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中国家驴的非洲起源研究 被引量:10
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作者 卢长吉 谢文美 +4 位作者 苏锐 葛庆兰 陈宏 沈善义 雷初朝 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期324-328,共5页
对我国13个家驴品种367条序列(其中引用文献资料241条)的mtDNA D-loop区399bp进行分析,共检测到96种单倍型57个多态位点,其单倍型多样度为0.767~0.967,核苷酸多样度为0.014~0.032,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3个努比亚野驴、... 对我国13个家驴品种367条序列(其中引用文献资料241条)的mtDNA D-loop区399bp进行分析,共检测到96种单倍型57个多态位点,其单倍型多样度为0.767~0.967,核苷酸多样度为0.014~0.032,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。 展开更多
关键词 中国家驴 mtdnad-loop 遗传多样性 起源
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涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究 被引量:7
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作者 谢文美 苏锐 +5 位作者 李明晖 吴平 姚福吉 卢群志 陈宏 雷初朝 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期56-60,共5页
利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-... 利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。 展开更多
关键词 涪陵水牛 mtdnad-loop 遗传多样性 单倍型 支系
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4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析 被引量:14
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作者 王淞 曹晓霞 +1 位作者 谷口顺彦 董仕 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2010年第4期3-9,15,共8页
采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验... 采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%-90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885-0.6526和0.001182-0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ^2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P〈0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。 展开更多
关键词 鲢(Hypophthalmichthys molitrix) mtdnad-loop PCR-RFLP 遗传多样性 Rogers遗传距
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成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)mtDNA D-loop序列多态性研究 被引量:7
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作者 王杰 金鑫燕 +3 位作者 傅昌秀 王永 周光明 周立新 《西南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第2期304-308,共5页
采用mtDNA多态性标记对成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)D-loop序列多态性进行分析.结果表明,供试山羊品种(群体)mtDNA片段长度为16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210~1212bp,共检测到10种单倍型,群体间共有多态座位83个,单一多态... 采用mtDNA多态性标记对成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)D-loop序列多态性进行分析.结果表明,供试山羊品种(群体)mtDNA片段长度为16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210~1212bp,共检测到10种单倍型,群体间共有多态座位83个,单一多态座位23个,简约信息座位24个,平均核苷酸歧异度为0.001510,D-loop序列多态性较贫乏.经聚类,成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)分为两大类,成都麻羊首先与金堂黑山羊(D=0.203)聚在一起后,再依次与乐至黑山羊(D=0.223)、建昌黑山羊(D=0.477)、白玉黑山羊(D=0.593)形成一大类;合江黑山羊与江安黑山羊(D=0.231)先聚在一起后,再与自贡黑山羊(D=0.337)聚为1类,营山黑山羊与嘉陵黑山羊(D=0.242)聚为1类,2类形成另一大类.最后两个大类聚在一起.聚类结果与供试山羊品种(群体)来源和生态地理分布相一致. 展开更多
关键词 成都庥羊 黑山羊 mtdnad-loop序列 多态性
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猪线粒体DNAD-loop PCR-RFLP分析 被引量:5
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作者 刘中禄 魏泓 +2 位作者 曾养志 王爱德 甘世祥 《上海实验动物科学》 CAS 2000年第1期7-10,共4页
为了应用 RFL P分析猪线粒体 DNA D loop的多态性。应用 PCR对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪、大约克夏猪、荣昌猪和长白猪血液总 DNA样品中线粒体 DNA控制区 (mt DNA D loop)进行扩增 ,2 3种限制性内切酶消化 ,... 为了应用 RFL P分析猪线粒体 DNA D loop的多态性。应用 PCR对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪、大约克夏猪、荣昌猪和长白猪血液总 DNA样品中线粒体 DNA控制区 (mt DNA D loop)进行扩增 ,2 3种限制性内切酶消化 ,琼脂糖凝胶电泳检测。结果发现 mt DNA D loop扩增带清晰 ,与已知片段长度一致 ,RFL P分析未见长度多态。可见猪线粒体 DNA D loop酶切多态性贫乏。因此根据现用酶 ,应用mt DNA D loop PCR RFL P分析 。 展开更多
关键词 PCR mtdnad-loop RFLP 多态性 核外遗传
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绵阳地区部分野生黄鳝mtDNA D-loop多态性分析 被引量:6
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作者 蔡欣 张海容 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第1期424-427,共4页
从mtDNAD-loop标记探讨绵阳地区野生黄鳝遗传多态性,为中国黄鳝遗传资源研究增添新内容。采用PCR技术对12条绵阳市野生黄鳝mtDNAD-loop区部分序列进行扩增和测序,对所得9个个体606bp的核甘酸片段序列进行遗传变异和系统进化分析:9条野... 从mtDNAD-loop标记探讨绵阳地区野生黄鳝遗传多态性,为中国黄鳝遗传资源研究增添新内容。采用PCR技术对12条绵阳市野生黄鳝mtDNAD-loop区部分序列进行扩增和测序,对所得9个个体606bp的核甘酸片段序列进行遗传变异和系统进化分析:9条野生黄鳝D-loop序列的4种核苷酸组成中,T和C的组成频率为固定值,而A和G的频率有一定的差异;A+T的平均组成频率(57%)显著高于C+G的频率(43%)。从9条D-loop序列中一共检测到了5个多态位点,占总核苷酸序列总数(606bp)的0.83%,核苷酸多样性为0.00413±0.00057。基于发现的5个多态位点将9条D-loop序列定义为5种单倍型,单倍型多样性为0.861±0.087。一共发现到9个突变位点,其中除了1处(15987)为颠换(T→G)外,其余的8处突变位点全部为转换。9条野生黄鳝与标准序列黄鳝个体类聚为2个明显的类群,分子树拓卜分支的置信度百分数达到93%。9条野生黄鳝又可以类聚为2个亚类群,说明绵阳野生黄鳝种群具有一定程度遗传分化,由此推测中国野生黄鳝种群可能具有比较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 野生黄鳝 mtdnad-loop PCR扩增 遗传多态性
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猪基源的肝素粗品及混淆品的AS-PCR及ARMS分子检测 被引量:8
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作者 于智勇 丁鸽 +3 位作者 丁小余 褚必海 钱亮 顾笋 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期535-541,共7页
本文建立了一种简便、准确的鉴别猪基源的肝素粗品及其混淆品的DNA分子鉴定方法。在对家猪、野猪及其他7种动物(均用于加工猪肝素粗品的混淆品)的mtDNA D-loop区进行序列分析的基础上,设计了专门用于鉴别猪基源肝素钠的AS-PCR(allele... 本文建立了一种简便、准确的鉴别猪基源的肝素粗品及其混淆品的DNA分子鉴定方法。在对家猪、野猪及其他7种动物(均用于加工猪肝素粗品的混淆品)的mtDNA D-loop区进行序列分析的基础上,设计了专门用于鉴别猪基源肝素钠的AS-PCR(allele-specific PCR)引物及ARMS(amplification refractory mutation system)引物,对家猪、野猪及其他7种动物来源的肝素、肌肉或血液共49个样品的基源进行了分子检测。结果表明:AS-PCR及ARMS方法均可用于猪基源肝素粗品的快速鉴别。AS-PCR鉴别时的复性温度为54~56℃,ARMS引物鉴别时的复性温度更宽,为52~58℃。在用两种引物对肝素样品进行鉴别时,仅猪来源的肝素DNA模板能扩增得到约170 bp的扩增条带,而其他动物来源的肝素DNA模板在同样条件下无扩增产物。 展开更多
关键词 猪基源肝素钠 mtdnad-loop AS-PCR ARMS 分子鉴别
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青海湖裸鲤线粒体DNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化研究 被引量:6
8
作者 张仁意 李国刚 +2 位作者 汤永涛 张存芳 赵凯 《中国农学通报》 CSCD 2013年第32期71-76,共6页
为了科学有效地保护青海湖裸鲤的种质资源,对青海湖裸鲤的遗传多样性及种群结构进行研究是尤为重要。本研究采用PCR技术对青海湖裸鲤的4个种群(青海湖、可鲁克湖、甘子河、草搭连)155个个体的mtDNA D-loop区部分序列进行扩增,得到了75... 为了科学有效地保护青海湖裸鲤的种质资源,对青海湖裸鲤的遗传多样性及种群结构进行研究是尤为重要。本研究采用PCR技术对青海湖裸鲤的4个种群(青海湖、可鲁克湖、甘子河、草搭连)155个个体的mtDNA D-loop区部分序列进行扩增,得到了754 bp的核苷酸序列。采用MEGA 5.05和DnaSP 5.10.1软件对序列进行分析,结果显示:155个个体中共检测出34个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.906±0.013,核苷酸多样性(Pi)为0.00556±0.00034。其中可鲁克湖种群的单倍型多样性0.422±0.093和核苷酸多样性0.00272±0.00066均低于其他3个种群,且该种群内的平均遗传距离(0.00276)低于群体间的遗传距离0.00522~0.00709。通过群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分析显示,可鲁克湖种群与其他3个种群之间有着明显的遗传分化(Fst〉0.26327,Nm〈0.69959),且与甘子河种群分化程度最显著(Fst=0.45854,P〈0.01;Nm=0.29521)。但是系统发育树并未显示出明显的单系群,可能是水系间地理隔离格局的形成时间较晚。研究结果表明:青海湖裸鲤具有较高的遗传多样性,种群间出现了一定程度的遗传分化,特别是可鲁克湖种群已经高度分化,但其遗传多样性水平很低,应优先对其进行保护。 展开更多
关键词 青海湖裸鲤 mtdnad-loop 遗传多样性 遗传分化 可鲁克湖
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基于mtDNA D-loop进行四种鲤科鱼类种间鉴定研究 被引量:7
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作者 边琳鹤 李勤慎 +2 位作者 冯志云 杨华年 赵生国 《中国农学通报》 CSCD 2014年第26期33-39,共7页
为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环(mitochondrial DNA,mtDNAD-loop)作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类(草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤,Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri)mt... 为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环(mitochondrial DNA,mtDNAD-loop)作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类(草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤,Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri)mtDNAD-loop核苷酸序列。结果表明:四种鱼类mtDNAD-loop区碱基组成A+T的平均含量(71.4%)明显高于G+C(28.6%)。在108个个体中,共检测到132个多态位点(22个单一多态位点和110个简约信息位点),由此界定了57个单倍型(H1-H57)。鲫的单倍型多样度(1.000±0.017)和核苷酸多样度(0.03593)最高,而草鱼最低(分别为0.499±0.071,0.00817)。四种鱼类可以通过53个特征性碱基严格区分。基于遗传变异分析表明:四种鱼类没有共享单倍型,种间特异性单倍类的特征性碱基可以作为种间鉴别的依据。通过mtDNA控制区的分子标记,可以为鱼类鉴定、种质资源保护及其产品的真伪鉴别提供依据。 展开更多
关键词 鲤科鱼类 mtdnad-loop 遗传多样性 种间鉴定
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中国家驴mtDNA D-loop遗传多样性与起源研究 被引量:6
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作者 葛庆兰 雷初朝 +6 位作者 蒋永青 陈宏 张伟 党瑞华 郑惠玲 张爱玲 李天鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期641-645,共5页
对我国12个家驴品种126个个体(包括引用26个个体)的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴... 对我国12个家驴品种126个个体(包括引用26个个体)的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。 展开更多
关键词 中国家驴 MTDNA D-LOOP 遗传多样性 起源
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青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析 被引量:3
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作者 杨振菲 马志杰 +4 位作者 陈生梅 白诗睿 李广祯 李文浩 李剑 《青海畜牧兽医杂志》 2022年第1期1-6,共6页
为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等... 为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分析,探究其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。结果表明:在祁连牦牛mtDNA D-loop区692bp序列比对分析中,排除2处插入/缺失后共发现33处多态位点,其中单一多态位点3处、简约信息位点30处;共确定了17种单倍型,其中单倍型H2由19个个体共享,为优势单倍型;计算得到祁连牦牛群体的单倍型多样度为0.850±0.037,核苷酸多样度为0.016±0.008。与野牦牛及大通、青海高原、天祝等其他家牦牛品种相比,祁连牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体的母系遗传变异较低,具有较低的母系遗传多样性。系统发育分析表明祁连牦牛的17种单倍型分属于5种单倍型组(即A、B、C、D和E),可分为2个大的母系支系(即支系Ⅰ和支系Ⅱ),推测其有2个母系起源。 展开更多
关键词 祁连牦牛 mtdnad-loop 母系遗传多样性 群体结构 母系起源
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合作藏猪遗传多样性研究 被引量:5
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作者 郑王山 赵生国 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期1809-1815,共7页
本研究对来自合作藏猪(合作群体、玛曲群体、碌曲群体)共386头(份)的线粒体D环(mt DNAD-loop)高变区核苷酸进行了分析。结果表明,在长度为435 bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,占所测核苷酸的5.287%,其中有2个单一多态位点和21个... 本研究对来自合作藏猪(合作群体、玛曲群体、碌曲群体)共386头(份)的线粒体D环(mt DNAD-loop)高变区核苷酸进行了分析。结果表明,在长度为435 bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,占所测核苷酸的5.287%,其中有2个单一多态位点和21个简约信息位点,合作猪单倍型多样度(Hd)为0.873、核苷酸多样度(Pi)为0.00549、平均数核苷酸差异(k)为2.338。合作群体单倍型多样度和核苷酸多样度最高(0.883、0.00549)、碌曲群体最低(0.839和0.00348)。合作群体对合作藏猪遗传变异贡献RS(k)、遗传独特性贡献和总体遗传贡献RT(k)最高。就维持合作藏猪总体多样性而言,合作群体起到正效应,玛曲群体、录取群体两类群的存在对于合作藏猪的遗传多样性提高起负作用。 展开更多
关键词 合作藏猪 D-LOOP 遗传多样性
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川渝黔地区山羊起源于A和B两母系遗传谱系 被引量:3
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作者 蔡欣 泽让东科 +3 位作者 苟兴能 董绍森 刘畅 王雪 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期887-894,共8页
本研究旨在从DNA水平揭示四川、重庆和贵州地区山羊的母系起源和群体遗传特征.通过对川渝黔地区13个山羊品种(类群)共152个体或序列mtDNA D-loop高变区HVI片段(481 bp)变异的分析,结合13个山羊参考序列(分属于A、B、C、D、F和G单倍群)... 本研究旨在从DNA水平揭示四川、重庆和贵州地区山羊的母系起源和群体遗传特征.通过对川渝黔地区13个山羊品种(类群)共152个体或序列mtDNA D-loop高变区HVI片段(481 bp)变异的分析,结合13个山羊参考序列(分属于A、B、C、D、F和G单倍群)构建系统进化树和单倍型网络分析以及不同单倍群群体扩张分析,结果表明:152只山羊mtDNA DloopHVI序列被类聚为A和B两个单倍群,其中单倍群B又分化为B1和B2两亚单倍群.从2种单倍群的地理分布特征可以发现,北川白山羊和阿坝藏山羊全部属于单倍群A,而其他山羊品种中单倍群A和B具有不同的分布频率.归并于A和B两个谱系的山羊并没有历经种群扩张.结果提示,川渝黔地区山羊可能起源于A和B两母系遗传谱系,而谱系B虽然分化为B1和B2两支系,但均未历经种群扩张. 展开更多
关键词 山羊 川渝黔地区 mtdnad-loop 母系起源
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重庆地方品种鸡母系起源研究
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作者 赵献芝 王阳铭 +3 位作者 李静 李琴 罗艺 张昌莲 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第2期47-49,164,共4页
为了研究重庆地方品种鸡母系起源,试验采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法,测定了重庆3个地方品种鸡线粒体DNA(mtDNA)控制区的部分序列,分析了其遗传变异。结果表明:共得到591 bp的mtDNA序列,腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧... 为了研究重庆地方品种鸡母系起源,试验采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法,测定了重庆3个地方品种鸡线粒体DNA(mtDNA)控制区的部分序列,分析了其遗传变异。结果表明:共得到591 bp的mtDNA序列,腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.88%、29.54%、14.08%、29.50%;共发现16个变异位点,约占分析位点总数的2.71%,颠换和转换之比为0.067,没有观测到插入/缺失;共检测到6种单倍型,单倍型多样性为(0.762±0.141),核苷酸多样性为(0.005 5±0.003 5);与分布在老挝、云南等地的3个红色原鸡大陆亚种(原鸡亚种、原鸡海南亚种、原鸡滇南亚种)比较,共发现35个变异位点,17种单倍型;根据NJ无根系统发生树及MJ网络图分析,共划分为4个单倍型类群,重庆3个地方品种鸡的单倍型主要分布在分支Ⅰ和Ⅳ中,说明它们很可能起源于红色原鸡的大陆亚种。 展开更多
关键词 线粒体DNAD-loop区(mtdnad-loop区) 母系起源 单倍型
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