基于GEO数据库联合网络药理学研究川芎-赤芍药对治疗动脉粥样硬化的药理过程及分子机制

目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程。方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取。川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药系统药理学数据库与分析平台检索。合并差异基因和药物作用靶点以获得共同的靶点。利用在线分析工具STRING和Cytoscape构建药物和靶点的调控网络以及靶点间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。然后利用R语言注释靶点基因的基因本体(GO)功能,分析京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,再进行基因集富集分析(GSEA)以验证KEGG的通路和富集的情况,确定靶点基因的调控功能和参与基因调控功能的信号转导通道。结果:共筛选出动脉粥样硬化差异基因1244个,川芎-赤芍药对含36个生物活性成分,其中靶点为环加氧酶1、肾上腺素受体、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ、激酶插入域受体、孕激素受体、基质金属蛋白酶9、CXC趋化因子配体8、蛋白激酶Cβ、白细胞介素6、CD14、二肽基肽酶-4、PIK3CG、肾上腺素受体α1B、微管相关蛋白2、尿激酶纤溶酶原激活剂和单胺氧化酶B。靶点在GO中主要富集在合成DNA过程的调控、DNA生物合成的过程、含胶原的细胞外基质、细胞外基质、蛋白酶结合、细胞迁移、血管形成过程、膜筏结构、转录的调节等与动脉粥样硬化炎症、脂肪代谢及血管生成相关的生物学注释。脂质与动脉粥样硬化通路和核因子κB信号通路与动脉粥样硬化关系最为密切,并且在KEGG信号通路和GSEA均显示出富集。结论:川芎-赤芍药对通过潜在的13个活性成分作用于可能的16个靶点调控相关信号转导通路,通过抗炎、调脂和保护血管等方式产生抗动脉粥样硬化的作用。

GeO_2-SiO_2纳米复合材料的合成及其光学特性研究

运用溶胶 凝胶法合成了GeO2 SiO2 纳米复合材料 ,探索了为 pH在 2的条件下通过水解Si(OC2 H5) 4和GeCl4合成GeO2 SiO2 干胶的过程。在 10 0～ 12 0 0℃下对干胶进行热处理。采用UV光谱法测定了材料的光学性质 ,观察到随热处理温度的升高 ,样品光谱的吸收边向长波方向移动。由于温度的影响 ,晶粒长大 ,带隙能量减小 ,纳米微晶的量子尺寸效应显示出来。经X射线衍射分析 ,观察到了随热处理温度的增高 ,材料结构从无序到有序的转变过程 ,直到 110 0℃时 ,有明显的微晶生成 ,其尺寸为 5～ 10nm。

基于GEO数据库的黄芪-当归药对治疗糖尿病合并心血管并发症的分子机制研究

目的探究经典中药配伍组合黄芪-当归药对(芪归药对)对糖尿病合并心血管并发症的治疗作用及分子机制。方法运用BATMAN数据库对芪归药对进行分析,检索GEO数据库中关于糖尿病合并心血管并发症的相关基因芯片数据,借助GEO2R分析差异基因,构建靶点互作关系网络,拓扑得到芪归药对治疗糖尿病心血管并发症的关键基因;运用DAVID数据库对关键基因进行基因本体功能和KEGG通路富集分析。将20只SD大鼠随机分为健康对照组、糖尿病合并心血管并发症模型组、阳性对照二甲双胍治疗组和芪归药对治疗组,每组5只;除健康对照组外,其余各组均给予高脂高糖饲料并建立糖尿病合并心血管并发症模型;观察各组大鼠心肌细胞中PI3K、Akt3蛋白的表达情况。结果(1)在BATMAN数据库中分析得到芪归药对的相关靶点基因1332个,在GEO数据库中检索得到3个糖尿病合并心血管病变的芯片数据文件(GSE26887、GSE43950、GSE46262),利用GEO2R分析筛选出2759个差异基因;经映射得到芪归药对治疗糖尿病合并心血管并发症的关键基因247个。(2)通过STRING数据库构建关键靶点的差异蛋白相互作用(PPI)网络图,运用Cytoscape 3.7.2构建“芪归药对—活性成分—靶点”网络。采用DAVID数据库进行功能富集分析提示,芪归药对治疗糖尿病合并心血管并发症的生物学进程主要集中在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正负调控、氧化还原过程、信号转导、凋亡过程、炎症反应、细胞增殖的正调控等,信号通路涉及新陈代谢通路、癌症通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、5'-单磷酸(cAMP)信号通路、环磷酸鸟苷酸-蛋白激酶(cGMP-PKG)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶与丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K-Akt)信号通路、非酒精性脂肪肝通路、胰岛素抵抗通路等。(3)采用SD大鼠的动物模型实验结果显示,与健康对照组比较,未接受治疗的糖尿病合并心血管并发症模型组心肌细胞中PI3K、Akt3蛋白表达量均明显降低(P<0.01);芪归药对治疗组和二甲双胍治疗组心肌细胞中PI3K表达量均高于模型组(P<0.01),但低于健康对照组(P<0.01);芪归药对治疗组Akt3蛋白表达量低于健康对照组(P<0.05),二甲双胍治疗组Akt3蛋白表达量高于模型组(P<0.05)。结论芪归药对治疗糖尿病合并心血管并发症的特点是“多成分、多靶点、多途径”,多个关键基因和信号通路发挥了重要作用,进一步研究有望拓宽糖尿病中医药诊疗的思路。

基于GEO数据库和网络药理学探讨柴胡-葛根治疗原发性青光眼的机制

目的基于GEO数据库和网络药理学探讨柴胡-葛根治疗原发性青光眼的机制,为原发性青光眼的治疗提供新方向。方法通过TCMSP数据库筛选柴胡、葛根的有效活性成分;通过检索GeneCards、OMIM等数据库及二次挖掘GEO数据库中的芯片数据筛选原发性青光眼的作用靶点;利用David平台对靶基因进行GO功能及KEGG富集分析。体外实验以小鼠视网膜神经节细胞(RGC)为研究对象,以过氧化氢诱导RGC构建氧化应激损伤模型,设置空白组、模型组、空白+中药组、模型+中药组,倒置相差显微镜下观察各组RGC形态变化,RT-PCR检测各组RGC中PI3K和AKT mRNA表达情况。结果网络药理学研究结果证实,与原发性青光眼相关的差异蛋白靶点共63个,包括IL-6、VEGFA等。GO功能及KEGG富集分析结果显示,柴胡-葛根治疗原发性青光眼的生物学过程与蛋白结合、催化、有机环状化合物结合及有机物代谢过程等有关,主要通过调节PI3K-AKT、TNF、MAPK、VEGF、JAK-STAT等信号通路发挥作用。体外实验结果显示,模型+中药组RGC从缓慢贴壁到完全贴壁,并可见少量聚集性生长及串珠样排列,细胞体缓慢增大。RT-PCR检测结果显示,与空白组相比,空白+中药组RGC中PI3K和AKT mRNA表达均下降(均为P<0.05);与模型组相比,模型+中药组RGC中PI3K和AKT mRNA表达均下降(均为P<0.05)。结论柴胡-葛根能够通过抑制PI3K-AKT信号通路抑制细胞凋亡,起到改善原发性青光眼的作用。

网络药理学联合GEO数据挖掘与分子对接探究桔梗-鱼腥草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的:通过网络药理学联合GEO数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集桔梗-鱼腥草活性成分及其作用靶点,在Gencards、OMIM和GEO数据库获取疾病相关靶点,将二者靶点取交集获取桔梗-鱼腥草与NSCLC的共同靶点,并使用Cytoscape3.9.0软件进行药物-活性成分-靶点互作网络构建获取核心成分。通过String网站对药物-疾病共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析得到核心靶点。使用Metascape平台对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。最后运用AutoDock和PyMol软件对核心成分和核心靶点进行分子对接和可视化处理。结果:共获得药物活性成分7个,药物-疾病共同靶点139个。其中核心活性成分3个:槲皮素、木犀草素、山奈酚;核心靶点5个:TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR。GO分析得到2281个相关条目。KEGG分析得到326条信号通路。分子对接显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR之间均具有较强亲和力。结论:桔梗-鱼腥草药对可能通过TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR等靶点和癌症通路、PI3K-AKT信号通路等途径发挥抗NSCLC的作用。

溶胶-凝胶法制备Sn掺杂GeO_2粉体

采用溶胶-凝胶法以锗酸根离子水溶液作为前驱体制备了Sn掺杂GeO2粉体样品。用X射线衍射和红外光谱分析了试样的微观结构;用X射线能谱仪测试了试样的组成;用场发射扫描电子显微镜观察了试样的微观形貌;用紫外-可见光光谱分析了试样的禁带宽度。结果表明,Sn掺杂GeO2粉体试样为单一六方GeO2晶相,粒子具有包覆形貌。Sn的掺杂引起了GeO2晶格常数有规律的变化和红外吸收光谱的红移。利用漫散射紫外-可见光光谱计算出GeO2和Sn掺杂GeO2试样的禁带宽度分别为5.04eV和4.51eV。荧光光谱显示Sn掺杂GeO2试样具有新的发光性质,发光波长为325nm。

基于多级适应性休假和θ-进入规则的Geo/G/1排队系统的队长分布（英文）

本文考虑带有多级适应性休假的Geo/G/1离散时间排队系统,其中在服务员休假期间到达的顾客以概率(0<θ≤1)进入系统.运用更新过程理论和全概率分解技术,从任意初始状态出发,获得时刻n^+处队长瞬态分布的z-变换的递推表达式,并在瞬时性质分析的基础上,分别得到时刻n^+;n;n^-处队长稳态分布的递推公式,所得结果进一步表明稳态队长不再具有随机分解结构.最后通过数值实例,讨论队长稳态分布对系统参数的敏感性,并阐述了队长稳态分布的递推公式在系统容量优化设计中的重要应用价值.

慢性间歇低氧和复氧对大鼠胰岛素抵抗及骨骼肌miR-27a-3p/PPARγ/IRS1/PI3K/AKT表达的影响

目的探讨慢性间歇低氧(CIH)和复氧对大鼠胰岛素抵抗(IR)及骨骼肌miR-27a-3p/PPARγ/IRS1/PI3K/AKT表达的影响。方法从基因表达数据库(GEO)中下载CIH条件下miRNA数据集,运用DESeq2筛选差异表达最显著的miRNA作为研究对象,使用miRNA walk网站对差异miRNA的靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并Cytoscape软件构建miRNA-mRNA-pathway调控网络。将48只雄性SD大鼠随机分为对照(CON)组和CIH组,24只/组,CON组常氧环境饲养12周,CIH组先予CIH环境饲养8周,再恢复常氧饲养4周。两组均在基线、8周、12周时留取血样和骨骼肌组织,检测空腹血糖(FBG)、空腹胰岛素(FINS)水平,HE染色观察骨骼肌病理改变并计算肌纤维横截面积,实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和Western blotting法检测骨骼肌miR-27a-3p、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)、葡萄糖转运蛋白4(GLUT4)、胰岛素受体1(IRS1)、p-IRS1、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、磷酸激酶B(AKT)、p-AKT表达,比较组间差异。结果生信分析发现,GEO数据库未筛选出CIH状态下肌肉组织相关的miRNA数据集,仅得到肾脏组织差异表达miRNA的GSE202480数据集,从CON组和CIH组样本中筛选出165个差异表达的miRNA,选最显著miR-27a-3p作为研究对象。GO和KEGG分析显示,差异miRNA的靶基因主要参与肌肉调节和胰岛素信号传导。miRNA-mRNA-pathway调控网络显示miR-27a-3p是PPAR信号通路和PI3K/AKT信号通路的关键调控因子。动物实验发现,基线时,两组各项观察指标均无统计学意义(P>0.05);8周时,与CON组相比,CIH组FBG、FINS、HOMA-IR、PPARγ显著升高(P<0.05或P<0.01),肌纤维排列疏松,肌纤维横截面积、miR-27a-3p、p-IRS1/IRS1、PI3K、p-AKT/AKT显著降低(P<0.05或P<0.01),GLUT4表达呈升高趋势但无统计学意义(P>0.05);12周时,两组各项观察指标均无统计学意义(P>0.05)。结论CIH可导致大鼠IR增加和骨骼肌病理改变,而复氧可以逆转;CIH可致骨骼肌miR-27a-3p表达下调,PPARγ表达上调,IRS1/PI3K/AKT胰岛素信号转导受到抑制,而复氧干预可以逆转;miR-27a-3p可能通过调控PPARγ/IRS1/PI3K/AKT信号通路参与了CIH所致的IR。

Mn2+/N2-共掺杂Zn2GeO4晶体电子结构和光学性质的研究

采用基于密度泛函理论的平面波超软赝势方法对本征Zn2GeO4,Mn2+掺杂Zn2GeO4,Mn2+/N2-共掺杂Zn2GeO4超晶胞进行了几何结构优化,计算了掺杂前后体系的晶格常数、能带结构、态密度和光学性质.结果表明,Mn离子掺入后,Mn离子3d轨道与O离子2p轨道之间有强烈的轨道杂化效应,掺杂系统不稳定,而Mn/N离子共掺后,Mn离子和N离子之间的吸引作用克服了Mn离子之间的排斥作用,能够明显地提高掺杂浓度和体系的稳定性.光学性质计算结果表明,Mn离子与N离子共掺杂能改善Zn2GeO4电子在低能区的光学跃迁特性,增强电子在可见光区的光学跃迁;吸收谱计算结果显示,Mn离子与N离子掺入后体系对低频电磁波吸收增加.

3.5MgO·0.5MgF2·GeO2:Mn4+的溶胶-凝胶法合成及其研究

溶胶-凝胶法合成3.5MgO·0.5MgF2·GeO2:Mn4+(2%)荧光粉的激发和发射的峰值强度受三氟乙酸含量的影响较大,随着三氟乙酸含量的增加,峰值强度呈现先增后降趋势;当加入三氟乙酸的量为14mmol时3.5MgO·0.5MgF2·GeO2:Mn4+(2%)荧光性能最好。3.5MgO·0.5MgF2·GeO2:Mn4+(2%)发射主峰位于660nm,最大激发峰在280nm,能够被紫外光、紫光和蓝光发射的LED芯片所激发,发射红色荧光。

纳米复合GeO_2/TiO_2的制备及光催化性能研究

采用改进的Sol-gel方法,制备了一种新型的单分散椭球形微孔结构的纳米GeO2/TiO2复合光催化剂,并用TG-DTA、XRD、XPS、UV-vis、FT-IR、TEM、BET等手段进行了表征.以难生化降解的染料罗丹明B为目标降解物,采用HPLC测定不同光照时间下催化剂对染料降解的情况,考察了催化剂的光催化活性.结果表明,改进的Sol-gel法制得的复合光催化剂具有明显的孔结构,而且比表面积大、粒径小、粒径分布窄、分散性好;与适量GeO2复合后能够有效提高TiO2纳米粒子的光催化活性;复合光催化剂的最佳制备条件为GeO2摩尔含量为0.1%,煅烧温度为400℃,所制得的GeO2/TiO2光催化活性比纯TiO2有显著提高.

生物信息学分析miR-16-5p在乳腺癌中的作用及临床验证

目的 生物信息学分析miR-16-5p在乳腺癌(BC)中的作用并进行临床验证。方法 BC的队列数据集来自高通量基因表达数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA),并通过生物信息学工具进行分析。在临床验证中,前瞻性纳入2018年1月至2022年2月接受手术的BC患者(BC组),获取BC组织和对应的癌旁正常组织。另纳入同期150例体检健康女性作为对照组,获取其血清样本,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测组织及血清miR-16-5p表达。所有BC患者至少随访3年。结果 共鉴定出195个差异表达基因(DEG),根据logFC≥1.5或logFC≤-1.5阈值,miR-16-5p表达显著下调,其受试者工作特征(ROC)曲线和Kaplan-Meier曲线分析显示,miR-16-5p区分BC组织及正常乳腺组织的曲线下面积(AUC)为0.73(95%CI:0.68~0.79),且miR-16-5p低表达的患者预后较差(P=0.013),因此miR-16-5p可作为候选miRNA。在临床验证集中,BC组织miR-16-5p相对表达量明显低于癌旁正常组织[0.46(0.29,0.66)vs. 0.82(0.56,1.08),P<0.001]。且BC患者血清miR-16-5p相对表达量也显著低于对照组[0.34(0.15,0.50)vs. 0.99(0.70,1.20),P<0.001]。ROC曲线显示,当血清miR-16-5p相对表达量≤0.520时可良好地诊断BC患者,AUC值为0.897(95%CI:0.863~0.932)。BC患者血清样本和BC组织样本中miR-16-5p相对表达量呈正相关(rs=0.373,P<0.001)。血清miR-16-5p表达与T分期、N分期、TNM分期有关(P<0.05)。血清miR-16-5p低表达组是影响BC患者患者3年内发生局部复发/远处转移及死亡的独立预测生物标志物(P<0.05)。结论 血清miR-16-5p表达对BC有诊断效能,低血清miR-16-5p表达预示着BC患者更差的疾病进展情况和3年内预后不良。

新生ROSA β geo26小鼠海马神经干细胞移植入成年大鼠脑内的存活与分化

目的评价转染报告基因LacZ的ROSA β geo26小鼠能否作为神经干细胞(NSCs)移植的细胞来源。方法应用X-Gal结合免疫组化双标染色研究该品系小鼠NSCs植入成年大鼠纹状体内β-gal的表达。结果移植2周后在大鼠纹状体内可见表达β-gal阳性细胞,部分移植细胞向嘴侧迁移至宿主基底前脑,并分化为成熟神经元,但未观察到表达β-gal的星形胶质细胞。结论LacZ的ROSA β geo26小鼠海马的NSCs移植后能稳定表达β-gal,可作为神经干细胞移植的细胞来源。

基于生物信息学和分子对接探讨“柴胡-黄芩”治疗IgA肾病机制的研究

目的:利用生物信息学和分子对接技术探讨“柴胡-黄芩”药对干预IgA肾病差异表达基因的调控机制及物质基础。方法:筛选差异表达基因综合数据库GEO中IgA肾病基因样本,在中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP上筛选“柴胡-黄芩”药对的活性成分,将IgA肾病的差异基因和“柴胡-黄芩”药对的靶标蛋白取交集,用Cytoscape软件构建调控网络和蛋白相互作用网络,并进行拓扑结构分析及关键靶点筛选关键节点。利用PyMoL及AutoDock Vina软件对主要活性成分及高频靶标进行分子对接验证。用R i3863.6.2对交集基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果:分析IgA肾病患者与正常人相比的差异基因,得到明显影响和改变的基因共347个,其中上调基因104个,主要富集在炎症反应中细胞纤维化、TNF信号通路和MAPK信号通路。从柴胡、黄芩中筛选槲皮素、山柰酚、黄芩素等38个活性成分,作用于JUN、MYC、CDKN1A等20个IgA肾病差异表达基因靶点,调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGEs-RAGE)介导的信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等多种生物过程。结论:“柴胡-黄芩”的有效成分通过多个靶点、多条通路药干预IgA肾病差异基因表达。

基于miRNA-mRNA网络探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制

目的运用生物信息学和网络药理学方法挖掘黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的微小RNA(miRNA)-mRNA转录网络,探讨其作用机制。方法通过GEO数据库挖掘2型糖尿病miRNA和mRNA芯片集,并通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芪-山药药对活性成分及预测靶点,使用R语言及Perl软件筛选黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的关键miRNAs及mRNAs,借助Cytoscape3.8.2软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、miRNA-mRNA转录网络及蛋白互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并借助cytoNCA完成PPI网络的拓扑分析。结果2型糖尿病中存在64个差异miRNA和6143个差异mRNA构成的605组miRNA-mRNA互作关系;黄芪-山药药对存在56个有效成分和538个药物靶点,如PGR、PTGS1、AR、SCN5A、NCOA2等。2型糖尿病-miRNA-mRNA-有效成分-中药调控网络图得到miR-1307-3p-PTPN1、miR-1307-3p-SCN5A、miR-1307-3p-BCL2、miR-1307-3p-CHEK2、miR-1307-3p-E2F2、miR-1307-3p-IL10RB、miR-1307-3p-IRF1、miR-1307-3p-MAPK1、miR-491-5p-PTGS 1共9条miRNA-mRNA相互关系。PTPN1、SCN5A、BCL2、CHEK2、E2F2、IL10RB、IRF1、MAPK1、PTGS1共9个靶点作为miRNA调控黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的重要桥梁。GO结果富集在对类固醇激素的反应、对金属离子的反应、对药物的反应、内在凋亡信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始等,KEGG结果富集在脂质和动脉粥样硬化、IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、p53信号通路等。结论2型糖尿病中存在多个miRNA-mRNA调控网络,黄芪-山药药对以多组分、多功能、多途径的形式,介导IL-17、TNF、p53、HIF-1等信号通路,miRNA-mRNA网络在黄芪-山药药对治疗2型糖尿病中发挥重要作用。

半乳糖凝集素-3在骨关节炎中作用的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法分析半乳糖凝集素-3(gal-3)在骨关节炎中的作用机制。方法:从GEO数据库中下载经gal-3处理的骨关节炎软骨细胞芯片,寻找芯片表达谱的差异基因并对其进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析以及疾病富集分析。此外,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异基因蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因。结果:共筛选出474个差异基因,其中包含246个上调的基因与228个下调的基因。GO富集分析结果表明,差异基因主要富集的生物学过程有骨髓白细胞迁移、白细胞趋化等;主要富集的细胞组分有细胞外基质、蛋白质细胞外基质等;主要富集的分子功能有细胞因子活性、趋化因子活性等。KEGG通路富集分析结果发现,差异基因主要涉及的通路有肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素-17信号通路等。疾病富集分析结果提示,差异基因主要富集的疾病有关节病、肺疾病、莱姆关节炎等。差异基因蛋白互作网络在Cytoscape软件共找出10个核心基因。结论:骨关节炎软骨细胞在gal-3作用下,可能通过上调白细胞介素-6等相关基因的表达在骨关节炎的进展中发挥重要作用。

探讨黄芪-青风藤药对治疗特发性膜性肾病的作用机制

利用GEO芯片联合网络药理学探讨黄芪-青风藤药对治疗特发性膜性肾病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库获取黄芪-青风藤药对的活性成分和有效靶点,利用GEO芯片提取IMN的差异表达基因。借助Venny2.1.0软件获取药物与疾病的共同靶点,采用Cytoscape3.9.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络。使用STRING数据库构建核心靶蛋白互作网络(PPI),通过DAVID平台对黄芪-青风藤治疗IMN的有效靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,利用AutoDock工具进行分子对接验证。结果 筛选获取黄芪-青风藤药对有效活性成分26个,作用靶点215个,GEO数据获得IMN差异表达基因3983个,药物与疾病交集基因43个。通过PPI网络筛选得到黄芪-青风藤药对治疗IMN的关键治疗靶点3个:蛋白激酶(AKT1)、转录因子(JUN)、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO功能富集显示,黄芪-青风藤药对可以影响蛋白质结合、细胞凋亡、RNA聚合酶II启动子转录的正向调节等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,黄芪-青风藤药对可以调控MAPK信号通路和IL-17信号通路等凋亡相关通路保护肾脏发挥治疗IMN作用。分子对接结果显示黄芪-青风藤药对主要活性成分β-谷甾醇、青藤碱、山奈酚等与核心靶点AKT1、JUN、CASP3等均能实现自发结合。结论 黄芪-青风藤药对可能通过作用于AKT1、JUN和CASP3等关键靶点调控MAPK信号通路、IL-17信号通路等信号通路,从而发挥调节细胞调亡、抑制炎症因子和调节免疫功能等作用来治疗IMN。

DHCR7基因在胃癌中的表达及其与免疫相关基因的关系

目的探究7-脱氢胆固醇还原酶(DHCR7)基因在胃癌中的表达及其与免疫相关基因的关系。方法使用UALCAN、TIMER数据库分析DHCR7基因在不同类型肿瘤中的表达情况。使用GEPIA、TCGA、GEO数据库分析DHCR7基因在胃癌中的表达。Kaplan-Meier Plotter数据库分析DHCR7基因表达与胃癌患者预后的相关性。通过cBioPortal数据库找出与DHCR7共表达的基因,并展示这些基因中相关系数比较高的基因。对胃癌中与DHCR7表达正负相关的基因进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,首先分析DHCR7基因与CD8^(+)T细胞以及招募CD8^(+)T细胞相关趋化因子的相关性;其次分析DHCR7基因与免疫激活相关基因的相关性;最后分析DHCR7表达与胃癌患者临床病理学特征的关联。结果DHCR7基因在大多数肿瘤类型中均有高表达趋势。DHCR7基因在胃癌中的表达高于正常胃黏膜。Kaplan-Meier Plotter数据库中201790-s-at芯片结果显示高表达DHCR7组患者生存期较短。与DHCR7负相关基因的GO、KEGG通路富集分析主要富集在免疫相关功能和信号通路上,DHCR7与CD8^(+)T细胞、招募CD8^(+)T细胞相关的趋化因子以及免疫激活基因都具有负相关性。DHCR7高表达与胃癌患者年龄呈正相关。结论DHCR7在胃癌组织中呈高表达,高表达DHCR7患者预后不良,DHCR7基因能够影响胃癌免疫微环境,有望成为胃癌免疫治疗的新靶点。

Web环境下SVG地图浏览器的设计与实现

SVG是近年来发展起来的基于XML的用于描述矢量图形、图像的标准规范 ,该规范的制定对网上矢量地图数据的共享具有十分重要的意义 ,基于SVG的矢量地图十分有利于地理空间数据的传播。文中首先分析了目前Web环境下矢量地图发布存在的问题 ,之后介绍了SVG的有关情况 ,最后基于Adobe的SVGViewer 2 .0设计并实现了一个SVG地图浏览器 ,着重研究了 3个问题 ,即矢量地图数据在SVG文档中的组织与编码 ,地图浏览器界面的设计以及若干地图操作功能的实现。

溶胶-凝胶法制备的GeO_2-SiO_2凝胶玻璃的红光发射

以 3 三氯锗丙酸和正硅酸乙酯为原料采用溶胶 凝胶法制备了GeO2 SiO2 凝胶玻璃 .室温下以 5 3 2nm激光(Nd :YAG)激发GeO2 SiO2 凝胶玻璃有一强的发光峰 ,这种发光有两个发光带 ,其峰位分别在 5 75nm和 62 4nm .该发光现象是由镶嵌在GeO2 SiO2 凝胶玻璃中GeO2 纳米颗粒产生的 .利用吸收光谱和TEM对GeO2 SiO2 凝胶玻璃进行了表征 ,结果发现随着Ge含量的增加凝胶玻璃中GeO2 纳米颗粒的尺寸越来越大 ,吸收边向低能边移动 .X射线衍射和电子衍射确定GeO2 SiO2 凝胶玻璃中GeO2