5SrRNA基因间隔区DNA序列在穿心莲道地性中的可行性研究

目的探讨5SrRNA基因间隔区DNA序列在穿心莲道地性研究中的可行性。方法提取不同产地穿心莲总DNA后,PCR特异扩增5SrRNA基因间隔区,采用荧光标记末端终止子双脱氧末端终止法测序,对测序结果进行多序列联配分析。结果成功得到321bp的5SrRNA基因间隔区碱基序列,经过多序列联配分析发现,不同产地穿心莲的此段5SrRNA基因间隔区DNA序列之间没有差异。结论5SrRNA基因间隔区DNA序列不适合用于研究穿心莲药材的道地性。

PCR为基础的反向线点杂交及16S～23S rDNA间区测序分析5种少见类型奴卡菌

目的探讨5种新出现的奴卡菌种16S～23S rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)DNA基因序列的多态性,筛查特异的奴卡菌种逆向线点杂交(reverse line blot,RLB)探针。方法对6例奴卡菌标本进行ITS基因扩增、克隆、测序,设计奴卡菌种特异探针及ITS间区rDNA基因特异的探针,进行以PCR为基础的RLB(PCR/RLB)杂交试验,不同的RLB型进行ITS基因测序分析,以鉴别不同的奴卡菌种及种内分型。结果发现2个Nocardia beijingensis菌株ITS间区有8个基因序列型,4个RLB型;N.thailandica有4个基因序列型及RLB型;N.blacklockiae有5个基因序列型,3个RLB型,其中N-bla RLBⅢ型与所有Nbla-ITS探针杂交没有信号;N.elegans有5个基因序列型,3个RLB型;N.vinacea有5个基因序列型,2个RLB型。结论通过PCR/RLB试验,准确的ITS基因测序认识了新出现的菌种,即N.beijingensis,N.blacklockiae,N.elegans,N.thailandica及N.vinacea。同时建立了可以大量筛查奴卡菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。

重要蚊虫复合组DNA鉴定芯片靶基因的适用性分析

通过分析白纹伊蚊亚组、尖音库蚊复合组和杂鳞库蚊复合组蚊虫核糖体内转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer,ITS2)、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)及Cytb细胞色素b氧化酶基因(cytochrome b,Cytb),为3组蚊虫DNA鉴定芯片研制提供理论依据。提取以上3组蚊虫基因组DNA,PCR扩增COⅠ、ITS2以及Cytb基因,分析3个目的基因在3组蚊虫DNA鉴定芯片研制中的适用性。结果显示共获得8种蚊虫COⅠ、Cytb及ITS2基因序列24条;碱基组成结果显示COⅠ、Cytb的A+T含量高达74%,均高于ITS2;遗传距离显示3组蚊虫复合组的组间进化分歧数均大于0.200;3个基因的系统进化树显示,复合组(亚组)的蚊虫序列聚成一大簇,且可信度均大于98,尖音库蚊复合组内的蚊虫序列无法与各对应的序列聚成一簇。得出结论 COⅠ、ITS2及Cytb基因可联合用于杂鳞库蚊复合组蚊虫、白纹伊蚊亚组及尖音库蚊复合组中部分蚊虫的基因芯片鉴定,为蚊虫复合组的鉴定提供新方向。

口腔念珠菌基因多态性检测

目的检测正常人群口腔念珠菌基因型,以了解口腔念珠菌基因多态性。方法采集162例正常人群口腔样本,用念珠菌显色培养基(CHROM agar)进行菌种分离培养鉴定,用玉米Tween80培养基进行真菌孢子形态学检查鉴定,随机抽取45个菌株样本进行内含子转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)序列检测,并比对同源性,建立进化树,观察菌株进化分支情况。结果分离培养出念珠菌菌株57株(57/162,35.2%),其中白色念珠菌(Candida albicans)36株(36/57,63.1%)。进行ITS序列检测的45个菌株申请GenBank序列注册号为FJ697166-GQ280292。结论正常人群口腔念珠菌基因具有多态性。