利用RIP-Chip筛选结合多聚胞嘧啶结合蛋白2的microRNAs

目的通过核糖核蛋白免疫沉淀-芯片技术(RIP-Chip)在人正常神经胶质细胞(HA)和神经胶质瘤细胞(T98G和U87MG)中筛选与多聚胞嘧啶结合蛋白2(PCBP2)相互作用的microRNA(miRNA)。方法选择兔抗人PCBP2抗体,用Western blot法检测PCBP2蛋白在HA、T98G和U87MG细胞中的表达。用兔Ig G作为阴性对照,收集3种细胞的RIP蛋白和RNA样品,通过Western blot检测PCBP2蛋白富集效果,利用Nano Drop定量并经Agilent2100检测RNA完整性。选择Affymetrix miRNA 3.0芯片对RNA样品进行杂交,筛选富集4倍以上且P<0.05的miRNA。结果用PCBP2抗体进行RIP-Chip实验,最终筛选和PCBP2相互作用的103条miRNA,1条前体miRNA和1条核仁小分子RNA;其中15条存在PCBP2的结合位点。结论 PCBP2可以通过识别靶序列或者以核糖核蛋白复合物形式在细胞内结合成熟的miRNA、前体miRNA或核仁小分子RNA。

有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析

目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制。结果吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585)。运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500。对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动。KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路。结论吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程。

喉癌组织中的microRNA差异表达谱及miR-125a-5p抑制喉癌细胞增殖的初步研究

目的:筛选并分析喉癌组织与周围正常喉黏膜的微小RNA(microRNAs,miRNAs)之间的表达谱差异,为进一步研究miRNA与喉癌发生、发展的关系提供线索。方法:收集喉癌组织和癌旁正常喉黏膜标本共42对,随机选取10对标本进行miRNA微阵列基因芯片分析,另选取32对标本进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,获得喉癌组织中的miRNA差异表达谱。应用MTT法和克隆形成实验检测miR-125a-5p对喉癌Hep2细胞增殖的影响。结果:喉癌组织中的let-7f-5p、miR-10a-5p、miR-125a-5p、miR-144-3p、miR-195-5p、miR-203等6个miRNA在基因芯片以及qRT-PCR中表达均显著下调。与对照组相比,转染miR-125a-mimics组的喉癌Hep2细胞增殖能力受到抑制,而转染miR-125a-inhibitor组Hep2细胞增殖能力增强。结论:基因芯片与qRT-PCR结果一致;喉癌与正常喉黏膜之间存在明显的miRNA差异表达,这些miRNA的差异性表达可能与喉癌的发病、侵袭等相关。miR-125a可以抑制喉癌Hep2细胞的增殖,可能作为喉癌生物治疗的新靶点。

结肠癌耐药细胞株LoVo/5-Fu中microRNA表达的初步研究

目的建立结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU并初步筛选可能的耐药相关的microRNA。方法采用5-FU浓度递增法建立人结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU,观察其生长规律并绘制细胞生长曲线;用MTT法鉴定耐药细胞株耐药性并计算耐药指数(RI);用microRNA芯片技术检测耐药细胞株LoVo/5-FU与其亲本细胞株LoVo中mi-croRNA的表达谱,筛选差异表达的microRNA;用实时荧光定量PCR方法对筛选出的部分差异microRNA在耐药细胞及其亲本细胞中的表达情况进行验证。结果 LoVo/5-FU细胞与LoVo细胞相比,生长缓慢,细胞体积增大,耐药株LoVo/5-FU细胞相对于其亲本LoVo细胞的耐药倍数为8.08。microRNA芯片的结果显示,耐药株LoVo/5-FU细胞与亲本LoVo细胞比较,有10个microRNA表达上调,13个microRNA表达下调;实时荧光定量pcr的结果进一步证实mir-210、mir196a、mir-1281在LoVo/5-FU中显著上调,而let-7f、mir-1228显著下调,其中mir-210在LoVo/5-FU与LoVo中的表达有明显差异。结论 LoVo/5-FU细胞株耐药性稳定,筛选获得的差异miRNA可能通过调控其靶基因而参与人结肠癌细胞对5-Fu的耐药,为进一步研究microRNA在结肠癌耐药机制中的作用奠定基础。

采用xMap技术检测肺癌患者外周血单个核细胞microRNA的表达变化及其意义

目的探讨外周血单个核细胞中microRNA(miRNA)在肺癌患者和正常对照者中的差异及其临床意义。方法采用RNA-DNA嵌合探针,利用液态芯片(xMap)技术检测30例肺癌患者治疗前和30例正常对照者外周血单个核细胞中miR-20a、miR-21、miR-31、miR-126、miR-145、miR-222、miR-372的表达量。结果肺癌患者外周血单个核细胞中miR-145、miR-20a、miR-222、miR-21、miR-372高于正常对照者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论利用RNA-DNA嵌合探针,采用xMap检测技术,能准确快速地检测肺癌患者外周血单个核细胞中miRNA,其表达的变化可能与肺癌的发生、发展有密切关系,对肺癌的早期诊断可能有一定价值。

MicroRNA在直肠癌中的表达谱

目的:研究直肠癌microRNA(miRNA)表达谱,以期发现直肠癌发生过程和正常直肠黏膜组织的miRNA差异表达谱,并理论上预测可能受其调控的靶基因.方法:选择2011-01/03于中国人民解放军第306医院肠镜检查的进展期直肠癌患者,对直肠癌及正常组织进行miRNA芯片检测,筛选直肠癌、正常直肠组织差异表达的miRNA,并运用Gomir分析软件筛选TargetScan、PicTar、miRanda3个预测软件同时预测出的靶基因.结果:选择直肠癌组织、正常直肠黏膜组织标本各2例,通过Affymetrix miRNAs芯片检测,发现直肠腺癌与正常直肠黏膜相比,上调的miRNA为miR-15a、miR-18a、miR-18a*、miR-21、miR-24-2*、miR-27a等37种,下调的为miR-139-5p、miR-139-3p、miR-215、miR-200b、miR-133a、miR-150等18种.依据Ratio值,选择其中最高者miR-31和最低者miR-375进行预测其靶基因.预测ZFHX4可能为miR-375的靶基因,预测BACH2、FZD3等可能为miR-31的靶基因.结论:直肠癌和正常直肠黏膜相比有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用,受其调控的靶基因及作用方式值得进一步研究.

促胃液素高表达大肠癌组织中microRNA表达差异分析

目的运用基因芯片技术筛选促胃液素(GAS)高表达的大肠癌组织中差异表达的微RNA(miRNA)。方法运用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测71例大肠癌患者癌组织标本中GAS的含量,分析大肠癌组织中GAS表达水平与临床病理特征的关系。选择GAS表达强阳性(高表达组)与阴性(对照组)的患者各4例,对其癌组织进行miRNA芯片分析,并采用qPCR验证差异表达的miRNA。结果 GAS含量≥50.00pg/g(阳性表达)的患者17例(23.9%),其余54例(76.1%)GAS表达阴性。癌组织中GAS表达水平与其分化程度、Dukes分期及组织学类型有关(P均<0.05)。GAS高表达组(GAS含量>200.00pg/g)中与对照组癌组织相比发生显著变化的miRNA共236个,与对照组比较,在高表达组中表达上调的miRNA共159个,表达下调的miRNA的数目为77个。筛选出GAS高表达组中的3倍以上表达差异的miRNA 24个,其中上调17个、下调7个;分别选择表达上调和下调的miRNA各3个进行qPCR验证,验证结果与芯片分析结果基本一致。结论 GAS高表达大肠癌组织中miRNA的表达存在显著变化,差异表达miRNA可能是治疗GAS高表达大肠癌的潜在靶点。

再生障碍性贫血患儿骨髓间充质干细胞基因和microRNA表达谱对照研究

目的拟用干细胞功能分类基因芯片与microRNA(miRNA)芯片对照分析,进一步研究骨髓间充质干细胞(MSCs)在再生障碍性贫血(AA)发病中的作用。方法选取AA患儿(AA组)和无任何骨髓受累的非血液病患儿(对照组)各10例,体外分离、培养骨髓MSCs,并每组各选2例第3代骨髓MSCs。利用干细胞功能分类基因芯片和miRNA芯片检测AA组与对照组的差异表达基因和miRNA。通过差异基因和差异miRNA比对,挑选出人类miRNA miR-107(hsa-miR-107),并行实时荧光定量-聚合酶链反应以进一步验证。结果 AA组与对照组表达相差2倍以上的基因共62个,其中下调基因10个,上调基因52个。基于生物信息学预测的方法,将差异基因与差异miRNA进行比对,AA组MSCs中hsa-miR-107的相对表达量显著高于对照组(P<0.05)。结论人成纤维细胞生长因子2(FGF2)及其对应的miRNA hsa-miR-107表达异常的骨髓MSCs可能在AA患儿的发病中起重要作用。

喉鳞癌中microRNA-197表达水平的研究

目的:检测喉鳞癌细胞株Hep-2中microRNAs(miRNAs)的表达谱,并测定喉鳞癌组织中miRNA-197(miR-197)的表达水平。方法:采用miRNAs芯片技术检测喉鳞癌细胞株Hep-2、正常人支气管上皮细胞株HBEAs-2B中miRNAs的表达,得到miRNAs表达谱。根据miRNAs芯片结果,挑选Hep-2中表达显著上调的miR-197,并采用实时定量逆转录聚合酶链反应(realtime quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction,RT-PCR)验证miR-197在20例喉鳞癌组织及10例癌旁正常组织中的表达。结果:miRNAs芯片结果表明,Hep-2细胞株中有166个miRNAs上调,如miR-197、miR-133b等;47个miRNAs下调,如miR-519d、miR-20b等。RT-PCR检测结果显示,miR-197在喉鳞癌组织中表达水平显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。结论:miR-197在喉鳞癌中表达显著上调,可能作为喉鳞癌的特异性miRNA在喉鳞癌的发生发展过程中有重要作用。

化疗耐药及敏感卵巢癌细胞差异表达microRNA的筛查与组织鉴定

目的探讨microRNA在卵巢浆液性癌化疗耐药及敏感组织的差异表达，为卵巢浆液性癌化疗耐药的研究提供理论依据。方法应用microRNA表达谱基因芯片，研究紫杉醇耐药卵巢癌细胞skov3-tr30及其敏感细胞skov3基因表达谱，获得表达差异的microRNA后，选取部分差异表达的microRNA用实时聚合酶链反应对化疗耐药与敏感卵巢浆液性癌组织各20例进行验证。结果通过microRNA表达谱基因芯片方法筛选出171个与卵巢癌细胞化疗耐药相关microRNA，基因表达增高（上调趋势）69个，为miR-17、miR-19b、miR-92—1、miR-210、miR-1307等；基因表达降低（下调趋势）102个，为miR—134、miR-34、miR一196b等。miR-17～92是与卵巢癌耐药最相关的microRNA之一。miR—17～92基因簇在化疗耐药卵巢浆液性癌组织中表达水平显著高于敏感组织，差异有统计学意义（P〈0．01）。miR-17～92基因簇表达与卵巢浆液性癌及化疗耐药卵巢浆液性癌患者绝经前后、手术病理分期、组织学分级、是否行淋巴结清扫术和有无淋巴结转移均无明显相关性（均P〉0．05）。结论microRNA表达谱基因芯片可筛查出化疗耐药及敏感卵巢癌细胞的差异表达基因，miR-17～92基因簇与卵巢浆液性癌化疗耐药有关。

卵巢浆液性癌组织中microRNA表达谱分析

目的寻找与卵巢浆液性癌相关的microRNA,积累以国内患者为数据来源的microRNA表达谱资料,并初步探讨其临床意义。方法利用microRNA芯片,筛查卵巢浆液性癌组织及正常卵巢组织中差异表达的microRNA,用实时荧光定量PCR在58份卵巢组织标本中进行验证,并分析microRNA表达水平与卵巢浆液性癌临床病理特征之间的关系。结果与正常卵巢组织比较,芯片结果显示卵巢浆液性癌有9个microRNA明显上调,分别是hsa-mi R-141-3p、hsa-mi R-200a-3p、hsa-mi R-200b-3p、hsa-mi R-200c-3p、hsa-mi R-224-5p、hsa-mi R-7-5p、hsa-mi R-142-3p、hsa-mi R-21-5p、hsa-mi R-142-5p,6个microRNA明显下调,分别是hsa-mi R-424-5p、hsa-mi R-214-3p、hsa-mi R-125b-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-mi R-199a-5p、hsa-mi R-100-5p。实时荧光定量PCR验证结果与芯片结果一致。对差异microRNA进行分层分析发现,与卵巢浆液性癌Ⅰ-Ⅱ期、淋巴结未转移患者比较,Ⅲ-Ⅳ期、淋巴结有转移患者的hsa-mi R-21-5p表达均增高,hsa-mi R-125b-5p表达均降低(P<0.05);而在高级别与低级别卵巢癌患者之间microRNA的表达水平差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论卵巢浆液性癌中异常表达的microRNA可能与肿瘤的发生发展相关。

肝细胞癌中microRNA-375调控的基因网络分析

目的:探讨肝细胞癌中miR-375的表达及其调控的相关靶基因和信号通路。方法:采用原位杂交检测miR-375在人肝癌组织芯片的表达情况;人全基因组表达谱芯片检测4株肝癌细胞株;MAS生物信息学软件筛选miR-375调控靶基因及相关信号通路。结果:原位杂交结果显示miR-375在肝癌组织中的表达明显高于癌旁组织(P<0.05);人全基因组表达谱芯片结果分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞的共上调基因有20个,共下调基因有17个;MAS生物信息学软件分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞共有的上调信号通路有54条,下调信号通路有48条。结论:miR-375与肝细胞癌有密切的关系。对miR-375调控的肝细胞癌相关靶基因与信号通路进行多元化筛选,为后续全面深入的研究肝细胞癌发生发展的机制提供了便利。

肺癌缺氧A549细胞的microRNA芯片表达谱分析

目的:研究缺氧对肺腺癌A549细胞中microRNA表达谱的影响,分析靶基因参与的生物学功能和通路。方法:基于miRNA芯片技术和生物信息学分析方法,分析缺氧条件和正常氧条件下培养的A549细胞中差异表达的miRNA,并预测这些miRNA的靶基因,分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:本研究共筛选出14个差异表达miRNA,包括9个在缺氧细胞中上调miRNA和5个下调miRNA。上调和下调miRNA的靶基因都参与DNA转录、核染色质修饰等功能,并且都参与Wnt信号、TGF-β信号和MAPK信号通路。结论:缺氧的肺腺癌A549细胞中miRNA表达谱发生了显著改变,差异表达miRNA对某些基因具有调控作用。

CD4^+T淋巴细胞差异表达microRNA在ACS患者的筛选和鉴定

目的:通过检测急性冠脉综合征(acute coronary syndrome,ACS)患者外周血CD4+T淋巴细胞基因的miRNA,筛选与健康正常人差异表达的miRNA,鉴定对CD4+T淋巴细胞具有调控作用miRNA,初步阐明miRNA在ACS发病机制中的作用。方法:选取入住我院的确诊为ACS患者20例为ACS组,以疑似ACS而冠脉造影正常的住院患者20例作为正常对照组;首先抽取新鲜外周静脉20 m L,使用密度梯度离心法分离出循环血中的单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC),再使用免疫磁珠法(Magnetic cell sorting system,MACS)进一步分离出CD4+T淋巴细胞;分离的CD4+T淋巴细胞一部分用于检测纯度,另一部分用于芯片检测。CD4+T淋巴细胞纯度检测采用流式细胞术法(Flow cytometry,FCM)检测,分离所得的CD4+T淋巴细胞纯度,且采用台酚蓝检测活细胞数。CD4+T淋巴细胞合格后再行下一步实验,即将另一部分CD4+T淋巴细胞采用Trizol法提取其细胞内总RNA后分两部分,一部分提取的RNA采用聚乙二醇(Poly ethylene glycol,PEG)方法分离纯化miRNA,另一部分用于real time PCR备用。用分光光度计测定RNA的浓度,使用凝胶电泳质检RNA的质量,合格后再使用miRNA基因芯片进行杂交,再用Affymetrix Gene Chip Scanner 3000基因芯片扫描仪检测CD4+T淋巴细胞差异表达的miRNA。另一部分RNA采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Realtime PCR)对部分差异表达的miRNA进行验证。结果:使用MACS法分离出高纯度的人CD4+T淋巴细胞。Trizol法能够提取其细胞内较完好的总RNA。miRNA芯片杂交检测及数据分析结果显示,ACS患者与正常对照者CD4+T淋巴细胞中,在ACS患者中表达显著上调的有:miR-16,miR-145,miR-133b和miR-155,在ACS患者中表达显著下调的有:miR-126和miR-211。实时定量结果显示,与对照组比较,ACS组miR-16,miR-145,miR-133b和miR-155的基因表达均显著上调,miR-126和miR-221的基因表达均显著下调(P<0.05),与Affymetrix miRNA基因表达谱芯片检测结果一致。结论:筛选鉴定的ACS患者外周血CD4+T淋巴细胞差异表达的miRNA,可能参与了ACS的发生发展。

脂肪基质细胞脂向分化过程中MicroRNA-134的表达变化

目的了解脂肪基质细胞(ADSCs)脂向分化过程中MicroRNA-134(miR-134)表达变化情况,深入了解ADSCs脂向分化的分子调控机制,为脂肪组织工程的研究和发展奠定基础。方法(1)采取出生30d的雄性体健SD(Sprague-Dawley)幼鼠的腹股沟脂肪组织,用密度梯度离心结合贴壁培养法分离、纯化后诱导培养大鼠脂肪基质细胞(ADSCs)7d,设置未诱导组以对照。(2)应用miRNA芯片技术比较诱导组和未诱导组的miR-134表达差异。(3)用实时定量PCR定量验证ADSCs脂向分化前后miR-134表达差异。结果(1)成功分离、纯化、培养ADSCs,诱导组培养7d后观察到典型脂肪细胞特征,细胞形态学上表现为细胞相互融合,成片生长,呈细长纺锤形,大量脂滴形成;PPARγ免疫细胞化学染色呈阳性;油红O染色脂滴被染成橙红色。(2)成脂诱导前后miR-134表达明显下调,其中诱导修正值2054.5,无诱导修正值2855.25。(3)实时定量PCR结果亦显示miR-134表达显著下调,与miRNA芯片结果一致。结论miR-134在ADSCs脂向分化过程中miR-134表达显著下调,可能参与调控ADSCs的脂向分化。

基因芯片技术检测Shh蛋白对脑梗死小鼠脑皮质组织microRNA-210表达的影响

目的探讨Shh蛋白对脑梗死小鼠脑皮质组织microRNA-210表达的影响。方法建立小鼠脑皮质梗死模型,基因芯片技术筛选出脑梗死小鼠脑皮质组织差异表达基因,并应用qRT-PCR技术对其差异性表达进行验证。给予Shh蛋白治疗后,应用qRT-PCR技术观察Shh蛋白对脑梗死小鼠脑皮质组织microRNA-210表达。应用ATP试剂盒检测Shh蛋白对脑梗死小鼠脑皮质组织ATP活性的变化。结果与对照组相比,基因芯片筛选出脑梗死小鼠脑皮质组织中差异表达microRNA 17个,其中表达上调8个,表达下调9个。进一步筛选出microRNA-210,运用q-PCR技术验证其在脑梗死后脑皮质组织中表达上调(P<0.05)。与脑梗死组相比较,经Shh蛋白干预后小鼠皮质组织microRNA-210表达上调(P<0.05)与对照组相比,脑梗死组ATP含量下降,Shh蛋白干预后,ATP含量有所上升(P<0.05)。结论Shh蛋白可能通过上调microRNA-210逆转能量生成障碍对脑梗死发挥治疗作用。

细胞外基底刚度调控宫颈癌细胞迁移的microRNA的筛选

目的通过microRNA芯片筛选不同基底刚度影响宫颈癌细胞迁移过程中的关键microRNA的候选者。方法用丙烯酰胺及双丙烯酰胺的不同比例配置基底刚度为1、20 k Pa的人工基底膜,在其上种植宫颈癌细胞系Siha,36 h后收取细胞提取总RNA,用microRNA芯片及qRT-PCR方法筛选2种基底刚度条件下的差异表达microRNA。结果在2种不同刚度条件下生长的宫颈癌细胞系Siha共有173个表达差异的microRNA,其中包括70个表达上调的microRNA和103个表达下调的microRNA。在宫颈癌细胞系Siha、Hela、Caski中,检测与宫颈癌细胞迁移相关的miR-21、miR-125a、miR-75b、miR-150、miR-595、miR-218、miR-200b、miR-107、miR-183等表达与microRNA芯片结果一致。结论不同基底刚度可引起宫颈癌细胞系Siha的microRNA表达谱不同,microRNA在基底刚度调控宫颈癌细胞迁移的过程中可能具有重要作用。

血清中microRNA对非小细胞肺癌早期转移潜在的诊断价值

目的对转移和未转移非小细胞肺癌(NSCLC)患者血清中外泌体进行测序,探讨血清外泌体中微小RNA(miRNA)对NSCLC早期转移诊断价值。方法超高速离心法提取转移NSCLC和未转移NSCLC患者血清中外泌体,Arraystar人类miRNA微阵列检测2组外泌体中差异表达的miRNA。选择30例NSCLC转移患者和30例NSCLC未转移患者进行实时定量聚合酶链式反应验证基因芯片检测结果。结果全部患者血清外泌体RNA浓度和纯度达到基因芯片检测标准,转移NSCLC患者血清外泌体中差异上调表达基因为miR-4436a,miR-4687-5p。差异下调表达基因miR-22-3p,miR-3666,miR-4448,miR-4449,miR-6751-5p,miR-92a-3p。实时定量聚合酶链式反应结果和基因芯片结果一致,miR-4436a上调2.11倍,miR-4687-5p上调2.09倍,miR-22-3p下调0.43倍,miR-3666下调0.41倍,miR-4448下调0.39倍,miR-4449下调0.46倍,miR-6751-5p下调0.45倍,miR-92a-3p下调0.41倍。结论肺癌患者血清外泌体中miR-4436a,miR-4687-5p,miR-22-3p,miR-3666,miR-4448,miR-4449,miR-6751-5p,miR-92a-3p差异表达可以对NSCLC的早期转移起到提示作用。

肿瘤相关巨噬细胞microRNA表达谱及生物信息学分析

目的研究肿瘤相关巨噬细胞(TAM)microRNA的表达谱。方法建立小鼠乳腺癌细胞系4T1移植瘤模型,从移植瘤组织中分离TAM,用基因芯片检测microRNA表达谱,实时荧光定量PCR(real-time PCR)验证芯片结果并进行生物信息学分析,以小鼠腹腔巨噬细胞(PEC)为阴性对照。结果与阴性对照细胞相比,TAM中有59个mi-croRNAs表达量出现显著变化,其中23个microRNAs表达上调,有36个microRNAs表达下调;实时荧光定量PCR对miR-146a、miR-222、miR-31和miR-877的表达进行了验证,其结果与基因芯片检测结果一致;这些microRNAs参与了多个信号通路的调控。结论 microRNA表达谱及生物信息学分析表明microRNA在TAM分化过程的调控中有重要作用。

糜烂型口腔扁平苔藓差异表达MicroRNAs的筛选

目的:用基因芯片筛选糜烂型口腔扁平苔藓(OLP)病损部位黏膜组织差异表达的MicroRNAs并预测其相关靶基因。方法:采集糜烂型OLP病损黏膜组织和正常口腔黏膜组织各3例,提取总RNA后,用Cyanine 3-pCp标记,标准条件下标记好的探针在Agilent微阵列上杂交,Agilent微阵列扫描仪扫描芯片,使用Agilent Feature Extraction软件分析数据,筛选出具有统计学意义的差异表达miRNAs。采用miRNAs生物信息学技术预测差异表达明显的miRNAs的靶基因。结果:糜烂型OLP和正常口腔黏膜组织中提取的总RNA均符合芯片杂交要求,RNA完整性评分1.8~2.0;筛选获得159个与糜烂型OLP相关的miRNAs,其中12个miRNAs表达上调,147个miRNAs表达下调。生物信息学分析得出miR-206的预测靶基因中5个与糜烂型OLP相关。结论:筛选得到的糜烂型OLP病损黏膜中差异表达的miRNAs可能与糜烂型OLP发病相关。