IBS评分法鉴定全同胞关系及其临界值查询表的构建

目的建立包含不同个数STR基因座检测体系在不同错判标准下的IBS临界值和检测效能查询表。方法收集267对全同胞和360对无关个体血样,采用Goldeneye^(TM) 20A体系进行19个常染色体STR基因座的分型,按照《生物学全同胞关系鉴定实施规范》采用IBS评分法判定全同胞关系。通过理论推算,计算包含不同个数STR基因座检测体系在不同错判标准下的IBS临界值和检测效能。结果按照规范的IBS评分标准对全同胞和无关个体的鉴别效能为0.764 0,错判率为0,理论推算和样本观察值相符。包含不同个数STR基因座检测体系的全同胞鉴定IBS评分临界值查询表构建成功。结论该规范的IBS评分法检测效力较高,错判率极低,判定结果相对保守。包含不同个数STR基因座检测体系的全同胞鉴定IBS评分临界值查询表为全同胞鉴定的结果评判提供了重要的参考数据,具有很好的应用价值。

基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究

目的评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性。方法采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系。通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果1~4级亲缘关系预测准确率高达99%,预测误差在1级以内且无假阳性。SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率。结论IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值。

IBS法和ITO法应用于全同胞鉴定中的探讨

【目的】应用GoldeneyeTM 20A扩增体系,讨论IBS法和ITO法在全同胞鉴定中的应用价值。【方法】选取150对全同胞和500对无关个体,用GoldeneyeTM 20A体系进行19个常染色体STR基因座的扩增,计算状态一致性评分(IBS),用ITO法分别计算全同胞关系指数(FSI)、半同胞关系指数(HSI)及其比值(FSI:HSI)。【结果】在检测GoldeneyeTM 20A体系19个基因座时,(1)当两个体的IBS≥22时,倾向于全同胞;当IBS≤13时,倾向于无关个体;当13<IBS<22时,无法给出倾向性意见。(2)当FSI<0.01时,倾向于无关个体;当FSI>1且FSI:HSI>1时,倾向于全同胞;当0.01≤FSI≤1或FSI>1而FSI:HSI≤1时,无法给出倾向性意见。【结论】IBS法和ITO法都可以用在全同胞亲缘鉴定中,IBS法将作为新标准出台,其具有快速简便,高准确率的优势,而ITO法计算过程较为复杂,但具有较高的检出概率,是IBS法一种很好的补充。在实际检案中,可根据案件具体情况,综合运用。

基于不同STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法

目的 建立基于常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法。方法 采用ForenSeq^(TM) DNA Signature Prep试剂盒检测55例配对肿瘤组织样本(肿瘤组织和同一个体正常组织成对)以及75例无关个体全血样本27个常染色体STR基因座的分型情况,并模拟55例肿瘤组织的全同胞、亲子对分型数据,统计成对肿瘤(paired carcinoma,PC)、肿瘤-无关个体(tumor-unrelated individual,UI)、肿瘤-全同胞(tumor-simulated full sibling,FS)与肿瘤-亲子(tumor-simulated parent-offspring,PO)的共有等位基因个数(number of total identical alleles,A_n)及状态一致性(identity by state,IBS)评分。以上述统计结果作为参照,建立8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型,并尝试构建一个专用于肿瘤组织身源鉴定的模型。使用另外23例配对肿瘤组织样本的检测结果对鉴定模型的准确性、灵敏度及特异度进行验证与评估。结果 (1)在任一试剂盒中,全不同基因座数量(A_0)在PC组与PO组之间差异无统计学意义。1个相同基因座数量(A_(1))、2个相同基因座数量(A_(2))和IBS评分在PC组与UI、FS、PO组之间差异均有统计学意义。(2)不同STR基因座的A_n与IBS评分在不同组别存在差异,其中,13个STR基因座(CSF1PO、D12S391、D19S433、D20S482、D2S1338、D3S1358、D4S2408、D7S820、D8S1179、FGA、TH01、TPOX、vWA)的A_(2)在PC组均高于其他STR基因座;2个STR基因座(D6S1043、PentaE)的A_(2)在UI组低于其他STR基因座。(3)成功构建了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定预测模型以及15个STR基因座的肿瘤组织身源鉴定模型(15-STRs),灵敏度均达100%,特异度为97.56%~99.88%,准确度为97.59%~99.89%。其中,15-STRs模型的灵敏度为100%,特异度为99.88%,准确率为99.89%,高于常用商业化试剂盒。结论 本研究成功建立了8个常用STR分型试剂盒的肿瘤组织身源鉴定方法,拓展了肿瘤组织身源鉴定的应用范围。通过比较不同基因座在肿瘤组织身源鉴定中的差异,筛选出了15个特别适用于肿瘤组织身源鉴定的STR基因座,为未来肿瘤组织溯源的试剂盒构建提供了数据基础。

快速的致病基因分析方法

目前通过IBD定位研究致病基因首先需要检测IBD片段,然后利用得到的IBD关系进行关联检测来定位致病基因,但是寻找IBD片段需要较长时间。提出了一种新的算法FADG,通过分析IBS和IBD的关系找出候选IBD片段,然后定义评价函数分别对病例组和对照组进行分析,差异最大的SNP位点就是致病位点。通过对GAW15提供的类风湿关节炎模拟数据的五个主要的致病位点和GS生成的模拟数据进行分析,实验结果与数据给定的致病位点一致;与已有的方法进行对比表明该算法在能找到正确位点的基础上效率较高;最后选择了RA数据中两条染色体分别进行permutation测试,验证算法得到致病位点的可信度,进一步排除所得结果假阳性的可能性。

疏肝健脾方治疗功能性胃肠病重叠综合征的临床效果

目的:观察疏肝健脾法治疗功能性胃肠病重叠综合征(FGIDs)的疗效,为中医药防治功能性胃肠病重叠综合征提供更有效的治疗方法。方法:采用多中心、随机、双盲、安慰剂对照研究,选取2016年6月至2018年7月首都医科大学附属北京中医医院消化中心、北京中医医院顺义医院、北京中医医院延庆医院门诊或者住院部收治的患有功能性胃肠病重叠综合征的患者108例作为研究对象,随机分为观察组(n=53)和对照组(n=52),分别用疏肝健脾方以及安慰剂治疗。2组治疗疗程均为4周。分别在治疗前,治疗2周,治疗4周记录患者主要西医临床症状积分、IBS病情变化积分及大便性状。结果:观察组治疗有效率为81%,对照组治疗有效率为46%,观察组疗效优于对照组差异有统计学意义(P<0.05)。观察组在上腹痛、上腹烧灼感、恶心、早饱感方面疗效,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05)。观察组和对照组的IBS病情变化疗效有效率分别为83%和52%,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗后观察组在每天排便最多的次数和10 d中排便急迫感的天数两方面优于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:疏肝健脾方治疗功能性胃肠病重叠综合征有一定的临床疗效。

IBS法鉴定全同胞关系的错判概率分析

目的以随机模拟法进行IBS鉴定全同胞关系的错判概率分析。方法分别在19、29、39个常染色体STR检测系统上,以随机模拟法产生1000万对全同胞和无关个体样本,按照《生物学全同胞关系鉴定实施规范》采用IBS法鉴定全同胞关系,统计假阳性概率和假阴性概率。结果在19个STR检测系统上,按照规范的IBS评分标准的假阳性概率和假阴性概率分别为1.6×10^(-4)和1.4×10^(-4);在29个STR检测系统上的假阳性概率和假阴性概率分别为2.4×10^(-4)和2.3×10-6;在39个STR检测系统上的假阳性概率和假阴性概率分别为2.9×10^(-4)和0。结论规范中IBS法错判概率极低,判定结果保守,具有很好的应用价值。