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Sequencing of Intron 3 of Porcine Heart Fatty Acid-Binding Protein Gene
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作者 YANG Wen-ping ZHANG Jia-qi +5 位作者 Li Cai-tao WANG Ming-yan ZHANG Hong-mei LI Chao CAO Guo-qing ZHOU Zhong-xiao 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2012年第1期3-4,共2页
[ Objective] The aim of this paper is to provide the basic data for marker-assisted selection of pig breeding using porcine heart fatty acid- binding protein (H-FABP) gene. [Method] According to the related sequence... [ Objective] The aim of this paper is to provide the basic data for marker-assisted selection of pig breeding using porcine heart fatty acid- binding protein (H-FABP) gene. [Method] According to the related sequences of porcine H-FABP gene released in GenBank, specific primers were designed to amplify the intron 3 of porcine H-FABP gene. [ Result] The intron 3 of porcine H-FABP gene was amplified successfully. Its whole sequence was 1 350 bp in length and had been submitted to GenBank (Accession no. : DQ 002993). [Condusion] The study lays a theoretical foundation for determination of the major genes affecting intramuscular fat deposition. 展开更多
关键词 Heart fatty acid-binding protein gene PIG intron 3 Whole sequence
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猪H-FABP基因intron3全序列测定
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作者 杨文平 张家琦 +5 位作者 李彩桃 王明艳 张红梅 李超 曹果清 周忠孝 《安徽农业科学》 CAS 2012年第5期2731-2732,共2页
[目的]为将H-FABP基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]根据GenBank数据库上公开发表的相关的猪H-FABP基因序列设计特异性扩增引物,对H-FABP基因内含子3的PCR产物纯化后直接进行测序。[结果]成功扩增出猪H-FABP基... [目的]为将H-FABP基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]根据GenBank数据库上公开发表的相关的猪H-FABP基因序列设计特异性扩增引物,对H-FABP基因内含子3的PCR产物纯化后直接进行测序。[结果]成功扩增出猪H-FABP基因intron 3的全序列,全长为1 350 bp,已向GenBank数据库提交,检索号为DQ 002993。[结论]该研究为确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定了理论基础。 展开更多
关键词 H-FABP基因 intron3 全序列测定
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猪LPL基因内含子3的克隆、测序及多态性研究 被引量:10
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作者 张振波 雷明刚 +1 位作者 邓昌彦 熊远著 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期627-630,共4页
Lipoprotein lipase (LPL) gene is a multifunctional protein, playing a major role in the hydrolysis of triglycerides in chylomicrons and very low density lipoproteins (VLDL). According to cDNA of Landrace breed (GenBan... Lipoprotein lipase (LPL) gene is a multifunctional protein, playing a major role in the hydrolysis of triglycerides in chylomicrons and very low density lipoproteins (VLDL). According to cDNA of Landrace breed (GenBank accession: X62984), a pair of primers was designed for amplification of intron 3. Sequencing analysis indicated that a G1200A exits in Large White breed by cloning and sequencing. The mutation can be detected by PCR-EcoT22I-RFLP. Polymorphism analysis in a resource family showed that significant difference exits in carcass traits. Pigs with AA genotype had more 6th-7th rib fat thickness (13%,P< 0.05), thorax-waist-fat thickness (11.7%,P=0.065 3), buttock fat thickness (13.1%,P=0.073 0) and average fat thickness (10.4%,P=0.050 3) than pigs with BB genotype. LPL gene showed mainly in the pattern of additive effect and all the dominant effect were not significant. The value of additive effect of 6th-7th rib fat thickness, buttock fat thickness and average fat thickness was -0.17±0.07(P< 0.05),-0.12±0.06( P< 0.05),-0.12±0.06(P< 0.05),respectively. The allelic frequency is significantly different between indigenous Chinese breeds and European breeds. 展开更多
关键词 多态性研究 内含子 L基因 极低密度脂蛋白 克隆 测序 三酰甘油 脂蛋白脂酶 LPL 脂肪组织 代谢障碍 水解酶 脂肪酸
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甘蓝型油菜种子中G3PDH基因特异性表达的ihpRNA载体构建 被引量:2
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作者 张超 付三雄 +2 位作者 陈松 李大雄 戚存扣 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2014年第9期29-34,共6页
为验证甘蓝型油菜甘油-3-磷酸脱氢酶基因(G3PDH)的功能,采用PCR的方法克隆BnG3PDH557bp的干扰靶序列,将其正向片段插入到中间载体pHurricane的NotI酶切位点、反向重复序列插入到XhoI酶切位点,构建ihpRNA载体反向重复框,BamHI、EcoRI酶... 为验证甘蓝型油菜甘油-3-磷酸脱氢酶基因(G3PDH)的功能,采用PCR的方法克隆BnG3PDH557bp的干扰靶序列,将其正向片段插入到中间载体pHurricane的NotI酶切位点、反向重复序列插入到XhoI酶切位点,构建ihpRNA载体反向重复框,BamHI、EcoRI酶切下反向重复框后组装到由种子特异性表达的napin启动子驱动的pCAMBIAl390植物表达载体上。结果表明:PCR扩增产物、限制性内切酶酶切产物与预期片段长度相符。其中,1.7kb的片段包括正向干扰靶片段和部分AtFad2内含子序列,2.3kb大小的片段是干扰反向重复框。种子特异性表达的BnG3PDHihpRNA载体成功构建。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 甘油-3-磷酸脱氢酶 ihpRNA载体
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甘肃高山细毛羊及其杂种羊GH基因第3内含子多态性与生长性状的相关性 被引量:8
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作者 张恩宇 罗玉柱 +5 位作者 李少斌 王继卿 刘秀 闫伟 管生栋 徐洪福 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2015年第5期71-76,共6页
为给甘肃高山细毛羊生长标记候选基因的筛选提供参考依据,研究了绵羊GH基因第3内含子突变对甘肃高山细毛羊生长性状可能产生的影响。采用PCR-SSCP技术检测甘肃高山细毛羊及其与特克赛尔、邦德和澳洲美利奴羊的杂交品种GH基因第3内含子... 为给甘肃高山细毛羊生长标记候选基因的筛选提供参考依据,研究了绵羊GH基因第3内含子突变对甘肃高山细毛羊生长性状可能产生的影响。采用PCR-SSCP技术检测甘肃高山细毛羊及其与特克赛尔、邦德和澳洲美利奴羊的杂交品种GH基因第3内含子多态性,分析GH基因第3内含子突变对羔羊初生重、3月龄重、断奶重及日增重的影响。结果表明,甘肃高山细毛羊及其杂种羔羊GH基因第3内含子第98 bp处有一个C〉T突变,共有AA、AB和BB 3种基因型,甘肃高山细毛羊和对照组杂种羊的GH基因第3内含子PIC值均为0.25-0.50,为中度多态。其中BB型为优势基因型。等位基因存在与缺失对体重及日增重的关联分析表明,存在等位基因B的甘肃高山细毛羊的3月龄重、断奶重及日增重均显著或极显著高于缺失等位基因B的个体(P〈0.05或P〈0.01),缺失等位基因A的特甘细绵羊在初生重、断奶重及日增重方面显著高于存在等位基因A的个体(P〈0.05)。邦甘细绵羊中,存在等位基因B的个体3月龄重、断奶重、日增重均显著高于等位基因B缺失个体。相关性分析表明,甘肃高山细毛羊不同基因型与初生重间关联度不显著,BB型甘肃高山细毛羊3月龄重和断奶重均显著高于AA型(P〈0.05),AA型甘肃高山细毛羊日增重与BB型也显著相关(P〈0.05)。对照组中,特甘细羊BB型的初生重、断奶重及日增重均显著或极显著高于AA型特甘细(P〈0.05或P〈0.01)。邦甘细、澳甘细不同基因型与体重及日增重均无相关性(P〉0.05)。结果显示GH基因第3内含子可作为甘肃高山细毛羊生长标记候选基因。 展开更多
关键词 甘肃高山细毛羊 GH基因第3内含子 多态性 生长性状
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白细胞介素-13基因Intron3+1923多态性与儿童支气管哮喘的关系 被引量:4
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作者 贾春梅 刘雪梅 +4 位作者 王冬梅 姜采荣 王巧莲 辛亚男 王艳 《中华实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期682-685,共4页
目的探讨IL-13基因Intron3+1923多态性及血清IL-13和总IgE水平与儿童支气管哮喘(哮喘)的相关性。方法应用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)方法对77例哮喘患儿(哮喘组)及50例健康儿童(健康对照组)行IL.13基因In... 目的探讨IL-13基因Intron3+1923多态性及血清IL-13和总IgE水平与儿童支气管哮喘(哮喘)的相关性。方法应用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)方法对77例哮喘患儿(哮喘组)及50例健康儿童(健康对照组)行IL.13基因Intron3+1923多态性分析,并采用ELISA法对哮喘患儿及健康儿童进行血清IL-13和总IgE水平的测定,并采用SPSS18.0软件对2组血清IL-13及总lgE水平进行分析。结果1.IL-13基因Intron3+1923位点哮喘组与健康对照组之间的基因型及等位基因频率分布差异有统计学意义(基因型:X2=7.239,P〈0.05;等位基因频率:X^2=6.731,P〈0.01),等位基因T与哮喘关联。2.哮喘组患儿血清IgE水平为(50.98±27.97)mg/L,健康对照组为(42.85±27.19)mg/L,2组比较差异有统计学意义(t=3.067,P〈0.01)。3.哮喘组血清IL一13水平为(197.13±94.7)ng/L,健康对照组为(159.06±107.65)n∥L,2组比较差异有统计学意义(t=2.079,P〈0.05)。4.哮喘组IL-13基因Intron3+1923不同基因型血清IgE水平的比较分别为CC:(30.25±19.75)me/L、CT:(57.50±27.64)mg/L、TT:(65.09±21.14)mg/L,组间比较差异有统计学意义(P〈0.05);哮喘组IL.13基因Intron3+1923不同基因型血清IL-13水平的比较分别为CC:(105.59±57.32)ng/L、CT:(222.45±74.00)ng/L、TT:(274.38±86.12)ng/L,组间比较差异也有统计学意义(P〈0.05)。结论IL-13基因Intron3+1923多态性与儿童哮喘相关,其中T等位基因与儿童哮喘相关联。等位基因IL-13Intron3+1923T影响血清IL-13、IgE水平,使血清IL-13、IgE水平升高。血清IL-13及总IgE水平升高与儿童哮喘相关。 展开更多
关键词 支气管哮喘 基因多态性 白细胞介素-13 intron 3+1923 儿童
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利用ihpRNA介导的基因沉默培育抗冷糖化马铃薯 被引量:4
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作者 郭志鸿 张金文 +1 位作者 王蒂 陈正华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期479-484,共6页
为培育抗冷糖化的转基因马铃薯材料,克隆了368 bp的马铃薯酸性转化酶(AcInv)基因3′端非翻译区(3′UTR)和281 bp的马铃薯VP1-ABI3-like protein基因的第一内含子,构建了内含子连接的马铃薯AcInv基因3′UTR的发夹型RNA(ihpRNA)载体pBIV;... 为培育抗冷糖化的转基因马铃薯材料,克隆了368 bp的马铃薯酸性转化酶(AcInv)基因3′端非翻译区(3′UTR)和281 bp的马铃薯VP1-ABI3-like protein基因的第一内含子,构建了内含子连接的马铃薯AcInv基因3′UTR的发夹型RNA(ihpRNA)载体pBIV;采用微束激光穿刺技术转化马铃薯品种,得到了149个转基因株系,其中139个转基因株系在低温贮藏35 d时块茎还原糖含量低于亲本材料。RT-PCR分析表明还原糖含量降低的转基因植株中检测不到AcInv基因mRNA的积累。本研究结果表明以3′UTR作为RNAi载体的干涉片段可以有效地抑制靶标基因mRNA的积累,通过对AcInv沉默可获得抗低温糖化的马铃薯育种材料。 展开更多
关键词 马铃薯 冷糖化 酸性转化酶 3’端非翻译区 ihpRNA
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田头菇属真菌3-磷酸甘油醛脱氢酶稀有内含子特征分析
8
作者 陈卫民 张小雷 +4 位作者 柴红梅 田果廷 苏开美 刘武龙 赵永昌 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期103-109,共7页
前期研究从杨柳田头菇(Agrocybe salicacola)YAASM0711的单核菌株M20中获得了含有GC-AG内含子的3-磷酸甘油醛脱氢酶(Glycerol-3-phosphate dehydrogenase,GPD)gpd完整编码基因,本研究通过特异性引物PCR扩增探讨该基因的组成结构及内含... 前期研究从杨柳田头菇(Agrocybe salicacola)YAASM0711的单核菌株M20中获得了含有GC-AG内含子的3-磷酸甘油醛脱氢酶(Glycerol-3-phosphate dehydrogenase,GPD)gpd完整编码基因,本研究通过特异性引物PCR扩增探讨该基因的组成结构及内含子的拼接特征.在杨柳田头菇和茶树菇(A.aegerita)野生群体中均获得了此基因,序列差异性分析显示该基因可被分为两类,并且在两个物种中均有分布,表明这种序列组成差异可能在两个物种分化之前就已经存在.另外,在M20菌株的菌丝体及YAASM0711菌株的不同发育时期均没有发现可选择性剪切现象.基因表达分析表明,gpd在幼嫩的子实体中表达量最高,约为菌丝体中表达量的5.5倍,推测与子实体的快速生长有关.本研究结果有助于提高对gpd功能及其在物种分化研究中作用的认识. 展开更多
关键词 GC-AG内含子 3-磷酸甘油脱氢酶 杨柳田头菇 选择性拼接 物种分化
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CD4^+T细胞及其相关前炎症细胞因子基因多态性与胃癌发生的关系 被引量:3
9
作者 傅冷西 彭孝纬 +2 位作者 何利平 陈晓露 邓万银 《中国综合临床》 北大核心 2008年第3期204-207,共4页
目的探讨CD4^+T细胞及其前炎症细胞因子基因多态性与胃癌发生的关系。方法①采用PCR—RFLP法检测170例胃癌患者及110例健康对照者肿瘤坏死因子(TNF).B+252、白细胞介素(IL)-10启动子-1082和IL-4内含子3基因多态性。②流式细胞术... 目的探讨CD4^+T细胞及其前炎症细胞因子基因多态性与胃癌发生的关系。方法①采用PCR—RFLP法检测170例胃癌患者及110例健康对照者肿瘤坏死因子(TNF).B+252、白细胞介素(IL)-10启动子-1082和IL-4内含子3基因多态性。②流式细胞术检测63例胃癌患者和31例健康对照者T细胞亚群和共刺激分子CD28。结果①非贵门胃癌组TNF—β+252^*A等位基因频率和IL-10启动子-1082A等位基因频率高于健康对照组(P〈0.05或0.01)。IL-4内含子3基因多态性与非贲门癌患者无明显相关(P〉0.05)。贲门癌组IL-4内含子3RP2基因频率明显高于健康对照组,RP1基因频率低于健康对照组(均P〈0.01)。②胃癌组外周血总T细胞、CD4^+T细胞和CD8^+T细胞均较健康对照组显著减少(P〈0.001或0.05);CD28表达率胃癌组较健康对照组显著增高(P〈0.001)。术后1周总T细胞和CD4^+T细胞明显上升(P〈0.05)。CD28表达率明显下降(P〈0.05)。结论CD4^+T细胞亚群异常与胃癌发生关系密切。TNF—β+252^*A等位基因和IL-10启动子-1082A等位基因可能是胃癌发生的易感基因,IL-4内含子3-RP2等位基因与贲门癌的发生有一定相关。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤坏死因子-β+52基因 白细胞介素-10启动子-1082基因 白细胞介素-4内含子3基因 CD4^+T细胞 共刺激分子CD28
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真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展(英文) 被引量:2
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作者 严俊杰 张磊 +3 位作者 谢斌 黄千慧 龙莹 谢宝贵 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期618-624,共7页
可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads... 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。 展开更多
关键词 3’端可变剪接 5’端可变剪接 内含子保留 外显子互斥 RNA-seq数据 生物信息学方法 reads定位
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一个Ⅲ型家族性噬血细胞组织细胞增生症家系的临床及基因变异分析
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作者 王越 罗强 +2 位作者 田培超 刘玉峰 王怀立 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期616-620,共5页
目的探讨一例Ⅲ型家族性噬血细胞综合征(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis typeⅢ,FHL-3)家系的致病变异及临床特点。方法对1例确诊为FHL-3的患儿及其家系成员进行回顾性分析,通过家系全外显子及相邻内含子测序对先证者进... 目的探讨一例Ⅲ型家族性噬血细胞综合征(familial hemophagocytic lymphohistiocytosis typeⅢ,FHL-3)家系的致病变异及临床特点。方法对1例确诊为FHL-3的患儿及其家系成员进行回顾性分析,通过家系全外显子及相邻内含子测序对先证者进行筛查,并对候选变异进行Sanger测序验证。以健康对照和患者的基因组DNA为模板,构建包含UNC13D基因第23外显子、第23内含子和第24外显子的野生型和变异型minigene真核表达质粒。采用脂质体法用携带minigene的质粒转染HEK293T细胞,通过实时定量PCR检测minigene的剪接情况。结果家系分析和临床诊断提示先证者患有常染色体隐性遗传的FHL-3。测序发现其UNC13D基因存在c.118-308(IVS1)C>T和c.2298+1(IVS23)G>A变异,经Sanger测序验证分别来自父亲和母亲,构成复合杂合变异,判断为致病性。Minigene实验证实UNC13D基因c.2298+1(IVS23)G>A变异可导致第23外显子跳跃(-207nt),产生截短蛋白。结论UNC13D基因c.118-308(IVS1)C>T和c.2298+1(IVS23)G>A可能是该FHL-3家系的致病变异,可导致UNC13D mRNA低表达和pre-mRNA的异常剪接。 展开更多
关键词 家族性噬血细胞综合征Ⅲ型 UNC13D基因 内含子变异 剪接变异
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