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转基因玉米MON88017旁侧序列分析及定性PCR检测 被引量:18
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作者 袁磊 孙红炜 +3 位作者 杨崇良 尚佑芬 路兴波 赵蕾 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期361-364,共4页
采用基因组步移法和巢式PCR方法研究转基因玉米MON88017外源基因插入位点旁侧序列特征,获得了外源基因插入位点的左边界旁侧序列504bp,包括336bp的插入载体序列和168bp的玉米基因组序列。根据此旁侧序列,设计MON88017转化事件特异性引... 采用基因组步移法和巢式PCR方法研究转基因玉米MON88017外源基因插入位点旁侧序列特征,获得了外源基因插入位点的左边界旁侧序列504bp,包括336bp的插入载体序列和168bp的玉米基因组序列。根据此旁侧序列,设计MON88017转化事件特异性引物并进行定性PCR扩增,扩增片段为446bp,建立了转基因玉米MON88017转化体特异性检测方法。该方法特异性强、灵敏度高(0.1%),为转基因玉米品种MON88017进出口检测和标识检测提供了技术基础。 展开更多
关键词 转基因生物 事件特异性检测 定性PCR MON88017转化事件 左边界旁侧序列
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转基因油菜RF1的外源基因插入位点分析与事件特异性检测方法研究 被引量:12
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作者 聂淑晶 武玉花 +2 位作者 吴刚 肖玲 卢长明 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期265-271,共7页
采用基因组步移和巢式PCR方法研究了转基因油菜雄性不育恢复系RF1外源基因插入位点序列特征,并根据此特征建立了RF1转化事件特异性检测方法。从RF1基因组DNA中分离到外源基因插入位点的左边界旁侧序列798bp,包括335bp的插入载体序列和46... 采用基因组步移和巢式PCR方法研究了转基因油菜雄性不育恢复系RF1外源基因插入位点序列特征,并根据此特征建立了RF1转化事件特异性检测方法。从RF1基因组DNA中分离到外源基因插入位点的左边界旁侧序列798bp,包括335bp的插入载体序列和463bp的旁侧基因组序列。根据已发表的RF1右边界旁侧序列的信息,发现外源T-DNA在向油菜基因组整合的过程中,在整合位点处有75bp的基因组序列丢失。根据分离的RF1左边界旁侧序列,建立了RF1事件特异性定性检测方法,扩增片断大小为284bp。利用建立起来的RF1事件特异性定性检测方法可以准确的将转基因油菜RF1与其它的转基因油菜品种区分开,检测灵敏度达到5个拷贝(0.013%)。该事件特异性检测方法具有高度的特异性和良好的灵敏性,为转基因油菜品种RF1的身份识别提供了有效的方法。 展开更多
关键词 GMO 事件特异性检测 定性PCR RF1转化事件 左边界旁侧序列
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Dystrophin基因51号外显子缺失连接片段的克隆和测序 被引量:2
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作者 潘速跃 张成 +2 位作者 刘焯霖 陈国俊 卢锡林 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期105-110,共6页
为了解Dystrophin基因缺失断裂点和连接片段的序列特点 ,以分析Dystrophin基因缺失的分子机制 ,利用巢式反向PCR克隆了 1名 5 1号外显子缺失DMD(DuchenneMuscularDystrophy ,DMD)患者的缺失连接片段 ,通过测序 ,确定 5′和 3′断裂点及... 为了解Dystrophin基因缺失断裂点和连接片段的序列特点 ,以分析Dystrophin基因缺失的分子机制 ,利用巢式反向PCR克隆了 1名 5 1号外显子缺失DMD(DuchenneMuscularDystrophy ,DMD)患者的缺失连接片段 ,通过测序 ,确定 5′和 3′断裂点及连接片段的序列。对 5′、3′断裂点和连接片段进行重复序列、TOPOI、TOPOII酶切位点等分析。结果共测得 5 0号内含子 16 14bp ,确定该患者Dystrophin基因的 5′断裂点位于THE1(Transposon likeHumanElement,THE)内 ,3′断裂点位于L2序列内。连接片段有 3bp的连接同源序列cta ,局部无小的缺失、插入和碱基置换。本研究首次在 5 0号内含子内发现一THE1序列 ,再次发现Dystrophin基因的缺失断裂点位于THE1结构内。反向PCR操作简单、耗时短 ,可以推扩应用于缺失连接片段的克隆 ;THE1可能与部分Dystrophin基因的缺失有关 ;Dystrophin基因缺失大多与同源重组无关 ,非同源末端连接可能参与了Dystrophin基因缺失的形成。 展开更多
关键词 肌营养不良症 缺失机制 连接片段 外显子 DYSTROPHIN基因 克隆 测序
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DMD基因内含子的重复序列与内含子不稳定性和基因缺失的关联 被引量:2
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作者 盛文利 陈江瑛 +1 位作者 朱良付 刘焯霖 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期11-15,共5页
【目的】为了研究DMD基因内含子的重复序列与内含子不稳定性和基因缺失的关联,我们分析了缺失型DMD病人的连接片段的断裂点并研究了DMD基因内含子结构与内含子不稳定性之间是否存在相关。【方法】多重引物PCR法鉴定缺失型DMD患者,分别克... 【目的】为了研究DMD基因内含子的重复序列与内含子不稳定性和基因缺失的关联,我们分析了缺失型DMD病人的连接片段的断裂点并研究了DMD基因内含子结构与内含子不稳定性之间是否存在相关。【方法】多重引物PCR法鉴定缺失型DMD患者,分别克隆46和51号外显子缺失后形成的连接片段,测定连接片段的序列;并用计算机分析DMD基因可以获得的全部内含子的结构特点。【结果】对46号和51号外显子缺失后形成的连接片段的序列分析表明,5’和3’端的断裂点均位于重复顺序,断裂点附近无小插入、小缺失或点突变。对连接片段的二级结构分析表明,所有的断裂点均位于单链发夹结构的非匹配区。对DMD基因可以获得的全部内含子的结构分析表明,在DMD基因全长内含子中重复序列占大约34.8%。大量重复序列的存在是许多内含子的重要结构特征。【结论】重复序列是DMD基因多数内含子的关键结构,与内含子的不稳定性相关。在原有DNA序列的基础上,单链发夹结构的形成增加了DMD基因的不稳定性,形成了基因断裂的基础,单链发夹结构的形成导致两个断裂点的靠近,最终导致了基因缺失。 展开更多
关键词 DMD 基因缺失 断裂点 内含子 单链 外显子 不稳定性 发夹结构 重复序列 片段
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Dystrophin基因3~5号外显子缺失连接片段的克隆和测序 被引量:1
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作者 钟敏 潘速跃 +2 位作者 陆兵勋 姜立 李伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期757-759,共3页
目的通过对抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因3-5号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机制。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症患者3-5号外显子缺失,然后在2、5号内含子上用PCR步移方法... 目的通过对抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因3-5号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机制。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症患者3-5号外显子缺失,然后在2、5号内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点,最后用靠近断裂位点处设计的引物,以PCR法直接扩增dystrophin基因的缺失连接片段并测序,测序结果和正常内含子序列作对比分析。结果获得2113bpPCR产物,本例基因缺失片段长约49000bp。5'端断裂点位于2号内含子短散在元件Alu序列内,3'端断裂点在单一序列,附近有TTTAAA序列。断裂点附近有较强的拓扑异构酶Ⅱ酶切位点。连接片段插入了26bp序列并在断裂点周围形成3个13bp的短序列重复(GGCTTATATTTAA)连接断裂点两端。结论推测重复序列、断裂点附近较强的拓扑异构酶Ⅱ酶切位点关联易引起基因的断裂重组,加上非同源末端连接修复机制等综合因素可能是导致基因缺失的重要原因。 展开更多
关键词 肌营养不良症 连接片段 基因缺失
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破伤风毒素及其AB片段对金鱼的毒力 被引量:7
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作者 雷殿良 J Mellanby +1 位作者 M Matsuda B Bizzini 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 1992年第2期52-54,共3页
作者研究了破伤风毒素及其 AB 片段对金鱼和小鼠的毒力,发现16ng 的毒素即可使金鱼麻痹和死亡;26μg 的 AB 片段即可使小鼠麻痹和死亡,而对金鱼却无作用。当抗 C 或 AB 片段的抗体与毒素结合后,可阻断毒素对金鱼的致麻痹作用。上述结果... 作者研究了破伤风毒素及其 AB 片段对金鱼和小鼠的毒力,发现16ng 的毒素即可使金鱼麻痹和死亡;26μg 的 AB 片段即可使小鼠麻痹和死亡,而对金鱼却无作用。当抗 C 或 AB 片段的抗体与毒素结合后,可阻断毒素对金鱼的致麻痹作用。上述结果表明,破伤风毒素可作用于金鱼的外周神经系统,而 AB 片段则不能。毒素与其受体结合是毒素对金鱼作用所必需的。 展开更多
关键词 破伤风毒素 AB片段 毒力
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连接片段在Duchenne型肌营养不良症携带者检测中的应用
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作者 钟敏 潘速跃 李伟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1308-1311,共4页
目的探讨连接片段在缺失型Duchenne型肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)携带者检测中的应用价值。方法对1个DMD家系和1例DMD散发病例进行研究。DMD家系中以确诊的患者Ⅲ2和待查携带者Ⅱ3为研究对象;散发病例以患者Ⅱ1及... 目的探讨连接片段在缺失型Duchenne型肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)携带者检测中的应用价值。方法对1个DMD家系和1例DMD散发病例进行研究。DMD家系中以确诊的患者Ⅲ2和待查携带者Ⅱ3为研究对象;散发病例以患者Ⅱ1及其母亲Ⅰ2为研究对象。通过外显子检测确定家系中患者Ⅲ2第31~43外显子缺失,散发病例患者Ⅱ1第45~54外显子缺失。然后以PCR步移法在相应内含子设计引物定位断裂点的位点,最后在尽量靠近断裂连接点处设计1对引物直接对患者及其待查女性亲属进行连接片段的PCR扩增。结果对上述DMD家系中待查女性Ⅱ3的检测结果为PCR扩增出与患者Ⅲ2一致的阳性片段,诊断其为DMD携带者。对散发病例患者母亲Ⅰ2的检测结果为PCR反应阴性,而对照的患者Ⅱ1扩增出阳性结果,排除其母亲为DMD携带者。结论利用常规PCR技术直接检测缺失型DMD患者的女性亲属是否带有连接片段,可以同样达到进行携带者检测的目的。该方法有别于目前DMD携带者检测中所使用的各种定量分析方法。 展开更多
关键词 DUCHENNE型肌营养不良症 基因缺失 连接片段 携带者检测
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Characterization of Genomic Integration and Transgene Organization in Six Transgenic Rapeseed Events
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作者 WU Yu-hua ZHANG Li +2 位作者 WU Gang NIE Shu-jing LU Chang-ming 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2014年第9期1865-1876,共12页
To characterize the DNA rearrangement of both the T-DNA region and the genomic insertion site during T-DNA insertion, the Genomewalker strategy was used to isolate the junctions between the inserted DNA and the plant ... To characterize the DNA rearrangement of both the T-DNA region and the genomic insertion site during T-DNA insertion, the Genomewalker strategy was used to isolate the junctions between the inserted DNA and the plant genomic DNA in six rapeseed events as well as the genomic DNA at the sites before integration. During transformation in each of the six events, portions of both the right border(RB) and left border(LB) regions of the T-DNA were deleted, ranging from a 7 nucleotide deletion of the LB repeats in event RF1 to a 207 bp deletion of the LB region in event RF2. For the six events, T-DNA integration resulted in a deletion at the target site spanning less than 100 bp. Sequence analysis indicated that the T-DNA was integrated into the coding region of various native rapeseed genes in events RF1 and RF2. Duplications of the genomic DNA target site were observed in events RF2, RF3 and Topas 19/2. And multimerization of transgenes was found in event Topas 19/2, in which, the T-DNA was integrated as a head-to-head(RB-to-RB) concatemer into the recipient genome. In event MS1, chromosomal translocation or a large target-site deletion may have occurred during T-DNA integration, which was identified due to a failure to amplify the presumptive insertion site based on the flanking rapeseed DNA sequences. Our results provide comprehensive data concerning transgene organization and the genomic context of the T-DNA in six rapeseed events, which can aid in the developing of insert fingerprinting and the monitoring of long-term genetic stability and potential unintended effects of transgenic events. 展开更多
关键词 transgenic rapeseed junction fragment pre-insertion site DNA rearrangement
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dystrophin基因第45 ~54外显子缺失连接片段的克隆和测序(英文) 被引量:2
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作者 钟敏 潘速跃 +1 位作者 陆兵勋 李伟 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期138-141,共4页
目的通过对dystrophin基因第45-54外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机理。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)患者第45~54外显子缺失,然后在... 目的通过对dystrophin基因第45-54外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机理。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)患者第45~54外显子缺失,然后在第44和第54内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点,最后用靠近断裂位点处设计的引物,以PCR法直接扩增dystrophin基因的缺失连接片段并测序,测序结果和正常内含子序列作对比分析。结果对扩增连接片段的PCR产物测序获得2716bp有效序列。本例基因缺失片段长达402kb。5’端断裂点位于第44内含子长散在元件(long interspersed elements,LINE)L1序列内,邻近基质附着区(matrix attachment region,MAR),3’端断裂位点在第54内含子较可能形成MAR的一个次级区域内,附近有拓扑异构酶Ⅱ识别位点,断裂点两旁存在6bp的回文序列。连接片段通过4bp的微小同源序列AGAG连接断裂点两端。结论由L1重复序列、断裂点附近拓扑异构酶Ⅱ酶切位点、MARs以及微小同源序列的非同源末端连接修复等综合因素引起的非同源基因重组可能是导致此一大片段基因缺失的重要原因。 展开更多
关键词 肌营养不良症 连接片段 基因缺失
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Is the human dystrophin gene's intron structure related to its intron instability?
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作者 盛文利 陈江瑛 +1 位作者 朱良付 刘焯霖 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2003年第11期1733-1736,共4页
Objective To study the human dystrophin gene molecular deletion mechanism, we analyzed breakpoint regions within junction fragments of deletion-type patients and investigated whether the dystrophin gene's intron s... Objective To study the human dystrophin gene molecular deletion mechanism, we analyzed breakpoint regions within junction fragments of deletion-type patients and investigated whether the dystrophin gene's intron structure might be related to intron instability.Methods Junction fragments corresponding to exon 46 and 51 deletions were cloned. The breakpoint regions were sequenced, and the features of introns with available Genebank sequences were analyzed.Results An analysis of junction fragment sequences corresponding to exon 46 and 51 deletions showed that all 5' and 3' breakpoints are located within repeat sequences. No small insertions, small deletions, or point mutations are located near the breakpoint junctions. By analyzing the secondary structure of the junction fragments, we demonstrated that all junction fragment breakpoints are located in non-matching regions of single-stranded hairpin loops. A high concentration of repetitive elements is found to be a key feature of many dystrophin introns. In total, 34. 8% of the overall dystrophin intron sequences is composed of repeat sequences.Conclusion Repeat elements in many dystrophin gene introns are the key to their structural bases and reflect intron instability. As a result of the primary DNA sequences, single-stranded hairpin loops form, increasing the instability of the gene, and forming the base for breaks in the DNA. The formation of the single-stranded hairpins can result in reattachment of two different breakpoints, producing a deletion. 展开更多
关键词 dystrophin gene · junction fragments · introns ·gene deletion
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