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三大不同品种马mtDNA Cytb基因PCR-RFLP分析 被引量:16
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作者 李金莲 石有斐 +1 位作者 布仁其其格 芒来 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期933-938,共6页
用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变... 用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果BamHⅠ和TaqⅠ表现出多态,5种酶共检测到7种态型,归纳为3种单倍型,以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型,但通过一个特殊的酶型BamHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。 展开更多
关键词 限制性内切酶 PCR-RFLP mtdna cytb基因 多态性
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中国5个家驴品种mtDNA Cytb基因遗传多样性及起源 被引量:6
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作者 张云生 王小斌 +2 位作者 雷初朝 邓婵娟 陈宏 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期9-11,38,共4页
对中国5个家驴品种89个个体mtDNA Cytb基因的全序列进行分析,共检测到26种单倍型30个多态位点,其单倍型多样度为0.722-0.826,核苷酸多样度为0.0042-0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富。构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起... 对中国5个家驴品种89个个体mtDNA Cytb基因的全序列进行分析,共检测到26种单倍型30个多态位点,其单倍型多样度为0.722-0.826,核苷酸多样度为0.0042-0.0050,表明中国家驴的遗传多态性丰富。构建的NJ系统发育树表明,中国家驴有2个母系起源即索马里和努比亚支系。 展开更多
关键词 中国家驴 mtdna cytb基因 遗传多样性 起源
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基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析 被引量:2
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作者 刘晓玮 李瑞香 +1 位作者 王兴龙 李晓 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第4期1352-1363,共12页
【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软... 【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软件对所有序列进行整合比对,以获得群体中的核苷酸多态位点(SNP);利用DNASP 5.10软件统计种群核苷酸多样性(Pi)、序列的单倍型数(H)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异数(K)等参数;利用Mega 7.0软件计算Cytb基因和D-loop区序列不同单倍型间遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】Cytb基因和D-loop区序列中AT含量均高于GC含量,显示碱基组成具有偏好性;在Cytb基因和D-loop区内分别发现241和383个SNPs位点。其中,Cytb基因和D-loop区核苷酸多样性分别为0.28343和0.07707,单倍型多样性分别为0.983和0.975,表明其群体遗传多样性丰富;Cytb基因35个单倍型之间的遗传距离为0.002~0.831,D-loop区29个单倍型之间的遗传距离为0.006~1.342。系统进化树结果显示,林麝存在2个线粒体支系,表明其具有2个线粒体母系来源;D-loop区的进化分析也支持这一结论。【结论】林麝群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,遗传多样性较丰富,同时进一步支持了林麝和原麝属于一个分支的观点。 展开更多
关键词 林麝 线粒体DNA cytb基因 D-LOOP区 遗传多样性
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基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析 被引量:5
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作者 肖逸 王孟文 +3 位作者 张秀英 古丽扎尔·阿不都克力木 韩建林 王玉涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1681-1690,共10页
为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基... 为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。 展开更多
关键词 马可·波罗盘羊 mtdna cytb基因 遗传多样性 系统进化
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黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因的克隆及全序列分析 被引量:4
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作者 白素英 唐丽玉 周彩莉 《经济动物学报》 CAS 2004年第2期98-101,共4页
采用PCR克隆技术对黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因进行克隆、测序。黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因的全序列为1140 bp,CG含量为46.23%。与AB020910和U23558两个黑熊cytb序列的变异共有61处.其中T-C转换共有36处.A—G转换共有23处。仅... 采用PCR克隆技术对黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因进行克隆、测序。黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因的全序列为1140 bp,CG含量为46.23%。与AB020910和U23558两个黑熊cytb序列的变异共有61处.其中T-C转换共有36处.A—G转换共有23处。仅有2处发生T-A颠抉,碱基突变率为5.35%.其中转换率96.72%,颠换率为3.28%。密码子第3个碱基发生变异的有48个。 展开更多
关键词 黑熊 线粒体DNA 细胞色素B基因 克隆 序列分析 PCR克隆技术
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蜻科部分种类Cytb基因序列比较及系统发育分析(蜻蜓目:差翅亚目) 被引量:4
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作者 张大治 杨国辉 郑哲民 《宁夏大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第2期161-165,共5页
从分子生物学角度入手,以mtDNA的Cytb(Cytochromeb)基因作为分子遗传标记,用昆虫Cytb基因的特异性引物进行PCR扩增及DNA测序,共获得蜻蜓目差翅亚目蜻科7属8种(基斑蜻Libellula depressa,黄蜻Pantala flavescens,庆褐蜻Trithemis festive... 从分子生物学角度入手,以mtDNA的Cytb(Cytochromeb)基因作为分子遗传标记,用昆虫Cytb基因的特异性引物进行PCR扩增及DNA测序,共获得蜻蜓目差翅亚目蜻科7属8种(基斑蜻Libellula depressa,黄蜻Pantala flavescens,庆褐蜻Trithemis festive,晓褐蜻Trithemis aurora,纹蓝小蜻Diplacodes trivialis,网脉蜻Neurothemis fulvia,六斑曲缘蜻Palpoleura sex-maculata,玉带蜻Pseudothemis zonata)及2种外群(黄翅绿色蟌Mnais auripennis,华艳色蟌Neurobasischinensis)的Cytb基因部分序列(576 bp).这8种蜻蜓Cytb基因的部分核苷酸序列(长度为576 bp)中碱基T,C,A,G的平均含量分别为37.0%,18.3%,31.3%和13.4%,A+T平均含量为68.3%,明显高于G+C平均含量(31.7%).密码子第3位点的A+T平均含量较高,为81.0%,碱基替换多发生在密码子第3位点.以束翅亚目的黄翅绿色蟌和华艳色蟌作为外群构建系统发育树,结果显示玉带蜻属与褐蜻属、脉蜻属与曲缘蜻属的亲缘关系较近. 展开更多
关键词 cytb 线粒体DNA 系统发育 蜻科 蜻蜓目
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长江下游铜鱼线粒体DNA(mtDNA)遗传多样性的PCR-RFLP分析 被引量:4
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作者 张敏莹 段金荣 +2 位作者 徐东坡 刘凯 施炜纲 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2009年第22期352-355,共4页
对长江下游铜鱼线粒体DNA控制区(D-Loop区)和细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,扩增片段用10种限制性内切酶酶切。PCR-RFLP研究结果表明,D-Loop区和Cytb基因均未表现出个体之间的长度变异现象。10种核酸内切限制酶中,有2种对Cytb基因有... 对长江下游铜鱼线粒体DNA控制区(D-Loop区)和细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,扩增片段用10种限制性内切酶酶切。PCR-RFLP研究结果表明,D-Loop区和Cytb基因均未表现出个体之间的长度变异现象。10种核酸内切限制酶中,有2种对Cytb基因有酶切位点,有3种对D-Loop区有酶切位点。有酶切位点的5种限制性内切酶共检测到3种线粒体DNA单倍型。在Cytb基因检测到铜鱼个体间的变异,在D-Loop区没有检测到铜鱼个体间的变异。长江下游铜鱼线粒体DNA单倍型多样性指数(h)为0.6071,线粒体DNA遗传多样性较低。 展开更多
关键词 铜鱼 线粒体DNA 控制区 细胞色素B基因 遗传多样性 限制性片段长度多态
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鸽mtDNA遗传多样性及系统进化研究 被引量:6
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作者 胡永胜 方梅霞 +2 位作者 何丹林 聂庆华 张细权 《中国家禽》 北大核心 2010年第14期23-26,共4页
利用mtDNACyt6基因为标记,研究不同鸽种的亲缘关系和遗传多样性。研究结果:通过对6个鸽种样本Cyt6基因进行PCR扩增和测序,采用生物信息学方法进行数据处理分析,结果显示所有样本中A、G、C、T碱基平均含量分别为26.5%、13.4%、34... 利用mtDNACyt6基因为标记,研究不同鸽种的亲缘关系和遗传多样性。研究结果:通过对6个鸽种样本Cyt6基因进行PCR扩增和测序,采用生物信息学方法进行数据处理分析,结果显示所有样本中A、G、C、T碱基平均含量分别为26.5%、13.4%、34.8%、25.3%;共发现变异位点数为371个,变异类型为转换和颠换;共发现38个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.997,平均核酸多样性(Pi)为0.11373;6个品种之间双参数遗传距离为0.000-0.018,其中王鸽与石岐鸽之间遗传距离最小,岩鸽与蓝环鸽及卡奴鸽间遗传距离最大。结合NCBI上已发表的34个鸠鸽科同源序列进行聚类分析,表明6个家鸽品种只有一个单一的起源。 展开更多
关键词 mtdna cytb基因 遗传多样性 系统进化
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角雉属分类地位的探讨 被引量:5
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作者 文陇英 阮禄章 刘迺发 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2006年第3期467-474,共8页
角雉属Tragopan两性羽色不同,雄性具有艳丽的装饰性羽毛,这与一般雉族Phasianini相似;而尾较翅为短,尾羽的换羽从中央到外侧,这些特征又与鹑族Perdicini各属相同,形态特征上角雉属被划为鹑族。通过PCR扩增鸡形目Galliformes黄腹角雉Trag... 角雉属Tragopan两性羽色不同,雄性具有艳丽的装饰性羽毛,这与一般雉族Phasianini相似;而尾较翅为短,尾羽的换羽从中央到外侧,这些特征又与鹑族Perdicini各属相同,形态特征上角雉属被划为鹑族。通过PCR扩增鸡形目Galliformes黄腹角雉Tragopancaboti等10个属19个个体的线粒体DNA细胞色素b的部分基因,获取片段长度为828bp,以及从GenBank获取22种样本的相应序列,以角叫鸭Anhimacornuta和海龟Kachugadhongoka为外群,分别用邻接法(Neighbor-joining,NJ)和最小进化法(Minimum-evolution,ME),对鸡形目和将雉科的15个属分为5个属及雉族和鹑族构建分子系统树,NJ和ME系统树中,都是角雉与雉类相聚。角雉出现形态解剖与基因分析分类地位的不一致,说明雉和鹑可能不是单系群。同时我们认为雌雄的色泽区别比尾羽的长短和换羽方式在对雉和鹑形态特征分类时更为重要。从分子水平分析的结果都是角雉属与雉聚类。因此角雉归为雉族更合理。 展开更多
关键词 雉科 角雉 细胞色素B 雉族 分类地位
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多重位点特异性PCR快速检测牛肉中常见掺假动物源性成分 被引量:11
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作者 李盈诺 王艳双 +5 位作者 苑广信 孙丽媛 艾金霞 冯源 李明成 张丽华 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第24期82-87,共6页
目的:基于动物线粒体cytb基因的多态性位点,建立一种特异性多重PCR体系检测牛肉、猪肉和鸡肉的方法。方法:提取肉类的基因组DNA,利用不同物种mtDNA cytb基因序列的SNP位点的差异,设计特异性引物。进行多重PCR扩增,利用扩增产物片段大小... 目的:基于动物线粒体cytb基因的多态性位点,建立一种特异性多重PCR体系检测牛肉、猪肉和鸡肉的方法。方法:提取肉类的基因组DNA,利用不同物种mtDNA cytb基因序列的SNP位点的差异,设计特异性引物。进行多重PCR扩增,利用扩增产物片段大小不同,检测牛肉中常见的掺假动物源性成分。通过灵敏性试验,确定最低检测量。结果:实验设计的引物特异性良好,在同一反应体系中,在同一退火温度52℃条件下,牛肉DNA扩增后产生149 bp的特异性条带,猪肉DNA扩增片段为261 bp,鸡肉DNA扩增片段为554 bp,未发生非特异性扩增。且检测的最低浓度达到100 pg/μL,具有高度的灵敏性和适用性。结论:根据动物线粒体cytb基因的差异性位点,开发的多重PCR体系,可一次性地同时检测牛肉、猪肉和鸡肉,可快速、灵敏、高通量地分析食品中掺假动物成分的来源。 展开更多
关键词 mtdna cytb基因 SNP位点 牛肉 多重PCR 肉类掺假 动物源性成分
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DNA Variation of <i>Capoeta</i><i>damascina</i>(Valenciennes, 1842) in Three Rivers in Northern Israel 被引量:1
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作者 Gad Degani 《Journal of Biophysical Chemistry》 2014年第3期107-117,共11页
The present study is in agreement with the hypothesis that the variation of ecological conditions in three rivers in northern Israel—the Dan, Hasbani and Hermon Rivers—affects the genetic variations of the species C... The present study is in agreement with the hypothesis that the variation of ecological conditions in three rivers in northern Israel—the Dan, Hasbani and Hermon Rivers—affects the genetic variations of the species Capoeta damascina. Using mitochondrial DNA (mtDNA), cytochrome b gene (Cytb), 16S and nuclear DNA (nDNA), and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), four different clusters were found in the Cytb of the Hasbani and Hermon Rivers and only two in the Dan River. Moreover, the clusters in the Hasbani River differed from those found in the Hermon River. A similar result was found when an analysis was made of a different sequence from five different haplotype frequencies using the MegAlign program, the lowest being in the Dan River (only two haplotypes) and the highest in the Hasbani River (four haplotypes). The analysis of molecular variance of Cytb and 16S (AMOVA) for individuals of C. damascina from eight populations in northern Israel showed significant differences between the rivers and the populations. The analysis by mitochondrial 16S of haplotype frequencies of C. damascina populations in the rivers in northern Israel was very low compared to Ctb. Sixteen different haplotypes were found in the different rivers: eight in the Hasbani River, seven in the Dan River and only five in the Hermon River. 展开更多
关键词 16S Capoeta damascina Cytochrome b gene (cytb) Mitochondrial DNA (mtdna) Nuclear DNA (nDNA) Random Amplified POLYMORPHIC DNA (RAPD)
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