LAMP检测方法简便快速、结果判断直观。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特菌 iap基因 环介导恒温扩增 快速检测
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杆状病毒凋亡抑制基因 被引量:2
12
作者 舒端阳 陈娟 +2 位作者 郭素英 彭建新 洪华珠 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期38-41,共4页
杆状病毒(baculoviruses)感染昆虫细胞会引发细胞凋亡,然而病毒为了确保自身的复制和繁殖会抑制宿主细胞的凋亡。杆状病毒在长期进化过程中获得了凋亡抑制基因,如苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica MNPV,AcMNPV)中的p3... 杆状病毒(baculoviruses)感染昆虫细胞会引发细胞凋亡,然而病毒为了确保自身的复制和繁殖会抑制宿主细胞的凋亡。杆状病毒在长期进化过程中获得了凋亡抑制基因,如苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica MNPV,AcMNPV)中的p35基因,棉铃虫核型多角体病毒(Helicoverpa armigera single nucleocapsid nucleopolyhedrovirus,HaSNPV)基因组中的IAP基因家族,以及莲纹夜蛾核形多角体病毒(Spodoptera littoralismulticapsid nucleopolyhedrovirus,SpliMNPV)的p49基因等。尽管这些基因都具有抑制细胞凋亡的功能,但是作用途径和方式却各有差异。对杆状病毒3种抗凋亡基因的结构和功能作一简单的介绍和评述。 展开更多
关键词 杆状病毒 细胞凋亡 P35基因 iap基因家族 p49基因
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基于双启动引物特异性检测单核细胞增生李斯特氏菌的PCR方法 被引量:7
13
作者 徐义刚 李丹丹 +4 位作者 张柏棋 刘忠梅 魏冬旭 刘新亮 李苏龙 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期86-89,共4页
以单核细胞增生李斯特氏菌iap基因为靶基因,利用一新型PCR引物设计方法——双启动引物(Dual-primingoligonucleotide,DPO),建立了特异性检测单核细胞增生李斯特氏菌的DPO—PCR方法,测试了DPO—PCR方法退火温度不敏感性、特异性及... 以单核细胞增生李斯特氏菌iap基因为靶基因,利用一新型PCR引物设计方法——双启动引物(Dual-primingoligonucleotide,DPO),建立了特异性检测单核细胞增生李斯特氏菌的DPO—PCR方法,测试了DPO—PCR方法退火温度不敏感性、特异性及灵敏度,并在实践检测中进行了初步应用。结果显示:该方法检测单核细胞增生李斯特氏菌的灵敏度为1.51×10^2CFU/mL;退火温度不敏感性测试中,与常规PCR引物相比,DPO引物在48~68℃退火温度范围内均能够高效率地扩增靶基因;特异性测试中,DPO—PCR方法能特异地检测出目标菌,与其他菌株无非特异性扩增反应,比常规PCR方法显示出更强的特异性。实践应用证明,利用DPO—PCR方法对130份样本进行检测,共计检出9份单核细胞增生李斯特氏菌阳性样本,经国标法(GB/T4789.30—2008)复检,两者检测结果一致,显示出良好的实用性,为单核细胞增生李斯特氏菌的快速准确检测提供了新方法。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特氏菌 iap基因 DPO-PCR方法
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斜纹夜蛾核型多角体病毒安徽和县株系细胞凋亡抑制相关基因的克隆与遗传变异
14
作者 任彬元 钟万芳 郭慧芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期1292-1298,共7页
为分析核型多角体病毒(NPV)分离株内细胞凋亡抑制相关基因的多态性,从安徽和县采集感染病毒的斜纹夜蛾病虫,分离出斜纹夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus,Splt NPV)15个活体克隆株系,研究其细胞凋亡抑制基因(I... 为分析核型多角体病毒(NPV)分离株内细胞凋亡抑制相关基因的多态性,从安徽和县采集感染病毒的斜纹夜蛾病虫,分离出斜纹夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus,Splt NPV)15个活体克隆株系,研究其细胞凋亡抑制基因(IAP)和P49基因多态性。发现15个Splt NPV安徽和县克隆株系中的IAP基因序列均无差异,且与已报道的Splt NPV中国G2株的同源性达100%;Splt NPV各克隆株系中的P49基因序列也无差异,且与Splt NPV中国G2株的P49基因同源性达99%。表明Splt NPV安徽和县株系IAP和P49基因均较为保守,没有表现出遗传变异。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾核型多角体病毒 安徽和县株 iap基因 P49基因 遗传分化
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Invertebrate Iridovirus Modulation of Apoptosis 被引量:1
15
作者 Trevor Williams Nilesh S. Chitnis Shn L. Bilimoria 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2009年第4期295-304,共10页
Programmed cell death (apoptosis) is a key host response to virus infection. Viruses that can modulate host apoptotic responses are likely to gain important opportunities for transmission. Here we review recent stud... Programmed cell death (apoptosis) is a key host response to virus infection. Viruses that can modulate host apoptotic responses are likely to gain important opportunities for transmission. Here we review recent studies that demonstrate that particles of Invertebrate iridescent virus 6 (IIV-6) (Iridoviridae, genus Iridovirus), or an IIV-6 virion protein extract, are capable of inducing apoptosis in lepidopteran and coleopteran cells, at concentrations 1000-fold lower than that required to shut-off host macromolecular synthesis. Induction of apoptosis depends on endocytosis of one or more heat-sensitive virion component(s). Studies with a JNK inhibitor (SP600125) indicated that the JNK signaling pathway is significantly involved in apoptosis in IIV-6 infections of Choristoneurafumiferana cells. The genome of IIV-6 codes for an inhibitor of apoptosis iap gene (193R) that encodes a protein of 208 aa with 15% identity and 28% similarity in its amino acid sequence to IAP-3 from Cydia pomonella ganulovirus (CpGV). Transcription of IIV-6 iap did not require prior DNA or protein synthesis, indicating that it is an immediate-early class gene. Transient expression and gene knockdown studies have confirmed the functional nature of the IIV-6 lap gene. We present a tentative model for IIV-6 induction and inhibition of apoptosis in insect cells and discuss the potential applications of these findings in insect pest control. 展开更多
关键词 APOPTOSIS Invertebrate iridescent virus 6 Induction by endocytosis Inhibition of apoptosis iap gene Iridoviridae JNK pathway involvement.
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口腔鳞状细胞癌患者预后相关基因标志物的生物信息学分析 被引量:5
16
作者 王力业 高莺 田淳 《口腔疾病防治》 2021年第1期27-33,共7页
目的通过生物信息分析方法筛选口腔鳞状细胞癌与癌旁组织之间的差异表达基因,初步确定潜在生物标志物。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载口腔鳞状细胞癌相关芯片数据集GSE23558、GSE37991、GSE30784,利用GEO在... 目的通过生物信息分析方法筛选口腔鳞状细胞癌与癌旁组织之间的差异表达基因,初步确定潜在生物标志物。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载口腔鳞状细胞癌相关芯片数据集GSE23558、GSE37991、GSE30784,利用GEO在线分析工具筛选差异表达基因,并对其进行基因本体、京都基因与基因组百科全书分析。利用STRING在线数据库,构建差异基因蛋白互作(protein⁃protein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape筛选关键基因。进而使用Kaplan Meier在线软件对差异表达基因进行预后分析,并使用GEPIA(http://gepia.cancer⁃pku.cn/)验证其表达情况。结果共筛选出212个差异表达基因,进一步分析发现16个核心基因,其中与预后相关的核心基因包括:极光激酶A(aurora kinase A,AURKA)、极光激酶B(aurora kinase B,AURKB)、细胞凋亡抑制因子5(baculoviral IAP repeat containing 5,BIRC5)、细胞分裂周期蛋白6(cell division cycle 6,CDC6)、E2F转录因子7(E2F transcription factor 7,E2F7)、泛素样含PHD和环指域蛋白1(ubiquitin⁃like with PHD and ring finger domains 1,UHRF1),这些关键基因与癌旁组织相比在口腔鳞状细胞癌组织呈高表达并且患者生存时间均较短,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论AURKA、AURKB、BIRC5、CDC6、E2F7和UHRF1可作为口腔鳞状细胞癌患者预后潜在的标志物。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 生物信息学 生物学标志物 差异表达基因 基因芯片 极光激酶 细胞凋亡抑制因子5 细胞分裂周期蛋白6 E2F转录因子7 泛素样含PHD和环指域蛋白1
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单核细胞增生性李斯特菌iap基因克隆和PCR条件优化
17
作者 贾芙蓉 罗雁非 +4 位作者 方玲 郑岚 刘伟林 潘洪涛 何成彦 《中华生物医学工程杂志》 CAS 2010年第3期223-226,共4页
目的构建单核细胞增生性李斯特菌Listeriamonocytogenes54002—4株p60蛋白iap基因原核克隆载体。方法利用自行设计的引物通过梯度PCR优化扩增条件,扩增出单核细胞增生性李斯特菌54002—4株的iap基因。在iap基因的5’端和3’端分别引入B... 目的构建单核细胞增生性李斯特菌Listeriamonocytogenes54002—4株p60蛋白iap基因原核克隆载体。方法利用自行设计的引物通过梯度PCR优化扩增条件,扩增出单核细胞增生性李斯特菌54002—4株的iap基因。在iap基因的5’端和3’端分别引入BamHI和XhoI2个酶切位点,琼脂糖凝胶电泳分析、回收PCR产物,并将回收纯化的PCR产物与pMD18.T载体进行连接。将该重组质粒转化入大肠杆菌JMl09感受态细胞,经1mmol/LIPTG诱导4~6h后,观察转化效果。结果培养无色菌落细菌,提取质粒,经PCR鉴定和核苷酸序列测定后确定获得阳性重组质粒pMDl8-T—IaP。结论通过梯度PCR摸索出最佳反应条件,建立PCR优化条件和方法,经转化获得iap基因克隆载体。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应 质粒 单核细胞增生性李斯特菌 iap基因 原核克隆载体
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食品中单核细胞增生李斯特菌株的分离及聚合酶链式反应鉴定 被引量:2
18
作者 曾太红 段丽栗 +3 位作者 唐俊妮 陈娟 王洪志 龙虎 《中国食品卫生杂志》 北大核心 2011年第5期394-398,共5页
目的建立单核细胞增生李斯特菌的聚合酶链式反应(PCR)检测方法,了解市售食品中单核细胞增生李斯特菌的污染情况。方法采集成都市市售生畜肉、生禽肉、熟肉制品、水产品、生食蔬菜以及其他熟食等食品样品共135份,采用李氏增菌肉汤(LB1,L... 目的建立单核细胞增生李斯特菌的聚合酶链式反应(PCR)检测方法,了解市售食品中单核细胞增生李斯特菌的污染情况。方法采集成都市市售生畜肉、生禽肉、熟肉制品、水产品、生食蔬菜以及其他熟食等食品样品共135份,采用李氏增菌肉汤(LB1,LB2)进行初增菌,应用选择性分离培养基PALCAM和在TSA-YE平板上进行分离,利用单增李斯特显色平板进行鉴定;根据李斯特菌的特异性基因iap基因设计引物,采用PCR方法检测所有分离的李斯特菌株;根据单增李斯特菌的特异性基因hly基因和prfA基因设计引物检测单核细胞增生李斯特菌株。结果 135份样品中共检出李斯特菌17株,检出率为12.6%;其中单核细胞增生李斯特菌4株,检出率为3.0%。结论本研究建立的PCR方法具有特异性,本市市售食品不同程度受到李斯特菌的污染。 展开更多
关键词 李斯特菌 iap基因 hly基因 prfA基因 聚合酶链式反应 食品污染
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