PCR-RSSO基础上HLA-Ⅰ、Ⅱ基因分型的研究

目的：通过对PCR－DNA技术的分析，探讨人类白细胞抗原（HLA）基因分型方法。方法：采用PCR反向序列特异性寡核苷酸（polymerase chain reaction-reverse sequence specific oligonucleotide,PCR-RSSO)杂交技术，建立改良半量扩增体系全自动HLA－I、Ⅱ等位基因分型方法，进行了635份血液标本HLA－A、B、C、DR、DQ等位基因分型，其中166份DNA同时采用序列特异性引物技术（PCR－SSP）和手工全量扩增体系PCR－RSSO技术。对全自动半量PCR－RSSO、PCR－SSP、手工PCR－RSSO 3种方法做两两比较。结果；全自动半量PCR－RSSO的分型成功率为98．4％（3124／3175），PCR－SSP为98．8％（656／664），手工PCR－RSSO为88．3％（733／830）。经χ^2检验，全自动半量PCR－RSSO与PCR－SSP的分型成功率无统计学差异，与手工PCR－RSSO有显著差异（P＜0．05）。结论：PCR－RSSO可识别HLA－I、Ⅱ共706个等位基因，覆盖WHO命名委员会2000年公布的36个等位基因的75．43％；对706个HLA等位基因的分型均为中－高分辨率，有分辨纯合子等位基因的能力；易长期保存书面的实验原始资料，即杂交条；具有成本低、劳动强度低、省时和DNA消耗量少等优点。PCR－RSSO适合于造血干细胞移植和建立造血干细胞及脐带血干细胞库的组织配型。

应用rpoB基因PCR反向斑点杂交快速鉴定分枝杆菌菌种的研究

目的根据分枝杆菌rpoB基因序列建立一种准确、快速的分枝杆菌菌种鉴定方法。方法以分枝杆菌rpoB基因编码序列为靶基因,用聚合酶链反应(PCR)反向斑点杂交技术检测24种分枝杆菌标准株、8种非分枝杆菌标准株、37株分枝杆菌临床分离株。结果分枝杆菌与非分枝杆菌标准株经PCR扩增后,分枝杆菌标准株均扩增出360 bpDNA片段,非分枝杆菌除甲型溶血性链球菌和假白喉棒状杆菌出现同样片段外,其它菌种均未见扩增。敏感性试验可检测出1 pg结核分枝杆菌DNA。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除海分枝杆菌与偶然分枝杆菌的探针有交叉杂交,其余均为特异性杂交。应用该方法对37株分枝杆菌临床分离株进行鉴定,结果与常规方法鉴定结果相符。结论应用rpoB基因序列和PCR反向斑点杂交技术鉴定分枝杆菌菌种快速、准确,具有较高的应有价值。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

人白细胞DR抗原基因与动脉粥样硬化性脑梗死关系的研究

目的探讨人白细胞DR抗原(HLA DR)基因与动脉粥样硬化性脑梗死(ABI)免疫遗传的相关性。方法采用聚合酶链反应和顺序特异性引物(PCR SSP)基因分析方法,对31例ABI患者及30名无血缘关系健康人的HLA DR部分等位基因及亚基因进行检测分析。结果ABI组HLA DR B1*0301等位基因相对危险度(RR)=5.6842,明显高于其他位点,差异有显著性(P<0.05);其他HLA DR B1*各等位基因未见异常。结论HLA DR B1*0301等位基因可能为北方汉族ABI患者的致病易感基因或与其他基因相连锁而共同致病。

系统性红斑狼疮临床特征与HLA-DR、DQ基因的相关研究

采用聚合酶链反应结合顺序特异的寡核苷酸（ＰＣＲ／ＳＳＯ）探针杂交方法对ＨＬＡ－ＤＲ、ＤＱ亚区作ＤＮＡ分型，分析了系统性红斑狼疮（ＳＬＥ）的各种临床特征与ＨＬＡ－ＤＲ、ＤＱ基因的关联。结果发现汉族ＳＬＥ中肾脏损害与ＤＲ２相关，而与ＤＲ４呈负相关。口、鼻腔粘膜溃疡与ＤＲ１２相关，未发现ＳＬＥ的其他临床特征与ＤＲ、ＤＱ基因有关。发病年龄小于３５ａ者，ＤＲ２、ＤＱ６阳性率高，而ＤＲ３则多见于发病年龄大于３５ａ者。提示对ＤＲ２阳性及发病年龄小于３５ａ的ＳＬＥ患者要谨防肾脏损害的发生，而ＤＲ４则对肾脏损害的发生有一定的保护性。

HLA复合体与乙型肝炎的关系

宿主在乙型肝炎病毒(HBV)感染后不同的临床发展过程,从一过性的抗原血症、自限性的急性肝炎、慢性病毒携带、亚临床肝损害、进行性肝损害乃至肝硬变,除了与病毒本身的因素外,更重要的是由于不同个体对 HBV 所发生的免疫反应的不同.人类的主要组织相容性复合体(MHC)是编码人类白细胞抗原(HLA)的基因群,称为 HLA 复合体,为目前已知的最复杂的人类基因复合体.研究资料提示,与免疫因素有关的HLA 可能影响 HBV 感染后的不同转归.1 HLA 和疾病相关性1.1 HLA 和疾病相关性的研究方法 HLA 是首次发现的与疾病有明确关系的遗传系统.HLA 与许多疾病有着密切关系.HLA 和疾病相关性的研究。

HLA-A位点DNA分型及其法医学应用

应用聚合酶链反应0寡核苷酸探针（PCR－SSO）斑点杂交技术，对222名辽宁地区汉族人群无关个体进行HLA－A基因检测，研究中国辽宁地区汉族群体的HLA－A座位基因分布状况。共检出HLA－A等位基因24个，其中以等位基因HLA－A0201最为常见，频率为0．2635；依次是2402101和1101，等位基因频率分别为0．1847和0．1262.理论杂合度为87％，个人鉴别机率为92％，非父排除率为73．3％。在中国辽宁汉族中检出73种基因型，对观察值和期望值进行X2检验，符合Hardy－Weinberg平衡定律（x2＝6．28，df＝9，0．5＜P＜0．75）。家系分析结果表明按照孟德尔方式遗传。提出的中国辽宁汉族HLA－A等位基因的遗传基因情况，可用于法医学个人识别和亲子鉴定。人类学，HLA相关疾病，及器官移植研究。

PCR法对HLA-DQ_α基因的分型及其在性犯罪鉴定中的应用

本文应用 PCR 法及 ASO 探针斑点杂交技术,对100例无关个体血液 DNA 及10例性犯罪案件混合斑中精子 DNA 进行了 HLA-DQα基因的扩增及其 DNA 分型。结果正常人0.1～0.3μgDNA 就能满足 DQα基因扩增的需要。在100例个体中可以观察到由4种等位基因组成的10种 DQα基因型。10例不同条件的混合斑中精子 DNA 经30～60次扩增后与 ASO 探针杂交均能准确地判定 DQα基因型。HLA-DQα是个体识别能力较强的遗传标志。本文为性犯罪中精子来源的个体识别提供了一个新方法,具有一定的实用价值。

Flow-rSSO与PCR-SSP方法在骨髓库HLA基因分型中的应用比较

目的比较流式反向序列特异性寡核苷酸探针方法(Flow-rSSO)与聚合酶链式反应-序列特异性引物方法(PCR-SSP)在骨髓库人类白细胞抗原(HLA)分型中的应用价值。方法4769例中华骨髓库质控样本中,已采用PCR-SSP方法分型的3509例标本应用FLOW-rSSO方法复检,而1260例已采用FLOW-rSSO方法分型样本则应用PCR-SSP方法复检,结果不一致样本采用PCR-测序分型方法(SBT)进行确认。结果PCR-SSP方法HLA分型错误率(6.84‰)明显高于Flow-rSSO方法(1.59‰),其中PCR-SSP方法中75%的错误结果是由于漏检造成;PCR-SSP方法的模棱两可分型结果比例(2.56‰)明显低于Flow-rSSO方法(16.67‰)。结论PCR-SSP方法和FLOW-rSSO方法均适合应用于中华骨髓库供者的HLA分型,但HLA分型实验室有必要同时建立两种HLA分型方法。

类天疱疮与HLA-DRB1基因的相关性研究

为探讨HLA-DRB1基因与类天疱疮(BP)的相关性,采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针PCR-SSOP方法对上海地区汉族56例BP患者和150名健康对照进行了HLA-DRB1基因分型。结果与健康对照组比较,BP患者HLA-DRB110(DRB11001)基因频率明显增高(Pc=0.022,RR=6.466)。结果提示HLA-DRB110(DRB11001)可能是我国上海地区汉族BP患者的易感基因。

聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针反向杂交法在HLA-DRB_1分型中的应用

目的:探讨聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针(polymerasechainreaction-sequencespe-cificoligonucleotideprobes,PCR-SSOP)反向杂交法应用于人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)-DRB1配型的可行性。方法:随机选取25例已行聚合酶链反应顺序特异性引物(polymerasechainreac-tion-sequencespecificprimers,PCR-SSP)法HLA-DRB1配型的肾移植受者的血标本,采用PCR-SSOP反向杂交法再次配型,并与PCR-SSP法的结果比较。结果:两法的一致性达92%。2例不一致的患者经再次PCR-SSOP反向杂交法配型后,其中1例与PCR-SSP结果一致,PCR-SSOP反向杂交法的平均操作时间为4小时30分。结论:PCR-SSOP反向杂交法是一种能以中等分辨度进行等位基因分型的方法,操作较简单,结果解读客观,适用于临床肾移植配型。

西尼罗病毒一步实时RT-PCR检测准确度评价

目的了解已建立的一步实时RT-PCR对西尼罗病毒感染细胞和组织的灵敏度及其对国内常见的黄病毒属病毒的特异性,为西尼罗病毒感染的实验室检测和流行病学调查奠定基础。方法使用VectorNTISuite8软件比较探针与西尼罗病毒不同系毒株之间的同源性。采用西尼罗病毒感染的Vero细胞培养上清和BALB/c小鼠脑组织样本评价一步实时RT-PCR法的灵敏度,同时用国内常见的黄病毒属病毒评价其特异性。结果此一步实时RT-PCR法可用于西尼罗病毒1系多数毒株的检测,灵敏度高,对西尼罗病毒的最低检出浓度为5.75×10-2pfu/ml;与黄病毒属乙型脑炎、登革热、蜱传脑炎以及甲病毒属东部马脑炎等虫媒病毒均未出现交叉反应。结论西尼罗病毒一步实时RT-PCR法具有灵敏度高、特异性强的特点,适用于西尼罗病毒感染细胞和组织的早期检测及流行病学调查。

PCR-RLB技术同时检测淋病奈瑟菌Opa和16S rRNA基因的研究

目的建立和评价一个新的多重PCR-反向线点杂交技术(RLB)检测淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae,NG)的方法。方法选择NG Opa基因和16S rRNA基因分别设计两对PCR引物,生物素标记下游引物。构建二重PCR扩增NG DNA,然后与固定在尼龙膜上的特异性寡核苷核探针杂交。并对117例经荧光定量PCR(FQ-PCR)检测的标本进行检测。结果多重PCR两对引物均可扩增3株NG标准菌株DNA,其中Opa和16S rRNA PCR产物的片段长度分别为89bp和414bp。43份FQ-PCR NG阳性标本中31份16S rRNA PCR-RLB阳性,而Opa PCR-RLB均检测为阳性,31份二者均为阳性。74份FQ-PCR NG阴性标本中64例Opa PCR-RLB阴性,73例16S rRNA PCR-RLB阴性,64份二者同时为阴性。结论多重PCR-RLB检测NG是一种简便、快速及有效的方法,为无症状人群NG感染的初筛和准确诊断提供了一种可靠的方法。

上海地区汉族人HLA-DQA1启动子多态性以及QAP、DQA1单元型连锁分析

目的：分析上海地区汉族人HLA-DQA1启动子（QAP）多态性，以及QAP与DQA1的连锁关系。方法：采用PCR-RFLP分析DQA1等位基因多态性；采用PCR-SSO检测QAP多态性。结果：在96个个体中检测到9种DQA1启动子（QA）等位基因。QAP与DQA1之间有3种连锁格局：①QAP与DQA1存在一对一关系；②一种QAP可与不同的DQA1组成多种单元型；③一种DQA1等位基因可受到多种类型的QAP调控。与意大利、德国人群比较发现QAP和QAP-DQA1单倍型频率在不同人群中存在差异。结论：上海汉族人中未发现新的QAP等位基因，但QAP等位基因的频率以及与DQA1的连锁格局和白种人相比有明显差异。

β地中海贫血IVS-Ⅱ-654(C→T)的基因鉴定

目的：总结新疆１６例β地中海贫血ＩＶＳⅡ６５４（Ｃ→Ｔ）的基因分析结果。方法：应用聚合酶链式反应和寡核苷酸探针杂交。结果：对新疆１６例β地中海贫血先证者进行基因分析，鉴定为ＩＶＳⅡ６５４（Ｃ→Ｔ）基因突变，均为杂合子，其中汉族１１例，回族４例，维吾尔族１例。回族中这种突变类型属首次报道。

湖北省土家族β地中海贫血ⅣS-Ⅱ-654(C→T)和CD41-42(-TTCT)两个家系

报道采用血红蛋白理化性质筛查实验,检出湖北土家族β地中海贫血2个家系,继用PCR/ASO探针斑点杂交技术,确诊先证1为ⅣS-Ⅱ-654(C→T)/ⅣS-Ⅱ-654(C-T)纯合子,其父母分别为ⅣS-Ⅱ-654(C→T)/A杂合子.先证z为CD41-42(-TTCT)ⅣS-Ⅱ-654(C→T)双重杂合子,其父为CD41-42(-TTCT)/A杂合子,其母为ⅣS-Ⅱ-654(C→T)/A杂合子.

苯丙酮尿症患者突变基因的检测

目的 检测苯丙酮尿症(phenyl—ketonuria,简称PKU)患者的基因突变类型。方法采用PCR-SSCP(聚合酶链反应单链构象多态)银染和PCR-ASO(聚合酶链反应等位基因特异性寡核苷酸)探针杂交,分别检测了8个PKU家庭中10名患者和6名双亲。PCR—SSCP银染应用了3对引物,外显子7、11、12。PCR-ASO探针杂交应用了外显子7、10、11、12、4对探针。结果 王氏家系姐弟俩(表1中编号7,10)通过PCR-SSCP方法发现E_7区域有异常电泳带,经PCR-ASO方法证实他们和附图编号8均为苯丙氨酸羟化酶E7R243Q位点的纯合子突变;沈氏家系姐妹俩通过PCR-ASO法检出E12R413P位点为纯合子突变,另一例PKU患者为E12R413P位点的杂合子。结论 上述突变位点为PKU患者的产前基因诊断提供了依据。

应用PCR-反向斑点杂交法快速检测和鉴定医学重要真菌

目的 建立一种以PCR为基础的的检测和鉴定医学重要真菌的方法。方法 将白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、季也蒙念珠菌、都柏林念珠菌和新型隐球菌的种特异性探针加尾后固定于硝酸纤维素膜上 ;用标记生物素的真菌通用引物扩增经提取的各真菌DNA ,与固定在膜上的探针杂交。结果 所用的真菌通用引物可扩增12种临床常见的真菌DNA ,扩增片段长度在 35 0bp左右。 8种特异性探针分别与上述真菌PCR扩增产物杂交 ,结果表明 8种探针具有高度的特异性。通过 39例临床标本和 2 5例临床分离菌株的检测 ,PCR -反向杂交法与真菌培养法的结果基本一致 ,且鉴定时间也由传统培养鉴定方法约需 1周的时间缩短至 2天。结论 该方法可快速、正确地将 8种临床常见真菌鉴定到种水平 ,如经大量临床标本的检测验证 ,可望在临床微生物实验室开展。

新型MGB探针特异性检测变形链球菌

目的:设计一种新型TaqManMGB探针,利用实时荧光定量PCR检测变形链球菌,提高PCR法检测变形链球菌的特异性,减少检测的假阳性。方法:提取6种不同链球属细菌的DNA,分别进行巢式PCR和TaqManMGB实时荧光定量PCR,比较两种PCR方法检测变形链球菌的特异性。巢式PCR第1轮扩增的引物是细菌16S rRNA基因通用引物,第2轮扩增使用变形链球菌16S rRNA基因可变区序列的特异性引物。TaqManMGB实时荧光定量PCR的引物与第2轮巢式PCR特异性引物相同,设计的MGB探针序列与变形链球菌16S rRNA基因中特异性序列相匹配,不与其他细菌的基因序列匹配。将变形链球菌标准株的DNA样本从2.5 mg/L至0.16μg/L按5倍梯度稀释,制备出实时荧光定量PCR的标准曲线。结果:变形链球菌和格氏链球菌在巢式PCR中均扩增出282 bp的DNA片段,出现假阳性结果。TaqManMGB实时荧光定量PCR能定量检出变形链球菌标准株和临床株,不检出其他链球菌,比巢式PCR特异性更好。TaqManMGB实时荧光定量PCR对变形链球菌DNA的最低检出浓度为20μg/L。结论:本研究设计出一种针对变形链球菌的TaqManMGB探针,建立利用TaqManMGB实时荧光定量PCR特异性检测口腔中变形链球菌的方法。

使用经固定细胞的DNA检测Prader-Willi综合征

目的探讨以外周血染色体检查或荧光原位杂交(FISH)检查剩余的固定细胞作为DNA来源,采用甲基化特异性(MS)聚合酶链反应(PCR)与甲基化特异性多重连接探针扩增(MS-MLPA)方法进行Prader-Willi综合征(PWS)分子检测的可行性,为采用少量全血液样本同时开展染色体、FISH和分子检测奠定基础。方法将13例受试样本分为正常对照组(3例)、确诊组(2例)和疑似组(8例)3个组。将所有的冻存固定细胞进行离心,弃固定液,采用基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,13例PWS样本同时采用MS-PCR与MS-MLPA进行检测。结果 13例DNA样本的A260/A280比值平均为1.94±0.1、浓度平均为(64.0±10)ng/μL、片段大小均在10 kb以上;MS-PCR检测发现正常对照组父源与母源条带均存在,确诊组仅存在母源条带、父源条带缺失,疑似组父源与母源条带均存在;MS-MLPA结果表明除确诊组2例提示为父源缺失型PWS外,其余2个组结果都提示为正常。结论来源于固定细胞的基因组DNA在纯度、浓度及完整性方面均可满足MS-PCR以及MS-MLPA检测的实验要求,可用于PWS临床分子检测及其相关实验。