猪鞭虫和斯氏鞭虫线粒体pnad4和pcox1基因的扩增与序列分析

以采自广东不同地区的猪鞭虫(Trichuris suis)和斯氏鞭虫(Trichuris skrjabini)为研究对象,扩增线粒体基因组的pnad4和pcox1基因,将扩增产物纯化后克隆至pMD18-T载体,对阳性菌落进行测序和序列分析。结果表明,来源于不同地区的鞭虫上述两个基因种内相对保守,差异性不大,但种间差异较大。猪鞭虫和斯氏鞭虫的pnad4长度均为468 bp,相互间有162个种间遗传标记位点;猪鞭虫和斯氏鞭虫的pcox1长度分别为600 bp与438 bp,相互间有156个种间遗传标记位点。两种鞭虫之间的pnad4基因差异率为45.1%-45.9%,pcox1基因差异率为44.1%-45.4%。上述线粒体两个基因均可作为区分两种线虫的种间遗传标记。

长沙市野生态动物园斑马蜱pcox1基因扩增及序列分析

为研究长沙市生态动物园引进的非洲肯尼亚斑马蜱的线粒体DNA的部分细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基（cytochrome coxidase subunit l，pcox1）基因序列的遗传变异情况，本研究对其线粒体pcox1基因序列进行PCR扩增，并使用DNAStar（V5.01）、Clustalx2.0及Phylip3.67进行分析。结果显示，几种斑马蜱为消色牛蜱、丽色扇头蜱和璃眼蜱属，种间差异为0.7%-20.2%，种内相似度较高，表明pcox1基因可作为蜱种间遗传变异研究的标记，研究结果为蜱的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。

绵羊夏柏特线虫线粒体pcox1基因的克隆及序列分析

以从陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),将测序获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,并用PAUP程序MP法构建系统发育树。结果表明:所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393 bp;种系发育分析表明,绵羊夏柏特线虫5个样品位于同一分支,且绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守(0.5%～2.0%),种间变异显著(9.4%～18.8%),pcox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。

湖南省不同宿主犬弓首蛔虫线粒体pcox1和pnad1基因序列遗传变异的研究

为探究湖南省不同宿主来源犬弓首蛔虫的种内遗传变异情况,本研究利用PCR法对14株分离自湖南省部分地区不同宿主(犬和狼)源犬弓首蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)基因部分序列(pnad1)进行PCR扩增与测序,分析该两个序列的同源性,并用pcox1和pnad1基因序列分别构建不同宿主源犬弓首蛔虫与其他蛔虫的种系发育树。结果显示,本研究获得的犬和狼源弓首蛔虫分离株pcox1和pnad1基因序列大小分别为442 bp和527 bp,其种内遗传变异率分别为0~1.7%和0.2%~2.2%,与已知不同宿主源(犬、人、狐狸等)弓首蛔虫分离株对应核苷酸序列同源性分别为94.6%~99.5%(pcox1)和98.4%~99.2%(pnad1);检测到二者的单倍型分别为13个和12个,单倍型多样性分别为0.989和0.967,核苷酸多样性分别为0.01675和0.00509。基于两种基因构建系统发育树的分析结果一致,本研究获得的14个不同宿主来源犬弓首蛔虫分离株与GenBank已有犬弓首蛔虫分离株位于同一分支,与猫弓首蛔虫和马来西亚弓首蛔虫分离株距离较近,与其他蛔虫所属分支距离较远。本研究结果表明,不同宿主源犬弓首蛔虫湖南分离株遗传变异程度较低,且pcox1基因较pnad1基因序列更适合作为犬弓首蛔虫分离株遗传变异研究的分子标记。本研究为不同宿主源弓首蛔虫的分子流行病学调查及种群遗传学研究奠定了基础。

基于pcox1基因分析黑斑蛙小吻对盲囊线虫种系发育关系

以湖南省不同地区黑斑蛙体内采集的16条小吻对盲囊线虫样品为研究对象,利用PCR对其线粒体DNA中的细胞色素c氧化酶第1亚基(cox 1)基因部分序列(pcox 1)进行扩增,分析其遗传变异情况。并利用软件Clustal X 2.0对其序列进行分析,探讨小吻对盲囊线虫与其他线虫的种群遗传关系。测序结果显示,所获得的pcox 1序列长度一致,均为400 bp,湖南省各分离株之间相应序列的相似性在97%以上,与GenBank中登录的其他小吻对盲囊线虫pcox 1序列的相似度均低于89%。结果表明,小吻对盲囊线虫pcox 1序列种内相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的分子标记,从而为小吻对盲囊线虫的分子流行病学调查研究等奠定基础。

浏阳黑山羊捻转血矛线虫感染情况调查及pcox1基因分析

为调查浏阳黑山羊捻转血矛线虫的感染情况,为养殖者提供科学数据,本研究通过洗涤法对浏阳黑山羊捻转血矛线虫进行了感染情况调查,结果显示不同季度捻转血矛线虫感染情况不同,第一季度的感染率为39.1%,第二季度的感染率为46.7%,第三季度的感染率为81.3%,第四季度的感染率为53.3%;通过线粒体DNA pcox1基因对捻转血矛线虫虫种进行鉴定,目的基因片段大小约为480bp。

湖南省怀化地区山羊胰阔盘吸虫线粒体pcox1基因和核糖体18S rRNA基因序列遗传变异研究

目的了解湖南省怀化地区山羊体内分离的胰阔盘吸虫遗传变异情况。方法应用PCR技术对分离自湖南怀化地区山羊体内的18株胰阔盘吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因部分序列(pcox1)和核糖体18S rRNA基因进行扩增,对扩增产物进行测序并进行遗传变异和系统发育分析。结果分离自湖南怀化地区山羊体内的18株胰阔盘吸虫分离株pcox1和18S rRNA基因序列长度分别为430 bp和1 857 bp,分别存在14个和35个变异位点,种内遗传差异分别为0~1.4%和0~0.8%;与GenBank数据库中收录的胰阔盘吸虫中国株基因序列同源性最高,分别为99.0%~99.8%和99.5%~99.8%。基于两种基因构建的系统发育树分析结果一致,本研究获得的18株胰阔盘吸虫分离株与GenBank数据库中已知胰阔盘吸虫分离株聚为同一分支,与支睾阔盘吸虫等阔盘属吸虫相隔较近,与其他吸虫所属分支相隔较远。结论湖南省怀化地区山羊源胰阔盘吸虫分离株遗传变异度较低,线粒体pcox1基因和核糖体18S rRNA基因均适合作为羊源胰阔盘吸虫遗传变异研究的分子标记。

前后盘吸虫梅花鹿源分离株的种类鉴定及遗传进化分析

旨在研究温州地区的梅花鹿源前后盘吸虫的种类和遗传进化,利用形态学和分子生物学方法,对虫体样本进行染色显微镜观察及pcox1和pnad1序列的PCR扩增和序列分析。形态学鉴定结果表明,前后盘吸虫梅花鹿源分离株在外部形态、大小以及内部组织器官与鹿前后盘吸虫(Paramphistomum cervi)相近。序列比较分析结果表明,3株前后盘吸虫梅花鹿源分离株样本的pcox1和pnad1序列完全一致,扩增产物长度分别为446和505bp,与GenBank中鹿前后盘吸虫(KT198987)同源性最高,分别为98.2%和97.7%。遗传进化分析表明,3株前后盘吸虫梅花鹿源分离株与鹿前后盘吸虫位于同一分支。表明,分离的虫株在形态学和遗传进化分析上均与鹿前后盘吸虫具有高度的一致性,提示获得的前后盘吸虫梅花鹿源分离株为鹿前后盘吸虫。

青海省共和县藏羊心肌住肉孢子虫的种类鉴定

采用压片镜检法对采自青海省共和县藏羊心肌的住肉孢子虫进行形态观察,发现虫体包囊呈梭型、纺锤形或椭圆形,经HE染色呈蓝紫色,平均大小为50μm^84μm×110μm^180μm。采用PCR对其线粒体细胞色素C氧化酶第一亚基部分序列(pcox1)进行扩增、测序与分析,结果表明,所测样品pcox1的序列长度约为1000bp,与柔嫩住肉孢子虫(Sarcocystis tenella)基因序列的相似性为93.5%~100%,与羊犬住肉孢子虫(Sarcocystis capracanis)的相似性为93.6%~100%;系统发育树显示,试验样品与柔嫩住肉孢子虫和羊犬住肉孢子虫在同一分支。综上结果,表明本次采集自共和县藏羊心肌的住肉孢子虫存在2个种,分别鉴定为柔嫩住肉孢子虫(S.tenella)和羊犬住肉孢子虫(S.capracanis)。

基于cox1基因的棕熊锡兰钩虫分子鉴定与种系发育分析

本次研究旨在利用线粒体细胞色素I(cox1)部分基因(pcox1)对长沙市动物园棕熊粪便分离的钩虫进行种类鉴定,并分析其基因多态性。用PCR技术扩增从棕熊粪便分离的钩虫长沙分离株的pcox1基因,并对其基因序列进行分析。结果显示7条钩虫分离株的pcox1序列片段大小均为423 bp,种内遗传差异为0.0%~0.5%,与GenBank中收录的锡兰钩虫(Ancylostoma ceylanicum)分离株同源性为93.8%~94.8%,与其他钩虫(犬钩虫、巴西钩虫、十二指肠钩虫、猫钩虫和美洲钩虫等)序列相似性低于88.7%;系统发育分析显示,本次研究获得的棕熊钩虫分离株与已知锡兰钩虫聚为一支,与其他钩虫相隔较远。结果表明,长沙市动物园棕熊粪便分离的钩虫为锡兰钩虫,线粒体pcox1基因在锡兰钩虫种内相对保守,与其他钩虫种类序列差异较大,可以作为熊锡兰钩虫分子鉴定及遗传变异研究。

云南宾川地区牛羊片形吸虫感染调查及分子鉴定

目的对云南宾川地区爆发人体片形吸虫病的村落进行牛羊的片形吸虫感染调查和检测,为当地片形吸虫病的研究提供数据。方法采用尼龙袋集卵法收集牛羊粪便中的虫卵,进行镜检。对检出的样本进行PCR扩增和测序;用MP法、NJ法及ML法进行种系发育分析。结果从134(28.63%)头牛和27(25.23%)头羊中查到了片形吸虫的虫卵,对所检到的虫卵进行线粒体pcox1基因的扩增和测序,比对后发现所检样本主要为肝片吸虫和大片吸虫两个种。采用MP法、NJ法及ML法进行种系发育分析表明,宾川地区牛羊感染的片形吸虫虫种主要为肝片吸虫和大片吸虫两种。结论宾川地区牛羊片形吸虫感染严重,云南宾川为肝片形吸虫及大片形吸虫混合感染地区,当地政府应重视该病的防治。