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油气田土壤DNA提取方法及油气指示菌基因定量结果的比较 被引量:3
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作者 邵明瑞 杨旭 +2 位作者 刘和 符波 姜谦 《工业微生物》 CAS CSCD 2014年第2期57-62,共6页
采用4种提取方法对油田上方6个土壤样品微生物总基因组DNA进行提取,并比较了其纯度和浓度。利用定量PCR技术定量分析各土壤中甲烷单加氧酶基因(pmoA)和丁烷单加氧酶基因(6moX)。与DNA试剂盒法相比,玻璃珠击打法、液氮研磨法、反复冻融... 采用4种提取方法对油田上方6个土壤样品微生物总基因组DNA进行提取,并比较了其纯度和浓度。利用定量PCR技术定量分析各土壤中甲烷单加氧酶基因(pmoA)和丁烷单加氧酶基因(6moX)。与DNA试剂盒法相比,玻璃珠击打法、液氮研磨法、反复冻融法得到DNA纯度较低,需纯化才能进行后续的PCR扩增。液氮研磨法得到的DNA完整性、纯度和得率较其他提取方法均较好,尤其对于生物量较少的深层油田土壤DNA提取较为实用,成本较低。甲烷单加氧酶基因(pmoA)和丁烷单加氧酶基因(6moX)的定量PCR结果表明,液氮研磨法提取DNA样品的定量结果在气区和油区均出现一定的高值。液氮研磨法较其他方法更适合于油田土壤DNA的提取。下一步研究可以把丁烷氧化茵作为油气指示茵研究中的重点检测对象。 展开更多
关键词 DNA提取 土壤微生物 甲烷单加氧酶基因 丁烷单加氧酶基因
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云贵高原典型湖滨湿地好氧甲烷氧化细菌群落结构和数量的时空动态 被引量:5
2
作者 夏品华 林陶 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期4776-4785,共10页
湖泊生态系统排放的甲烷(CH_(4))大部分来自湖滨湿地,好氧甲烷氧化细菌(methane-oxidizing bacteria, MOB)在减轻CH_(4)从湖泊系统向大气的排放中起着至关重要的作用。湖滨湿地好氧MOB群落分布及其影响因素尚不清楚。采用qPCR、末端限... 湖泊生态系统排放的甲烷(CH_(4))大部分来自湖滨湿地,好氧甲烷氧化细菌(methane-oxidizing bacteria, MOB)在减轻CH_(4)从湖泊系统向大气的排放中起着至关重要的作用。湖滨湿地好氧MOB群落分布及其影响因素尚不清楚。采用qPCR、末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)等方法,分四季对贵州草海湖滨湿地宽敞水域至落干区沉积物中好氧MOB群落组成和数量进行了研究。草海湖滨湿地沉积中甲烷氧化单加氧酶功能基因(pomA)丰度较高,在1.78×10^(7)—2.73×10^(8)拷贝数/g干沉积物之间,好氧MOB由I型(Methylococcus and Methylobacter)和II型(Methylosinus)组成,I型主要分布在宽敞水域(长期淹水区),而干湿过渡区和偶尔积水区主要为II型,呈现出明显的空间变化,推测湖滨湿地长期淹水区甲烷的氧化由I型主导,而相对干旱的区域II型主导,而这种差异可能是导致湖滨湿地甲烷排放高度异质性的一个重要因素。研究结果对揭示湖滨湿地甲烷排放时空异质性的微生物生态机制奠定了基础。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 pmoa基因 甲烷氧化 湖滨湿地
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Methanotrophy-driven accumulation of organic carbon in four paddy soils of Bangladesh 被引量:1
3
作者 Nasrin SULTANA Jun ZHAO +5 位作者 Yuanfeng CAI G.K.M.Mustafizur RAHMAN Mohammad Saiful ALAM Mohammad FAHEEM Adrian HO Zhongjun JIA 《Pedosphere》 SCIE CAS CSCD 2022年第2期348-358,共11页
Biological methane oxidation is a crucial process in the global carbon cycle that reduces methane emissions from paddy fields and natural wetlands into the atmosphere.However,soil organic carbon accumulation associate... Biological methane oxidation is a crucial process in the global carbon cycle that reduces methane emissions from paddy fields and natural wetlands into the atmosphere.However,soil organic carbon accumulation associated with microbial methane oxidation is poorly understood.Therefore,to investigate methane-derived carbon incorporation into soil organic matter,paddy soils originated from different parent materials(Inceptisol,Entisol,and Alfisol) were collected after rice harvesting from four major rice-producing regions in Bangladesh.Following microcosm incubation with 5%(volume/volume)^(13) CH_(4),soil^(13) C-atom abundances significantly increased from background level of 1.08% to 1.88%–2.78%,leading to a net methane-derived accumulation of soil organic carbon ranging from 120 to 307 mg kg^(-1).Approximately 23.6%–60.0% of the methane consumed was converted to soil organic carbon during microbial methane oxidation.The phylogeny of^(13) C-labeled pmoA(enconding the alpha subunit of the particulate methane monooxygenase) and 16 S rRNA genes further revealed that canonical α(type II) and γ(type I) Proteobacteria were active methane oxidizers.Members within the Methylobacter-and Methylosarcina-affiliated type Ia lineages dominated active methane-oxidizing communities that were responsible for the majority of methane-derived carbon accumulation in all three paddy soils,while Methylocystis-affiliated type IIa lineage was the key contributor in one paddy soil of Inceptisol origin.These results suggest that methanotroph-mediated synthesis of biomass plays an important role in soil organic matter accumulation.This study thus supports the concept that methanotrophs not only consume the greenhouse gas methane but also serve as a key biotic factor in maintaining soil fertility. 展开更多
关键词 16S rRNA gene DNA-based stable-isotope probing(DNA-SIP) methane oxidation methanOTROPH pmoa rice soil soil organic carbon soil organic matter
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长期不同施肥对暗棕壤甲烷氧化菌群落特征与功能的影响 被引量:12
4
作者 杨芊葆 范分良 +4 位作者 王万雄 梁永超 李兆君 崔喜安 魏丹 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第11期2756-2762,共7页
不同施肥方式对我国旱地农田土壤甲烷氧化影响的微生物机制尚不明确.本研究利用PCR-DGGE和实时荧光定量PCR技术,结合甲烷氧化速率和土壤性质测定,探索了长期不同施肥条件下暗棕壤的"土壤性质-甲烷氧化菌群落特征-土壤甲烷氧化速率&... 不同施肥方式对我国旱地农田土壤甲烷氧化影响的微生物机制尚不明确.本研究利用PCR-DGGE和实时荧光定量PCR技术,结合甲烷氧化速率和土壤性质测定,探索了长期不同施肥条件下暗棕壤的"土壤性质-甲烷氧化菌群落特征-土壤甲烷氧化速率"关系.结果表明,有机肥和无机肥配施处理显著降低了土壤甲烷氧化速率,降幅为61.2%,而单独施用有机肥或无机肥对暗棕壤甲烷氧化速率的影响不显著;与对照相比,有机肥处理土壤甲烷氧化菌多样性指数增加91.9%,有机肥和无机肥配施处理增加102.5%,而单施无机肥后土壤甲烷氧化菌多样性指数变化不明显;有机肥处理土壤的pmoA基因丰度显著增加,平均pmoA基因丰度为不施用有机肥的12.7倍;土壤甲烷氧化速率与甲烷氧化菌的群落结构和比活性呈显著正相关,相关系数分别为0.363和0.684,但与甲烷氧化菌群落丰度和多样性不相关;甲烷氧化菌的群落结构和比活性与土壤pH值、全氮和有机质含量呈显著正相关.上述结果说明,长期不同施肥可以通过改变暗棕壤的pH值、全氮和有机质含量等土壤性质,改变甲烷氧化菌群落结构和比活性,进而影响土壤甲烷氧化速率;有机肥和无机肥配施土壤甲烷氧化菌多样性和丰度大幅度增加,而甲烷氧化速率却显著降低,说明有机肥和无机肥配施土壤中只有部分微生物发挥了甲烷氧化活性,但有待进一步研究. 展开更多
关键词 暗棕壤 甲烷氧化菌 pmoa基因 实时定量PCR 甲烷氧化速率 冗余分析 MONTE Carlo检验 PCR-DGGE
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一株Ⅱ型甲烷氧化菌中甲烷单加氧酶基因和16S rDNA的分析 被引量:3
5
作者 华绍烽 李树本 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期294-301,共8页
【目的】利用分子生物学方法对一株甲烷氧化菌Methylosinus trichosporium IMV3011中的16S rDNA和溶解性甲烷单加氧酶基因序列进行分析并探索其进化分类地位。【方法】利用基因数据库已有的基因序列信息,设计PCR扩增引物和基因测序引物... 【目的】利用分子生物学方法对一株甲烷氧化菌Methylosinus trichosporium IMV3011中的16S rDNA和溶解性甲烷单加氧酶基因序列进行分析并探索其进化分类地位。【方法】利用基因数据库已有的基因序列信息,设计PCR扩增引物和基因测序引物,对溶解性甲烷单加氧酶基因和16S rDNA进行扩增和测序,并进行溶解性甲烷单加氧酶的6个基因和氨基酸序列与同类菌株的相应序列进行联配分析。【结果】获得了全长为5319bp甲烷单加氧酶基因序列和长度为1290bp的16S rDNA序列。该菌株与Methylosinus trichosporium OB3b中相对应基因的同一性是99.0%~82.7%,MMOX氨基酸序列的同一性为99.4%~81.8%,相似性为99.8%~89.2%。基于以上分析表明MMOX组分有很高的序列保守性,特别是在活性中心区域。【结论】菌株IMV3011属于甲基弯菌属,最近似的菌株是Methylosinus trichosporium OB3b。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 甲烷单加氧酶 基因测序 16S RDNA 进化分析
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甲烷氧化菌培养基特异性分析 被引量:2
6
作者 杨帆 沈忠民 梅泽 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1127-1133,共7页
选取4种不同配方的甲烷氧化菌培养基,同时采集中石化江苏油田富安区块油气区和背景区地表土壤样品,利用平板计数法、基因定量和T-RFLP多态性片段分析技术分析和评估其培养效果.实验结果表明,在不同配方培养基培养条件下,油气区土壤样品... 选取4种不同配方的甲烷氧化菌培养基,同时采集中石化江苏油田富安区块油气区和背景区地表土壤样品,利用平板计数法、基因定量和T-RFLP多态性片段分析技术分析和评估其培养效果.实验结果表明,在不同配方培养基培养条件下,油气区土壤样品中甲烷氧化菌数量及扩培后的甲烷氧化菌pmo A基因丰度均高于背景区样品,4种培养基均能区分油气区和背景区甲烷氧化菌数量差异.异常分离指数表明1号培养基在实验检测中对微生物数量异常分离度更高.T-RFLP多态性片段分析表明,4种培养基培养条件下的甲烷氧化菌多样性程度均较高,1号培养基对应的优势油气指示微生物甲基球菌和甲基暖菌相对丰度略高,从甲烷氧化菌群落多样性角度进一步证明了1号甲烷氧化菌培养基的特异性较强.本研究确认了1号培养基在实验检测中的可靠性和准确性,为油气微生物勘探提供了技术支撑. 展开更多
关键词 培养基 平板计数法 甲烷氧化菌 pmoa基因 多样性分析
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油气田土壤甲烷氧化菌实时荧光定量PCR检测技术的建立与应用 被引量:13
7
作者 刘雅慈 何泽 +3 位作者 张胜 殷密英 宁卓 张翠云 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1071-1081,共11页
【目的】建立快速检测甲烷氧化菌含量的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术,用于油气微生物勘探。【方法】以含有甲烷氧化菌功能基因pmoA片段的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立标准曲线,进行敏感性、重复性和特异性评价,并将该技术用... 【目的】建立快速检测甲烷氧化菌含量的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术,用于油气微生物勘探。【方法】以含有甲烷氧化菌功能基因pmoA片段的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立标准曲线,进行敏感性、重复性和特异性评价,并将该技术用于实际样品的检测。【结果】该技术标准曲线的相关系数R2为0.999 9,扩增效率为99.976%,检测范围为3.897×101-3.897×109 copies/μL,检出限约为40 copies/μL,重复性实验中CT值的变异系数优于3%,对12种非甲烷氧化菌均没有扩增,显示该技术具有很好的敏感性、重复性和特异性。利用该技术对气田、油田和非油气田土样进行了检测,发现气田具有明显的异常高值。【结论】为油气田的勘探建立了一种高效、特异、灵敏、准确的甲烷氧化菌荧光定量PCR检测技术,同时为其它指示菌检测技术的建立提供了参考。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 实时荧光定量PCR pmoa基因 油气田土壤
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顺北典型油气藏上方土壤甲烷氧化菌菌群特征及其勘探意义 被引量:1
8
作者 张翼飞 许科伟 +2 位作者 符波 杨帆 刘和 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1221-1231,共11页
【目的】甲烷氧化细菌(MOB)长期以来一直被用作石油和天然气勘探的重要油气指示菌,其仅能利用甲烷作为唯一碳源。根据甲烷氧化菌菌群特征结合地质剖面可以较好地预测深部油气藏,为石油勘探提供良好的数据支撑。由于传统平板培养法只能... 【目的】甲烷氧化细菌(MOB)长期以来一直被用作石油和天然气勘探的重要油气指示菌,其仅能利用甲烷作为唯一碳源。根据甲烷氧化菌菌群特征结合地质剖面可以较好地预测深部油气藏,为石油勘探提供良好的数据支撑。由于传统平板培养法只能针对可培养甲烷氧化菌,方法具有一定局限性。【方法】本文采用分子生物学技术结合地球化学烃类指标研究了顺北典型油气藏上方土壤中甲烷氧化菌的分布。【结果】研究结果显示,油气田上方pmoA基因拷贝数与酸解烃含量具有一定的正相关性,且油气区比背景区高0.5–2个数量级。16SrRNA基因高通量测序和pmoA基因的克隆文库结果显示顺北油藏上方土壤中甲烷氧化菌主要以I型为主,水平剖面中甲烷氧化菌随着离油田距离增加存在I型向II型演变的现象,且Methylomonassp.在背景区与油气区的丰度有较大差异,具有良好的油气指示潜力。【结论】综上所述,长期微渗透过程中甲烷氧化菌(MOB)的菌群特征对预测深层油藏具有一定的指示作用,结合地质剖面和地表烃类可以有效预测有利油藏区域。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 丰度 酸解烃 pmoa基因 种群结构
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典型草地土壤好氧甲烷氧化的微生物生态过程 被引量:3
9
作者 王玉芳 蔡元锋 +2 位作者 侯扶江 贾仲君 Saman Bowatte 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1116-1126,共11页
【目的】针对我国甘肃三个典型生态区草地土壤(玛曲MQ、临泽LZ和环县HX),研究其甲烷氧化潜力、甲烷氧化菌(methane-oxidizingbacteria,MOB)丰度及可能存在的群落分异规律。【方法】通过原位分析、室内高浓度甲烷模拟培养三种典型土壤及... 【目的】针对我国甘肃三个典型生态区草地土壤(玛曲MQ、临泽LZ和环县HX),研究其甲烷氧化潜力、甲烷氧化菌(methane-oxidizingbacteria,MOB)丰度及可能存在的群落分异规律。【方法】通过原位分析、室内高浓度甲烷模拟培养三种典型土壤及实时荧光定量、高通量测序的方法研究甲烷氧化菌标靶基因pmoA序列的组成及其丰度变化规律。【结果】三种典型草地土壤的原位甲烷氧化菌的丰度存在显著差异,表现为MQ>HX>LZ,其数量范围为为0.18–6.86×10^7g/d.w.s.;甲烷氧化潜力也表现出类似规律,其通量为109–169mg/(m^2·h);甲烷氧化潜力与原位土壤中甲烷氧化菌丰度有正相关。三种草地土壤甲烷氧化菌存在明显的空间异质性,采用高通量测序的方法,发现三种草地原位土壤中的优势类群为USCγ(Upland Soil Cluster gamma,USCγ);然而,室内高浓度甲烷氧化过程中,传统的甲烷氧化菌均发生明显增加,MQ土壤中TypeⅡ的Methylocystis为优势类群,而LZ和HX土壤的优势类群均为TypeⅠ型Methylosarcina。【结论】这些研究结果表明,我国甘肃典型草地土壤中也存在难培养的大气甲烷氧化菌和经典的可培养甲烷氧化菌,这些微生物极可能氧化极低浓度的大气甲烷,也可能利用闭蓄于土壤中的高浓度甲烷生长。未来应采用先进技术原位观测大气甲烷氧化过程并分离相应微生物类群,研究草地土壤甲烷氧化菌地理分异规律及其环境驱动机制。 展开更多
关键词 草地 甲烷氧化 pmoa基因
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铜离子对甲基单胞菌ZR1生长代谢的影响 被引量:1
10
作者 于广祥 雷宇 +3 位作者 李洋 廖小平 贾士儒 李德茂 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2741-2747,共7页
甲烷是温室气体,它的利用和减排受到广泛关注。甲基单胞菌ZR1能利用甲烷生长。本研究以甲烷为碳源探究了铜离子(Cu^(2+))对甲基单胞菌ZR1生长和甲烷氧化菌素分泌的影响。结果表明,铜离子能够显著提高甲基单胞菌ZR1的生物量和代谢途径的... 甲烷是温室气体,它的利用和减排受到广泛关注。甲基单胞菌ZR1能利用甲烷生长。本研究以甲烷为碳源探究了铜离子(Cu^(2+))对甲基单胞菌ZR1生长和甲烷氧化菌素分泌的影响。结果表明,铜离子能够显著提高甲基单胞菌ZR1的生物量和代谢途径的酶活。在含有7.5μmol/L Cu^(2+)的培养基中,碳固定以及酶生成中涉及的基因表达的研究表明,可溶性甲烷单加氧酶(sMMO)相关基因sMMO-Aα、sMMO-Aβ、sMMO-Aγ在铜存在时逐渐下调,而颗粒型甲烷单加氧酶(pMMO)相关基因pMMO-3-A、pMMO-3-B和pMMO-3-C基因上调并且随着时间的增长表达量增加,在铜离子影响下甲醇脱氢酶和甲酸脱氢酶活性加强,甲醛脱氢酶相关代谢途径也加强。Cu^(2+)含量的增加影响碳固定和各生长代谢途径基因表达,存在促进作用。 展开更多
关键词 甲基单胞菌ZR1 甲烷单加氧酶 甲醇脱氢酶 甲酸脱氢酶 基因表达
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