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Genome-Wide Analysis for Yield-Related Agronomic and Biochemical Traits of Chinese and Bangladeshi Grass Pea Genotypes Using SSR Markers
1
作者 Md.Mosiur Rahman Md.Ruhul Quddus +15 位作者 Quanle Xu Muhammad Malek Hossain Rong Liu Mengwei Li Xin Yan Guan Li Yishan Ji Chenyu Wang Ashutosh Sarker Tao Yang Xuxiao Zong Md.Monoar Hossain Saleh Alfarraj Mohammad Javed Ansari Sagar Maitra Akbar Hossain 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2024年第8期1781-1804,共24页
Grass pea(Lathyrus sativus L.)is an imperative food crop cultured in dryland agricultural ecology.It is a vital source of dietary protein to millions of populaces living in low-income countries in South-East Asia and ... Grass pea(Lathyrus sativus L.)is an imperative food crop cultured in dryland agricultural ecology.It is a vital source of dietary protein to millions of populaces living in low-income countries in South-East Asia and Africa.This study highlights the improvement of genomic properties and their application in marker-trait relationships for 17 yield-related characters in 400 grass pea genotypes from China and Bangladesh.These characters were assessed via 56 polymorphic markers using general linear model(GLM)(P+G+Q)and mixed linear model(MLM)(P+G+Q+K)in the tassel software based on the linkage disequilibrium and population structure analysis.Population structure analysis showed two major groups and one admixed group in the populace.Statistically significant loci pairs of linkage disequilibrium(LD)mean value(D′)was 0.479.A total of 99 and 61 marker-trait associations in GLM and MLM models allied to the 17 traits were accepted at a 5%level of significance.Among these markers,21 markers were associated with more than one trait;12 marker-trait associations passed the Bonferroni correction threshold.Both models found six markers C41936,C39067,C34100,C47146,C47638,and C43047 significantly associated with days to maturity,flower color,plant height,and seed per pod were detected in the Hebei and Liaoyang location(p≤0.01),and the interpretation rate(R^(2)value)11.2%to 43.6%.Conferring to the consequences,the association analysis methodology may operative system for quantitative,qualitative,and biochemical traits related to gene position mapping and support breeders in improving novel approaches for advancing the grass pea quality. 展开更多
关键词 Grass pea dryland agriculture genome-wide association yield contributing traits ssr markers
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不同品种草莓花器与花粉特征变异及SSR遗传多样性研究
2
作者 忻雅 余霞奎 +1 位作者 李小白 余红 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1468-1475,共8页
草莓花器特征和花粉形态在品种之间存在一定的差异,这些差异对草莓品种的分类具有指导意义。为研究南方地区主栽的10个草莓品种花器、花粉及其与品种分类的关系,对其花部特征、花粉形态进行比较,并对13个花粉和花器性状进行相关性和主... 草莓花器特征和花粉形态在品种之间存在一定的差异,这些差异对草莓品种的分类具有指导意义。为研究南方地区主栽的10个草莓品种花器、花粉及其与品种分类的关系,对其花部特征、花粉形态进行比较,并对13个花粉和花器性状进行相关性和主成分分析,同时进行了品种间简单重复序列(SSR)标记遗传多样性分析。花器特征显示,甜查理的花瓣长、花瓣宽和花萼宽的特征值显著高于其他9个品种,其次是宁玉和妙香7号,红颊、红玉和越心的花瓣长、花瓣宽、花冠径则明显低于其他品种。红颊、白雪公主、妙香7号和宁玉在极轴长、花粉大小、花粉形状、萌发沟长等花粉特性上高于其他品种。主成分分析结果显示,4个主成分累积贡献率为85.96%,其中花瓣长、花瓣宽和花萼宽的大小特征在第1主成分中具有较大载荷值。SSR分析结果显示,10个草莓栽培品种间的相似系数范围为0.47~0.85,在相似系数0.65处10个草莓品种分为两大类,红颊、章姬、红玉、粉玉1号、越心、白雪公主6个品种聚为一类,甜查理、越秀、妙香7号、宁玉4个品种聚为一类。结合草莓花器特征、花粉特性及其主成分分析与SSR标记聚类结果和系谱情况,花粉形态特性在草莓品种之间的差异不明显,花器特征的花瓣长、花瓣宽、花萼宽适用于品种分类,对指导育种亲本选择有参考意义。 展开更多
关键词 草莓 花器 花粉 ssr标记 主成分分析
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浙江红花油茶×广宁红花油茶杂交子代的表型性状及其SSR分子鉴定
3
作者 周文才 田仟仟 +2 位作者 李田 黄彬 温强 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1269-1277,共9页
浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶(C.semiserrata)具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的优点,培育优良种质材料,该研究对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45个F_(1)杂... 浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶(C.semiserrata)具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的优点,培育优良种质材料,该研究对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45个F_(1)杂交子代进行表型性状分析,以掌握杂交子代的表型性状情况,同时利用SSR标记对其进行杂种真伪鉴定,并筛选可用于油茶杂交子代鉴定的SSR标记。结果表明:(1)浙江红花油茶×广宁红花油茶的F_(1)子代表现为树形高大、生长迅速且其叶脉、萼片、柱头均倾向于父本广宁红花油茶的性状,而花和叶片形态等性状与母本浙江红花油茶接近,叶片颜色与大小等特征介于双亲特征之间。(2)从32个SSR标记中筛选出了8个可区分双亲且能明确杂交子代来源的完全互补型标记,用于开展杂交子代鉴定,其中7个标记杂种鉴定效率高达100%,1个标记杂种鉴定效率为55.56%;8个标记相互补充鉴定出45个杂交子代全是真杂种。(3)8个SSR标记对杂交子代进行的鉴定能力验证表明,利用这些SSR标记鉴定油茶杂交子代是可行的。该研究结果为油茶物种间的杂交育种提供了参考,同时也为后续油茶物种间的杂交子代SSR标记鉴定提供了依据。 展开更多
关键词 红花油茶 杂交子代鉴定 ssr标记 表型性状 杂交育种
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基于SSR的云南野生猕猴桃种质资源亲缘关系分析
4
作者 王连润 万红 +4 位作者 陶磅 陈霞 李坤明 沙毓沧 丁仁展 《中国农学通报》 2024年第4期98-102,共5页
为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析。UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的... 为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析。UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的中越猕猴桃MLP001和MLP010、西畴的中越猕猴桃TSH-1和TSH-4,以及滇南屏边的中越猕猴桃PB001和PB005;类群Ⅱ共31份材料,主要包括滇东北的18份材料,滇西北的3份紫果猕猴桃TC-8、TC-1、TC-10,以及5份贡山猕猴桃CJ-11、CJ-13、CJ-7、CJ-3、CJ-2;类群Ⅲ共14份材料,主要包括滇东北的10份美味猕猴桃和中华猕猴桃系列材料,滇东的JZS-5、JZS-9及JZS-7,以及滇东南西畴的黄毛猕猴桃XPS-1;类群Ⅳ共19份材料,主要包括滇东北的16份材料,滇东南西畴的京梨猕猴桃XCFD-1及革叶猕猴桃XCFD-3,果实无被毛且果皮带斑点,果实较小,与其他类群具有较远的亲缘关系。SSR分子标记反映了云南猕猴桃属70份种质资源间的遗传亲缘关系,其中一些材料按种类、资源分布地及形态学性状特征形成明显有规律的聚类关系。 展开更多
关键词 野生猕猴桃 亲缘关系 云南 种质资源 ssr分子标记
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黄精转录组SSR分子标记开发及种质遗传多样性分析
5
作者 苏海兰 江保东 +5 位作者 朱雁鸣 郑梅霞 陈宏 丁明月 牛雨晴 朱育菁 《中国农学通报》 2024年第26期30-37,共8页
为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记,开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属... 为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记,开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属植物进行转录组测序,从60836967个Unigenes鉴定出19630个包含1~6个碱基重复类型的SSR位点,设计和筛选获得了9对SSR有效性引物,并对来源于5个省份共计31份种质资源进行鉴定与遗传多样性分析。9对SSR引物不仅能够将长梗黄精与其他3种药材黄精划分开,还能够较好地区分不同基源黄精(滇黄精、黄精、多花黄精),并且31份资源遗传相似系数范围为0.0769~0.75。此外,构建了31份黄精属种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。本研究结果为黄精属种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供了可用的分子标记以及参考依据。 展开更多
关键词 黄精 ssr 分子标记 种质资源 遗传多样性
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基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析
6
作者 张震 许彦明 +9 位作者 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 《绿色科技》 2024年第18期200-204,共5页
基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,... 基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。 展开更多
关键词 油茶 转录组测序 ssr SNP INDEL
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基于SSR分子标记吉安地区的水稻亲缘关系鉴定分析
7
作者 郑卓 张天舒 +4 位作者 李华 王莉莉 吴杨 贺卫东 孙惠敏 《井冈山大学学报(自然科学版)》 2024年第1期48-53,共6页
稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。... 稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。结果表明:所选取的8份水稻样品中,其相似系数为0.65~1.00,在遗传相似系数0.65处,8份水稻样品聚为两大类群,其中5号‘赣迟A04’单独为一类,其他水稻样品聚为一类。在遗传相似系数0.80处,可划分为三大类群:第一类囊括了6种样品,表明这6个品种亲缘关系较近,其中6号‘赣早A02’与7号‘吉安早A07’疑似同一样品,3号‘井冈山迟A03’与4号‘井冈山早A05’的亲缘关系最近,而6号、7号同时与8号‘吉安迟A09’保持有最近的亲缘关系;第二类只含有2号‘迟-2’样品株;第三类则仅有5号稻株‘赣迟A04’,说明其与其他7份水稻样品的亲缘关系最远。本研究结果为杂交水稻的应用提供重要信息。 展开更多
关键词 水稻 ssr分子标记 品种鉴定 聚类分析
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燕麦全基因组SSR位点鉴定及多态性标记开发 被引量:1
8
作者 陈凯凌 武涛 +4 位作者 徐逸群 高佳 张美俊 李欣 贾举庆 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期120-129,共10页
【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位... 【目的】了解燕麦基因组SSR位点分布情况并开发燕麦全基因组SSR标记,为燕麦皮裸基因克隆、遗传图谱构建、群体多样性分析等提供科学的参考依据。【方法】利用已公布的“三分三”裸燕麦参考基因组,通过TBtools软件对燕麦全基因组的SSR位点进行检索并利用EXCEL和SPSS软件对检索数据分析其分布特征。根据检索结果设计引物,在构建的F_(2)遗传群体中小规模进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证,并克隆测序其有效性与真实性。【结果】在燕麦基因组中,SSR数量众多,类型丰富。全基因组共检索到828138个SSR位点,SSR平均密度为78.16个/Mb,平均距离为12.90 kb。单、双、三核苷酸重复类型占主导优势。基元重复次数主要集中在5次和6次,A/T、AG/CT和AAC/GTT重复基元为优势基元。燕麦基因组SSR位点呈现中度多态性,长度变化范围为11-1587 bp。并由此开发设计52对多态性引物在试验材料中进行扩增验证,在构建的遗传群体中均具有多态性。【结论】在“三分三”裸燕麦参考基因组中开发SSR引物有效可行,可以用于后续进一步试验研究。 展开更多
关键词 燕麦 皮裸 ssr标记 引物开发 多态性
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菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建 被引量:1
9
作者 付阳云 文晓鹏 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期63-73,共11页
为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析. 展开更多
关键词 菜豆 转录组 分子标记开发 EST-ssr标记 分子身份证
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单叶蔷薇基因组SSR标记开发与应用
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作者 张雪云 张晓龙 +5 位作者 李娜 孔青洋 于超 潘会堂 张启翔 罗乐 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期186-196,共11页
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种,目前已被列为国家二级濒危保护植物,开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑,为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v... 【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种,目前已被列为国家二级濒危保护植物,开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑,为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1~6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征,进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析,利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点,其中二核苷酸重复类型数目最多,占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT,充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12~1 026 bp,不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律,区间长度为10~15 bp的SSR位点数量最多,占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带,引物有效率为80%;最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个,PIC值在0.314 3~0.675 9之间,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon信息指数(I)及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现,筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分,遗传相似系数在0.45~0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样,筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。 展开更多
关键词 单叶蔷薇 ssr 标记开发 多态性
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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析
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作者 贺彩霞 李长忠 +8 位作者 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期48-56,共9页
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SS... 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 转录组 分子标记 ssr SNP INDEL
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基于灰树花基因组的SSR分子标记开发
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作者 高章会 华蓉 +3 位作者 孙达锋 李雪松 岳万松 刘绍雄 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期27-36,共10页
以12个灰树花(Grifola frondosa)菌株及已公布的灰树花基因组为基础,采用生物信息学和实验验证相结合的方法,设计192对SSR引物研究灰树花基因组SSR类型及分布。结果表明:总计检索到5种SSR类型的666个位点,其中,三核苷酸重复的SSR位点最... 以12个灰树花(Grifola frondosa)菌株及已公布的灰树花基因组为基础,采用生物信息学和实验验证相结合的方法,设计192对SSR引物研究灰树花基因组SSR类型及分布。结果表明:总计检索到5种SSR类型的666个位点,其中,三核苷酸重复的SSR位点最多(52.70%),是灰树花SSR的主要类型;二核苷酸SSR位点占比为32.43%;四、五、六核苷酸重复类型较多,但数量较少。由验证实验得到15对SSR引物,共检测到55个等位基因位点,15对SSR引物的平均Shannon’s信息指数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.817、0.506、0.442和0.397。基于15对SSR引物进行灰树花DNA指纹编码构建,获得12个灰树花菌株唯一的30位数分子指纹数据库编码,可对每一个灰树花菌株进行精准鉴定。 展开更多
关键词 灰树花 基因组 ssr 标记开发
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四川山区63份马铃薯亲本材料的SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
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作者 李佩华 张伦 +4 位作者 罗杰 杜婷婷 董攀 彭正松 刘登才 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期792-799,共8页
【目的】针对近年筛选出的适宜在四川山区种植的63份马铃薯骨干亲本材料开展遗传多样性研究。【方法】从文献中找到208对多态性较高的引物,提取供试材料的DNA进行PCR扩增。【结果】168对引物出现扩增条带,145对引物具有多态性,7对引物... 【目的】针对近年筛选出的适宜在四川山区种植的63份马铃薯骨干亲本材料开展遗传多样性研究。【方法】从文献中找到208对多态性较高的引物,提取供试材料的DNA进行PCR扩增。【结果】168对引物出现扩增条带,145对引物具有多态性,7对引物可以完全区分供试材料。【结论】用这7对引物构建SSR指纹图谱,发现63份马铃薯材料间的遗传相似系数为0.48~0.98。遗传相似系数为0.481处将供试材料分为A、B和C 3个类群,0.614处将供试材料分为7个类群,表明供试材料间亲缘关系较远,可为马铃薯的遗传育种杂交亲本组配提供参考。 展开更多
关键词 马铃薯 ssr标记 遗传多样性分析 DNA指纹图谱
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320份蚕豆蛋白质含量的SSR关联分析
14
作者 陈志凯 周仙莉 +2 位作者 张红岩 滕长才 侯万伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2775-2786,共12页
蚕豆是重要的植物蛋白源作物,富含8种必须氨基酸且含量均衡,挖掘蚕豆蛋白质相关基因不仅有利于优质蛋白蚕豆品种选育,而且对于未来植物蛋白的需求具有重要意义。本研究以320份蚕豆种质资源为材料,测定了1年3个点(青海西宁市、互助县、... 蚕豆是重要的植物蛋白源作物,富含8种必须氨基酸且含量均衡,挖掘蚕豆蛋白质相关基因不仅有利于优质蛋白蚕豆品种选育,而且对于未来植物蛋白的需求具有重要意义。本研究以320份蚕豆种质资源为材料,测定了1年3个点(青海西宁市、互助县、湟源县)的蛋白质含量,并用筛选的132对SSR引物进行了蚕豆蛋白质含量关联分析。结果表明,蛋白质含量范围在19.51%~54.34%,3个地点的变异系数分别为10.835、20.865、13.380,均符合正态分布,具有表型多样性。132个标记在320份材料中共检测到778个多态性位点,平均等位基因数为6,变幅为3~12,多态性信息量(PIC)的变幅为0.1527(V1797)~0.8225(SSR-12192),平均值为0.5583,PIC值大于平均值的标记占总数的49.24%,选用的标记基因遗传多样性较高;遗传结构分析将320份材料分成2个亚群,其中亚群I有176份材料,亚群II有107份材料,其余37份没有明显的群类归属特性,为混合类群,供试群体结构较为单一;利用GLM和MLM 2种关联分析模型共检测到与蛋白质含量显著相关的22个SSR标记,有3个SSR标记与蛋白质含量极显著相关(SSR-10894、SSR-12695、V1929),在多个环境中均检测到SSR-13584,解释率范围在4.07%~5.19%,V1929在湟源县的2种模型关联分析中均极显著相关,解释率分别为10.00%、9.20%。该研究结果可为亲本选配及蚕豆蛋白相关基因挖掘及品质育种提供理论基础。 展开更多
关键词 蚕豆 蛋白质含量 ssr标记 关联分析
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苦瓜品种SSR分子标记鉴定技术体系构建与应用
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作者 苏国钊 李嫒嫒 +6 位作者 刘中华 陈宇华 张秀杰 马莹雪 杨旭红 邓超 徐振江 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2227-2242,共16页
【目的】筛选出一套SSR核心引物,建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库,为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种,通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选... 【目的】筛选出一套SSR核心引物,建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库,为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种,通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选,将筛选出的引物5'端进行荧光标记。选取不同地理来源的95个苦瓜品种进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,计算各引物的区分率、PIC值、等位基因数等参数,复选一套区分率高、多态性良好的SSR引物组合。将复选得到的引物对另外113个苦瓜品种进行检测,筛选出SSR核心引物,构建苦瓜品种DNA指纹图谱库。【结果】使用聚丙烯酰胺凝胶电泳初步筛选出45对特异性强、多态性高、条带清晰的SSR引物。使用荧光毛细管电泳,从小群体至大群体最终筛选出20对SSR核心引物。核心引物分4组进行多重电泳,采集了208个苦瓜品种的DNA指纹数据。20对SSR核心引物共检测到65个等位变异,102种基因型。在此基础上,选取12个参照品种,可覆盖所有等位变异类型。经构建系统发育树分析,208个苦瓜品种被分为两类,20对SSR核心引物适用于苦瓜群体遗传多样性分析。核心引物可以将208个苦瓜品种中的202个区分开,区分率达到97.11%。使用11组亲本与杂交种材料进行亲缘关系鉴定,基本符合孟德尔遗传定律,其中2组各出现1个片段丢失的位点,可为苦瓜杂交种关系鉴定的判定阈值提供参考。【结论】本研究基于20对SSR核心引物构建的苦瓜品种分子鉴定体系鉴定效果好,应用性强,可用于苦瓜品种真实性鉴定、纯度鉴定、杂交种关系鉴定、辅助DUS测试筛选近似品种和新品种权保护等。 展开更多
关键词 苦瓜 ssr核心引物 DNA指纹图谱库 毛细管电泳
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基于SSR标记的毛豆种质资源遗传多样性分析
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作者 向艳涛 刘昌燕 +4 位作者 韩雪松 李莉 孙龙清 陈宏伟 沙爱华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1029-1039,共11页
为了解不同毛豆种质资源的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究选用212对SSR标记对来自于中国(包括台湾地区、湖北、江西、江苏、辽宁、安徽)和日本的84份毛豆种质材料进行了基因型分析,根据Nei’s遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分... 为了解不同毛豆种质资源的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究选用212对SSR标记对来自于中国(包括台湾地区、湖北、江西、江苏、辽宁、安徽)和日本的84份毛豆种质材料进行了基因型分析,根据Nei’s遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分析,以structure软件的混合模型聚类法推断材料构成群体的遗传结构。结果表明:SSR引物在群体材料中扩增出的等位位点数为1-6个,平均每对引物为2.08个;有效等位基因1~3.74之间,平均为1.6个;基因多样性平均值为0.29,PIC平均值为0.24。聚类分析将84份材料分为4个组群,主成分分析的二维和三维主坐标分析图验证了聚类分析结果。群体结构分析显示,当K=4时,ΔK出现明显的峰值,说明最佳群体组群数为4个,该结果与聚类分析结果也基本一致;84份材料中有74份Q值大于0.7,说明该群体毛豆种质资源群体内遗传多样性不够丰富,遗传背景单一。因此,需重视对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用,加强种质材料共享和交流,促进毛豆育种事业的发展。 展开更多
关键词 毛豆 ssr标记 遗传多样性分析 群体结构分析
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白三叶杂交F1代群体的表型鉴定及SSR分析
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作者 汪阳 闫三博 +3 位作者 张睿 黄琳凯 张新全 聂刚 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1657-1664,共8页
早期快速鉴定白三叶(Trifolium repens L.)F1杂交子代,获取真杂种对白三叶优良品系的培育和遗传学研究具有重要的意义。本文针对两个白三叶亲本及55个杂交F1的6个表型性状进行分析,绘制聚类热图,再选用3对特异性SSR引物鉴定杂交F1代的... 早期快速鉴定白三叶(Trifolium repens L.)F1杂交子代,获取真杂种对白三叶优良品系的培育和遗传学研究具有重要的意义。本文针对两个白三叶亲本及55个杂交F1的6个表型性状进行分析,绘制聚类热图,再选用3对特异性SSR引物鉴定杂交F1代的真实性。结果表明,在聚类热图中57个株系可以根据亲本的表型性状划分为父本型和母本型。筛选出的19对SSR引物共扩增共得到清晰可辨条带281条,多态性条带137条,多态位点占比为48.41%,每个SSR位点的PIC在18.49%~43.58%之间,平均值为34.73%。其中3对特异性引物在55个杂交后代中共鉴定出53个真杂种,真杂种比率为96.36%,与UPGMA聚类分析结果基本一致。19对SSR分子标记引物具有较高的多态性,可直接用于白三叶遗传多样性分析、杂种鉴定等相关研究,鉴定到的白三叶F1代真杂种为后续育种工作奠定重要基础。 展开更多
关键词 白三叶 杂种鉴定 ssr分子标记 遗传多样性 表型分析
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基于SSR分子标记的枣品种鉴定及DNA分子身份证构建
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作者 包文慧 包杭盖 +4 位作者 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期175-185,共11页
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增... 【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。 展开更多
关键词 ssr分子标记 遗传多样性 DNA分子身份证
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中国棉花审定品种SSR指纹库的构建与综合评价
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作者 吴玉珍 黄龙雨 +4 位作者 周大云 黄义文 付守阳 彭军 匡猛 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1430-1443,I0001-I0061,共75页
[目的]棉花是一种异源四倍体作物,基因组结构复杂,常异花授粉的繁殖方式也导致棉花品种难以实现高度纯合;棉种市场缺乏有效的监管技术手段,品种多乱杂现象长期存在,严重影响纤维品质一致性。构建中国近20年棉花审定品种标准样品的DNA指... [目的]棉花是一种异源四倍体作物,基因组结构复杂,常异花授粉的繁殖方式也导致棉花品种难以实现高度纯合;棉种市场缺乏有效的监管技术手段,品种多乱杂现象长期存在,严重影响纤维品质一致性。构建中国近20年棉花审定品种标准样品的DNA指纹库,探索棉花品种高通量SSR身份鉴定模式,为棉花品种真实性鉴定和新品种特异性鉴定提供依据;分析审定品种的遗传多样性和群体分化,为棉花不同生态区的适应性鉴定和培育适应新环境的品种提供理论基础。[方法]基于多重PCR技术和毛细管电泳检测方法,使用筛选得到的60个SSR标记构建1 015份棉花审定品种标准样品的DNA指纹库,通过植物品种DNA指纹库管理系统对审定品种SSR指纹进行两两比对,分析审定品种的遗传差异,筛选用于品种鉴定的核心SSR位点。利用聚类分析法和群体结构分析法分析1 015份棉花审定品种的遗传多样性,并计算群体间遗传分化指数。[结果]60个SSR标记在1 015个审定品种中共扩增出216种等位变异,平均等位变异数为3.6,平均PIC值为0.37。1 015个审定品种的SSR指纹进行两两比较,共产生513 591组结果,样品间最大差异位点数为58个。差异位点百分比主要集中在41%-70%,涉及428 115组,占83.36%;其中,差异位点百分比在51%-60%时,涉及组数最多,为197 829组,占38.52%。品种间差异位点百分比大于20%时,占所有品种两两比对组数的99%以上,差异位点百分比低于20%的比对结果只占0.58%。基于组合鉴定法,筛选一套包含10个SSR位点的核心位点组合,在1 015个品种中鉴别能力达到99%。聚类结果和群体结构分析表明,1 015个品种被清晰地划分为5个亚群,G1(n=240)为早熟棉亚群,主要分布于中国北部和西北内陆地区,该亚群品种遗传多样性最丰富,品种间平均遗传距离为0.419。G2(n=277)亚群为中熟棉亚群,分布于长江流域,该亚群杂交种较多,亚群内平均遗传距离为0.309。G3(n=109)亚群属于早熟、中熟棉亚群,分布于河北黑龙港地区,该亚群品种遗传组分相对单一,亚群内平均遗传距离在陆地棉群体中最小,仅为0.150。G4(n=254)亚群属于中早熟棉亚群,主要分布于黄河流域,群体内平均遗传距离为0.307。G5(n=37)亚群由37份海岛棉组成,群体内平均遗传距离最小,为0.149。海岛棉与陆地棉之间遗传分化水平最高,平均FST值为0.503;陆地棉群体内,G3亚群与其他亚群之间遗传分化水平最高,FST值为0.193-0.242。长江流域与黄河流域相比,遗传分化水平最低,FST值为0.112。[结论]构建了1 015个中国近20年审定品种标准样品DNA指纹库,筛选了一套包含10个SSR位点的核心标记组合,可以清晰地鉴别99%以上的品种,创建了“核心位点+扩展位点”的高通量棉花鉴定模式;1 015个品种被划分为5个亚群,其中,陆地棉具有明显的地理分布特征。 展开更多
关键词 棉花 标准样品 ssr标记 DNA指纹库 综合评价
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基于SSR的饲用燕麦品种DNA分子身份证开发
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作者 冉婵宇 慕平 +3 位作者 柴继宽 张跃华 刘金生 赵桂琴 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期19-28,共10页
为精准鉴别饲用燕麦品种和解决生产中品种混乱问题,本研究采用15对SSR引物对19个饲用燕麦品种的基因组DNA进行扩增,在遗传多样性分析的基础上筛选核心引物组合,构建供试品种的分子指纹图谱,开发其分子身份证。结果表明:15对SSR引物共检... 为精准鉴别饲用燕麦品种和解决生产中品种混乱问题,本研究采用15对SSR引物对19个饲用燕麦品种的基因组DNA进行扩增,在遗传多样性分析的基础上筛选核心引物组合,构建供试品种的分子指纹图谱,开发其分子身份证。结果表明:15对SSR引物共检测到70个等位基因,每个位点检测到2~8个等位基因;有效等位基因数范围在1.6437~5.4783之间,平均2.5741;观测杂合度在0.3939~0.8931之间,高于期望杂合度;引物M08的多态信息含量(PIC)值最高,为0.8391,M07的PIC值最低,为0.4736。剔除PIC低于0.7的引物后,剩余引物对供试品种的区分率在10.53%~26.32%之间;2对引物组合中,M08-M03和GM8-M03的区分率最高,均为73.68%,但仍不足以区分所有品种;3对引物组合中M08-P15-M03的区分率为100%,可将19个供试燕麦品种完全区分开。通过核心引物组合M08-P15-M03对各品种的扩增片段进行数字化编码,并按照固定的引物顺序将各带型编码依次连接,构建了各品种的分子身份证,并将其转化为可供机器识别的条形码和二维码,实现了品种的快速鉴别。 展开更多
关键词 饲用燕麦 ssr分子标记 遗传多样性 分子身份证
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