云南山茶(Camellia reticulata)nrDNA ITS序列多态性分析

对云南山茶(Camellia reticulata)8个品种的核核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序,将获得的ITS序列进行GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、替代模式、核苷酸多样性及系统发育关系的相关分析。实验结果显示,云南山茶8个品种的ITS序列存在丰富的基因组内多态性,同时包含中性进化的假基因,表明其ITS序列逃离了一致性进化。云南山茶ITS序列多态性的原因可能来自广泛的种间杂交,以及rDNA位点在基因组中有不确定的物理位置。ITS假基因为品种的物种形成研究提供了更全面的遗传证据,同时也提示了利用ITS假基因进行系统发育分析可能会对其真实的系统关系造成影响。

不同产区厚朴nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定

以陕西、四川、浙江、重庆、福建、广西主产区的11个种源厚朴为材料,采用PCR直接测序法,测定不同产区厚朴的核糖体DNA ITS区序列,并结合GeneBank中相关植物的ITS序列(以同属近缘物种辛夷为外类群),应用Kimura-2遗传距离与NJ系统树分析法对不同产区厚朴的亲缘关系进行分析。结果表明:11个产区厚朴的ITS全序列长度介于593～600bp,其中,ITS1长度为214～217bp,G+C含量为54.42%～55.35%,ITS2长度为215～219bp,G+C含量为59.82%～60.95%;ITS序列共有36个变异位点,均出现在ITS1(7个)和ITS2(29个)序列中,虽然位点变异与部分叶形变化出现吻合,但无必然联系;序列间遗传分化距离为0.000～0.02792,11个产区厚朴构成3个分支,显示出产区间厚朴的亲缘关系,其中陕西洋县(SXYX)、陕西西乡(SXXX)、福建武夷山(FJWYS)及四川彭州(SCPZ)四个产区ITS序列完全一致。nrDNA ITS序列分析可作为厚朴不同产区亲缘关系鉴定的手段。

栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列分析

采用核糖体DNA内转录间隔区（nrDNAITS）序列比较分析了甘薯及其近缘野生种的遗传多样性及系统进化关系，首次报道了栽培种甘薯‘徐薯18’（Ipomoea batatas‘Xushu 18’）及其近缘野生种I．triloba（DOM），I．cordatotriloba（MEX），I．nil（PER）。I．nil（JPN）。I．hederacea Jacq．（USA），f．hederacea Jacq．（HK）和种间杂交种67-1（I．batatas‘Xushu18’×I．hederacea Jacq．）及回交种（67-1×I．batatas‘Xushu18’）的nrDNAITS序列。序列分析表明，栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNAITS序列长度为570-600bp。其中，ITS1序列为185～209bp，GC含量为53．11％～61．83％；ITS2序列为214-226bp，GC含量为61．21％-72．89％；5．8S序列均为165bp，GC含量为54．55％-55．76％。此外，栽培种甘薯及其近缘野生种ITS序列信息位点均集中在ITS1和ITS2区；与其他甘薯属植物相比，I．wrightii ITS2的末端缺失了6～8个碱基。系统进化分析表明，栽培种甘薯‘徐薯18’（I．batatas‘Xushu18’）和野生种I．triloba、I．cordatotriloba、I．ecunosa、I．trifida的亲缘关系较近，与I．wrightii、I．pes-tigridis、I．grandifolia、I．nil、I．hederaceaJacq．、I．pur-purea的亲缘关系较远；杂交后代与栽培种甘薯‘徐薯18’（I．batatas‘Xushu18’）亲缘关系较近，与野生种父本I．hederaceaJacq．的亲缘关系较远。

亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究——来自nrDNAITS证据

对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区(ITS)进行了PCR扩增和产物直接测序,扩增出约670bp的序列(ITS1、5.8S和ITS2及部分18S和26SrRNA基因片段)。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群,确定其ITS全序列(ITS1、5.8S和ITS2)的长度约为627bp,并根据nrRNAITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树,探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。

苏铁nrDNA ITS区的序列多态性:不完全致同进化的证据

本研究对苏铁(Cycas revoluta)nrDNAITS进行克隆测序,并以cDNAITS为参照,比较分析获得的序列的碱基变异、GC含量、5.8S二级结构的稳定性和5.8S保守基序的有无以及系统发育关系。结果发现苏铁nrDNAITS存在较高的基因组内多样性,同时,这些分化的nrDNAITS拷贝中包含有假基因的存在,而且假基因与功能拷贝之间已经形成了较大的遗传分化,这暗示假基因起源有较长历史。苏铁核仁组织区不仅多达16个,而且分布在13条染色体上,这可能是其nrDNAITS致同进化不完全的主要原因。

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。

基于nrDNAITS序列数据的兰属系统发育关系的初步分析(英)

现存的兰属分类系统是基于宏观形态学性状、尤其是花粉块的数目以及唇瓣与蕊柱的愈合程度而建立的。兰属因此而划分为 3个亚属 :兰亚属 (subgenusCymbidium) ,大花亚属 (subgenusCyperorchis)和建兰亚属 (subgenusJensoa)。本文运用PCR扩增和直接测序的方法分析兰属 (Cymbidium) 2 7种、3个栽培品种以及 3个外类群的核DNAITS区段序列。通过最简约性分析产生的ITS系统发育树表明 ,兰属的 3个亚属均可能为不自然的类群。大花亚属表现为一复系群 ,兰亚属的冬凤兰 (C .dayanum )隐藏于其中 ;建兰亚属为一并系群 ,它的成员之一兔耳兰(C .lancifolium)偏离出去而成为兰属一最基部的分支 ;兰亚属为一复系群 ,它分为几支而分别与另两个亚属组合在一起。由于兰属ITS序列位点变异率较低 ,最简约性分析产生的几支主要分支均得不到Bootstrap分析的高度支持 ,各亚属内组之间的关系也不明确。研究兰属的系统发育关系还需要新的数据。

植物nrDNA ITS致同进化不完全现象及其进化意义

nrDNA是个多基因家族,在基因内往往有成千上万的拷贝,但通常只包含有一种序列,即所谓致同进化。因此,nrDNA ITS被广泛应用于植物系统与进化研究当中。近年来,部分研究发现,一些植物类群的基因组内nrDNA ITS也存在着较高的多样性,即致同进化不完全现象。该文就裸子植物和被子植物中nrDNA ITS存在致同进化不完全现象的原因和特点,nrDNA ITS假基因的识别,以及其进化意义等进行了综述。

金银花nrDNA ITS区聚合酶链反应条件的研究

目的 :金银花nrDNAITS区序列G +C含量为 6 8% ,用常规的PCR方法扩增效果差。本研究通过改变扩增程序及使用改性剂的方法显著提高了金银花nrDNAITS区的扩增效率。方法 :分别从金银花叶及药材中提取总DNA ,通过优化扩增条件 ,对nrDNAITS区进行扩增 ,并比较了两种优化方法的差别及适应性。方法 1:提高变性温度至 97℃ ;方法 2 :添加混合改性剂 (DMSO 4 % 甘油 10 % )。结果 :与方法 1相比 ,方法 2可降低变性温度 5℃ ,升高退火温度 9℃ ,降低镁离子浓度至 0 .5mmol/L ,降低TaqDNA聚合酶用量至 0 .1U(30 μl体系 ) ,PCR产物量显著提高 ,且可消除植物DNA粗提物中杂质的干扰。结论 :通过提高退火温度及添加改性剂可克服高G +C含量金银花nrDNAITS区序列扩增的困难 ,该方法的建立有助于解决植物来源DNA模板的PCR扩增问题。

道地药材板桥党参nrDNA-ITS区序列分析

[目的]研究道地药材板桥党参(Codonopsis tangshen Oliv.)叶nrDNA-ITS区的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供依据。[方法]采用PCR直接测序技术测定板桥党参的nrDNA-ITS区核苷酸序列,并分析其序列组成。[结果]采用改良CTAB法提取得到样品的基因组DNA吸光值OD260/OD280比值在1.8～2.0,DNA条带清晰整齐,无明显的拖尾现象,表明所得DNA样品纯度和质量较好,符合试验要求。利用nrDNA-ITS序列通用引物进行PCR扩增反应,获得预期约800bp的双链产物。经过测序发现,板桥党参nrDNA-ITS1序列核苷酸序列长度为260bp,其G+C含量为52%,nrDNA-ITS2序列核苷酸序列长度为239bp,其G+C含量为60%;在GenBank上进行Blast对比分析,证实其属于党参科植物nrDNA-ITS序列,并已提交GenBank,注册登记号为GQ906566。[结论]DNA测序技术可作为准确而有效地鉴定板桥党参基原的分子鉴定方法,可为板桥党参分子鉴定提供基础性资料。

蜡梅科(Calycanthaceae)若干植物nrDNA ITS序列PCR反应条件分析

该文旨在探讨适合于扩增蜡梅科植物ITS序列的PCR反应条件。试验中设计了2个新引物来扩增整个核糖体RNA基因(nrDNA)的ITS序列,进行了4种引物组合、2种扩增程序、7种Mg^(2+)浓度、4种dNTP浓度和3种二甲基亚砜浓度的比较。结果表明:当反应体系中Mg^(2+)浓度为1.8 mmol/L,dNTP为2 mmol/L,含5%二甲基亚砜,扩增时先进行两步预扩增,反应效果最好。文中还对引物的设计进行了探讨,认为当所选用的植物可能有寄生真菌时,最好不用与真菌同源的引物。最后提出了几点引物设计的注意事项。

Camellia nitidissima与C.petelotii之间的关系研究——来自nrDNA ITS的证据

通过对 Camellia nitidissima Chi和 Camellia petelotii (Merr.) Sealy的核糖体 DNAITS区序列进行分析 ,结果表明两者的 ITS区序列存在一定的差异 ,Camellia nitidissima与Camellia tunghinensis,Camellia limonia和 Camellia pingguoensis的亲缘关系比与 Camelliapetelotii的关系更近 ,说明两者是相互独立的种。

杂草稻nrDNA ITS片段的PCR扩增条件优化及测定

对杂草稻的nrDNA ITS片段的PCR扩增条件进行了优化并测定,建立的PCR最优体系为:20μL反应体系含1μL模板DNA,0.125 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L正反向引物,1 UTaq酶,2.0μL 10×TaqPCR Buffer;退火温度为57℃。这样的条件下充分保证了ITS PCR产物的质量和纯度要求,直接测序结果为600 bp左右,与网上结果十分类似,表明结果准确可靠。这些ITS片段的系统学信息将为杂草稻的起源进化提供有力的分子水平证据。

对东亚广义三岛柴胡的再认识及GenBank中几个有疑问nrDNA ITS序列的评价(英文)

基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的5个分支包括了广义三岛柴胡的大部分类群,并与《中国植物志》的处理一致.2n=26的所谓亚洲三岛柴胡与2n=16的欧洲狭义三岛柴胡是不同的种.第2组则主要包括了分布于中国西南的竹叶柴胡与欧洲的狭义三岛柴胡.根据本研究结果及前人的工作,我们认为,东亚广义三岛柴胡起源于两条不同的谱系.文章最后对当前GenBank上传的广义三岛柴胡中的一些有疑问nrITS序列进行了评价.

衣藻属的系统发育分析——基于形态形状和nrDNA ITS序列

通过实验分析莱茵衣藻 ( Chlamydomonas reinhardtii) 1个种和互连网获得衣藻属 1 5个种及丝藻属 1个种 ( Ulothrix zonata) ,共 1 7个种的 nr DNA ITS序列 ,并以 U.zonata为外类群 ,采用计算机分析软件包对其进行分析及构建分子系统发育树图。同时以 1 2个传统分类性状 ,对此 1 6种衣藻构建数据矩阵 ;以 U.zonata动孢子的相应性状为外类群原始性状 ,用Wagner法在计算机上对其进行分枝分析 ;然后比较并分析分子系统树和表征性状分支分析树的异同。初步尝试以 ITS分子序列系统发育分析作为传统性状分析的补充来研究衣藻种间的亲缘关系。

基因转换的分子机制及其在nrDNA致同进化过程中的应用研究进展

基因转换是指同源序列之间非交互性的信息转换。基因转换现象已在原核生物及真核生物中被广泛发现。基因转换的主要作用是引起序列的转移、致同进化、抗原的变异、抗抗生素的免疫、缺口的修复等。通过对引起基因转换现象的4种分子重组模型(Holli-day模型、Meselson-Radding模型、DSBR模型和SDSA模型)的介绍,探讨基因转换在nrDNA致同进化过程中的应用。

荔枝nrDNA ITS序列多态性分析

为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性,对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序,分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明,荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内均存在多态性,同时包含假基因序列,表明其ITS序列逃离了致同进化。分子方差分析(AMOVA)显示,荔枝nrDNA ITS序列遗传变异主要来源于品种内。自然杂交可能是荔枝ITS序列产生多态性的主要原因。

麻疯树种质资源nrDNA ITS序列的遗传分析

通过PCR扩增并测序分析了18份不同地理来源的麻疯树种质资源的nrDNA ITS序列,为今后麻疯树优良种源的选择和开发利用提供理论依据.测序结果表明,麻疯树各种质资源的ITS序列为648～649 bp,G＋C含量在64.10％～64.71％之间;各资源的遗传距离为0.000～0.069,平均值仅为0.010.进化树分析表明,18个麻疯树种质资源基本上聚为1类,没有得到具有较高支持率的分支,且各资源的遗传差异系数极低.本研究结果再次证实麻疯树种质资源的遗传基础偏窄,遗传变异小.

杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var. longearistatus)的nrDNA ITS序列分析

本研究对杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var.longearistatus)的nrDNA ITS进行多克隆测序,探讨ITS序列在其个体内的多样性和个体间的遗传分化。序列多态性、基因谱系和rRNA基因二级结构分析表明:①由于致同进化作用,ITS序列在L. duthiei和L.duthiei var. longearistatus中可能朝Ns基因组一方发生偏向;③致同进化的驱动力可能促使不同的ITS拷贝序列在L.duthiei var. longearistatus中比在L. duthiei中更趋于一致;③ITS序列在L.duthiei和L. duthiei var. longearistatus中的遗传分化可能与它们的地理隔离有关。

运用nrDNAITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红藻门中的系统进化地位

测定了角叉菜属(Chondrus)5个代表种的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA基因序列。结果表明,角叉菜属ITS区(含ITS1、5.8SrDNA和ITS2)序列长度范围为704—714bp,G+C含量为44.6%—45.7%,变异位点69个,信息位点16个;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为147—149bp和398—404bp。5.8SrDNA长度为158bp,没有变异和信息位点。由MEGA3构建的系统进化树(ME和MP)显示:在进化尺度上,真红藻纲的松节藻科(Rhodomelaceae)与红毛菜纲(Bangiophyceae)亲缘关系较近。在真红藻纲内,杉藻目(Gigartinales)的进化地位相对较高,其次是海膜科(Halymeniaceae)、石花菜科(Gelidiaceae)、红叶藻科(Delesseriaceae)和粉枝藻科(Liagoraceae)等,而松节藻科进化地位相对较低。在杉藻目内,杉藻科(Gigartinaceae)和胶黏藻科(Dumontiaceae)进化关系密切,而形态学特征相似的角叉菜和马泽藻(Mazzaella)亲缘关系非常近。