烟粉虱不同地理种群的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一种世界性的重要害虫并具有多种生物型。本文利用mtDNA COI基因片段对国内外12个地理种群烟粉虱的生物型进行了鉴定并对其来源进行了分析。序列比较和系统发育分析结果表明,采自北京海淀、河南郑州、山东枣庄、江苏南京、上海闵行、海南海口等地的烟粉虱与来自美国California州、Texas州、Arizona州以及以色列的B型烟粉虱的同源性达到99.8%～100%,由此可见目前在中国广大地区暴发成灾的烟粉虱生物型为B型;而采自云南省昆明地区一品红寄主植物上的烟粉虱与来自摩洛哥和西班牙的Q型烟粉虱具有极高的同源性,该烟粉虱生物型为Q型,这也是首次报道Q型烟粉虱入侵中国。

中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fab-ricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系.研究结果显示:4种青蟹在COI基因片段上存在差异,种间序列差异远大于种内差异.青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S.paramamosain的遗传距离为0.001 3,与S.ser-rata的遗传距离为0.121 3.序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果表明中国青蟹属的优势种为拟穴青蟹S.para-mamosain.

基于mtDNA COI基因的离腹寡毛实蝇属常见种DNA条形码识别和系统发育分析

【目的】离腹寡毛实蝇属Bactrocera昆虫是最具经济重要性的实蝇类害虫，本研究依据mtDNA COI基因碱基序列对离腹寡毛实蝇属常见实蝇种类进行识别鉴定与系统发育分析。【方法】以口岸经常截获的离腹寡毛实蝇属8个亚属21种实蝇为对象，采用DNA条形码技术，通过对mtDNA COI基因片段 （约650 bp）的测序和比对，以MEGA软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离，以邻接法（NJ） 构建系统发育树。【结果】聚类分析与形态学鉴定结果一致，除11种单一序列实蝇外，其他10种实蝇均各自形成一个单系，节点支持率为99%以上。种内（10种）遗传距离为0.0003～0.0068，平均为0.0043；种间（21种）遗传距离为0.0154～0.2395，平均为0.1540；种间遗传距离为种内遗传距离的35.8倍，而且种内、种间遗传距离没有重叠区域。【结论】基于mtDNA COI基因的DNA条形码技术可以用于离腹寡毛实蝇属昆虫的快速鉴定识别，该技术体系的建立对实蝇类害虫的检测监测具有重要意义。

潍坊地区六种常见嗜尸性蝇类mtDNA COI区序列研究

目的解决蝇类成虫、蛹和蛆快速、准确鉴定的难题。方法随机采集潍坊地区人尸周围环境中的蝇类成虫、蛹和蛆,提取其mtDNA,经PCR扩增、产物检测与纯化、测序等,比较其序列差异。结果六种常见嗜尸性蝇类相互之间序列差异明显,同一种蝇的成虫、幼虫、蛹之间未见差异。结论mtDNACOI区序列分析可作为法医学嗜尸性蝇类种属鉴别的可靠方法。

新疆地区烟粉虱类群mtDNA COI基因序列分析

采用mtDNA COI序列鉴定了新疆首府城市乌鲁木齐（东经86°40′-88°55′,北纬43°15′-44°20′）和位于该城市以东195 km的烟粉虱暴发危害区吐鲁番市（东经88°05′-89°54′,北纬41°20′-43°35′）的烟粉虱生物型。通过对两地2008-2010年采集的11个样本群体（样本量均超过30头,每个样本群体检测10头以上）进行检测,结果表明,Q型烟粉虱已经传入新疆。2010年,由乌鲁木齐市花卉市场采集到的一品红种群HH-1与吐鲁番市温室采集到的辣椒种群LJ、番茄种群XHS、茄子种群QZ和烟草种群YC为Q型。另外,2010年采自花卉市场的一品红种群HH-2、2009年前采自野外杂草和温室的锦葵种群JK-S、棉花种群ZH-O以及采自吐鲁番市棉田的种群TC1、TC2和TC3仍然属于B型。

贵德黑裘皮羊mtDNA COI基因系统进化分析

当前贵德黑裘皮羊品种资源形势较为严峻。试验研究利用所设计的一对引物对5个贵德黑裘皮羊样本线粒体DNA的COI基因片段进行PCR扩增并对产物进行直接测序,基于mtDNA COI基因探究贵德黑裘皮羊种群遗传现状。结果显示,贵德黑裘皮羊与国际上乌珠穆沁羊、滩羊、青海藏羊等18个绵羊品种有较近的亲缘关系,存在基因流。研究表明,对贵德黑裘皮羊种质资源进行保护,应该要避免其与其他绵羊品种之间的基因流。

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群。结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力。

北京及周边地区7个地理种群的亚洲小车蝗mtDNA COI基因序列分析

以线粒体DNA COI基因中一段645bp的特异片段作为目的片段,对来自内蒙古自治区的锡林郭勒盟、赤峰市、乌兰察布市,河北省的张家口市、承德市和北京的密云县在内共7个地理种群的139个亚洲小车蝗样本进行了DNA序列分析。结果表明:在目的片段序列中共检测到12个多态性位点,占碱基总数的1.86%。7个种群中内蒙古赤峰广兴源种群的遗传变异程度相对较高,其核苷酸多样性值为0.000 84,河北张家口种群、河北承德种群和北京密云种群均未发生遗传变异。在139条序列中共鉴定出13种单倍型,各单倍型之间未形成与其地理种群空间位置相对应的聚类单元,并且在单倍型网络进化图中也未发现各单倍型之间存在明显的进化关系。

拉氏鱥mtDNA COI区段的遗传多样性分析

为了检测拉氏鱥的遗传多样性以及不同体质量的个体间是否存在遗传差异,选取同时间人工繁殖、同池养殖的体质量不同的40尾拉氏鱥,对其线粒体DNA COI区段进行PCR扩增,测序后获得碱基顺序排列清晰的1 551~1 552 bp DNA片段. 40尾拉氏鱥可分为23种单倍型,共有128个位点存在碱基差异.依据单倍型间Kimura 2-parameter遗传距,可将23种单倍型分为类型1和类型2.类型1中37尾拉氏鱥含20种单倍型(Ⅰ~XX),Kimura 2-parameter遗传距范围为0.000 00~0.005 84;类型2中3尾拉氏鱥含3种单倍型(XXⅠ~XXⅢ),遗传距范围为0.001 29~0.003 23;类型1各单倍型和类型2各单倍型间的遗传距范围为0.073 75~0.080 48. 2种类型间的遗传差异明显,可以初步认为其亲本来自2个不同的物种.类型1中的大、中、小不同体质量的拉氏鱥组内、组间遗传距在0.001 23~0.001 97之间,不同体质量的个体间未见明显的遗传差异.类型1拉氏鱥的单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)及平均核苷酸差异性(k)分别为0.862、0.001 71和2.646,类型2拉氏鱥的H_d、P_i和k分别为1.000、0.002 58和4.000.类型2拉氏鱥的遗传多样性略高于类型1的多样性.

基于mtDNA COI基因的甘肃截形叶螨不同地理种群遗传分化分析

【目的】探讨甘肃截形叶螨Tetranychus truncatus种群遗传多样性、遗传分化及种群系统发育关系。【方法】本研究以2016年6-9月采自甘肃省8个不同生境的34个截形叶螨种群的518头螨样品进行mt DNA COI基因PCR扩增、测序,并利用MEGA7.0和Dna SP5.0等软件分析截形叶螨不同种群的mt DNA COI基因序列变异和遗传分化情况。【结果】在34个截形叶螨地理种群中共获得518条mt DNA COI基因片段,测定片段长度为402 bp,T,C,A和G碱基平均含量分别为43.2%,10.5%,32.2%和14.0%,A+T含量(75.4%)明显高于C+G含量(24.6%),有明显的A/T偏倚性;核酸多样性性指数为0.0328。共检出12个单倍型,单倍型指数为0.8004,其中,H2出现了14次,分布于5个生态区域,为主体单倍型,占个体样本的41%。单倍型网络中介图表明各单倍型明显聚为5个聚类簇;12个单倍型的NJ系统发育树明显地分为4支,该结果与单倍型中介网络图的结果基本一致。各种群间的遗传距离在0.001~0.08955之间。UPGMA聚类图结果表明JQ(酒泉)种群和HS(合水)种群与其他种群相比分化明显。Mantel检测结果表明,种群间的遗传距离与地理距离无显著的相关性(r=0.043,P>0.05)。34个种群间的遗传分化指数Fst为0.11995,种群间变异比例为1.20%。【结论】甘肃省8个生态区的34个截形叶螨种群间的遗传距离与地理距离无显著相关性;截形叶螨的遗传变异主要来自于种群内部,种群间还未发生明显的遗传分化现象。

基于mtDNA COⅠ基因序列的山香圆平背粉虱遗传多样性分析

为探究茶树害虫山香圆平背粉虱(Crenidorsum turpiniae)的遗传多样性,掌握山香圆平背粉虱的遗传分化现状及精准防控提供理论依据,通过基因组DNA提取、PCR扩增与测序,测定贵州省11个不同地理区域的山香圆平背粉虱种群mtDNA COⅠ基因序列片段,开展基因序列特征、单倍型及遗传多样性、遗传分化与基因交流、分子变异和单倍型系统发育分析。结果表明,山香圆平背粉虱mtDNA COⅠ基因序列片段扩增长度均为658 bp,序列具有明显的A+T偏倚性,共定义10个单倍型。贵州茶园山香圆平背粉虱总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.800)和高核苷酸多样性(Pi=0.067 0)。11个地理种群的山香圆平背粉虱总群体遗传分化程度高(Fst=0.920 3),基因交流水平低(Nm=0.04)。AMOVA分析显示,山香圆平背粉虱的遗传变异主要来自组间(FCT=0.912 9);中性检验与错配分布分析综合表明,山香圆平背粉虱近期未发生过明显扩张现象;单倍型系统发育分析及中介网络图聚类结果均表明,山香圆平背粉虱聚为3分支,分化枝可能已达物种水平。

基于mtDNACOI的假眼小绿叶蝉系统发育研究

克隆测定了12个茶树假眼小绿叶蝉Empoasca vitis（Gothe）种群84个样本和5个叶蝉近缘种外群62个虫体的线粒体DNA COI基因序列片段,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系.发现我国茶树假眼小绿叶蝉种群间的遗传距离为0.5%-1.2%,远小于昆虫物种2%的界限,未呈现明显遗传分化,ML分子系统树也显示其种群个体呈平行分布.假眼小绿叶蝉与几种外群叶蝉的遗传距离在14.8%-24.5%之间,依次为葡萄小绿叶蝉〈葡萄二星叶蝉〈桃一点斑叶蝉,说明它与葡萄小绿叶蝉亲缘关系最近,与系统进化树的聚类结果一致.本研究首次通过mtCOI基因序列分析,揭示了假眼小绿叶蝉遗传结构及它与近缘种叶蝉的系统进化关系,为解释它在茶园的起源及适应机制提供了基础.

基于mtDNA-COI基因序列分析我国中华按蚊种群的遗传结构

目的探讨我国中华按蚊种群遗传多样性、遗传分化及种群系统发育关系。方法本实验采用2010-2012年间在我国山东,安徽,江苏,贵州,广西和云南等6个不同地理环境采集的中华按蚊样品,进行线粒体COI基因扩增并测序。采用Bioedit 7.0软件对测序结果进行比对分析;运用Dna SP 5.0软件确定种群遗传结构特点;应用Arlequin 3.1软件计算种群的遗传距离及遗传分化系数;通过IBDWS在线软件来明确遗传距离与地理距离的相关性;使用PHYLIP 3.6软件构建种群系统发育进化树。结果六个中华按蚊种群共123个雌蚊个体的PCR产物成功扩增和测序。PCR扩增中华按蚊线粒体COI基因序列大小为814 bp,平均A+T含量(71.2%)>平均G+C含量(28.8%)。线粒体COI序列分析结果显示,种群具有丰富的遗传多样性;分子变异等级分析表明中华按蚊遗传分化主要来自于种群内部;种群间存在一定的地理隔离现象。中性检验,错配分析及聚类进化树结果显示:中华按蚊种群发展经历扩张状态,而云南种群相对其他种群较独立,在系统树中为孤立一支。结论线粒体COI基因可以作为研究中华按蚊种群遗传结构和系统进化的理想分子标志。云南种群遗传发育较其他地理种群具有一定特殊性。

实蝇科昆虫mtDNA-COI基因序列分析及系统发育研究

将自测的实蝇科6种和从GenBank中检索到的12属40种的mtDNA-COI基因编码区序列片段进行同源性比较,构建分子系统树.在获得的657 bp序列中,变异位点41.4%、简约位点35.62%,A+T含量为64.7%,转换与颠换的比值为0.868.分子系统树表明:果实蝇属、合腹寡鬃实蝇属为最先分化出来的属,是较为原始的类群;其次是按实蝇属、凤实蝇属、绕实蝇属,腊实蝇属为较晚分化出来的属.按实蝇属、果实蝇属及合腹寡鬃实蝇属是近缘的;绕实蝇属和腊实蝇属是近缘的.

应用mtDNA COI基因序列鉴别常见嗜尸性蝇类种属

目的探讨mtDNA基因序列对常见嗜尸性蝇类的种属鉴别应用价值。方法收集不同区域2科4属6个种30个蝇类样本,提取样本线粒体DNA后扩增COI基因序列,以琼脂糖电泳检测扩增产物并测序,以DNAMAN6.0分析软件分别截取498bp序列,用MEGA5.2软件分别进行序列分析,然后构建系统发育树,比较各地区不同种属样本的序列差异。结果 6个种属的嗜尸性蝇类30个样本mtDNA的COI基因具有一定的序列差异,种内进化分歧均数在0.1%~1.6%之间,种间进化分歧均数在2.2%~11.2%之间,6个种属通过系统发育树均可明确区分。结论 COI基因序列分析和系统发育树对嗜尸性蝇类的种属检验具有重要帮助作用,可用于现场样本的准确、快速种属鉴定。

基于线粒体COI基因的云南西花蓟马种群遗传多样性研究

【背景和目的】西花蓟马传播的番茄斑萎病毒属病毒可侵染烟草,为揭示云南西花蓟马传播扩散趋势。【方法】以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)COI基因为分子标记,检测23个不同云南西花蓟马地理种群的遗传多样性、遗传分化、分子变异和种群动态。【结果】基于mtDNA COI基因分析,共检测到10种单倍型,总群体的单倍型多样度(Hd)较高,为0.60700;总群体遗传分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.48031和4.46,表明云南西花蓟马各地理种群间基因交流水平较高;单倍型中介网络图没有明显分支;种群间分子变异主要来自种群内部;总群体中性检验Taijima’s D达到极显著水平,Fu’s Fs达到显著水平,且错配分布曲线中,除主峰外其余峰不明显,说明云南西花蓟马种群近期或正经历明显的种群扩张。【结论】云南西花蓟马种群遗传多样性丰富,近期种群或正经历明显扩张,应积极监测并采取有效的防控措施,保障农业生产健康发展。

海南地区螺旋粉虱种群mtDNA-COI和rDNA-ITS1基因的序列及系统发育分析

螺旋粉虱Aleurodicus dispersus Russell在海南是一种重要的农林害虫。本研究对海南地区不同螺旋粉虱种群的mtDNA-COI和rDNA-ITS1基因片段进行了测定并对其系统发育进行了分析。mtDNA-COI和rDNA-ITS1的序列比较发现,海南16个县市螺旋粉虱种群的mtDNA-COI序列基本一致,只有文昌番石榴Psidium guajava种群的序列发生变异,在476 bp位点的碱基C突变为碱基T。不同螺旋粉虱种群的rDNA-ITS1序列也无差异。基于mtDNA-COI序列的不同螺旋粉虱种群的系统发育树表明,已传入我国海南地区的螺旋粉虱未发生明显的遗传分化;研究还发现海南的螺旋粉虱种群与台湾的种群遗传距离最近,表明海南地区的螺旋粉虱可能由台湾传入的。基于mtDNA-COI和rDNA-ITS1序列构建的不同粉虱种群的系统发育树表明,粉虱科分为复孔粉虱亚科(Aleurodicinae)和粉虱亚科(Aleyrodinae),这一结果与其他研究结果一致。

北部湾3种金线鱼属鱼类COI基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶I(COI)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系。在所分析的48条COI同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点。单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化。利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支。研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远。本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据。

缢蛏六群体线粒体DNA-COI基因序列变异及群体遗传结构分析

利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳—CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析。以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556 bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量。在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%。野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富。此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列。遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近。

基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析

本文采用线粒体COI基因序列分析对我国沿海6个紫贻贝群体124个个体的遗传多样性和群体结构进行了初步研究。在紫贻贝6个群体中共发现13个单倍型和33个核苷酸多态位点。青岛群体单倍型数目是最多的,温州群体、丹东群体和宁德群体次之。6个紫贻贝群体的基因多样性为0.569～0.821,核苷酸多样性为0.015 5～0.051 0,表现出较低的遗传多样性。紫贻贝不同群体之间的遗传分化较小,所有群体之间没有发生显著的遗传分化。分子方差分析表明,紫贻贝的变异主要存在于群体内。该研究为紫贻贝的可持续开发和资源保护提供了一定的理论依据。