骨髓增生异常综合征(MDS)基因诊断研究

目的根据Southern印迹杂交结果设计并合成适当引物。方法以32例MDS、13例可疑MDS、53例其他血液病和8例正常人骨髓细胞DNA为模板进行PCR。根据PCR结果和用于上述Southern印迹杂交的限制性酶切位点,设计并合成2个寡核苷酸(Oligos)经地高辛标记,对33例MDS(包括转白血病者),3例可疑MDS和19例其他血液病患者骨髓细胞涂片作原位杂交(ISH)。结果 MDS有共同的PCR产物电池带型。MDS原位杂交均呈阳性反应。对照组19例中仅有1例AA阳性反应,可疑MDS 3例中有2例阳性反应,且杂交信号的增强与MDS转白血病相关(P<0.01),也与SCD阴性相关(P<0.01)。结论建立起MDS PCR基因诊断法,笔者设计的两条Oligos所包含的限制性酶切位点的确是MDS C-erbB重排位置和重排/扩增位置,为MDS基因治疗提供了靶基因的靶位置。

基于Python的Crispr/Cas9 Oligos批量生成器

CRISPR/Cas9基因编辑技术可以对细胞特定的基因片段进行定点编辑,sgRNA作为CRISPR基因编辑技术的重要环节,cas9酶在其介导下可以对靶基因组进行相应切割,sgRNA有特定的规则来管理oligos的生成。基于此,创建了一个基于Python的Crispr/Cas9 oligos生成器的本地应用程序工具,允许用户批量地在输入sgRNA序列中设计正向和反向oligos。该软件是专门设计用于Crispr系统的基于sgRNA生成两条oligos的工具,相比较手动编写,提高了工作效率与精度。