高邮鸭卵巢中双黄蛋性状相关lncRNA表达差异分析

【目的】为探究lncRNA对高邮鸭双黄蛋性状调控机制,采用全转录组测序方法对高邮鸭双黄蛋高、低产组的卵巢组织转录组进行分析,筛选影响高邮鸭双黄蛋性状的候选关键长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).【方法】通过个体笼养筛选高邮鸭双黄蛋高、低产组个体各3只,采取卵巢组织并通过Illumina HiSeq2500高通量测序进行转录组测序,结合参考基因组对所获得的序列进行序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选出差异表达lncRNA并进行GO富集分析.通过荧光定量PCR(Real-time PCR,RT-PCR)方法检测部分lncRNA表达水平,验证测序结果的可靠性.【结果】通过参考基因组比对和差异表达分析,初步获得279条差异表达lncRNA,其中显著性上调差异表达lncRNA 109个,显著性下调差异表达lncRNA 170个.结合GO分析和向无环图分析,最终获得了18条候选lncRNA,它们参与细胞质翻译、内皮细胞分化正向调控和磷脂酰肌醇-3-磷酸结合等多个生物过程.在此基础上,对上述18条候选lncRNA进行靶基因分析,显示有2对差异表达lncRNA和靶基因之间存在着潜在调控关系:XLOC_000924和LOC106018336以及LOC106018964和LOC113843289.另外,TCONS_00001086的靶基因ADAMTS1与卵巢排卵功能关系密切.qRT-PCR验证结果表明,筛选出的lncRNA表达趋势与转录组测序中表达的趋势相似,说明测序结果可靠.【结论】对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织进行了转录组测序分析,初步筛选出了18个差异表达lncRNA和对应的靶基因可能参与高邮鸭双黄蛋性状的调控,为进一步了解高邮鸭双黄蛋性能的综合调控机制提供了新的参考依据.

RNA聚合酶Ⅱ启动子驱动的长双链RNA干扰载体的构建与验证

为了探索构建由RNA聚合酶Ⅱ型启动子驱动、能有效避免干扰素反应的表达长双链RNA的RNA干扰载体,试验在转录单元两端各添加了一个自剪切核酶序列,在转录后切成RNA出核所必要的5'帽子和3'polyA尾,以绿色荧光蛋白(EGFP)基因为报告基因插入2个核酶之间作为试验载体,以表达红色荧光蛋白基因的载体作转染效率校准,通过瞬间转染对荧光蛋白的表达情况进行观察和RT-PCR分析。结果表明:在转染效率基本一致的情况下,试验组未观察到绿色荧光;2个核酶能够完全自剪切,试验组细胞质中有EGFP mRNA的存在,但与正常对照组相比下降了46.1%。说明研究设计的载体达到了延迟表达RNA出核的目的,为用该载体表达长双链RNA时在其出核之前被Dicer酶有效切割成小双链RNA从而避免其出核引起干扰素反应提供了时间保障。

长链非编码RNA DUXAP9促进头颈鳞癌细胞增殖和转移

目的探讨长链非编码RNA双同源盒假基因9(double homeoboxApseudogene 9,DUXAP9)在头颈鳞癌中的作用,研究DUXAP9在头颈鳞癌细胞中的表达水平、分子功能和机制。方法lnc RNA芯片筛选头颈鳞癌组织与癌旁组织差异表达的lncRNA,TCGA数据库中分析DUXAP9在头颈鳞癌组织中的表达水平及其与患者预后的关系;qRT⁃PCR检测DUXAP9在头颈鳞癌组织样本和细胞系中的表达水平。沉默DUXAP9后,CCK⁃8实验、细胞划痕实验、Transwell迁移实验和裸鼠皮下成瘤实验评估其在头颈鳞癌细胞中的功能。qRT⁃PCR和Western blot检测沉默DUXAP9后,头颈鳞癌细胞中上皮⁃间充质转化(epithelial⁃mesenchymaltransition,EMT)相关蛋白转录及翻译水平的变化。结果lncRNA芯片结果显示,与癌旁组织相比,DUXAP9在头颈鳞癌中异常高表达。TCGA数据库分析表明,与DUXAP9低表达患者相比,DUXAP9高表达的患者生存率差;qRT⁃PCR实验表明DUXAP9在头颈鳞癌组织标本和细胞系中异常高表达。沉默DUXAP9可以显著抑制头颈鳞癌细胞的增殖能力、迁移能力和EMT相关基因的表达水平。沉默DUXAP9能显著抑制头颈鳞癌细胞系CAL27的裸鼠皮下成瘤能力。结论DUXAP9促进头颈鳞癌细胞的增殖、迁移和裸鼠皮下成瘤能力。DUXAP9可能通过调控EMT介导头颈鳞癌细胞的迁移能力。

肿瘤精准治疗新策略——靶向调控DNA损伤修复功能的长链非编码RNA

在过去的10年中,随着高通量测序技术的快速发展,在肿瘤中数以万计的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)转录子被转录组测序发现。然而,绝大多数lncRNA的全长序列和作用机制尚不清楚,明确这些lncRNA的功能是一项极具挑战性的工作。DNA损伤修复(DNA damage repair,DDR)在肿瘤耐药中的机制,以及利用DDR功能异常的“协同致死”治疗策略已成为目前的研究热点。近年的研究发现,lncRNA通过参与肿瘤相关信号通路的调控而影响肿瘤的发生发展、放化疗和靶向治疗效果。其中,DDR修复机制会直接影响放化疗效果。已有少数研究发现,lncRNA直接或间接参与DDR功能的调控,如何针对lncRNA异常表达导致肿瘤细胞DDR功能缺失发展新的治疗策略,将是极具应用前景的研究方向。

双瓶选择饮酒致酒精依赖小鼠海马中长链非编码RNA的表达谱分析

目的对双瓶选择饮酒致酒精依赖小鼠海马中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱进行分析。方法通过双瓶选择饮酒法建立酒精依赖小鼠模型,同时设对照组(饮水)。选取酒精组酒精偏好率>60%且酒精饮用量>10 g/(kg·24 h)的雄性小鼠3只,随机抽取对照组雄性小鼠3只,分离双侧海马脑组织,液氮保存。采用Agilent084388芯片对小鼠海马脑组织RNA样本lncRNA和mRNA进行测序分析,lncRNA表达谱芯片(ncRNA microarray)检测样本中lncRNA的差异表达情况。基因功能(Gene Ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析差异表达lncRNA可能涉及的生物学过程及参与的信号通路。Pearson相关分析预测与每个差异表达lncRNA共表达的编码基因,超几何分布检验法计算每个对应转录因子条目中差异基因富集的显著性,Cytoscape软件绘制可视化网络图。结果与对照组比较,酒精组小鼠海马组织差异表达的lncRNA共855个(FC≥2.0,P<0.05),337个显著上调,上调幅度最大的为NONMMUT025786.2和NONMMUT072246.2;518个显著下调,下调幅度最大的为NONMMUT113098.1和NONMMUT076455.1。两组小鼠差异表达mRNA共361个(FC≥2.0,P<0.05),271个显著上调,Upf3b和Zfp943上调幅度最大;90个显著下调,Adamts13和Ift27下调幅度最大。差异表达的lncRNA以细胞表面正向调控、GTP酶活性、细胞囊泡运输差异最明显;其主要参与的信号通路有丙酸酯代谢通路、牛磺酸代谢通路、细胞外基质受体和AMPK信号通路。最富集的转录因子为FOXL1和LHX3,分别有25和21个对应共表达基因。结论通过高通量基因表达谱芯片分析,获得了lncRNA和mRNA可能的关键调控位点。本研究为海马脑区酒精依赖相关分子机制的研究提供了实验依据。

双同源盒假基因9在肿瘤发生发展中的作用及机制

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是由RNA聚合酶II转录的长度大于200个核苷酸并且不编码蛋白的RNA,不仅可以调控人体的生长发育过程而且在肿瘤的发生发展中也发挥重要作用。双同源盒假基因9(double homeobox A pseudogene 9,DUXAP9)作为一种在诸多肿瘤中表达异常上调的lncRNA,可以通过内源性竞争RNA、招募蛋白、介导上皮间质转化以及激活信号通路等方式来调控肿瘤的恶性生物学行为。对DUXAP9的促癌作用机制进行深入研究有助于相关肿瘤的早期诊断和靶向治疗。本文就DUXAP9在肿瘤发生发展中的作用及机制作一综述。

双同源异型盒A假基因8评价经TACE治疗的肝癌肾上腺转移患者预后的价值

目的探究长链非编码RNA(lncRNA)双同源异型盒A假基因8(DUXAP8)评价经导管肝动脉化疗栓塞术(TACE)治疗的肝癌肾上腺转移患者预后的价值。方法选择2012年4月至2018年1月就诊的79例肝癌肾上腺转移患者作为研究对象,并根据预后分为生存组(n=34)和死亡组(n=45)。用实时荧光定量PCR法检测DUXAP8表达量,用Cox回归分析经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的风险因素,用受试者工作特征(ROC)曲线评价DUXAP8诊断经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的价值。结果生存组DUXAP8的相对表达量低于死亡组,差异有统计学意义(P<0.05)。Cox多因素分析结果显示DUXAP8是经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的独立危险因素(P<0.05),接受索拉非尼治疗是经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的独立保护因素(P<0.05)。DUXAP8评价经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的ROC曲线下面积(AUC)、灵敏度和特异度分别为0.915、82.2%和91.2%。按1∶1倾向性评分匹配(最邻近原则)后,DUXAP8评价经TACE治疗的肝癌肾上腺转移预后的AUC、灵敏度和特异度分别为0.898、85.7%和100.0%。结论肝癌肾上腺转移病灶内DUXAP8高表达提示接受TACE治疗临床获益较低。