线粒体nad5基因在隐藏管状线虫及四翼无刺线虫的序列变异研究

本试验首次研究了小鼠隐藏管状线虫及四翼无刺线虫在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的种间及种内变异。通过对甘肃兰州地区实验小鼠体内分离的蛲虫样品(LY1-20、LS1-22)nad5基因pnad5进行PCR扩增、克隆及测序分析,研究其遗传变异情况。结果表明,获得隐藏管状线虫pnad5有效序列753bp,通过序列比对发现来自LY和LS 2家实验动物中心的22个隐藏管状线虫样品之间只存在3个碱基的差异,序列相似性99.60%。获得四翼无刺线虫pnad5有效序列865bp,2大动物中心20个四翼无刺线虫样品之间没有碱基的差异,序列相似性100%。用软件ClustalX 1.83截取2种鼠蛲虫nad5基因长度共同的序列,通过比对发现2种鼠蛲虫种间差异为53.64%,种间差异显著。研究结果表明,线粒体nad5基因在鼠蛲虫种内相对保守,但种间有着较高的突变率,可作为鼠蛲虫种间鉴定、诊断的遗传标记。

豆状带绦虫线粒体rrnL和nad5基因的克隆及种系发育研究

本研究旨在阐明中国豆状带绦虫囊尾蚴河南分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)部分序列(prrnL)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的遗传变异情况,并用prrnL和pnad5序列重构豆状带绦虫与其他带科绦虫的种系发育关系。采用聚合酶链式反应(PCR),扩增豆状带绦虫囊尾蚴分离株的线粒体prrnL和pnad5,将所测的序列用PAUP 4.0Beta 10程序MP法绘制种系发育树,利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析。所获得的豆状带绦虫线粒体prrnL长度约为847bp,pnad5为602bp。所获rrnL序列与GenBank中豆状带绦虫相应序列的相似性为99.1%～100%,nad5为99.2%～100%;河南分离株之间rrnL序列的相似性为99.65%,nad5为99.5%;与GenBank中其他带科绦虫序列的相似度rrnL低于83.4%,nad5低于85.7%。种系发育分析结果表明,所有豆状带绦虫分离株和已知豆状带绦虫位于同一分支。由于豆状带绦虫分离株的线粒体rrnL和nad5基因序列种内很保守,种间差异较大,故可作为带科绦虫种间遗传变异研究的标记。

斑马副蛔虫线粒体cox1和nad5基因序列多态性

利用PCR技术对9个斑马源蛔虫线粒体cox1基因部分序列(pcox1)和nad5基因部分序列(pnad5)进行扩增与测序,并分析其遗传多态性和种系发育关系。结果显示,所获得的线粒体pcox1和pnad5序列长度分别为420 bp和528 bp,序列同源性分别为99.3%~100.0%(8个可变位点)和98.1%~99.5%(14个可变位点),检测到单倍型分别为6个和8个,平均单倍型多样性分别为1.834和4.071。系统进化分析结果显示,9个斑马源蛔虫分离株与已知马副蛔虫和Parascaris univalens分离株聚为同一分支,与其他蛔虫所属分支相隔较远,提示马副蛔虫可能与P.univalens为同种异名,但需要进一步研究证实。结果表明,本次试验获得的斑马源蛔虫为马副蛔虫或P.univalens,其线粒体pcox1和pnad5基因均存在一定变异,但pcox1基因变异程度低于pnad5,本试验为斑马蛔虫的分子分类与群体遗传学等研究提供了科学依据。

脑多头蚴湖南分离株线粒体nad5基因的克隆及进化分析

本试验旨在阐明脑多头蚴湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)基因部分序列(pnad5)的遗传变异情况。利用聚合酶链反应(PCR)扩增脑多头蚴的pnad5,用ClustalX 1.81程序对序列进行比对。结果显示,所获得的pnad5序列长度均为1 153bp,湖南分离株与已知多头带绦虫位于同一分枝。由于脑多头蚴pnad5序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为脑多头蚴的分子流行病学和其相关疾病的诊断奠定基础。

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体nad5和rrnS基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)和核糖体小亚基基因(rrnS)部分序列(prrnS)的遗传变异情况,并用pnad5和prrnS序列重构猬迭宫绦虫与其他绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pnad5和prrnS,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pnad5和prrnS序列与预期(片段的)长度一致,分别为531bp和328bp。种系发育树表明,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。结果表明,由于猬迭宫绦虫pnad5和prrnS序列种内相对保守,种间差异较大,均可作为种间遗传变异研究的标记。

绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫线粒体nad5基因和cytb基因的序列分析

本研究的目的是通过对绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫线粒体细胞色素b基因（cytb）部分序列（pcytb）和烟酰胺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位5基因（nad5）部分序列（pnad5）的克隆和遗传变异分析，首次为在分子水平上区分绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫提供理论依据。采用PCR方法分别克隆了6条绵羊夏柏特线虫陕西分离株和9条叶氏夏柏特线虫青海分离株的pcytb和pnad5。将测序结果应用ClustalX1．81程序进行比对，然后用PAUP4．0程序中的MP法将pcytb和pnad5串联后构建系统发育树。结果显示，获得的pnad5和pcytb序列的长度分别为388bp和659bp，其变异率在绵羊夏柏特线虫分离株中分别为0．3％～1．3％和0．2％～2．6％，在叶氏夏柏特线虫分离株中分别为0～1．8％和0．2％～1．2％，较为保守。但pnad5和pcytb序列在两种间差异率较大，分别为14．7％～16．0％和15．0％～17．39／6。用pcytb和pnad5串联后的序列进行的种系发育分析表明，绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫分别位于2个分支，支持叶氏夏柏特线虫为独立种；pcytb和pnad5序列可作为夏柏特线虫种间鉴定的遗传标记。

湖南省蛇源裂头蚴线粒体nad4和nad5基因遗传多样性分析

目的了解湖南省蛇源裂头蚴种群遗传多样性及其系统发生关系。方法采用PCR技术扩增湖南省7株蛇源裂头蚴线粒体nad4基因和nad5基因部分序列(pnad4和pnad5),扩增产物测序后用DNAMAN 7.0、Meg Align、Dna SP 5.0和MEGA 5.0软件进行同源性和系统进化分析。结果湖南省7株蛇源裂头蚴pnad4和pnad5基因序列长度分别约为578 bp和484 bp,其碱基变异率分别为0~2.8%和0~0.8%;均检测到4个单倍型,总单倍型多样性分别为0.810±0.016和0.905±0.011,核苷酸多样性分别为0.006±0.005和0.004±0.003,平均核苷酸差异为3.960和1.905。构建的系统进化树显示,7株裂头蚴分离株与来自不同地区或不同宿主的猬迭宫绦虫同在一个分支,属于猬迭宫绦虫;与阔节迭宫绦虫相隔较近,与其他绦虫相隔较远。结论湖南省蛇源猬迭宫绦虫遗传变异程度低,pnad4基因和pnad5基因均可作为检测猬迭宫绦虫的分子遗传标记。

基于线粒体Nad5基因序列的3种常见根结线虫鉴定

为了探索利用线粒体Nad5基因对根结线虫常见种进行快速、准确的鉴定。本文通过收集的34个样品扩增测序、以及下载了大量根结线虫常见种Nad5基因序列,运用MEGA6.0软件对根结线虫常见种的基因序列进行分析、以及构建基于Nad5基因的系统进化树进行聚类分析。结果表明,3种常见根结线虫的Nad5基因序列在碱基位点242、254、273、355、395、396和427bp存在差异。Nad5基因序列254和355的碱基位点组合可以将3个常见种区分开,而且基于Nad5基因的系统进化树可以将3个根结线虫常见种快速、准确的区分开,是根结线虫种间分子鉴定的理想条形码基因。