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调控质粒拷贝数优化生物催化效率的研究进展
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作者 李业 严豪 +1 位作者 刘梦婷 白仲虎 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期282-289,共8页
质粒作为外源基因异源表达的普遍载体,在合成生物学中广泛应用。不同质粒载体在细胞工厂中的拷贝数不尽相同,合理利用拷贝数不同的质粒可以优化目标基因表达水平,提高生物催化效率。针对天然质粒复制子系统的局限,近年来研究者们依据质... 质粒作为外源基因异源表达的普遍载体,在合成生物学中广泛应用。不同质粒载体在细胞工厂中的拷贝数不尽相同,合理利用拷贝数不同的质粒可以优化目标基因表达水平,提高生物催化效率。针对天然质粒复制子系统的局限,近年来研究者们依据质粒复制机制,开发出了许多性能更优异的新质粒系统,显著提高了生物催化效率。该文结合质粒拷贝数在多种微生物细胞工厂中的应用进行综述,以期为合成生物学领域的相关研究提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 异源表达 质粒 复制子 拷贝数 合成生物学
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耐碳青霉烯鼠伤寒沙门菌的药敏及分子特征分析
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作者 王燕 王云英 +3 位作者 蒋敏 张雨虹 任艳丽 孙滨 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期813-819,共7页
目的分析鼠伤寒沙门菌的耐药情况及分子特征,为临床治疗和感染防控提供依据。方法对我院分离的鼠伤寒沙门菌CYEY-S001,采用VITEK2-Compact全自动微生物分析系统和K-B纸片法对药敏结果进行检测。通过全基因组测序分析其基因和分子特征,... 目的分析鼠伤寒沙门菌的耐药情况及分子特征,为临床治疗和感染防控提供依据。方法对我院分离的鼠伤寒沙门菌CYEY-S001,采用VITEK2-Compact全自动微生物分析系统和K-B纸片法对药敏结果进行检测。通过全基因组测序分析其基因和分子特征,并进行质粒接合试验,研究质粒的可转移性。利用碳青霉烯酶表型试验检测其实所含的碳青霉烯酶类型,PCR确认其携带的耐药基因,质粒复制子分型确定质粒类型。结果该鼠伤寒沙门菌CYEY-S001对除氨曲南之外的青霉素类、头孢菌素类和碳青霉烯类抗生素全部耐药,全基因组测序分析表明其为ST34型鼠伤寒沙门菌,含有bla_(NDM-5)、aac(6’)-Iaa、floR、cmlA1、sul3和tet(A)等多种耐药基因。携带的质粒类型为IncHI2,bla_(NDM-5)位于该质粒上,可通过水平转移,结合子获得了与鼠伤寒沙门菌完全一致的耐药结果。3种碳青霉烯酶表型试验均正确识别出了其携带碳青霉烯酶的类型为金属β-内酰胺酶。结论碳青霉烯耐药鼠伤寒沙门菌对感染治疗和预防控制带来了新的挑战。新发现的IncHI2-bla_(NDM-5)质粒存在向其他细菌物种横向传播的风险。 展开更多
关键词 鼠伤寒沙门菌 碳青霉烯耐药 表型检测 质粒复制子分型 IncHI2-bla_(NDM-5)
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苏云金芽胞杆菌拟步行甲亚种质粒复制子ori165的克隆 被引量:5
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作者 魏芳 孙明 喻子牛 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期45-49,共5页
以苏云金芽胞杆菌拟步行甲亚种菌株 (Bacillusthuringiensissubsp.tenebrionis)YBT 1 76 5作为出发菌株 ,克隆了一个包含复制子的EcoRI酶切片段 ,大小约为 1 1kb ,称为ori1 6 5。这是国内外从此亚种中克隆到的第一个复制子。缩小到 8kb... 以苏云金芽胞杆菌拟步行甲亚种菌株 (Bacillusthuringiensissubsp.tenebrionis)YBT 1 76 5作为出发菌株 ,克隆了一个包含复制子的EcoRI酶切片段 ,大小约为 1 1kb ,称为ori1 6 5。这是国内外从此亚种中克隆到的第一个复制子。缩小到 8kb左右后仍然能够复制。杂交结果显示 ,此复制子来源于菌株YBT 1 76 5可以检测到的分子量最大的质粒。以此复制子构建的穿梭载体pBMB6 0 71在不同受体菌中的稳定性差异很大 ,其中在以色列亚种无晶体突变株 4Q7中 ,传 40后代 ,稳定性 1 0 0 %。质粒pBMB6 0 71与含ori1 0 3 0和ori2 0 6 2在库斯塔克亚种无晶体突变株BMB1 展开更多
关键词 苏云金芽胞杆菌拟步行甲亚种 质粒复制子 质粒稳定性 质粒相容性 克隆 oril65
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鸡源大肠杆菌河北分离株耐药性与质粒不相容群分析 被引量:3
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作者 李玉荣 陈立功 +2 位作者 胡凡 武现军 霍书英 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期103-107,共5页
为了了解鸡源大肠杆菌河北分离株的耐药情况及流行现状,本研究对其进行耐药性监测,并通过PCR方法测定其质粒不相容群。结果表明,39株大肠杆菌,对喹诺酮类药物耐药严重,其中氧氟沙星(Oxfendanzole,Ofl)最高,为76.9%,加替沙星(Gatifloxaci... 为了了解鸡源大肠杆菌河北分离株的耐药情况及流行现状,本研究对其进行耐药性监测,并通过PCR方法测定其质粒不相容群。结果表明,39株大肠杆菌,对喹诺酮类药物耐药严重,其中氧氟沙星(Oxfendanzole,Ofl)最高,为76.9%,加替沙星(Gatifloxacin,Gat)最低,为64.1%;对氨基糖苷类的耐药情况差别较大,其中卡那霉素(Kanamycin,Kan)为100%,而壮观霉素(Spectinomycin,Spe)最低,为30.8%。质粒不相容群分析表明,IncB/O、IncK、IncFIB、IncFrepB、IncI1、IncA/C、IncFIC、IncP、IncN、IncFIA、IncT、IncL/M为阳性,其中前三者的阳性率最高,依次为41.0%,38.5%和25.6%;未检测到IncW、IncY、IncHI1、IncHI2、IncX、IncFIIs的存在,且多重比较显示,保定不同地区的禽源E.coli质粒类型无显著性差异(P>0.05)。 展开更多
关键词 大肠杆菌 耐药性 质粒不相容群
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植物乳杆菌天然质粒分类 被引量:3
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作者 孙大庆 李洪飞 +1 位作者 宋大巍 杨建 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期69-74,共6页
为建立植物乳杆菌天然质粒分类方法,以质粒复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)作为分类标记,通过系统进化树分析方法,将植物乳杆菌53个编码Rep天然质粒划分为6个质粒类型,包括5个质粒家族和1个新的复制类型质粒,之后进... 为建立植物乳杆菌天然质粒分类方法,以质粒复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)作为分类标记,通过系统进化树分析方法,将植物乳杆菌53个编码Rep天然质粒划分为6个质粒类型,包括5个质粒家族和1个新的复制类型质粒,之后进一步提出了每个质粒家族特有的骨干序列,最终建立了一种简单、有效的植物乳杆菌天然质粒的分类方法和标准。与以往质粒功能和不相容性分类方法相比较,本方法具有较好的实用性和通用性。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 质粒 基因组 复制起始蛋白 复制子
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链霉菌质粒pSGL1最小复制子序列测定及分析 被引量:1
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作者 张华 洪斌 李元 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期327-332,共6页
质粒pSGL1(7.4kb)是从球孢链霉菌(Streptomycesglobisporus)中分离得到的一个高拷贝质粒,已证明其最小复制子位于Sau3AI酶切的20kb片段上。对该片段进行亚克隆,测序后数据表明该片... 质粒pSGL1(7.4kb)是从球孢链霉菌(Streptomycesglobisporus)中分离得到的一个高拷贝质粒,已证明其最小复制子位于Sau3AI酶切的20kb片段上。对该片段进行亚克隆,测序后数据表明该片段是一个新序列。仅有一个开放阅读框架(ORFR)位于最小复制子中,推测其编码的蛋白质含有滚环复制质粒复制酶的特定序列。 展开更多
关键词 质粒 最小复制子 滚环复制 序列分析 链霉菌
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猪水疱病自杀性DNA疫苗的初步研究 被引量:2
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作者 孙世琪 郭慧琛 +6 位作者 尹双辉 冯霞 尚佑军 代兴国 刘在新 刘湘涛 谢庆阁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1016-1020,共5页
利用RT-PCR技术,用保真酶扩增获得猪水疱病病毒外壳蛋白1BCD基因,克隆于DNA复制子载体pSCA1中,获得重组质粒pSCA/1BCD。将重组质粒转染BHK-21细胞,RT-PCR法和间接免疫荧光法检测显示,猪水疱病病毒外壳蛋白基因在转染细胞中表达。豚鼠免... 利用RT-PCR技术,用保真酶扩增获得猪水疱病病毒外壳蛋白1BCD基因,克隆于DNA复制子载体pSCA1中,获得重组质粒pSCA/1BCD。将重组质粒转染BHK-21细胞,RT-PCR法和间接免疫荧光法检测显示,猪水疱病病毒外壳蛋白基因在转染细胞中表达。豚鼠免疫试验表明,自杀性DNA疫苗pSCA/1BCD可诱导SVDV特异性抗体和T淋巴细胞增殖。 展开更多
关键词 猪水疱病病毒(SVDV) 甲病毒复制子载体 自杀性DNA疫苗
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棒杆菌质粒pXZ10145复制功能区定位
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作者 沈天翔 那淑敏 +1 位作者 肖文中 贾盘兴 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第3期168-172,共5页
将棒杆菌质粒pXZ10145或pNAT65的不同酶切片段装入大肠杆菌质粒pACYCl77中构建了pTSK系列重组质粒。转化棒状类细菌的实验结果确定了质粒pXZ10145上复制必需区的位置。质粒pXZ10145复制最小必需区定位在NaeI-NruI的1.2kb片段上,在这个... 将棒杆菌质粒pXZ10145或pNAT65的不同酶切片段装入大肠杆菌质粒pACYCl77中构建了pTSK系列重组质粒。转化棒状类细菌的实验结果确定了质粒pXZ10145上复制必需区的位置。质粒pXZ10145复制最小必需区定位在NaeI-NruI的1.2kb片段上,在这个片段上只有一个约940碱基的阅读框架。它编码一个质粒复制因子,以对位作用方式协助那些不能自我复制但复制起始区仍保持完整的pTSK质粒在棒状类细菌中复制。质粒pXZ10145复制起始区在一个NaeI-SalI的0.3kb片段上,位于已确定的复制因子编码框架中。 展开更多
关键词 棒状类细菌 质粒 复制功能区
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吸水链霉菌应城变种10-22中一个复制子的克隆和基本复制区的定位
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作者 邓子新 周秀芬 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第3期188-194,共7页
利用由pBR322衍生的链霉菌复制子探针载体pIJ2703,从吸水链霉菌应城变种菌株10-22中克隆了一段13kb的可以自主复制的DNA,制作了携带这段DNA的杂合质粒pHZ54的限制酶图谱。利用缺失、次级克隆等方法将基本复制区确定在2.86kb的范围内。... 利用由pBR322衍生的链霉菌复制子探针载体pIJ2703,从吸水链霉菌应城变种菌株10-22中克隆了一段13kb的可以自主复制的DNA,制作了携带这段DNA的杂合质粒pHZ54的限制酶图谱。利用缺失、次级克隆等方法将基本复制区确定在2.86kb的范围内。用外切酶Ⅲ顺序缺失法不仅进一步确证了基本复制区的位置,而且将其缩小到2kb的范围内。同时,在上述试验过程中、还组建了一系列既可在大肠杆菌、又可在变铅青链霉菌中复制的双功能质粒,其中有些质粒是有用的穿梭载体。 展开更多
关键词 吸水链霉菌 复制子探针 基本复制子
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短乳杆菌天然质粒分类 被引量:2
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作者 孙大庆 李洪飞 +1 位作者 杨健 宋大巍 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第10期173-178,共6页
为建立短乳杆菌天然质粒分类方法,通过质粒复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)进化树和基因组共线性分析,将短乳杆菌51个天然质粒可以准确、有效地划分为6个家族类型和11个亚家族类型,并在家族4质粒中发现了一种新的复... 为建立短乳杆菌天然质粒分类方法,通过质粒复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)进化树和基因组共线性分析,将短乳杆菌51个天然质粒可以准确、有效地划分为6个家族类型和11个亚家族类型,并在家族4质粒中发现了一种新的复制子类型。研究结果表明,质粒Rep进化树和基因组共线性分析都是短乳杆菌天然质粒有效的分类方法,分类结果为今后短乳杆菌天然质粒科学分类和理性应用提供了理论研究依据。 展开更多
关键词 短乳杆菌 质粒 复制起始蛋白 基因组共线性 复制子
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苏云金芽胞杆菌质粒p26复制功能区的克隆 被引量:1
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作者 季思思 朱义广 +2 位作者 彭东海 阮丽芳 孙明 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期558-562,共5页
利用特异引物从基因组BAC文库筛选到1个35kb的片段,对该片段测序比对分析发现可能含有p26的复制区。为了验证该片段中是否含有p26的复制区,首先,将大肠杆菌和苏云金芽胞杆菌穿梭载体pHT304用EcoRⅠ酶切切掉苏云金芽胞杆菌复制子后自连,... 利用特异引物从基因组BAC文库筛选到1个35kb的片段,对该片段测序比对分析发现可能含有p26的复制区。为了验证该片段中是否含有p26的复制区,首先,将大肠杆菌和苏云金芽胞杆菌穿梭载体pHT304用EcoRⅠ酶切切掉苏云金芽胞杆菌复制子后自连,获得复制子克隆载体pHT304E;随后,将12kbEcoRⅠ片段亚克隆到载体pHT304E上电转化无晶体突变株BMB171,获得具有抗性的转化子,证明该片段具有复制功能。缺失实验证明最小复制功能区包含2个必需的ORF。经过40代无抗培养,最小复制区复制稳定性达到90%以上。 展开更多
关键词 苏云金芽胞杆菌 质粒 特异引物 细菌人工染色体文库 克隆 复制子 缺失突变
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产气肠杆菌携带基因bla_(NDM-1)的质粒特征及基因环境分析 被引量:2
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作者 肖伟强 许青霞 +5 位作者 李铁鹏 王智中 潘军 姚新伟 常彦敏 孙明月 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2017年第3期195-198,共4页
目的了解产气肠杆菌携带bla_(NDM-1)质粒的转移性、复制子分型及周围环境。方法产气肠杆菌HNNDM0711为实验菌株,利用接合实验研究其质粒的转移性,对接合子进行稳定性试验,采用质粒复制子分型法对质粒进行分型,利用染色体步移技术对基因b... 目的了解产气肠杆菌携带bla_(NDM-1)质粒的转移性、复制子分型及周围环境。方法产气肠杆菌HNNDM0711为实验菌株,利用接合实验研究其质粒的转移性,对接合子进行稳定性试验,采用质粒复制子分型法对质粒进行分型,利用染色体步移技术对基因bla_(NDM-1)上下游进行测序,使用BLASTN和BLASTP对基因组序列进行比对,使用Vector NTI 11.5.1注释并生成序列管道图,序列通过软件Banklt递交至Genbank。结果产气肠杆菌HN-NDM0711接合实验阳性,阳性接合子稳定传代4 d后,所有克隆株对亚胺培南和美罗培南的最低抑菌浓度(MIC)均未发生变化,基因bla_(NDM-1)均为阳性。质粒复制子为IncA/C型;基因bla_(NDM-1)位于不常见的插入序列ISAba14和IS91之间,在bla_(NDM-1)的上游出现一个Tn3转座子和I型整合子,整合子上含有一个由庞大镶嵌序列构成的少见耐药基因盒。结论 IncA/C型质粒pHN-NDM0711携带基因bla_(NDM-1)及耐药基因盒,可能源于不同抗菌药物选择压力下的基因重组,建议严格控制临床、工业和农业抗菌药物的使用,从源头上减少此类细菌的产生。 展开更多
关键词 产气肠杆菌 NDM-1 接合实验 质粒复制子分型 Β-内酰胺酶
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福建地区健康人携带德尔卑沙门菌的耐药特征及遗传多样性分析 被引量:1
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作者 黄梦颖 陈建辉 +3 位作者 邱玉锋 杨劲松 柯自立 李曲文 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第9期1046-1052,共7页
目的调查分析福建地区健康人携带德尔卑沙门菌的耐药特征及遗传多样性。方法分离自福建地区健康人的德尔卑沙门菌73株,采用K-B法进行药敏试验;采用PBRT法检测18个主要质粒家族的复制子;采用常规PCR方法扩增毒力基因;采用PFGE技术进行分... 目的调查分析福建地区健康人携带德尔卑沙门菌的耐药特征及遗传多样性。方法分离自福建地区健康人的德尔卑沙门菌73株,采用K-B法进行药敏试验;采用PBRT法检测18个主要质粒家族的复制子;采用常规PCR方法扩增毒力基因;采用PFGE技术进行分子分型;应用BioNumerics软件进行聚类分析;应用SPSS 17.0进行统计学分析。结果福建地区德尔卑沙门菌健康人分离株对四环素表现出一定的耐药性(耐药率28.77%),其他药物敏感率均>90%;2000年后分离的菌株总耐药率高于2000年前的分离株(χ^2=6.767,P<0.01),且5株多重耐药菌株均为2000年后分离;分离株中检出IncI1型(13.70%)、IncHI2型(10.96%)和IncP型(4.11%)3种质粒复制子类型,未检出毒力基因spvB,其余毒力基因均有较高携带率;毒力基因谱型26个(VP1-VP26),其中相对优势谱型为VP1:HilA-sifA-mgtC-siiE-sopB-iroN-lpfA-stn;73个分离株共分为56个PFGE带型(PT001-PT056)、6个PFGE簇(cluster A-cluster F),其中cluster E为相对优势簇。结论福建地区健康人携带的德尔卑沙门菌耐药性逐年增强且具有致病潜能。 展开更多
关键词 德尔卑沙门菌 耐药特征 遗传多样性 质粒复制子 毒力基因 PFGE 健康人群 福建地区
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乳酸菌隐蔽性质粒pEV105复制子的鉴定 被引量:1
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作者 李梦洋 刘飞 霍贵成 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 2008年第4期154-159,共6页
将Tn1541转座子的红霉素抗性rRNA甲基化酶基因克隆至pUC19的EcoO109I位点,构建成能够确定乳酸菌质粒复制子所在片段的复制检测载体pUB380。将乳酸菌隐蔽性质粒pEV1053个酶切片断(4.5、3.5、3kb)分别连接至此载体,并电转化至原宿主菌。... 将Tn1541转座子的红霉素抗性rRNA甲基化酶基因克隆至pUC19的EcoO109I位点,构建成能够确定乳酸菌质粒复制子所在片段的复制检测载体pUB380。将乳酸菌隐蔽性质粒pEV1053个酶切片断(4.5、3.5、3kb)分别连接至此载体,并电转化至原宿主菌。试验结果显示,连接了3.5kb片段的载体能够使原宿主菌表达红霉素抗性的片段,即复制子所在片段。以Southern杂交对质粒pEV105复制模式进行分析,结果显示pEV105为θ型复制。用400μg/mL吖啶橙对菌株KLDS6.0718处理50代后没有质粒丢失,说明pEV105在宿主菌内十分稳定。该复制子在构建乳酸菌食品级克隆表达载体中可作为稳定的复制子使用。 展开更多
关键词 乳酸菌 复制子 质粒
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乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒序列分析及食品级克隆载体的构建
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作者 范丽平 张江 霍贵成 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期182-188,共7页
为构建乳酸菌食品级载体,对乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒p KL001进行全序列测定、序列分析及PCR扩增,获得了该质粒的复制子。以Southern杂交对质粒p KL001复制模式进行分析,结果显示p KL001为θ型复制。将该复制子与镉抗性功能片段连接,构... 为构建乳酸菌食品级载体,对乳酸乳球菌内源隐蔽性质粒p KL001进行全序列测定、序列分析及PCR扩增,获得了该质粒的复制子。以Southern杂交对质粒p KL001复制模式进行分析,结果显示p KL001为θ型复制。将该复制子与镉抗性功能片段连接,构建了食品级克隆载体p KF168,其在受体菌株KLDS4.0319-5中可稳定存在。 展开更多
关键词 乳酸乳球菌 隐蔽性质粒 复制子 克隆载体
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Molecular characterization and antibiotic resistance of Salmonella enterica serovar 1,4,[5],12:i:-environmental isolates from poultry farms
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作者 Xiaojie Qin Linlin Xiao +3 位作者 Jiaming Li Mingzhe Yang Changying Yang Qingli Dong 《Food Quality and Safety》 SCIE CSCD 2022年第4期579-587,共9页
Salmonella enterica serovar 1,4,[5],12:i:-(S.1,4,[5],12:i:-)has been recognized as an emerging foodborne pathogen in recent years.It can cause human salmonellosis predominated by the contamination of animal-derived fo... Salmonella enterica serovar 1,4,[5],12:i:-(S.1,4,[5],12:i:-)has been recognized as an emerging foodborne pathogen in recent years.It can cause human salmonellosis predominated by the contamination of animal-derived foods such as raw poultry and pork.This study aimed to characterize the genetic diversity,plasmid replicon types,and antibiotic resistance of 15 S.1,4,[5],12:i:-environmental isolates collected from two poultry farms using pulsed-field gel electrophoresis(PFGE),multilocus sequence typing(MLST),polymerase chain reaction-based replicon typing,and minimum inhibitory concentration approach.Ten different PFGE genotypes were detected,indicating a high diversity among these S.1,4,[5],12:i:-isolates.Three sequence types(ST19,ST1544,ST34)were identified by MLST.Among them,ST1544 was first detected in S.1,4,[5],12:i:-environmental isolates from poultry farms.All isolates were resistant to cefazolin,cefotetan,tobramycin,amikacin,and gentamicin,but susceptible to piperacillin-tazobactam,aztreonam,ceftazidime,cefepime,and ertapenem.Five incompatibility groups(Inc)of plasmids were identified,including IncFIIs(66.7%),IncHI2(20%),IncI1(6.7%),IncN(6.7%),and IncQ(6.7%).Among these isolates,80%carried at least one plasmid replicon type,and 20%carried multiple plasmid replicon types.Interestingly,the multidrug-resistant isolate 263 carried numerous resistance genes(i.e.qnrS,aac(6ʹ)-Ib-cr,bla_(TEM),bla_(CTX-M-9),bla_(OXA-1),sul1,sul2,sul3,floR,and mcr-1)and class I integronase gene intI1,which possessed both IncHI2 and IncQ plasmids,suggesting that resistance genes may be horizontally transferred by the combination of IncHI2 and IncQ plasmids.Collectively,antibiotic-resistant S.1,4,[5],12:i:-isolates were first found in poultry farm environments in China,and surveillance should be strengthened to prevent their further spread from poultry farms to foods. 展开更多
关键词 Salmonella enterica serovar 1 4 [5] 12:i:- PFGE typing MLST typing plasmid replicon typing antibiotic resistance food safety
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植物乳杆菌天然质粒系统进化和起源 被引量:2
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作者 孙大庆 李洪飞 +1 位作者 杨健 宋大巍 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1908-1923,共16页
【目的】为了探索植物乳杆菌天然质粒系统进化关系和起源。【方法】本文利用复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)系统进化树、基因组共线性、基因组GC含量和宿主范围分析方法,对植物乳杆菌75个天然质粒的系统进化关系和... 【目的】为了探索植物乳杆菌天然质粒系统进化关系和起源。【方法】本文利用复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)系统进化树、基因组共线性、基因组GC含量和宿主范围分析方法,对植物乳杆菌75个天然质粒的系统进化关系和起源进行了详细和多角度的分析。【结果】首先,Rep系统进化树和基因组共线性分析结果均表明,植物乳杆菌所有天然质粒可以划分为6个进化关系亲密的家族、2个进化形态特殊的杂合质粒和1个独立进化质粒pLP2140。杂合质粒pMRI5.2、pLP12-1分别由家族1-2和5-6质粒融合形成,因此植物乳杆菌质粒可能起源于7个祖先。其次,基因组共线性分析可以将6个家族质粒进一步划分为17个进化关系更近的亚家族类群,并清晰、有效地揭示类群内质粒之间的系统进化关系。最后,基因组GC含量和宿主范围分析为植物乳杆菌质粒的系统进化关系和起源提供了进一步的证据。【结论】因此上述研究可以准确、有效地揭示植物乳杆菌天然质粒的系统进化关系和起源,这对植物乳杆菌天然质粒系统进化和起源的了解和研究具有重要的参考价值。通过Rep系统进化树和基因组共线性两种分析方法优缺点的比较和组合,我们提出了一种更加有效的研究思路和分析方法,同时这种方法很可能适用于所有细菌天然质粒,因此对于天然质粒进化和起源研究具有普遍的方法学意义。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 天然质粒 系统进化树 基因组共线性 最小复制子
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CTX-M-9亚群鸡大肠杆菌的遗传背景及毒力基因特性
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作者 段沙沙 钟杏好 +5 位作者 李进福 徐航 潘玉善 刘建华 胡功政 苑丽 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期443-447,共5页
探讨鸡大肠杆菌bla_(CTX-M-9)的遗传背景和毒力因子流行特征,为进一步研究bla_(CTX-M-9)与致病特性是否相关奠定基础。取近年来收集的17株产CTX-M-9族鸡大肠杆菌为研究对象,分别采用定位PCR、多重PCR等技术检测受试菌株的种系发育、MLS... 探讨鸡大肠杆菌bla_(CTX-M-9)的遗传背景和毒力因子流行特征,为进一步研究bla_(CTX-M-9)与致病特性是否相关奠定基础。取近年来收集的17株产CTX-M-9族鸡大肠杆菌为研究对象,分别采用定位PCR、多重PCR等技术检测受试菌株的种系发育、MLST序列、质粒复制子特性、bla_(CTX-M-9)的上、下游基因环境及其携带的31种毒力基因。结果显示,bla_(CTX-M-9)的上游均含有ISEcpl,部分被IS26截断,下游最常见的是IS903。受试菌ST分型多样化,17株菌分别属于12种不同的ST型。受试菌携带3种以上复制子,最常见的是IncFII复制子,其次为IncFIB、IncK和IncI1型。受试菌分属于种系发育的D群(7株)、B1群(6株)和A群(4株),未检出强致病力的B2群菌株。受试菌均含有fimH、traT和feoB毒力基因,同时毒力基因检测率较高的还有sit A、iut A、iucC、iroN和iss基因。结果表明,ISEcpl和IS903转座子、IncF在bla_(CTX-M-9)快速散播过程中发挥了重要的作用,克隆传播仅发挥了次要的作用;产CTX-M-9族鸡大肠杆菌含有较多的毒力基因,具有一定的致病力。 展开更多
关键词 CTX-M-9族 种系发育 MLST分型 质粒复制子 基因环境 毒力基因
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腺病毒-甲病毒杂合载体的构建
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作者 李泽良 王华 +3 位作者 杨月峰 肖凤君 鲁茁壮 王立生 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2010年第5期406-411,共6页
目的将腺病毒Ad5/F11p造血细胞靶向和甲病毒复制子载体目的基因高效转录的特点相结合,构建腺病毒-甲病毒杂合载体,以提高目的基因在造血细胞的表达水平。方法基本实验过程包括骨架质粒构建,穿梭质粒构建,同源重组产生杂合病毒基因组,杂... 目的将腺病毒Ad5/F11p造血细胞靶向和甲病毒复制子载体目的基因高效转录的特点相结合,构建腺病毒-甲病毒杂合载体,以提高目的基因在造血细胞的表达水平。方法基本实验过程包括骨架质粒构建,穿梭质粒构建,同源重组产生杂合病毒基因组,杂合病毒在包装细胞的拯救和扩增,以及杂合病毒对造血细胞基因转移效率的初步评价。具体步骤如下:利用重叠延伸PCR技术将pFiber5/11p质粒上Ad5的E4区部分删除产生骨架质粒pAdEasy/F11pDE4orf3。在pShuttle质粒的多克隆位点处分别插入造血细胞特异性启动子(CD11a promoter,CD11Ap)、甲病毒载体元件(nsP)、目的基因(GFP)、PolyA加尾信号构建杂合穿梭质粒pSh-SFV-GFP。骨架质粒与穿梭质粒在大肠杆菌BJ5183菌株中同源重组产生杂合病毒质粒pAd5/F11p-SFV-GFP,经与辅助病毒质粒Ad5/f11p-HV共转染293细胞后拯救出杂合病毒Ad5/F11p-SFV-GFP,经CsCl密度梯度离心法纯化,得到的病毒滴度为3×1010pfu/ml。与对照病毒Ad5-GFP相同感染复数(100MOI)分别感染U937细胞,利用流式细胞术检测GFP+细胞比例。结果pAdEasy-1/F11p-E4orf3和pSh-SFV-GFP经相应酶切和测序鉴定,与预期设计一致;CsCl密度梯度离心纯化得到杂合病毒;100MOI Ad5/F11p-SFV-GFP感染U937细胞2 d后,GFP+细胞比例为55.79%,而对照病毒Ad5-GFP的感染效率为2.42%。结论成功构建了腺病毒-甲病毒杂合载体,为进一步评价其对造血细胞的基因转移效率奠定了基础。 展开更多
关键词 腺病毒科 甲病毒属 杂合载体 复制子 质粒 基因转移技术
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双歧杆菌属天然质粒系统分类
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作者 李洪飞 孙大庆 +3 位作者 张桂芳 庄柯瑾 王坤 郭庆丰 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期524-535,共12页
【背景】以往双歧杆菌质粒分类学研究较少,双歧杆菌属质粒系统分类方法缺失。【目的】建立双歧杆菌属天然质粒系统分类和鉴定方法,促进质粒在双歧杆菌生物学研究中的理解和应用。【方法】利用质粒复制起始蛋白进化树和基因组共线性分析... 【背景】以往双歧杆菌质粒分类学研究较少,双歧杆菌属质粒系统分类方法缺失。【目的】建立双歧杆菌属天然质粒系统分类和鉴定方法,促进质粒在双歧杆菌生物学研究中的理解和应用。【方法】利用质粒复制起始蛋白进化树和基因组共线性分析方法,对目前所有已测序的双歧杆菌属天然质粒进行系统分类研究。【结果】双歧杆菌所有已知天然质粒可以划分为6个不同类型的质粒家族和3个独特的复合质粒,家族Ⅲ和家族Ⅵ质粒可进一步划分为不同的亚型类群。家族Ⅲ质粒是双歧杆菌属天然质粒的主要类型和优势家族。家族Ⅵ质粒成员亚型分类最丰富。在质粒家族水平,2种方法的分类结果完全一致。【结论】本文揭示了所有分析质粒之间的系统分类关系,建立了双歧杆菌属天然质粒系统的分类标准、方法和体系,可为今后双歧杆菌天然质粒分类和鉴定提供重要的理论参考和分类依据。 展开更多
关键词 双歧杆菌属 质粒分类 复制起始蛋白 基因组共线性 复制子
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