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基因逻辑网络研究进展
被引量:
2
1
作者
王青芸
易慧
+1 位作者
刘来福
孟大志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第11期1239-1246,共8页
海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径.特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出.Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了...
海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径.特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出.Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析(LAPP)的系统方法.LAPP和通常建立模型的方法不同,它给出了一个从复杂网络的元素(或部件)的表达数据出发,通过逻辑分析,找到元素之间逻辑关联性的建模方法.这种方法能够从蛋白质表达谱数据出发,利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用,对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义.由于涉及功能的基因组通常是一个大的群体构成的系统,因此LAPP方法也是一个生成复杂的基因逻辑网络的方法.基因逻辑网络的建立,方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的.这种方法可以应用在很多方面,如物种进化、肿瘤诊疗等等.系统阐述并分析了LAPP方法,并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述.
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关键词
系统发生谱的逻辑分析(
lapp
)
逻辑相关性
复杂网络
基因网络
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职称材料
小型猪胰淀素基因的多态性分析
2
作者
赵玉琼
姚春涛
+1 位作者
赵权
陈华
《中国比较医学杂志》
CAS
2009年第2期17-20,共4页
目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAPP)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~...
目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAPP)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~内含子3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1:43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪(G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%)和中国农大猪(G/A杂合突变60%,A纯合突变为20%两个品系中。SNPs2:214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪(T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%)和中国农大猪(T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%)两个品系中。结论在IAPP基因外显子3-内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同。
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关键词
小型猪
胰淀素基因
多态性
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职称材料
题名
基因逻辑网络研究进展
被引量:
2
1
作者
王青芸
易慧
刘来福
孟大志
机构
北京师范大学数学科学学院
北京工业大学应用数理学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008年第11期1239-1246,共8页
文摘
海量生物数据的涌现,使得通过数据分析和理论方法探索生物机理成为理论生物学研究的重要途径.特别是对于基因的复杂的功能系统,建立基因网络这种理论方法的意义更为突出.Bowers在蛋白质相互作用的分析中引入了高阶逻辑关系,从而建立了系统发生谱数据的逻辑分析(LAPP)的系统方法.LAPP和通常建立模型的方法不同,它给出了一个从复杂网络的元素(或部件)的表达数据出发,通过逻辑分析,找到元素之间逻辑关联性的建模方法.这种方法能够从蛋白质表达谱数据出发,利用信息熵的算法发现两种蛋白质对一种蛋白质的联合作用,对于发现蛋白质之间新的作用机理有重要意义.由于涉及功能的基因组通常是一个大的群体构成的系统,因此LAPP方法也是一个生成复杂的基因逻辑网络的方法.基因逻辑网络的建立,方便实现通过逻辑调控进行基因调控的目的.这种方法可以应用在很多方面,如物种进化、肿瘤诊疗等等.系统阐述并分析了LAPP方法,并指出其在方法和应用方面的新进展以及评述.
关键词
系统发生谱的逻辑分析(
lapp
)
逻辑相关性
复杂网络
基因网络
Keywords
logic analysis ofphylo
gene
tic profiles (
lapp
), logic relationships, complex networks,
gene
networks
分类号
TP393.07 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP11 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
小型猪胰淀素基因的多态性分析
2
作者
赵玉琼
姚春涛
赵权
陈华
机构
解放军总医院医学动物实验中心
吉林农业大学动物科学技术学院
出处
《中国比较医学杂志》
CAS
2009年第2期17-20,共4页
文摘
目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAPP)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~内含子3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1:43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪(G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%)和中国农大猪(G/A杂合突变60%,A纯合突变为20%两个品系中。SNPs2:214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪(T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%)和中国农大猪(T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%)两个品系中。结论在IAPP基因外显子3-内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同。
关键词
小型猪
胰淀素基因
多态性
Keywords
Minipigs
lapp gene
Polymorphism
分类号
R-33 [医药卫生]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因逻辑网络研究进展
王青芸
易慧
刘来福
孟大志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2008
2
下载PDF
职称材料
2
小型猪胰淀素基因的多态性分析
赵玉琼
姚春涛
赵权
陈华
《中国比较医学杂志》
CAS
2009
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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