乌梢蛇配方颗粒与常见三种伪品的多重PCR鉴别研究

目的:建立乌梢蛇、王锦蛇、百花锦蛇、灰鼠蛇药材及水提物四重位点特异性聚合酶链反应(PCR)鉴别方法,为配方颗粒的掺伪鉴别提供依据。方法:以线粒体细胞色素C氧化酶1号(CO1)基因为靶基因,设计特异性引物,优化引物最适退火温度、循环次数、聚合酶种类,并用该方法进行混合样品的检测。结果:乌梢蛇、王锦蛇、百花锦蛇、灰鼠蛇聚合酶为Multiplex PCR 5×Master Mix,退火温度为60℃,循环次数为35次时分别扩增出133、180、247、197 bp的特异性条带,空白对照无条带。该方法能同时、准确地鉴定出混合样品的蛇源成分。结论:本方法可同时、准确、快速地鉴定乌梢蛇、王锦蛇、百花锦蛇、灰鼠蛇样品,并适合标准汤剂和配方颗粒样品鉴别。

结核杆菌利福平耐药与rpoB基因突变的相关性研究

目的:分析西安地区耐利福平(RIF)结核杆菌临床分离株rpoB基因突变的特点,探讨快速检测结核杆菌耐RIF基因型的方法.方法:对120株西安地区收集的结核杆菌临床分离株(药敏结果为耐RIF81株,对RIF敏感39株),分别采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和等位基因特异性多重聚合酶链反应(MAS-PCR)检测rpoB基因突变情况.结果:PCR-SSCP检测,耐RIF菌株中rpoB基因突变发生率为85%(69/81),39株敏感株中仅有1株发生突变,突变率为2%(1/39).MAS-PCR检测,耐RIF菌株中rpoB基因突变发生率为93%(75/81),39株敏感株中未发现rpoB基因突变;531,516和526位点突变的比例分别为45%(34/75),24%(18/75)和20%(15/75).结论:西安地区结核杆菌临床分离株耐RIF与rpoB基因突变相关,MAS-PCR检测rpoB基因可作为临床耐RIF结核杆菌的简单快速准确的早期诊断方法.

荧光标记复合扩增检测4个STR基因座多态性

目的建立荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座检测分型方法,并对成都汉族群体4个基因座的遗传多态性进行调查。方法用6-FAM标记D1S2142和D15S659引物,HEX、TMR分别标记D14S306和D13S1492引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScan Analysis Software3.7NT软件计算扩增产物片段相对大小,Genotyper(3.7NT软件进行样本基因型分型,建立了荧光标记复合扩增检测4个STR基因座基因型的方法,对145名成都汉族无关个体样本进行分型。结果荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。145份样本,4个STR基因座分别检出10,14,7,12个等位基因和22,54,21,39种基因型,其基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。4个基因座在成都汉族群体的杂合度分别依次为0.7793,0.8345,0.7793和0.8345;多态信息含量分别依次为:0.7656,0.8730,0.7470和0.8312。累计非父排除率为0.9783,累计个人识别机率为0.9999 917。结论荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,可实现对每个基因座准确分型;成都汉族群体该4个基因座的遗传学数据,可为群体遗传学和法医学研究与应用提供基础资料。

等位基因特异多重PCR快速检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性研究

了解北京地区异烟肼(INH)耐药结核分枝杆菌(MTB)的分子特点,评价等位基因特异多重PCR在INH耐药性快速检测中的应用价值。选取102株北京地区MTB临床分离株,首先分别采用PCR-RFLP和反向线性杂交技术(RLB)检测耐药相关基因katG和inhA突变,然后运用等位基因特异多重PCR方法同时检测katG和inhA基因突变,并与PCR-RFLP和RLB分别检测的结果进行比较。采用等位基因特异多重PCR检测发现,INH耐药株中60.3%(35/58)存在katG315突变,13.8%(8/58)发生了inhA突变,两者同时突变率为6.9%(4/58),INH敏感株中没有发现katG315突变,而inhA突变率为18.2%(8/44)。上述检测结果与PCR-RFLP和RLB分别检测的结果完全一致,且等于两种方法结果之和,提示等位基因特异多重PCR可完全取代PCR-RFLP和RLB。北京地区INH耐药菌株以katG315 AGC→ACC突变为主;联合检测katG315和inhA基因可提高INH耐药株的检出率。等位基因特异多重PCR操作简便,结果易于判断,可作为临床MTB菌株中INH耐药性快速检测的辅助手段。

MAS-PCR法快速诊断分析Leber’s遗传性视神经病变原发性致病突变位点

目的探索一种简易、快速、高效的临床基因诊断分析原发性Leber’s遗传性视神经病变(Leber’s hereditaryoptic neuropathy,LHON)位点的新方法。方法根据已知的LHON患者线粒体DNA上的3个原发性LHON致病突变位点(G11778A、T14484C和G3460A),设计3条突变位点特异性聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)引物,直接以全血样为模板的等位基因特异性多重PCR(multiplex allele-specific polymerase chain reaction,MAS-PCR)分析3个原发性LHON致病突变位点。以此方法检测24例确诊的LHON患者,其中18例为线粒体DNA G11778A突变,4例为T14484C突变,2例为G3460A突变;同时,以20份正常血样标本作阴性对照。结果优化的MAS-PCR条件为94℃/3min,94℃/30s、59.8℃/30s、72℃/30s,30个循环,72℃/3min;以此方法检测了44份血样标本,其结果与预期结果一致,表明利用该方法筛查3个原发性LHON致病突变位点是可行的。同时,混和血液样本模拟实验结果显示,该方法可检测含多个原发性LHON致病突变位点的血液样本,且整个分析过程只需约2h。结论该方法直接以全血样作为PCR的模板,不需从血样中纯化DNA;单管一次性行PCR,可同时筛查3个原发性LHON致病突变位点。因此,该方法具有快速、高效、费用低、特异性好以及只需微量血液样本等优点。

多重位点特异性PCR法同时鉴别牛膝和川牛膝配方颗粒

目的建立一种同时鉴别牛膝和川牛膝药材及配方颗粒的多重位点特异性PCR鉴别方法。方法通过比较牛膝属相近物种核基因ITS序列,设计牛膝和川牛膝的特异性引物,经过优化PCR反应体系及PCR反应条件,建立了牛膝和川牛膝配方颗粒的多重位点特异性PCR鉴别方法。结果在退火温度为58℃、循环次数为31时,牛膝和川牛膝配方颗粒分别可扩增出187 bp和164 bp的特异性条带。该方法对牛膝和川牛膝药材的掺伪检出限分别为1%、5%,对两者配方颗粒的掺伪检出限分别为10%、50%。结论所建立的多重位点特异性PCR鉴别可有效鉴别牛膝和川牛膝配方颗粒及其掺伪体系。

海南不同地区红火蚁社会型鉴定

为明确海南部分地区红火蚁的社会型,通过多重PCR(Multiplex Polymerase Chain Reaction)技术及Gp-9^(b)等位基因扩增2种方法,鉴定分析了采集自海南万宁、琼海、海口、陵水、文昌、屯昌和儋州7个不同地区的红火蚁的社会型。鉴定结果表明,采自7个地区的不同蚁巢社会型均为多蚁后型。本研究对海南地区科学监测红火蚁具有重大意义,同时为增强红火蚁的防治效果提供理论依据。

成都汉族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性

目的 获得15个短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座在成都汉族群体的群体遗传学数据。方法 2 10份EDTA抗凝血样采自成都地区无血缘关系的汉族个体。Chelex法提取DNA,PCR复合扩增,自动基因分析仪电泳收集电泳结果数据,基因扫描分析软件计算扩增产物片段相对大小,基因分型软件进行样本基因型分型。结果 全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。15个STR基因座的杂合度介于0 .5 2 9～0 .881之间。累计非父排除率和累计个人识别机率为0 .999998和7.3×10 - 1 7。结论 经一次扩增电泳可获得15个STR基因座的基因型分型结果并明确样本性别。累计非父排除率和累计个人识别机率较高,适用于法医学亲权鉴定和个人识别。

多重位点特异性PCR鉴别人参、三七、西洋参掺杂

为建立一种能同时鉴别人参、三七、西洋参及其掺杂品的方法。通过分析人参属ITS,18S和matK序列,寻找特异性SNP位点设计引物,建立多重位点特异性PCR法,并对不同来源的人参、三七、西洋参样品进行扩增,根据特异性条带大小进行鉴别。在退火温度为60℃,循环数为35时,人参、三七和西洋参分别出现约250,500,1000 bp的特异性条带。该方法对于人参、三七、西洋参相互掺杂的混合样品,人参中掺杂三七或西洋参以及三七中掺杂西洋参或人参的检出限均为0.5%,对西洋参中掺杂人参的检出限为0.5%,掺杂三七的检出限为1%。表明建立的多重位点特异性PCR可用于人参、西洋参、三七的掺杂鉴定。

多基原九里香药材的多重位点特异性PCR鉴别

目的:建立一种同时鉴别九里香药材两基原九里香Murraya exotica和千里香M.paniculata的DNA分子鉴别方法。方法:通过比较九里香、千里香的叶绿体基因组序列差异,根据叶绿体基因组上的单核苷酸多态性(SNP)变异位点分别设计九里香和千里香的特异性鉴别引物P03和P04,对影响聚合酶链式反应(PCR)结果的退火温度、循环次数、引物浓度比进行优化,建立了九里香和千里香的多重位点特异性PCR鉴别方法,并对影响该方法重复性的Taq酶种类、PCR仪型号进行耐受性考察和适用性考察。结果:在该多重位点特异性PCR鉴别方法中,当PCR反应循环数为31次,退火温度为60℃,九里香P03和千里香P04引物比为1∶2时,九里香可获得约330 bp的特异性条带,千里香可得到约230 bp的特异性条带,不同来源的九里香和千里香样品使用建立的多重位点特异性PCR鉴别方法均可获得一致结果。结论:该文建立一种快速、准确鉴别九里香药材基原的多重位点特异性PCR鉴别方法,可在单次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别九里香和千里香。

地龙的多重位点特异性PCR鉴别

目的:近年来,中药材地龙的商品价格不断上涨,市场的混伪品随之增加。其主要鉴别特征在药材中大部分丢失,难以区分。因此,急需建立一种准确、稳定的中药材地龙基原鉴别方法。方法:根据地龙及其混伪品的COI基因序列差异找到变异位点,从而设计参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓及栉盲环毛蚓的特异性鉴别引物,优化反应体系并进行耐受性和适用性的考察和验证。在此基础上将特异性引物组合,构建多重聚合酶链式反应(PCR)体系,从而建立了一种高效准确、操作简便、专属性强、重复性好的中药材地龙及其常见混伪品的多重位点PCR鉴别方法。结果:在该方法下广地龙基原参环毛蚓可得到366 bp片段,沪地龙基原通俗环毛蚓和威廉环毛蚓可得到487 bp片段,栉盲环毛蚓可得到475 bp片段,其他混伪品均无条带。将之组合形成的多重PCR可在一次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别沪地龙和广地龙。结论:该文所建立的多重位点特异性PCR鉴别方法可准确鉴别中药材地龙真伪。

多重位点特异性PCR鉴别霍山石斛、铁皮石斛与齿瓣石斛药材

为建立同时鉴别霍山石斛、铁皮石斛及齿瓣石斛的多重位点特异性PCR法,解决上述石斛属药材真伪掺杂的难题。通过比对石斛药材ITS及trn L-trn F序列,设计引物,建立多重PCR鉴别法,并对不同来源的霍山石斛、铁皮石斛及齿瓣石斛样品进行特异性扩增,根据特异性条带大小进行鉴别。结果在退火温度为61℃、循环数为35时,齿瓣石斛、铁皮石斛和霍山石斛分别可扩出584、397和211 bp的特异性条带。本文所建立的方法对齿瓣石斛和霍山石斛的最低检测限为1.2 ng,铁皮石斛低于0.24 ng,其对铁皮石斛、齿瓣石斛和霍山石斛的混伪检出限分别为1%、1%和5%。表明多重位点特异性PCR法能特异性鉴别霍山石斛、铁皮石斛及齿瓣石斛。

多重位点特异性PCR同时鉴别酸枣仁及其掺伪品

目的:优化并建立多重位点聚合酶链式反应(PCR)体系同时鉴别酸枣仁、枳椇子和理枣仁及不同掺伪量,解决酸枣仁药材商品及其制剂的掺伪难题。方法:通过分析比对酸枣仁及其伪品的内部转录间隔区(ITS)序列差异找到特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计特异性鉴别引物,通过优化退火温度、循环次数及引物浓度,评估不同聚合酶种类和不同PCR仪等扩增条件对不同来源的酸枣仁、枳椇子及理枣仁样品进行特异性扩增,根据特异性扩增条带大小进行鉴别,并对最低检测限和掺伪检出限进行研究。结果:在退火温度为63℃,循环次数为23次时,酸枣仁、枳椇子和理枣仁分别扩增出549、169、389 bp的特异性条带。该方法对酸枣仁和理枣仁的最低检测限为0.24 ng,枳椇子为1.2 ng,对酸枣仁、枳椇子和理枣仁的掺伪检出限分别为0.5%、2%和2%。结论:该文建立的多重位点特异性PCR鉴别方法能同时准确鉴别酸枣仁、枳椇子和理枣仁,对解决酸枣仁药材掺伪问题提供基础研究,为控制酸枣仁药材质量安全及临床应用提供参考。