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题名马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析
被引量:11
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作者
高芳銮
沈建国
史凤阳
常飞
谢联辉
詹家绥
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机构
福建农林大学植物病毒研究所
福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第9期1125-1134,共10页
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基金
国家现代农业马铃薯产业技术体系(编号:CARS-10)
福建省自然科学基金项目(编号:2013J01088)
+1 种基金
福建省教育厅科技项目(编号:JA12119)
福建出入境检验检疫局科技项目(编号:FK2011-07)资助
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文摘
为揭示马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)pipo基因的分子变异和结构特征,文章根据文献报道的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)pipo基因保守区序列设计一对简并引物,从感染PVY的马铃薯病叶中克隆获得pipo基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并基于氨基酸序列使用贝叶斯法重建了Potyvirus的系统发育树。结果显示:20个PVY分离物成功扩增出预期大小(约235bp)的特异性片段,其核苷酸序列与已报道的其它PVY株系的pipo基因核苷酸序列一致性均在92%以上;5′端均含有典型的G1-2A6-7基序(motif),无碱基插入/缺失,所有的核苷酸变异都是碱基置换,共发现13个多态性位点,其中4个简约信息位点,9个单一变异位点,表明该基因高度保守,但不同分离物也存在一定的分子变异;PIPO蛋白理论等电点11.26~11.62,无信号肽和跨膜区,是可溶的亲水性蛋白;整个蛋白含有3个保守区,其中位于10~59aa的基序最为保守。该蛋白主要定位于线粒体中,可能是线粒体导肽。系统发育分析结果显示,源于PVY不同株系优先相聚成簇,而向日葵褪绿斑驳病毒(Sunflower chlorotic mottle virus,SuCMoV)与辣椒重花叶病毒(Pepper severe mosaic virus,PepSMV)的亲缘关系较PVY相比更近,与前人的结果相一致,表明PIPO蛋白可以作为研究Potyvirus系统发育关系的新的分子标记。
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关键词
马铃薯Y病毒
pipo基因
病毒进化
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Keywords
Potato virus Y
pipo gene
evolution of virus
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分类号
S435.32
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名不同寄主来源的马铃薯Y病毒群体遗传结构的比较分析
被引量:5
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作者
常飞
邹文超
高芳銮
沈建国
詹家绥
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机构
福建省植物病毒学重点实验室
福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期292-301,共10页
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基金
福建省自然科学基金项目(编号:2013J01088)
福建出入境检验检疫局科技项目(编号:FK2007-07)资助
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文摘
文章以马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)P3和pipo基因为分子标记,比较分析烟草和马铃薯两个寄主的PVY遗传多样性和群体分化,并评估突变、选择、基因流等遗传力所起的作用。通过P3和pipo基因计算获得的烟草和马铃薯群体分化指数FST分别为0.116和0.120,且统计检验差异显著,表明烟草和马铃薯寄主的PVY之间中度分化。变异分析结果显示,烟草分离物P3和pipo基因的核苷酸序列一致性分别为85.2%~100%和76.5%~100%,而马铃薯分离物的P3和pipo基因的核苷酸序列一致性分别为95.7%~100%和93.0%~100%,表明烟草PVY变异程度高于马铃薯。同时,P3基因内检测到大量的净化选择位点,表明该基因大部分位点的变异为有害突变,在进化过程中被剔除。此外,P3基因内还检测到两个显著正向选择位点,表明这两个位点的变异为有益突变,有利于病毒的生存竞争。在pipo基因中未检测到显著的选择位点,表明该基因上的变异基本不受自然选择影响。通过P3和pipo基因计算烟草和马铃薯群体间的基因流Nm值分别为1.91和1.83,表明这两个群体间存在较强的基因交流。以上结果表明,来源于烟草和马铃薯寄主的PVY遗传差异显著,突变、自然选择以及基因流都影响两者的遗传多样性及遗传分化程度。
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关键词
马铃薯Y病毒
P3基因
pipo基因
遗传变异
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Keywords
Potato virus Y
P3 gene
pipo gene
genetic variations
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分类号
S432.41
[农业科学—植物病理学]
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